天才法医学者・水沢真澄（ディーン・フジオカ）は、アメリカで15年にわたり活躍してきた“メディカルイグザミナー”。解剖室だけでなく現場にも足を運び、自分の目で死因を見極める。物腰は柔らかいのに、わずかな矛盾も見過ごせない彼は、周囲を戸惑わせることもしばしば。 彼を迎えて厚生労働省主導で新たに立ち上げられたのが、法医学専門チーム「メディカルイグザミナージャパン（MEJ）」。官僚の桐生麻帆（瀧内公美）は、そのセンター長に選ばれたものの、法医学も事件捜査もほぼ素人だ。 パートナーでもある後輩・篠塚拓実（草川拓弥）に、「なんで私が左遷？」と思わずこぼす麻帆。「どんな人も笑って暮らせるような制度を作りたい」と官僚を志した彼女にとっては、この異動は貧乏くじにしか思えなかった。 MEJスタート前日、浮かない顔で準備をしていた麻帆の前にアメリカ帰りの真澄が現れるが、二人の会話は噛み合わない。そして翌朝、スタッフルームで横になっていた真澄のもとに、現場からの連絡が入る。真澄と麻帆が向かったのは、17歳の少年が倒れていた水深40センチの池。刑事の堂島穂乃果（山口紗弥加）は他殺と判断し、麻帆たちを邪険にするが、真澄はどこ吹く風で現場を観察する。 そして始まった、MEJ初の解剖。麻帆にとっては現場に続いて、解剖室も初めて入る場所だ。法医学者の本田雅人（八木勇征）から「官僚は現場を知らない」と皮肉を言われ、実際に解剖を直視できない麻帆。一方、真澄は迷いのない手つきで解剖を進め、その圧倒的な技量に法医学者の高森蓮介（綱 啓永）や松原涼音（安斉星来）、検査技師の吉本由季子（川床明日香）は思わず息をのむ。解剖室には、静かな緊張と張り詰めた空気が広がる。 その後、解剖で判明した死因は「溺死」。しかし少年の体には意識を失った形跡も、抵抗の痕跡もなかった。なぜ、わずか水深40センチの池で、彼は命を落としたのか！？事故か、事件か、それとも……。 “遺された痕跡”が語る“真実”と、そこに残された人々の想い。ひとつの死を起点に、真澄と麻帆、そしてMEJの挑戦が始まる。その真実に辿り着いたとき、見えてくるのは、失われた命の奥に確かに存在した“愛”のかたちかもしれない―。

天才法医学者・水沢真澄（ディーン・フジオカ）とセンター長・桐生麻帆（瀧内公美）のもと、本格始動した「メディカルイグザミナージャパン（MEJ）」。しかし現実は理想とはほど遠く、本田雅人（八木勇征）、高森蓮介（綱 啓永）、松原涼音（安斉星来）ら法医学者に加え、検査技師の吉本由季子（川床明日香）も山積みの書類業務に追われていた。思うように解剖にも関われず、スタッフルームには重苦しい空気が漂う。 そんな中、一足先に仕事を終えた本田は、大学病院の外科医として働く旧友・広野智樹（東龍之介）との飲み会へ。再会を喜び、思い出話に花を咲かせる二人だったが、やがて本田がこぼす現状の不満に対し、広野はどこか言葉を濁す。微妙な空気の中、広野は仕事の呼び出しを受け、どこか引っかかるものを残したまま、飲み会はお開きになる。 しかし翌朝、広野が異状死と見られる姿で発見される。堂島穂乃果（山口紗弥加）らが調査する現場に、真澄と麻帆、そして動揺を隠せない本田も駆けつける。真澄の見立てでは、“激しい衝突”が死因のようだが、どうやら落下した可能性が高いらしい。だが現場の近くに高い建物は見当たらず、「空から落ちてきたとでも？」と呆れる穂乃果。 解剖の結果、遺体から判明した死因は…「落下死」。 一体、どこから落下したのか。そして、なぜ彼は死ななければならなかったのか――。

ある夜、「メディカルイグザミナージャパン（MEJ）」に一本の電話が入る。それは、造船所の社長・伊澤康雄（坪倉由幸）がトラックにひかれたとみられる事故の知らせだった。 連絡を受け、現場へ向かう水沢真澄（ディーン・フジオカ）と桐生麻帆（瀧内公美）。現場の状況を見た堂島穂乃果（山口紗弥加）は、単なる交通事故ではない可能性を疑い始める。真澄もまた、いくつもの違和感を覚えていた。衝突事故にしては、被害者が跳ね飛ばされた距離があまりにも短い。にもかかわらず、道路には車が加速した跡が残されている。しかし、真相にたどり着くには、まだ決定的な手がかりが足りなかった。 解剖には、本田雅人（八木勇征）、高森蓮介（綱 啓永）、松原涼音（安斉星来）ら若手法医学者たちも参加し、それぞれの視点から意見を交わしていく。さらに検査技師の吉本由季子（川床明日香）も見解を示す。解剖の結果、あるひとつの可能性が浮かび上がるが、被害者の体には走ってくる車から身を守ろうとした痕跡がなく、現場に残された証拠とも一致しない…。 そして翌日、再び現場を訪れた真澄と麻帆を待っていたのは、トラックを運転していた若いドライバー・田村和寿（若林時英）の遺体だった。そのポケットには、遺書と思われるメモが残されていて…。矛盾する真実の先に、もうひとつの真実が浮かび上がる。

MEJセンター長・桐生麻帆（瀧内公美）のもとに、ある知らせが届く。それは、彼女が官僚として幾度も向き合い、結実を願ってきた「若年者の貧困支援プロジェクト」の始動だった。しかし、今の麻帆はMEJの責任者。プロジェクトは他の人間に託すという上司の言葉に、肩を落とす。 そんな折、MEJに新たな不審死の連絡が入る。麻帆は水沢真澄（ディーン・フジオカ）と共に事件現場のキャバクラへ。亡くなったのは、強引な経営で知られるオーナー・栗山隼人（渋江譲二）。刑事の堂島穂乃果（山口紗弥加）たちが声をかけたのは、キャストの柳原美幸（花村すいひ）だった。彼女は震える声で、自分がオーナーを殺したと自供し始める。奨学金の返済のために働き始めたはずが、暴力で支配され、逃げ場を失っていたという。「毒を盛り、首を絞め、水に沈めた」という供述は、現場の状況や解剖結果とも一致。しかし、なぜか彼女は毒についてだけ、頑なに口を閉ざす。苦境に立たされた美幸は、麻帆が救いたいと願ってきた“若者”そのものだった。麻帆は、痛みを抱えて心を閉ざしてしまった美幸に向き合おうとするが…。 ところがそこへ、店の黒服・村野尚樹（名村辰）が「自分が灰皿で殴り、首を絞めた」と、新たな名乗りを上げる。村野の言葉を裏付けるように、オーナーの頭部には確かに殴られた痕跡が残されていて…。 重なり合う二人の「自供」と、二つの「犯行」。真実はどちらの“告白”にあるのか―！？