紀元前１１世紀、殷の時代ーー。悪しき仙女・妲己によって、殷の皇帝・紂王は傀儡と化していた。人間界の混乱を収めるため、崑崙山の教主・元始天尊は、一人の道士を呼び出す。彼の名は太公望。そして、彼に命じられた任こそが”封神計画”。「封神の書に記された悪しき仙人たちを、封神台に封じ込めよ」武器は類まれなる頭脳と、宝貝・打神鞭、そして霊獣・四不象。打倒・妲己の命を受け、道士・太公望が人間界に降り立つ！

妲己の策略の前に、自らの無力を思い知らされた太公望。強力な仲間を作るはずが……ボケーッと釣りに明け暮れる日々。一方、朝歌には、武成王・黄飛虎の盟友である殷の太師・聞仲が遠征から戻ってきていた。聞仲はかつて妲己とも一戦を交えたことがある実力者。黄飛虎は聞仲と二人なら妲己を抑え込むことが出来ると喜ぶが……。その頃、太公望の前には、宝貝を３つも身につけた宝貝人間・哪吒が現れて、突如攻撃を仕掛けてくる。

太公望と四不象の前に、禁城にいるはずの妲己が突如現れる。予期せぬ襲来に慌てふためく太公望たち。しかし、それは仙人界で一人だけ変化の術を使えるという天才道士・楊戩の変身した姿だった。一転、強力な味方が増えたと喜ぶ太公望。が、楊戩からは太公望の器を測るテストが告げられてーー。一方、禁城では、東伯候の叛乱を鎮圧し再び戻った聞仲に「武成王、造反」の知らせが告げられる。その裏では、またも妲己の策略が働いていてーー。

殷の西部・西岐で、なぜか兵士に農耕の指導をしている太公望の姿が。実は太公望、西岐で軍師の役職に就いていた。それは、遡ること数日前ーー。釣りに明け暮れる太公望の前に、西岐を治める四大諸侯の一人、姫昌が現れたことから始まった。一方、朝歌を離れ、西岐を目指す武成王一族。今や殷に反旗を翻す存在となった武成王を、聞仲は許さないだろうとよんだ崑崙山の元始天尊は、”武成王に縁の深い”強力な助っ人を用意していたーー。

武成王一行を救出するため駆け付けた太公望たち。その前に立ちはだかる聞仲の放った刺客・九竜島の四聖。太公望と高友乾、哪吒と李興覇、楊戩と王魔と、次々に戦いの火蓋が切られる！　そんな中、禁城では申公豹が聞仲の元を訪れていた。「四聖は西岐まで攻撃するつもりですよ」という申公豹の忠告に、戦地へ赴く聞仲ーー。ついに最強の敵、殷の太師・聞仲までが動くことに……。

西岐では姫昌が病に倒れていた。もしもの時のため、息子である周公旦から「次男の姫発に会ってほしい」と頼まれる太公望。跡継ぎとして相応しいか？その器を確かめるため、姫発を探しに街へ出ることに。一方、朝歌では、妲己の策略が着々と進んでいた。咎める聞仲だったが、彼自身も殷に仇をなす西岐の存在を許せるはずもなく……戦争を決意し、聞仲が向かった先はーー崑崙山と対をなす金鰲島だった。

ついに仙界大戦の幕が開いた！　聞仲は金鰲島を発進させ崑崙山に全面対決を仕掛ける。和解を考えていた太公望も迎撃せざるを得ず、崑崙山の指揮を執ることに。しかし、金鰲島の圧倒的な戦力と主砲・通天砲の前に苦戦する崑崙山。主砲の元始砲で対抗しようとするが、金鰲島に張り巡らされたバリアによって阻まれてしまう。そんな中、バリアを解除するため金鰲島内に潜入した楊戩の前に、十天君の一人である張天君が立ちはだかる。

バリアを解除するため、金鰲島に潜入した楊戩。十天君の一人、張天君の空間宝貝「紅砂陣」に手こずりながらも、禍々しいオーラと共に”ある変化”をし始めるーー。一方、崑崙山内で、楊戩によるバリア解除を信じて待つ太公望たち。しかし、金鰲島の『通天砲』発射時刻まで４分を切り、崑崙山側には焦りが見え始めていた。バリア解除と共に崑崙山ごと通天砲にぶつける作戦は、果たして間に合うのか！？

十天君のリーダー・王天君の予期せぬ手助けによって、金鰲島のバリア解除に成功した楊戩。崑崙山と金鰲島の衝突によって、戦況も一変する。張天君との戦いによってボロボロの楊戩を救出するため、金鰲島潜入を決意する太公望。一方の金鰲島でも、太公望の来襲を予期する王天君が、十天君を使って迎え撃つ作戦を立てていた。太公望と四不象、そして楊戩の師である崑崙十二仙・玉鼎真人による楊戩救出作戦が始まる。

孫天君の空間宝具・化血陣に苦戦する太公望たち。しかし、玉鼎真人は太公望の策によっておもちゃの中に紛れた孫天君の本体を見極め、一刀で切り捨てる。化血陣からの脱出に成功した太公望たちの前に、今度は王天君から通信が入る。捕らわれた楊戩を助けたければ、「一人で来い」と要求する王天君。明らかな罠であるにも関わらず、玉鼎真人は自ら名乗り出て王天君の空間宝具・紅水陣へと単独で乗り込んでいく。

玉鼎真人が死を賭して救出した楊戩。しかしその体は、王天君の宝貝によって衰弱しきっていた。一旦、崑崙山へ戻り作戦を立て直す太公望。「かたき討ちだ」と激しく憤る十二仙たちを制し、チーム分けして潜入することを提案する。その頃、金鰲島では、密かに潜入していた武成王と天化たちが、十天君・董天君の「風吼陣」内に迷い込んでいた。一方、楊戩の症状の報告を受ける太公望。楊戩を救うには、王天君を倒すしかないと判明してーー。

チーム分けをして金鰲島内に潜入した太公望たち。太公望は昔からの友人である普賢真人とチームを組んで、聞仲がいる金鰲島の核を探すことに。しかし、一行は氷を操る空間宝貝・寒氷陣の中に引きこまれてしまう。そこで待ち受けていたのは十天君・袁天君。戦いを挑もうとする袁天君に、普賢は和解を求めて説得を続けるが……。そんな中、聞仲は侵入した崑崙山の仙人たちの対処を十天君に任せ、金鰲島のレーダーで何かの位置を探っていた。

古時計が時を刻む宿命の部屋で、ソファに座って向かい合う太公望と王天君。「さぁ、どぉするよ太公望？」王天君の問いかけに、自らの過去を振り返り始める太公望。そして、その回想は王天君の回想に受け継がれーー。楊戩、四不象、武成王と、交わった人々がこの部屋で交錯していく。やがて、過去・現在・未来が混在したような時間の果てに、封神計画に隠された歴史の謎が紐解かれていく。

楊戩を蝕む王天君の寄生宝貝生物。しかし、それは楊戩だけでなく、崑崙山側の仙人たちをも蝕んでいた。哪吒を除く金鰲島に潜入した仙人たちの誰もが体力を削られていき、早くもピンチを迎える太公望たち。そんな中、崑崙山の液体プールで療養中だった楊戩の姿が、忽然と消えていてーー。一方、太公望のもとには新たな味方・韋護が合流。王天君の策略が張り巡らされた金鰲島で、太公望はこの状況を打開できるのか？

玉鼎真人の仇を討つため、王天君に戦いを挑む楊戩。そんな楊戩の行く手を十天君・姚天君と金光聖母が遮る。十天君の中でも抜きん出た実力を持つ二人に後を任せ、王天君は姿をくらましてしまう。楊戩は合流した韋護と哪吒と協力して姚天君と金光聖母と戦うが、二人の空間宝貝を組み合わせた『多重空間』の前に苦戦。太公望も楊戩を助けに向かおうとするが、普賢に止められてしまい……。

完全に妖怪に覚醒した楊戩を挑発する王天君。楊戩を誘うように導いた先に待っていたのは金鰲島の教主・通天教主。王天君の狙いは、通天教主と楊戩の親子二人での殺し合い。自分の運命を歪めたもの全てへの禍々しいまでの復讐だった。自我を無くした通天教主の攻撃が、楊戩を襲う！　一方、金鰲島の動力炉を目指す太公望と普賢。「動力炉を壊し金鰲島を落とす」というその狙いの真の目的は、聞仲をおびき出すことだった。

王天君のダニによって疲弊していた十二仙たちが、崑崙山に一時回収される。そこに現れたのは、四不象の父、スープーパパ。実は十二仙たちを回復させるため、スープーパパの特殊能力を使おうと、太公望が指示を出していたのだった。一方、楊戩は元始天尊に詰め寄り、封神計画への不信感をぶつけていた。「この封神計画はどこまでが本当でどこまでが嘘なのですか！？」その頃、金鰲島では、なぜか普賢が太公望に睡眠薬を盛っていてーー。

仙界大戦の行く末を見守る申公豹。黒点虎にどちらが勝つのか問われ、聞仲が勝つだろうと予測する。殷が滅亡へと向かいつつある中で、なぜ聞仲は殷のために戦い続けるのか、なぜ殷の親となったのか、その過去を語り始める。その頃、聞仲との話し合いが決裂してしまった普賢は一人、聞仲に立ち向かっていた。しかし、聞仲の圧倒的な強さの前に傷一つつけることすらできず--。為す術のなくなった普賢に聞仲の禁鞭が容赦なく襲い掛かる！

ついに聞仲と対峙した太公望。以前は歯が立たなかった強敵だが、太公望自身もここまでの戦いで”器を拡げて”きている。激しい聞仲の禁鞭の嵐を、打神鞭の竜巻で凌いでいく太公望。さらに、普賢との特訓で手に入れた「Ｂクイック攻撃」も決まり、回復した十二仙も駆け付ける。崑崙山の持ちうる最大戦力で、聞仲へ挑むのだがーー。徐々に高度を落としていく金鰲島内で、仙人界の命運を賭けた死闘が始まる！

圧倒的な強さで十二仙たちを一蹴する聞仲。そんな中、太公望が普賢に「星降る時がわしらの最後の好機だ」と、作戦を告げる。その頃、殷では紂王が変わり果てた姿になっていた。それを黒点虎の千里眼で見届けていた申公豹が、ある話をし始める。それは歴史の道標に関わる話でーー。一方、金鰲島では、普賢が『太極符印』を使って、太公望の指示を十二仙に伝える。しかし、それは太公望の指示とは少し違うもので……。

決死の覚悟で聞仲と共に自爆した普賢。しかし、聞仲は生きていた。聞仲は狙いを元始天尊に切り替えて単独で崑崙山に乗り込んでいく。残された太公望、楊戩、四不象たちも崑崙山へと急ぐ。十二仙たちですら倒すことのできなかった聞仲を相手に勝算はゼロに近いが--。「わしはなんとしてもあやつを乗り越えねばならぬのだ！」太公望は固い決意で聞仲を追う！

王天君によって、武成王と引き合わされる聞仲。さらに太公望、楊戩、天化も集められ、その目の前で宝貝『紅水陣』を展開する王天君。そこは、紅い霧が煙る禁城で。太公望たちが見守る中、武成王と聞仲の二人が想いをぶつけ合う。「もう私は誰にも心を開かぬと決めたのだよ」「オメーを一発ぶん殴らにゃあ気がすまねぇ！！」一方、王天君の策略を前に、元始天尊はある記憶を思い出していた。それは２０００年前のことでーー。

『紅水陣』の酸でボロボロの聞仲。最後の力を振り絞り、『紅水陣』を破壊して黒麒麟と共に飛び去っていく。一方、じきに落ちる金鰲島を予期した太公望は、脱出の準備を楊戩たちに告げる。そして「後始末をつける」と四不象に乗って、聞仲の後を追う。普賢、武成王、十二仙たち、多くの仲間の死を胸に、満身創痍の聞仲と対峙する太公望。互いの譲れぬ信念をぶつけ合い、最後の戦いに挑む。悠久の時を経て、いま封神計画が完結する！！