トマス神父とマーカスは、悪魔に取り憑かれた女性シンディの悪魔祓いを行いながら、２人が虐待していると勘違いした彼女の夫らから逃げ回っていた。一方、人気のない孤島にある、ファミリーホーム（身寄りがなく様々な問題を抱えた子供達を預かる家）に、児童相談所の職員ローズがやってくる。彼女を歓迎するファミリーホームの管理人アンディと彼女の間には、なにやら深い過去がある様子だった…。

シンディの悪魔祓いが完了し、トマス神父とマーカスが病院で一息ついているとき、バチカンのベネット神父からマーカスに連絡が入る。ベネットは、バチカンが悪魔の侵入を許し危険な状況であるため、すぐに身を隠せとマーカスに伝える。一方、シアトルの人気のない孤島では、牙を生やしたモンスターのようなヤギが産まれたり、不可解な現象が起こり始めていた。

シアトルの人気のない孤島では、さらに不可解な現象が起こっていた。誰もがその異変に気づくが、敬虔なキリスト教徒であるファミリーホームのシェルビーだけが、この異変に聖書の力で対抗しようとしていた。一方、トマス神父とマーカスはハーパーという少女の悪魔祓いの依頼を受け、シアトルへ向かう。彼らが到着した時、ハーパーは重体のように見えたが…。

児童相談所の職員ローズのはからいによって、少女ハーパーはアンディが管理する孤島のファミリーホームに迎えられることが決まる。トマス神父とマーカスも、ハーパーを送り届けるために孤島へ向かう。彼らが到着した頃、島での不可解な現象は止まるどころかますますひどくなっていた。その異変に気づいたトマスとマーカスも、それぞれ島を調査し始める…。

子供達が怖がるからと、児童相談所の職員ローズはトマス神父とマーカスに島から離れるように言うが、２人はその忠告を無視してファミリーホームの周辺を調査する。ファミリーホームの一員だと思っていた最年少の少女グレースが、想像で作り出した自分にしか見えない幻だったと気づき動揺したアンディは、一旦家から離れて気分転換しようとファミリーホームのみんなでキャンプに出かけるが…。

トマス神父とマーカスは、ファミリーホームの異様な空気に気づきながらも、悪魔に取り憑かれているという決定的な証拠を見つけることができないでいた。一方、アンディの目の前に突然亡くなったはずの妻二コールが現れる。はじめは、アンディもこれが現実ではないと自分を言い聞かせようとするが、二コールに対する深い愛情と家族を守りたい一心から、そんな非現実を受け入れ始め…。

トマス神父とマーカスは、悪魔に取り憑かれたアンディの悪魔祓いを始める。２人にいつどういった形で悪魔がコンタクトを取ってきたかを尋ねられたアンディは、過去を振り返り始める。なんと、彼は元妻二コールの謎に包まれた自殺を目の当たりにしていたのだ。そんな中、何の理由もなく目の前で入水自殺された深い悲しみに打ちひしがれるアンディの前に、突如少女グレースが現れる…。

トマス神父とマーカスが悪魔祓いをしようにも、ファミリーホームの管理人アンディは現実と悪魔が彼に見せている幻想の区別がつかなくなっていた。彼らは、アンディを現実に引き戻そうとファミリーホームの一員であるヴェリティをアンディに会わせることを決意する。一方、児童相談所の職員ローズは、ファミリーホームの子供たちの安全を考え、彼らを島の外に連れ出すことを決意するが…。

トマス神父に悪魔祓いを続けている幻覚を見せることで、囚われていたファミリーホームから抜け出すことに成功したアンディは、ファミリーホームの家族を殺そうと、全員を捕らえ始める。悪魔が家を抜け出したことに気づいたマーカスは、アンディを追いかける。一方、幻覚を見せられていたトマスはそれが幻覚だと気づきながらも、悪魔が見せる過去の夢から抜け出せないでいた…。

マーカスは、彼の昔の教え子マウスを引き連れたトマスと会う。彼らは、古い小屋で悪魔祓いを再開するも、今回の悪魔はあまりに強敵であった。悪魔にのっとられたバチカンの追手からも逃げなければならないトマス達は、悪魔もろともアンディを銃殺することまで検討し始める。最後の望みを懸け、トマスはアンディの意識に入り込み、自分に悪魔を乗り移らせることでアンディを救おうとするが…。