従来の「縦割り」警察組織では対応しきれない境界線の事件を解決するため設立された、警視総監直属の特殊事件対策班(SCU)。班員は公安出身の結城(沢村一樹)、卓越した観察眼の持ち主で元捜査一課の八神(高杉真宙)など、それぞれが特殊な技能を持つ５人。だがその特異な存在は組織の中で煙たがられていた。 そんなある日、銀行で立て籠もり事件が発生。刺殺された客が、40 年に渡って逃亡中の殺人犯・藤岡(橋本じゅん)と判明する――。

銀行の立てこもり事件と、Zに扇動された者による放火事件…Zのアジトの賃借名義人が、銀行で殺害された藤岡（橋本じゅん）だとわかり、2つの事件は繋がる。そこで結城（沢村一樹）らSCUもアジトの強制捜査に同行し、潜伏中の放火犯らを確保する。 しかしＺと藤岡、中内（片桐仁）の関係は見えてこない――。八神（高杉真宙）らはZの正体、そして事件の真相を突き止められるのか？さらに結城の言葉の裏にある思惑が明らかに…

警部補に昇進したばかりの朝比奈由宇（玉城ティナ）が、商業施設の爆破事件に巻き込まれ負傷する。それは八神（高杉真宙）の同期・宮原（前野朋哉）からの依頼で、特殊詐欺の主犯・秋山（小野塚勇人）を追尾していた際に起きたものだった。爆発に乗じて宝石店から金品が強奪されてもいる。監察は、爆発の際の朝比奈の行動が、正当だったのか調査を始める。結城（沢村一樹）がそんな朝比奈を見守る中、秋山の射殺死体が発見される…。

由宇（玉城ティナ）らSCUがマークしていた秋山（小野塚勇人）が何者かに射殺された一方、その仲間は失踪する。秋山の幼馴染の入江（曽田陵介）が爆破強盗事件の重要参考人として取調されるが、全面的に否認する。そんな中、結城（沢村一樹）が入江に覚えがあると言い出して――。 秋山は誰に殺されたのか？爆破強盗事件との繋がりは？だが、そこへロケット砲を群衆に打ち込むというテロ攻撃の予告が。凶行を止めるべくSCUが奔走する！

人気バンドのメンバー高木（阿久津仁愛）、滝上（田中偉登）ら4人とマネージャーが移動車ごと消息を絶った。広域事案としてSCUに出動要請が入り、結城（沢村一樹）は最上（水沢林太郎）を軸に動くよう命じる。 車が降りた八王子インター周辺で捜索が始まる中、現場マネージャー花岡（山崎紘菜）によると、既に仕事に支障が出ており、公になるのも時間の問題に。事件か？事故か？焦燥感が募る中、森の中で男性の遺体が発見され――。