紅婦人との戦いを制し、惑星サン・ジュエルを後にしたシキたちはヴァルキリーの死を受け止め、旅を続ける。エーテルギア”リーパー”の力が目覚めて得意気なレベッカは、エデンの湯でのぼせてしまい不思議な夢を見る。レベッカが気を失っている間にシキたちはエデンズゼロをつけ狙うドラッケン・ジョーのいる巨大都市型戦艦ベリアル・ゴアへの潜入を試みる。

ベリアル・ゴアへの潜入は成功したかと思われたがシキたちの動きはドラッケン・ジョーに筒抜けで、逆にエデンズゼロにドラッケンの手下の侵入を許してしまう――！艦内に残されたレベッカ、ハッピー、モスコと四煌星3人は侵入者と対峙する。その頃、ドラッケン・ジョーはシキたちの討伐にドラッケン特殊部隊エレメント4を出動させた。シキたちの前にエレメント4の一人が立ちはだかる――。

ウィッチの活躍により、エデンズゼロ内の侵入者は排除。いっぽうのベリアル・ゴア内ではアーセナルを装着し、ドラッケン特殊部隊エレメント4水の精霊ラグナと戦うワイズ、しかしラグナの水を操る多彩な攻撃の前になかなか形勢を上回れずにいた。ハーミットからのアドバイスで反転攻勢にでるアーセナル――。しかし、そこにはもう一人のエレメント4の手が忍び寄っていた。

負傷したワイズを治療するため、薬を届けにベリアル・ゴアへ入ったレベッカとハッピーだが風のエレメント、シルフに見つかり捕えられてしまう。そして目が覚めた部屋にいたのはドラッケン・ジョー。レベッカからの通信を受け搬入口へ向かったシキ、ホムラ、ピーノ、だがそこにレベッカの姿は無く、エレメント4風のシルフと”ある以外な人物”に遭遇する。

一刻も早くワイズに薬を届けたいが、立ちはだかる風のシルフとその補佐となったジンの風攻撃の前に苦戦するシキとホムラ。ジンは惑星ギルストで会った時よりもパワーアップしていた。いっぽう、ラビリアの拘束を解こうとしたレベッカの前にエレメント4、土のダイチが現れレベッカを拘束する……一方、激闘を続けるシキとジン、二人の前に現れたのは――。

奮闘も叶わずシキたちは全員捕えられ、シキは絶命する――。絶望的な状況でレベッカはドラッケン・ジョーに隔離された。シキのいない世界のはじまり。少しでも気を取り直そうとレベッカは隔離部屋のシャワーを浴び頭の中で情報を整理する。「みんなに会いたい……」感情を抑えきれず涙を流すレベッカの体に異変が起こる――。

エーテルギア”キャットリーパー”の力が発動し、ベリアル・ゴア潜入作戦前にタイムリープしてきたレベッカの話を聞いたシキはベリアル・ゴアに真っ向から突入する！改めてエレメント4と対峙するのは、ホムラも加わった魔王四煌星。4VS４のバトルが始まる！いっぽうドラッケンのアジトに辿り着いたシキたちの前に「レベッカに伝えたいことがある」とマスターノアが現れる。

バトルドレスに換装し、エレメント4炎の狙撃手ファイを見事に撃退したハーミット。シスターは土のダイチ、ホムラは風のシルフ、ウィッチは水のラグナと揃って闘いを繰り広げる。いっぽうシキたちはドラッケンのアジトを突き進む。そこへ老シビルが現れ、ワイズとシビルの間にあった過去と、ドラッケン・ジョーとの関わりを語る。

ドラッケン・ジョーの秘密の手がかりを掴んだシキたち。次の行動への作戦会議をしているとラビリアの様子が何やらおかしい…。その正体はホムラのみが姿を知るあの人物だった！そこへ突然、エーテル反応を感知したドラッケン・ジョーが現れる。シキVSドラッケンの真っ向勝負がいよいよ始まる！

激闘を続けるシキとドラッケン。ドラッケンはオーバードライブを発動させシキを圧倒しにかかる――。そこへ突如として現れたアーセナル！生命維持装置の真実を知ったワイズは怒りのままにドラッケンに襲い掛かる。いっぽうハーミットはジンの協力もあり、生命維持装置のハッキングに成功。ドラッケンのエネルギーを逆流させるが……

「お前はもう十分生きただろ、そろそろ眠るんだ」オーバードライブに達したシキによって倒されたドラッケン・ジョー。だが、ワイズの怒りはおさまらず絶命寸前のドラッケンを見下ろして銃口を向ける。シキは駆けつけた仲間たちの無事な姿を見て安堵の涙を流す――。その後、シビルとの過去の因縁にけじめをつけるワイズ。そして、エデンズゼロはマスターノアのいる惑星ブルーガーデンへと向かう。

宇宙の母マザーを目指して外宇宙へと旅立つ前に、シキの希望でグランベルを訪れたエデンズゼロ。そこでシキたちは思いがけない再会をする。魔王ジギーは生きていた！しかし、再会したジギーは以前とは変わり果てた考えを持っていた……困惑するシキと四煌星を前に、自らの目的を宣言するジギー。

戦艦エデンズワンのエデンズゼロを遥かに凌ぐ性能とコナーの操舵技術によって追い詰められるエデンズゼロ。まもなく撃墜される寸前で宇宙海賊エルシー・クリムゾンに助けられたシキたち。エルシーの介入によってエデンズワンは戦闘を離脱した――。戦闘後、エルシーはエデンズゼロ艦内に入り昔、ジギーに頼まれたことについてシキに話す。

ドラゴンフォールを突破し、銀河六魔将の一人、ポセイドン・ネロの支配する葵宇宙へと辿り着いたシキたちは、ウィッチの提案で炎の惑星レッドケイブへ辿り着いた。だが、そこは水のエーテルに満ち溢れ、海に覆われた「炎の惑星」とは思えない環境であった。海でしばしの休息を楽しむエデンズゼロのクルーたちは海底に沈む町を発見する――。

マザーのレリーフのあしらわれた神殿の中で、シキたちは守り人ナディアと出会う。神殿の奥にマザーへの手掛かりがあることをナディアから聞いたシキたちは最深部へ道を進むが、そこは灼熱の洞窟だった…炎に行く手を阻まれ引き返すシキたち。様子をモニタリングしていたウィッチは”ある策”を思いつき惑星ブルーガーデンへと向かった。

ウィッチがブルーガーデンから連れてきたのは元ドラッケン・ジョーの部下ラグナだった！ラグナの協力でマザーへの手掛かりを得たシキたちはレッドケイブを発ち、緑の惑星フォレスタを目指す――。一方、スカルフェアリー号で葵宇宙を航行中のエルシー海賊団は星系連盟軍ジャスティスの追跡を受ける。

フォレスタへ到着したシキたち、そこはジギーの手によってロボットたちが人間を支配していた。カウチポと再会するも大勢のロボットたちに見つかり追われてしまう。一体の正常なロボットに出会い、シキたちは助けを求められるが、シキの目の前でポセイドン・ネロ遊撃隊獣王＜ビースト＞モラに狙撃され破壊される……

ポセイドン・ネロ遊撃隊獣王＜ビースト＞オークと対決するシキ。オークはネロの命令によりジギーによって支配されたこの星の浄化任務中だとシキに告げる。レベッカはブリトニー、ホムラはモラとそれぞれ対峙する。一方、シキたちに続いてフォレスタへ降り立ったエルシー海賊団もロボットたちに襲われるが、エルシーの”七星剣＜グランシャリオ＞”で撃退する。その強力なエーテル反応を感知したジャスティスはエルシーを捕らえに向かう。

ブリトニーとの戦闘で苦戦を強いられ町に戻ってきてしまったレベッカはブリトニーを倒す方法を思い付き、巻き返しをはかる。その頃、フォレスタ宙域ではロボットたちをおかしくしたウイルスの発信源である巨大衛星サーバーを破壊するため、ワイズとハーミットはサーバー内部へと侵入する。そこで待っていたのはハーミットにとっては忘れられない人物だった……

星系連盟軍ジャスティス、ビクトリー、クリードに遭遇したシキとホムラ。彼らはシキのエーテルが「魔王」だと確認すると二人に敵意を向ける。ジャスティスの圧倒的な力の前に成す術もなく倒れるシキ。絶体絶命のピンチにエルシーが駆け付ける――。一方、衛星サーバー内部のワイズとハーミットはハーミットが人間不信に陥った元凶であり、オーテックと化したミュラー博士と対峙していた。

過去にけりをつけるため、死闘を繰り広げるエルシーとジャスティス。互いのエーテルがぶつかり合うその瞬間、シキの前に現れた魔械流柔術創始者ゼノリスの”重心”が発動。エルシーとジャスティスも影響を受け互いに重傷を負うも決着はつかず闘いは中断する。自らをジギーの師匠と語るゼノリスに驚くシキ……

ミュラー博士を倒したワイズとハーミット。フォレスタを脱出しエデンズゼロに戻ってきたシキたちはエルシーと通信し互いの無事を確認する。ウィッチは親友を失ったフォレスタの少女アルナに優しい言葉をかけ抱きしめる。シスターの治療によって笑顔を取り戻したクリーネ。ジンはその笑顔を見て涙する――。

ゼノリスによる拘束下でのエーテル低下克服VR訓練、”緊縛訓練”を受けるシキたち。訓練中に突然ジギーが姿を現し、レベッカを重力で痛めつける。怒ったシキは拘束を解いてジギーに襲い掛かる！しかし、それはゼノリスがわざと見せた映像だった。どんどん厳しさを増すゼノリスの修行に音を上げるシキたち。

ネロの息子、ポセイドン・シュラは葵宇宙の民の前で「全ての機械を抹消するジャッジメント・デイを開始する！」と高らかに宣言。シキたちはシュラを止めることを決断する。ラグナはシキの本気の意思を確認し「砂の惑星サンドラに手を貸してくれそうなやつがいる」と告げる。サンドラに入ったシキたちはポセイドン・ネロに立ち向かう組織の元を訪れる。

シキたちがグッドウィン率いる反乱軍オアシスを訪れ共闘を申し入れていると突然、帝国軍の襲撃を受ける。大規模な戦闘に突入し、共に応戦するシキたちとオアシス。帝国軍にはフォレスタで相対したオークも帯同、機械を抹殺するためのとんでもない作戦を決行しようとしていた……。