ジャーナリストの桜井瞬一が殺された。現場には十字架のような破片が…。捜査一課・強行犯係の樋口顕（内藤剛志）は二課の氏家譲（佐野史郎）から桜井が収賄疑惑の議員・木崎（大浦龍宇一）の裏帳簿データを持っていたと聞かされる。しかし桜井が残したUSBメモリーには20年前の強盗殺人事件の記事が…。それは樋口と氏家が出会った因縁の事件だった。樋口はその事件を指揮した元刑事・宮前大樹（大地康雄）の元を訪ねる…。

空き家から女性の絞殺体が見つかる。樋口顕（内藤剛志）が臨場するが、所持品がなく身元を特定できずにいた。鑑識の辰見友恵（遼河はるひ）は衣類からクリーニング店を特定し、NPO法人空き店舗再活用プロジェクトの林康菜（小林涼子）と判明。生駒花蓮（篠田麻里子）は有名DIYクリエイターで康菜と共同で「DIY工房」を立ち上げていた。花蓮が犯人だと示す証拠品が見つかるが、樋口は証拠が揃い過ぎていることに違和感を抱き…！

運送会社社長・仁和宏之（テット・ワダ）の刺殺体が見つかり、樋口顕（内藤剛志）が臨場する。宏之の妻の紗子（小野ゆり子）は夫からDVを受けたと訴え、離婚を前提に別居中だった。会社の従業員によると夫婦は慰謝料のことでかなり揉めていたという。紗子とは連絡がつかず、紗子の代理人である弁護士の生島匡彦（渡辺徹）を訪ねると、紗子は数日前にDVの証拠を持って依頼に来たという。生島は医師の診断書もあったことから依頼を引き受けたが、夫の宏之はDVを否定し妻の捏造だと主張していた。樋口班の菊池和馬（佐野岳）と中田裕之（小松利昌）が聞き込みを行うが、周囲からの２人の印象はまるで正反対。そんな折、樋口は天童管理官（榎木孝明）から７年前にある高校で起きた暴力事件に紗子が関わっていることを聞かされる。彼女を擁護する記事を書いたのは東洋新聞の遠藤貴子（矢田亜希子）だった…。

情報番組のAD坂下龍之介（加藤諒）が工場跡地の冷凍庫から白河篤（横山諒）の遺体を発見し、映像をSNSにアップして話題に。保育士の藤沢芽衣（島崎遥香）は、優子（小島梨里杏）の息子が白河からDVを受けていたことを心配していた。その矢先、白河殺害の容疑者は優子だという映像がSNSで拡散される。ネットに流したのは坂下で、彼はかつて氏家（佐野史郎）が補導した少年だった!?樋口（内藤剛志）は氏家と捜査を進めると…。

工務店の社員・横田慶介（入江甚儀）の遺体が見つかる。臨場した樋口（内藤剛志）が気になったのは、遺留品の３枚の５００円玉と、横田のポケットにあった商店街のスタンプカード。日暮里は職場の八王子からも彼の自宅からも離れた位置にあるのに、スタンプはかなりたまっている。会社では、人当たりの良いとても優秀な営業マンと言われていた横田だが上司の塔場和彦（正名僕蔵）や同僚の坪井奈々（森迫永依）に聞きこみを続けると、私生活では５年前に人身事故を起こしていた。事件と事故との関係を探っていると、人身事故の被害者・真由（高橋七海）の父・五十嵐誠（林家正蔵）が日暮里で定食屋を営んでいることが発覚。しかし、両親にはアリバイがあり、捜査は難航。そんな中、さらに怪しい出来事や人物も浮上してきて…。樋口は３枚の５００円玉に注目して捜査をするとやがて意外な犯人と哀しき真実が明らかになっていく…。

コーラス会場で身元不明の遺体が…。発見者は、発表会のリハーサルを終えた佳純（あめくみちこ）。被害者はコーラス団員と同じ格好をしていたが、実は団員ではなかった。違和感を覚えた樋口（内藤剛志）は捜査を開始。監察医の御子柴（竹財輝之助）の機転から元海女の三島芳子（藤吉久美子）と判明。樋口は団員の波花（咲妃みゆ）が三島の娘であることを突き止める。波花は6歳の時に三島が浮気相手と姿を消したことを恨んでいたが、事件との関係は否認。25年ぶりに娘の前に現れた母親は何をしたかったのか…樋口は天童管理官（榎木孝明）のいつも見守っていたのでは？という仮説を調べることに。菊池（佐野岳）が入手した防犯カメラから波花を見守る三島と謎の男性・緑川（田中幸太朗）の姿が。さらに三島のスマホを解析した結果、あるCM映像を繰り返し見ていたことが判明。樋口はＣＭの歌手「DADA」に注目する…。

公園で老舗和菓子屋『ふなだや』の副社長・船田修二（長尾卓磨）の遺体が見つかる。彼の遺品の携帯には修二の父・喜一郎（勝部演之）と、妻・杏子（原史奈）から着信があり樋口顕（内藤剛志）は、喜一郎に電話を掛ける。事件当日、修二は亡き兄の元妻・久美子（山田真歩）に会いに行っていたことが判明。『ふなだや』の現社長でもある喜一郎は血筋を重視する人物で、亡き長男の娘をどうしても次期社長にしたく、久美子と養子問題で度々話し合いをしていた。事件当日、久美子は娘の美咲（毎田暖乃）を寝かしつけた後、待ち合わせ場所に行ったが修二はおらず、その日は会っていないと言う…。愛する娘を手放したくない久美子と、血の繋がりだけで美咲を欲しがる船田家。久美子が犯人だと疑われる中、樋口が気になったのは久美子の家の大家で、美咲とも交流のある加代子（丘みつ子）。一体彼女が目にしたものとは…？

川岸で高校野球部員・井田友彦（菊池銀河）の遺体が発見される。強行犯係の新庄道彦（金田明夫）をはじめ千住北署はSNS上で遺書をみつけ、自殺と結論づける。樋口（内藤剛志）は、遺体の傷跡や関係者への聞き込みで、野球部内でのトラブルなどから他殺の可能性があると考え、再捜査を開始。しかし、所轄が一度出した結論に口を出すことは警察組織の秩序を乱すとされ、樋口は理事官の石田弘（徳重聡）から謹慎処分を言い渡されてしまう。“警察の秩序”と“真実の解明“…その狭間で葛藤し自分の心の弱さを痛感した樋口は自信を失いかける。そんな時、旧知の仲の衆議院議員の秋葉（吉田栄作）から電話がかかってくる。樋口は家族や氏家譲（佐野史郎）の協力で、自分の信じた正義を貫き事件に向き合っていく。樋口班総出で自殺に見せかけた殺人事件の真相解明に奔走するが…。事件の裏に隠された真実とは…？