野上良太郎はとにかく運がない。彼は生まれてこのかた、幸運というものに出会ったことがなかった。ある日、彼は出会ってしまう。未来からの侵略者イマジンと……そして、時空を超える列車・デンライナーと。人類の運命は、世界で最も運のない少年の手に握られた。それは、彼にとって人生最大の不幸か、それとも幸運か？

変身し、“電王”となった良太郎。だが、彼に憑りついたイマジンの助けがなければ、勝利はおぼつかなかった。彼らは未来からの侵略者。良太郎の心のイメージを借りて、『桃太郎』の赤鬼の姿となったイマジン。何を考えているのか。それとも何も考えていないのか？　そして、その正体は……。

電王として戦う決意を固めた良太郎だったが、慣れない戦いに疲労困憊。そんな彼が倒れたスキに、モモタロスが憑りついては、勝手に体を使う。山越佑という売れないミュージシャンは、借金を重ね、盗みにまで手を染めてるヤバイ男。そんな山越に手を貸してしまったことから、良太郎とモモタロスが裏の世界に?!

結局、ドロボーの手助けをしているモモタロスに、さすがの良太郎も許せず、モモタロスと縁を切ろうとする。カメレオンイマジンは、「死ぬほどの金がほしい」という山越の望みを、着々とかなえていく。またしても過去にジャンプするイマジン。だが、モモタロスの力を借りずに戦う決意を固めた良太郎は……。

サッカー少年・大輝ともども、入院の憂き目にあった良太郎。でも、なんだか良太郎の様子が違う?!　すでに第2のイマジンに憑りつかれつつある良太郎。いったいどこまで不運なのか。良太郎の体をめぐり、先住権を主張するモモタロスとの間でバトルが始まる。そうするうち、別のイマジンが大輝と契約。その契約とは？

千の偽り・万の嘘。ウラタロスの言葉に、一片でも真実は含まれているのか？　チケットなしでデンライナーに乗車する彼に、オーナーは下車を促す。良太郎にゆだねられる選択。ウラタロスを時のはざまに追放するのか。それとも信用ゼロの彼を受け入れるのか。ウラタロスはもう一つの選択をする。サギ師の誇りにかけて……。

ある朝、見知らぬ女性の部屋で目覚めた良太郎。ウラタロスがモモタロスの目を盗んでは、良太郎の体を借りて遊び歩いていたのだ。あわてて部屋を飛び出す良太郎だったが、その姿を目撃した男、女性の“元”亭主・友也はジェラシーに燃えてミルクディッパーに突撃！　しかも彼の腹には、不穏な物体が……。

クロウイマジンの契約者・優美。イマジンの行動原理は？　彼女は何を望んだのか？　優美に真相を聞きただそうとする良太郎に、つぎつぎと襲いかかる不運の嵐。そして、ミルクディッパーを占拠した彼女の“元・夫”友也の身にも変化が！　優美を、そして姉・愛理を守るため、良太郎の戦いが始まる。

良太郎が出会ったのは、イマジンが憑りついた青年・本条。モモタロスの力でも、本条のパワーにはかなわない。「俺の強さは……泣けるで！」と言う。最近、空手家がつぎつぎと襲われている事件は、彼の仕業か？　自他ともに認める最強イマジンに、どう立ち向かう、電王！

クマ型のイマジンが憑りついた本条は、空手大会の決勝戦の最中に倒れた選手。その本条を徹底マークするハナ。イマジンを激しく憎んでやまない彼女は、いったい何を背負っているのか。トップ争いをつづけてきた選手が、イマジンと契約してまで望んだもの……。その向こうに、かたくなに秘めてきたハナの秘密が明かされる！

キンタロスを体に受け入れた良太郎。イマジンを3体背負っては、さすがの彼にも荷が重い。そんな良太郎に追いすがった少女カスミ。“カスミ草の人”に陰ながら見守ってもらったおかげで、ジュニアモデルとしてトップに立てたという。その彼女の身の回りに、不審な事件が頻発。イマジンの仕業か、それとも……。

カスミをイマジンに襲わせていた契約者は、彼女の父・謙作?!　イマジンにとどめを刺そうとした電王の手が鈍る。「親父さんの思いを確かめるんや」と、キンタロスの暴走が始まる。彼の思いを乗せて、走る、走る良太郎！　だが、それは時の運行を変えること。デンライナーのルールを破る、禁じられた行為……。

良太郎の奇行を、“悪霊”のせいと決めつけてやまないスーパーカウンセラー・三浦。催眠治療を試みる彼。当たらずとも遠からず。一面の真実を言い当ててはいるのだが……。良太郎の心の底には、深く潜伏していた第4のイマジンの影が！　しかし三浦の催眠は、期せずして思わぬ人物の記憶を覚醒させることに?!

その姿を現した第4の憑依イマジン・リュウタロス。いつの間に良太郎に憑いていたのか。彼の憑依力には、モモたちも太刀打ちできない。良太郎の抹殺が目的だというリュウタロス。また、失われた記憶に導かれて去った愛理。彼女の行程はどこへ……。

強盗事件に巻きこまれた良太郎。人質にされ、銭湯に立てこもるハメに……。一方、外ではホエールイマジンが出没。イマジン退治と、篭城事件。どっちも解決しなければならない良太郎は、さあ、どうする、どうなる！

ひょんなことから銭湯に立てこもるハメになった一同。篭城事件2日目を迎え、関係者一同、疲労の色も濃い。警察に追われているために、篭城しつづけざるをえない袴田。その冤罪事件のカギを握るのは、かつての上司である火口社長だが、リュウタロスは彼を抹殺すれば事件は解決すると思い込んでしまった。

4イマジンを背負い、疲労困憊の良太郎。そして、リストラを宣言するハナ。誰がいちばん良太郎の役に立つか?!　モモタロスたち、イマジンのサバイバルレースが始まる。一方、良太郎の元級友・沢田由香がイギリスから帰ってきた。良太郎にとって、探られたくない過去を知る彼女が、イマジンと契約してしまい……。

敵イマジンを追って飛んだ2004年で、思いも寄らぬ人物を目撃した良太郎。衝撃を受けた彼は、そのまま過去の時間の中に失踪した。そして、敵イマジンもまた……。一方、良太郎のために、4イマジンの誰かをリストラしなければならない。憑依イマジンそれぞれが出した答えとは?!

「桜井侑斗だ」と名乗ったその少年。1月に忽然と姿を消した、姉・愛理の婚約者と同姓同名。しかし、年令が合わない上に、優しく夢のあった彼とは、性格もまったく違う！　「野上、時の運行守るってのは、人助けとは違うんだよ」と言う、電王とは別の、時の列車の乗り手、それは……。

ゼロライナーで時を駆ける少年、“桜井侑斗”。時間とともに消滅したはずのゼロライナーが、なぜ存在しているのか？　「なんで、野上みたいなヤツが電王やってんだ」と、うそぶく侑斗が見せる変身は?!　最初に言っておく。俺はかーなーり強い！

桜井侑斗は、ゼロノスに変身を遂げた。もしも彼が桜井侑斗本人ならば、彼が将来、野上愛理の婚約者になるということ。もつれにもつれた時間の糸。そのことを、「愛理は侑斗が好き」と単純に理解してしまったリュウタロス。リュウタロスと侑斗の壮絶なバトルが始まる。しかし、無敵のゼロノスには重大な制約が……。

ゼロノスとガンフォームの激闘！　さすがに侑斗もカンカン。ゼロライナーのことを話してほしいというハナの懇願にも、聞く耳を持たない。一方、トータスイマジンの契約者のもとへ派遣されたのは、ウラタロスとキンタロス。砂形態でしか外に出られない彼らは、チケット一枚持てない。いったいどんな方法で？

デンライナーに、無賃乗車客が大量に発覚。犬に猫、イマジン、そして赤ちゃん?!　可愛いもの好きのリュウタロスがこっそり集めていたのだが、ひとつだけ可愛くないのが、白鳥のイマジン・ジーク。いきなり「主」きどりでモモタロスたちをお供扱いするジークは、母を探せと華麗に家臣に指令するのだが……。

良太郎が誘拐犯?!　取り調べに耐えられない良太郎を、かわるがわるフォローしようとするモモタロスたち。だが、どうもピントがズレまくり。一方、ハナの鉄拳で「主の心得」にめざめたジークは……。そのジークも、まだ気づいていなかった。自分がこの世界から消滅しつつあることを。

良太郎連続拉致事件?!　良太郎の証言によると、夜な夜な侑斗＆デネブがその身柄をさらっていくのだという。しかも、ウラタロスたちも荷担しているとか。しかし、一同に身に覚えはない。いったい何が起こっているのか？　一方、イマジンによる事件が勃発。カードを消費したくない侑斗は、良太郎を頼みにするのだが……。

良太郎の目の前に広がる恐竜時代、戦国時代。そして謎の列車……。ワケのわからぬまま各時代を引きずり回され、ほうほうの体でデンライナーに戻った良太郎。それも侑斗のせいだというのだが、当の侑斗は、敵前逃亡した良太郎に怒りをぶつける。スパイダーイマジンの分裂体を追い、契約者を張り込む2人だったが……。

ミルクディッパーに泥棒が入った。何も盗らずに逃げ出した2人の目的は何か？　さらに、3匹の謎の着ぐるみまで現れて、店は大混乱。しかし甘い見かけとはうらはらに、事態は深刻の度を深めていく。泥棒2人に憑りついたイマジンが良太郎と侑斗を翻弄し、大いなる罠へと誘い込む。カウントダウンはすでに始まっていた。

そして迎えた、8月4日。牙王のめぐらせた陰謀にハメられ、デンライナーはハイジャックされ、良太郎は九死に一生の大冒険をした。それを救ったのは、侑斗が時を超えて集めて回った、良太郎たちの活躍だった。だが、それはイマジンと契約者との契約という、デリケートな関係に抵触する行為。ウラタロスたちが消える?!

勢いあまって誕生してしまったクライマックスフォーム。良太郎に4体が一気に憑りつく、“イマジンてんこ盛り”状態だ。良太郎の負担もハンパではない。そして、もう一度イマジンたちの心をひとつにしようと彼が選んだのは、町内肝試し大会?!　一方、ゼロノスのカードは、いつの間にかあと2枚となっていた。

ゼロノスのカードは、あと1枚。ムダにカードを消費させてしまった責任を感じたデネブは家出し、良太郎のもとへ。しかし当の良太郎は、姉の愛理と大ゲンカ中。もう夏も終わろうとしているのに、なかなか心をひとつにできない一同。そんな中で、クライマックスフォームに至る新技は編み出されるのか!?

ミルク・ディッパーを差し押さえた男、藤代裕也。“愛理の婚約者”を標榜する彼は、桜井侑斗が失踪した一件を知っているのか?!　そして、藤代のもとに下った愛理を助けに走るのは、若き桜井侑斗。だが、ゼロノスに変身するカードは、あと1枚。良太郎と、そして侑斗を待ち受ける最強の罠！

イマジンに憑りつかれた藤代裕也に拉致された愛理。走る良太郎、そして侑斗。だが、ゼロノスのカードは残りあと1枚。カードは、何のためにあるのか？　最強の敵を迎え、最後の変身に挑む侑斗。そして、彼がライダーに変身するための本当の代償とは……。

デンライナーが走る、時のはざまに、突如発生した新たなる路線。未来への希望か？　一方、街をさまよい歩いてピアノを探しては、見事な演奏で引きこなすふしぎな男。彼がイマジンと契約したことから事件は始まる。契約者を追う良太郎と、ゼロノスに変身できなくなった侑斗。だが、ふたりの前に現れたハナの姿は……。

「ピアノがほしい」と、クラーケンイマジンに望んだという、件のピアニスト。だが、イマジンがピアノをもたらしても、記憶の扉は開かれなかった。彼の本当の望みとは？　良太郎とウラタロスの捜査が始まる。そして、次第に暴かれていく、桜井侑斗との意外な共通点。“時間”と“記憶”との関係に迫ったとき、良太郎は……。

目の前で犠牲者を出してしまったことが、拭いきれない良太郎。強くなりたいと、本気の特訓が始まった。特訓に強力するモモタロスたちだが、武者修行好きのはずのキンタロスは、首をひねる。一方、ゼロライナーの侑斗のもとに現れる、思いがけない闖入者。さらに突きつけられる運命に、侑斗は、デネブは……。

復活を果たしたゼロノス。だが、良太郎は気づきはじめていた。それは過去と現在の“桜井侑斗”が、自分の存在を賭けてのことだと。そして、前回戦ったときに感じた「良太郎と、うまいこと合わせられへんかった」という、キンタロスの違和感。良太郎とモモタロスたちの時間が、離れはじめていた。戦えば、戦うほどに……。

良太郎はひとりで戦っていかなければならない。良太郎とイマジンたちの未来は、分かれはじめていた。一方、別れが迫っているとも知らず、“お姉ちゃん”への思慕を募らせるリュウタロス。良太郎に憑いて踊りまくる彼の前に現れた謎の少年は、彼に、そしてイマジンたちに指令を吹き込んでいた人物なのか。それとも……。

存在しない時間に向かって暴走をはじめた、デンライナーとゼロライナー。リュウタロスを巧みに誘い、その企みを図ったのは、イマジンたちを操る少年カイ。ただただ、愛理への思慕に突き動かされていたリュウタロス。だが、彼も気づかされかけていた。愛理が決して、自分と同じ時間を共有することはないという現実に……。

モモタロスたちと、いつかは別れなければならない。良太郎の戦いのゴールは見えつつあった。強くなるための訓練に余念がない良太郎たちに、容赦なく戦いを仕掛けるカイ。戦いの中で、良太郎の疑念は増していく。なぜ、イマジンたちは過去へ飛ぶのか？　その過去に、かならず“桜井さん”がいるのはなぜか？

イマジンの攻撃に散った、高校生のころの桜井侑斗。時間は書き換わった。侑斗は消えた。そして“桜井侑斗”をめぐる、その後の歴史も……。恋人の失踪というトラウマが消え、愛理も屈託のない笑顔を見せる。それは、良太郎にとっても居心地のいい時間。なのに、もしもそれを覆すとしたら、いったいどんな犠牲が必要に？

ひとりでも多くの人に「桜井侑斗の記憶」を持ってもらおうと奔走するデネブ。一方、良太郎は矛盾に気づきはじめていた。侑斗は、戦えば戦うほど自分に関する記憶を消費し、自らの存在を危うくする。しかし、イマジンたちの狙いが「桜井侑斗」を消すことなのだとしたら、侑斗はイマジンと同じことをやっている?!

「桜井侑斗」が、契約者の願い?!　デネブは、人の記憶からこぼれ落ちていく侑斗のことを、少しでも人に覚えてもらおうとしただけだった。しかし、そうして侑斗を恋した少女が、期せずしてイマジンの契約者に。人とのつながりに希望を持たない侑斗は、少女に興味もなければ、近づくこともためらわない。だが……。

すべての事件のカギは、やはり時を放浪する桜井＝愛理の婚約者が握っているのか？　オーナーは、かねてからの疑いを口にする。それは、桜井の失踪に関しては良太郎の証言しかなく、それが間違っていたらどうなるのかというものだった。一方、良太郎は“イマジンとの戦い”の行き着く先を知る。モモタロスたちが、消える？

一緒には、戦えない。それが、良太郎の出した結論だった。自分が戦うことで、モモタロスたちが消えてしまうなら、その手伝いを彼らにさせるわけにいかない。良太郎の決意は固い。一方、デンライナーに密航したアルマジロイマジンが、時のターミナルへ侵入。巨大なターミナルさえ所狭しと暴れ回る。

良太郎のもとに届けられる、第3の懐中時計。しかも、送り主は良太郎自身。何かが抜け落ちている？　オーナーの指摘が、まざまざと現実として突きつけられつつあった。イマジンの事件で現れたチケットは「2007年1月10日」。それは“桜井さん”が失踪した当日。その日。良太郎と侑斗が見たものは……。

2007年1月10日。その日、起こった大破壊。桜井＝ゼロノスの防戦むなしく、世界は空虚な砂漠と化し、時はイマジンの未来とつながった……。もちろん、そんな過去は存在しない。懐中時計をめぐる矛盾に気づきはじめる良太郎。そして、隠されていた真実を悟るカイ。ふたたび1月10日へ向かった良太郎と侑斗は……。

カイはターゲットを野上愛理に定めた。良太郎も侑斗も、彼女を全力で守っていかなければならない。しかし、つかの間のお正月気分をも楽しむ一同。それは、モモタロスやデネブたちが存在しつづけられる、残り少ない時間でもあるのだから……。そして、キンタロスは一世一代の賭けを打つ。

愛理を襲うカイ。迎え撃つゼロノスとデネブだったが、もうカードは底をついていた。過去と今と未来を手に入れるのは、人間か、イマジンか？　一方、デンライナーはすべてを決する戦いが行なわれている現在へと向かっていたが、イマジンたちと結託したウラタロスに乗っ取られてしまう。

ついに、現在にたどりついたデンライナー。だが、カイはこの時代すべてを破壊しつくすべく、エネルギーを放射しはじめていた。最後の決戦に挑む良太郎とモモタロス。その行く手には、全イマジンが立ちはだかる。侑斗は最後のカードを使い切り、もうゼロノスに変身できない。勝つのは、人間か、イマジンか？