女の子になりたい男の子・二鳥修一と、男の子になりたい女の子・高槻よしの。 小学校で出会い、お互いの秘密を知った二人は、共通の悩みを相談し合えるかけがえの無い存在になっていた。そして、季節は春。中学校の入学式を迎え、着慣れない制服の感触に戸惑いながらも、新たな生活に期待と不安を募らせる二人だったが、ツメエリを着て登校してきた女の子・更科千鶴の姿に目を奪われて――。

中学校での新しい生活が始まったものの、よしのとさおりは、修一のことが原因で小学校の頃に仲違いをして以来、ずっと気まずい関係が続いていた。同じ頃、部活動への仮入部期間がスタートし、よしのと千鶴はバスケ部、さおりと佐々はバレー部に入部することに。 二人の間に入り、板ばさみになることの多い佐々も、悩みが尽きない。そんな中さおりは、挨拶を無視したという理由で上級生に目をつけられてしまう。

クラスでは文化祭の準備が始まり、1年3組では多数決の結果、さおりの提案した“男子が女子の役を、女子が男子の役を演じる”ことになる「倒錯劇」が出し物に決定。よしのの勧めで、修一は劇の脚本を書きはじめるが、同じく脚本を書いてきていたさおりと、担任の税所先生の提案で共同脚本作業をすることに。一方、バスケ部の顧問から、ブラジャーをつけてくるように言われたよしのは、自分の身体の変化に戸惑いを隠せずにいた。

文化祭の倒錯劇の脚本作業を進める修一とさおり。だが、二人の気持ちが何となくすれ違い、なかなか作業が進展しない。さおりは修一の脚本を「よしのに女の子として愛されたい修一の願望」だと言う。一方よしのは、ユキさんに教えてもらった下着を買おうと、修一を誘って久々に女装＆男装デートをすることに。さおりに言われ自分の気持ちを自覚した修一は、よしのにその想いを告げようとするのだが…。

夏休みが始まった。修一たちはさおりの家に集まって、みんなで倒錯劇の脚本制作をすることに。そんな中、偶然さおりの家にやって来た文弥の発言で、修一が時々女装をしていることが千鶴たちに知られてしまう。興味津々で修一を質問責めにする千鶴に、怒って帰ってしまうよしの。自分の為に怒ってくれたよしのの気持ちが嬉しい修一は、よしのへの気持ちに、今度こそひとつの区切りをつけられそうな気がして…。

いよいよ待ちに待った文化祭の当日。修一たちのクラスは劇の準備に大忙し。ジュリエットに扮した誠は、ロミオの衣装を見事に着こなすさおりに対して、自分に自信が持てずにいた。本番が刻一刻と迫る中、緊張を紛らわすためにみんなでお化け屋敷に入ったり、人気モデルの麻衣子ちゃんが来ていることが分かって大騒ぎになったり、ユキさんやしーちゃんも見学に来たりと、賑わいを見せる文化祭。そして、ついに1年3組の倒錯劇『ロミオとジュリエット』の幕が上がって――。

ある朝、修一は鼻の頭にニキビが出来てしまったことに気づく。真穂に「これからどんどん増える」とからかわれ、一日も早く治そうと奮闘する修一だったが、そうこうするうちにまたニキビは増え…。安那にその話をしたのがきっかけで、色々と相談に乗ってもらうことになり、今まで安那に苦手意識を持っていた修一だが、親身になってくれる彼女に、これまでと違う気持ちが芽生え始めていることに気づく。そんな折、修一はさおりと共に、文化祭の倒錯劇での脚本の腕を買われ、演劇部にスカウトされる。

季節は巡り、また春がやってきた。修一たちも2年生に進級し、ずっと学校を休んでいたさおりも久しぶりに登校してくるように。喜ぶ一同だったが、新学期早々のクラス替えで、修一は小学校の時に嫌がらせをしてきた土居と同じクラスになってしまう。一方よしのは、今回もツメエリで登校してきた千鶴に触発され、新たな一歩を踏み出す決意をする。そんな折、真穂から安那と付き合うなら女装するのをやめるように言われた修一は、悩んだ末、安那に「女の子の恰好をするのが好き」だと打ち明ける。

ついに男子の制服を着て登校することに決めたよしのは、周りからの反応に照れながらも、どこかふっ切れた気持ちになる。そんなよしのを、密かに羨ましく思う修一で…。 同じころ、修一はユキさんに一目ぼれした土居からの頼みを断り切れず、土居をユキさんに会わせることに。ユキさんが元・男だということを知った土居は驚くが、同時に、修一が女装したらどうなるのかと興味を持つようになる。その翌日、修一は土居に、女装した姿を見せて欲しいと言われて…。

セーラー服を着て登校して以来、学校に行けなくなってしまった修一。真穂も登校拒否になってしまい、修一は自分の行動に責任を感じてしまう。よしのから手紙をもらった修一はようやく登校する決心をするが、クラスメイトには女装のことでからかわれ、土居からも心ない言葉をかけられて、教室に入れず保健室登校になってしまう。そんな折、文化祭の出し物で修一のクラスは「倒錯劇」をやることになり…。

文化祭の倒錯劇の脚本を担当することになった修一は、保健室登校を続けながらも、劇の練習に顔を出すようになる。土居は修一の脚本にアドリブを足してアレンジするが、それが意外に好評で、修一は思い切って土居に脚本制作を手伝ってほしいとお願いする。一方さおりは、久しぶりに修一とよしのを自宅に招き、小学生の頃のように女の子の服を着てみないかと誘う。あの頃には戻れないけれど、それでも……。修一はさおりのワンピースを見つめながら、ぼんやりとそんなことを考える。 そしていよいよ、文化祭の日がやってくる。