陽気な賞金稼ぎの青年ファバロは、実直な騎士カイザルに追われていた。カイザルを煙に巻きながら、いつものように賞金のかかった荒くれ者退治に向かう。時を同じく空から一人の少女が落ちてくる。 少女の名はアーミラ。謎の少女アーミラは酒場で極北の地「ヘルヘイム」への近道を知ると豪語していたファバロを見つけ、道案内を頼むが……。

悪魔の尻尾が生えてしまったファバロ。それは、ヘルヘイムへの近道を教えてもらう代わりにとアーミラがした口づけ、つまりは契約の魔法のせいだった。近道を教えれば、その魔法を解くと言うアーミラ。近道など知らないファバロは、アーミラの隙を狙って元の体を取り戻そうとするのだが……。

ネブルビルにやってきたファバロとアーミラ。アーミラはファバロに、たったひとりで聖域から神の鍵を奪ったことを話す。一方、霧の森で行き倒れたカイザル。目覚めた部屋の中には、リタという名のひとりの少女がいた。

バッカスの「ヘルヘイムに行く船がある」という言葉を頼りに、ファバロはアーミラと共にセレファレス号に乗り込む。その船の船長をしていたのは、ファバロの父親の友人、アモンであった。一方カイザルは、リタと共にファバロを追うのだが……。

アーミラと、彼女をかばったカイザルは、堕天使アザゼルに捕まってしまう。誰の命令で神の鍵を奪ったのか、アーミラを詰問するアザゼル。かばおうとするカイザルにアザゼルは、アーミラがしでかしたことを教えてやるという。一方、ファバロとリタは二人を取り戻しにアザゼルの城に向かうのだが……。

アザゼルの城から逃れたファバロたち。しかし、ジャンヌ・ダルク率いる騎士団に捕えられてしまう。シャリオス王の前に引きずり出された彼らは、死罪になるかと思われたが……。

軟禁されたアーミラとともに、アナティ城に留まることになったファバロとカイザル。そこへアザゼル、パズズたち魔属の大群が神の鍵を奪いに襲撃してくる。ジャンヌたち騎士団が戦闘態勢に入る一方、アーミラは空腹を訴えて城の食糧を貪っていた。

アザゼルはファバロたちによって倒された。その頃、アーミラは夢を見ていた。とある人物から、特別な存在だと告げられるアーミラ。一方ファバロとカイザルは、ジャンヌの計らいで騎士の称号を与えられるのだが――。

ファバロとアーミラはアナティを後にし、ブロドシアへと向かっていた。一方カイザルはラヴァレイから、アーミラを追いかけ導くようにと頼まれる。その頃アナティでは、ジャンヌがシャリオス王によって魔女の汚名を着せられ、捕えられていた。

シャリオス王の手により、ジャンヌは魔女として火あぶりの刑に処されようとしていた。それを止めようとする民衆は、容赦なく騎士に切り捨てられる。罪なき民が傷つくことに涙するジャンヌ。一方、ファバロ、カイザル、アーミラは、アーミラの母親を探してブロドシアへと向かっていた。そこへ激しい地割れが起き――。

マルチネの手によりファバロはダークファバロと化し、神魔の鍵と融合したアーミラは、ベルゼビュートの手中に落ちてしまう。一方、リタとバッカス、アザゼルを乗せた馬車は、バハムートの眠る聖地エイボスへと向かっていた。

神魔の鍵と融合したアーミラを取り込み、バハムートが復活の咆哮をあげる。世界が破滅へと向かう中、不敵な笑みを浮かべるもの、運命に抗おうとするもの、様々な想いが交錯する。そんな彼らの想いをよそに、ひとつの終わりが訪れようとしていた。