荒れ果てたローマ市内のスペイン広場に、ある日、隕石に擬装したブッドキャリアーが落下した。やがて、市内には１枚の破れた写真を手に人探しをする青年の姿があった。酒場でマフィアの一団をたったひとりで叩きのめした彼こそ、シャイニングガンダムを操るネオジャパン代表のガンダムファイター、ドモン・カッシュであった。それを聞きつけたマフィアのボスであり、ネオイタリア代表のガンダムファイター、ミケロ・チャリオットは、卑劣な手段でドモンに戦いを挑んできた。

ネオアメリカ代表のガンダムファイター、チボデー・クロケットは、スラム街育ちながら、スペースコロニーで夢と栄光を掴んだ英雄であった。ニューヨークに入ったドモンは、早速、彼にガンダムファイトを申し込む。だが、その裏ではアメリカ国防総省が暗躍していた。ドモンに偽りの決戦場所を教え、そこへやって来た彼を待ち伏せして抹殺しようとしていたのだ。そのモビルスーツ部隊に苦戦するドモンに、事情を知ったチボデーが加勢する。彼はフェアな戦いを信条とする男でもあった。

ネオチャイナに入ったドモンは、ネオチャイナ代表のモビルファイター、ドラゴンガンダムを手に入れて暴れまわる黒龍団という盗賊集団と戦っていた。ドモンは、そのドラゴンガンダムとガンダムファイトをするために五台山に向かう。その途中、竹林という少年と旅をすることになるが、黒龍団に捕えられたドモンを救ったのはその竹林であった。黒龍団からドラゴンガンダムを取り返そうとしていた彼こそが、そのガンダムファイター、サイ・サイシーであった。

ネオフランスにやって来たドモンは、代表を務めるガンダムファイター、ジョルジュ・ド・サンドに強引にガンダムファイトを申し込もうとするが、断られる。その夜、彼はマリアルイゼという姫君をならず者たちから助ける。彼女は、自分自身の偽装誘拐を装いジョルジュを誘い出すことを提案し、ドモンもその案に乗ることにする。呼び出されたジョルジュとドモンのガンダムファイトが始まるが、白熱する戦いの最中、ファイトを見守っていたマリアルイゼに向かってエッフェル塔が倒壊していくのだった。

ネオロシアに入ったドモンは、収容所に捕えられ、ガンダムの隠し場所を話せと執拗な尋問を受けていた。ネオロシアはこうして他のガンダムファイターを捕えることで不戦勝を重ね、手に入れたガンダムから最新のテクノロジーを盗んでいたのだ。何度となく脱走を試みるドモンを助けたのは、アルゴ・ガルスキーと名乗る囚人であった。彼とともに脱走に成功したドモンだったが、アルゴは、ネオロシアのモビルファイター、ボルトガンダムのガンダムファイターだったのだ。

眠らされ、ネオジャパンのコロニーに運ばれたドモンは、そこでウルベ少佐らに幻覚を見せられる。それは、兄キョウジが、開発されたばかりのデビルガンダムを奪って地球へ逃走。共犯と見なされた父カッシュ博士は永久冷凍刑に処せられるというものだった。地球に落ちてバラバラになったデビルガンダムが完全復活を遂げる前に捕獲せよ。地球を自由に移動できるガンダムファイトを利用してその使命を果たすことが、ガンダムファイター、ドモンに与えられたもうひとつの使命だったのだ。

キョウジの姿を求めてネオメキシコにやってきたドモンは、ガンダムファイター、チコ・ロドリゲスに襲われ、毒矢を受けて倒れる。実は彼は妹ジーナの病気を治すために軍を脱走しており、ドモンをその追手と誤解したのだ。ジーナたちの家に匿われ、命を助けられたドモンは、いつしかこの兄妹を助けたいを思うようになる。やがてネオメキシコ軍に追われたチコはついにテキーラガンダムに搭乗。逃れるためには闘うしかないと悟ったチコは覚悟を決めて戦うのだった。

ネオカナダ代表のガンダムファイター、アンドリュー・グラハムは、警護ステーションに勤務していた５年前、アルゴ・ガルスキーの海賊船に襲撃され、妻のノーマを失った。アンドリュー・グラハムは、アルゴを倒して妻の復讐を果たすためだけにガンダムファイターとなった男だった。そのアルゴがネオカナダに来ることを知ったアンドリューは、同地にいたドモンから、彼の情報を聞き出そうとする。断られると、彼はレインを人質にするという強行手段に出た。

ネオイングランドに入ったドモンは、ガンダムファイターを務めるチャップマンにキョウジの情報を求め、ポーカー勝負を挑む。それが縁で彼に気に入られたドモンは、彼の屋敷に客人として迎えられる。そこに、チャップマンに敗れたジョルジュが姿を現した。その彼からドモンは驚くべき話を耳にする。過去３回の優勝経験を持つ英雄チャップマンも、今や勝つためには手段を選ばない人間に成り果てている、と。その真偽を確かめるため、ドモンは彼にガンダムファイトを申し込む。

ネオエジプト。ドモンは、そこで今大会で代表を務めているはずのファラオガンダムXIII世が破壊されているのを目撃する。その近くでは、ファラオガンダムIV世とドラゴンガンダムのガンダムファイトが行われていた。ドラゴンガンダムは自己修復機能を持つファラオガンダムIV世に苦戦しつつも、倒すことに成功。だが翌日、その姿は消えていた。次の日、そのガンダムファイター、ダハール・ムハマンドの墓に向かったドモンたちは、彼の死体が棺から消えているのを知る。

ドモンとレインはネオトルコを訪れる。レインはそこで、負傷していた大学時代の友人、セイット・ギュゼルを助ける。彼はネオトルコのガンダムファイターであり、以前デビルガンダムと対戦した時にＤＧ細胞に感染していた。しかも、その影響で凶暴化した際の破壊活動により、警察に追われる身であった。セイットは、自分を助けようと願うレインたちに迷惑をかけるまいと、ミナレットガンダムへ戻るが、そこで再び凶暴化現象に襲われる。ドモンもシャイニングガンダムで出るが……。

ネオジャパンの新宿に入ったドモンたちは、突如デスアーミーという謎のモビルスーツ部隊に襲われる。そこに素手でモビルスーツを倒す謎の男が現れ、ドモンの危機を救った。彼の名はマスター・アジア。クーロンガンダムを操るネオホンコン代表のガンダムファイターであり、前回のガンダムファイト優勝者、そしてドモンの師匠であった。再会を喜ぶドモン。その彼に、マスター・アジアは、ここ新宿を拠点にデビルガンダム軍団と戦っている自分に力を貸してほしいと要請する。

ドモンは、マスター・アジアとともに、デビルガンダムが送り込む軍団と戦いを続けていた。そんなある日、東京タワーから発信されたＳＯＳを確かめるべく、競争という形で現地へ向かうドモンとマスター・アジア。先を急ぐドモンだったが、ＤＧ細胞に感染したチボデー、サイ・サイシー、アルゴらの襲撃を受ける。さらに東京タワーで待っていたのは、同様にＤＧ細胞に感染していたジョルジュだった。４人は人が変わったようになり、ドモンに襲いかかってきた。

再びデスアーミーの軍団が出現したという知らせを受け、ドモンのシャイニングガンダム、マスター・アジアのクーロンガンダムが出撃する。ドモンは軍団の指揮を執っていたジョルジュのガンダムローズと戦うが、ガンダムマックスター、ドラゴンガンダム、ボルトガンダムまで現れ、苦戦。クーロンガンダムが姿を見せたことで戦いは中断されるが、そこへ新宿の地下を調査していたレインが姿を見せた。そしてマスター・アジアこそがデビルガンダムの手先だという衝撃的な言葉を口にする。

突如、ドモンたちの前に現れた４人はシャッフル同盟を名乗った。かつての仲間でありながら、デビルガンダムの手先となった反逆者マスター・アジアを抹殺するのがその使命だという。だがドモンはどうしても彼らに手を貸す気にはなれなかった。マスター・アジアの伝言に従い、彼の待つ東京タワーへ向かうドモン。そこへチボデーら４人も現れた。ドモンは、自らの会得した技を叩きつけることで、マスター・アジアを改心させることに一縷の望みを託し、彼と再び相まみえる。

新宿を大地震が襲い、ドモンやレイン、チボデーらは全員、地下に落下した。バラバラとなりながら地上への出口を求めてさまよい歩く中、レインは孵化直前のデビルガンダムを目撃する。全員がかろうじて脱出した後、都庁の地下からついにデビルガンダムが地上へ姿を現した。その前にはマスターガンダムの姿もあり、戦いを挑んできたドモンたち５人を退ける。そこへ、シュバルツ・ブルーダーと名乗るネオドイツ代表のガンダムファイターと、ガンダムシュピーゲルが現れた。

チボデーらは強大なデビルガンダムと戦うことをあきらめ、再びガンダムファイトへ戻っていった。ただひとり残ったドモンはあくまでもデビルガンダムと戦うことに固執し、シュバルツの制止を振り切ってその後を追う。その行く手に現れたデスアーミーに苦戦するドモンだったが、シュバルツに救われた。ドモンは自分を救ってくれたシュバルツにガンダムファイトを挑むが、完敗。だが、シュバルツは、シャイニングガンダムにとどめを刺すことなく、いずこかとへ去っていった。

ドモンはレインとともに、かつてマスター・アジアと修行を行ったギアナ高地へとやって来た。シャイニングガンダムのスーパーモードを自在に操れるようになるためであった。一方、チボデーギャルズたちは、デビルガンダムとの遭遇以来、自分を見失ってしまったチボデーのために宿命のライバル、ドモンとのファイトを画策。シャイニングガンダムの戦闘データを手に入れるためギアナ高地へ向かう。それを知って後を追ったチボデーは、修行中のドモンを目撃。その気迫に圧倒される。

ギアナ高地で修行を続けるドモンのもとにサイ・サイシーがやってきた。だがどうやらいっしょに修行する気はないらしい。やがて彼は近くにネオロシアのキャンプを発見。アルゴにガンダムファイトを申し込むが、断られてしまう。その後、ドラゴンガンダムがネオロシアのキャンプを襲撃したことがきっかけで、ついにドラゴンガンダムとボルトガンダムによるガンダムファイトが始まる。互角に戦う両者だったが、そこへデスアーミーの軍団が襲いかかってきた。

ジョルジュの執事レイモンドがドモンを訪ね、最近、ジョルジュの戦い方が荒んできていると打ち明ける。デビルガンダムと遭遇したことで、1年前、ガンダムファイターを決める試合で起こった「マルセイユの悲劇」の悪夢が蘇ったのではないかということだった。そんな彼を、ガンダムファイトでを立ち直らせてほしいと依頼しに来たのだ。その頃、「マルセイユの悲劇」を引き起こした張本人ミラボーが、ジョルジュへの恨みを晴らすために脱獄。ミラージュガンダムとともに姿を現す。

ガンダムファイト決勝が目前に迫ったが、チボデーたちはまだギアナ高地にいた。そしてドモンは修行を完成させるため、ただひとり旅に出ていた。まだ迷えるドモンであったが、ガンダムシュピーゲルとの戦いの中で、初めて明鏡止水の境地に達する。そこへデスアーミーの軍団が来襲。ドモンが招聘しようとしたシャイニングガンダムも、デスアーミーの攻撃を受けていた。この攻撃を必死にかわしながら、レインはドモンにシャイニングガンダムを届けようとするのだが……。

マスターガンダムと再び対決するシャイニングガンダム。が、やはりシャイニングガンダムの劣勢は否めず、シュバルツの指示により、チボデーらとネオロシアの戦艦まで退却する。デビルガンダム軍団に包囲されたギアナ高地を突破し、あと２日の間にドモンたちはガンダムファイト決勝開催地＝ネオホンコンへ向かわねばならないのだ。シュバルツの作戦に従い、それぞれの持ち場につくガンダム。そして作戦は功を奏し、デビルガンダム軍団は一網打尽にされたかに見えた。

再び対戦するドモンとマスター・アジア。だがまだ修行の完成していないドモンは劣勢を強いられ、マスター・アジアもまた怒りによるスーパーモードを発動させようと、ドモンをしきりに挑発する。シュバルツは必死にこれを食い止めようとするものの、ドモンはついに怒りの感情でスーパーモードを発動。その隙をマスター・アジアに突かれて絶体絶命を危機に陥る。それを救ったのはシュバルツであったが、ガンダムシュピーゲルは大破。それを見たドモンの中で、ついに何かが目覚めた。

ついにデビルガンダムを倒したドモン。そんな彼の前にネオジャパンから、ガンダムファイト決勝用のゴッドガンダムが送られてきた。決勝まではあと数時間しかない。しかも倒されたはずのマスターガンダムが、最後の抵抗とばかりに襲いかかる。その戦いでシャイニングガンダムはついに作動停止。ドモンは、マスターガンダムの攻撃をかわしてゴッドガンダムへ乗り込む。 だがゴッドガンダムを作動させるには、シャイニングガンダムの戦闘データを移植する必要があった。

ネオホンコンの開会式会場に、世界中のガンダムが集結していく。その中にはファイトに敗れ、再起不能となったはずのミケロとチャップマンの姿もあった。早くも波乱の戦いを予感するドモンを、マスター・アジアと宇宙の覇権を握るネオホンコンのウォンが見つめる。マスターガンダムとゴッドガンダムによる演舞とともに、第13回ガンダムファイト決勝大会が華々しく開幕する。優勝へ闘志を燃やすドモンは、全世界へ決勝リーグ戦全勝を宣言するのであった。

ゴッドガンダムの初戦の相手は、ネオギリシャのゼウスガンダム。新たな機体を得て、勝利を確信するドモンだが、慢心からファイターであるマーキロットとの生身でのファイトに敗れてしまう。自信を失くしたドモンは、ジャンク船に住むハン老人に拾われ、一夜の宿と「ホーロー虫」の喩えを授かった。ファイト当日を迎え、マーキロットの猛攻に苦戦するドモンだが、ハンの話に闘志を取り戻す。新必殺技「爆熱ゴッド・フィンガー」を会得し、ゴッドガンダムでの初陣を勝利で飾った。

ハンの元に身を寄せたドモンは、孫のミン、ホイと買い物に出掛けていたところを、次の対戦相手であるネオインドのシジーマに襲撃される。その様子を目撃したのは、ファイターに憧れる少年、チャン。彼はホイを脅して整備ドッグに侵入し、ゴッドガンダムに無断で乗りこんでしまう。ドモンはチャンを救出するが、右肩を負傷。シジーマもファイト中に怪我をした右肩を執拗に狙う。後悔したチャンの声援に奮起したドモンは、身体をバラバラにされそうな苦悶の中、ある奇策を思いつく。

対戦相手を次々と抹殺し、不戦勝を重ねるネオネパールの暗殺者キラル。彼は次の対戦相手であるドモンの命を狙い、己の両目を奪ったガンダムファイトへの復讐を誓う。キラルが持つ、拳を寄せ付けない長いリーチと、凄まじい精神力を前に、戦い方を見失うドモン。だがシュバルツが現れ、迷うドモンに明鏡止水の境地を思い出させた。死への恐れを乗り越えたドモンは、殺し合いではない真のファイター魂を伝えるべく、爆熱ゴッド・スラッシュでキラルとの一閃勝負に挑む。

遊びに出かけたサイ・サイシーは、街で出逢った少女、セシルに一目惚れしてしまう。本名を隠し、何度もセシルに会いに行くサイ・サイシー。しかし彼女は、次の対戦相手であるネオデンマークのファイター、ハンスの妹だった。ハンスの機体は既にボロボロで、次のファイトに敗れれば強制帰国となる。セシルと離れたくない気持ちから、一度は試合放棄を決めたサイ・サイシーだが、兄を想うセシルの叱咤で戦いを決意。この一戦に全てを賭けたハンスとの、全力のファイトを誓った。

優勝候補であるボルトガンダムが、ネオスウェーデンのノーベルガンダムに48秒で倒された。この番狂わせに各国が騒然とする中、ドモンは偶然立ち寄ったゲームセンターでアレンビーと出会う。互いを次の対戦相手と知った二人は、ガンダムファイトでも善戦を約束。ゴッドガンダムとの戦いで、アレンビーは生まれて初めて拳を交わす楽しさを感じていた。だが勝利に焦るネオスウェーデンのクルーは、強制的にバーサーカー・システムを発動。狂戦士と化したアレンビーの、冷たい拳がドモンを襲う。

相手の動きをコピーする能力を持つ、ネオポルトガルのロマリオ。チボデーは対戦相手となるロマリオと、自分の母を奪ったピエロの姿を重ね、戦意喪失してしまう。心配したチボデーギャルズは、レインに母の思い出の曲を歌ってもらうことで、彼を励ました。ファイト本番でもトラウマを利用され、窮地に追いやられるチボデー。だが今度は、ずっと彼を支えてきたチボデーギャルズの歌声が彼の耳に届いた。再び立ち上がったチボデーは、ロマリオと過去の自分へと、必殺のバーニング・パンチをぶち込む。

ネオホンコンにヘリコプターで運びこまれた謎のコンテナ。その頃、新シャッフル同盟の周りでも、不可解な事故が次々と起こっていた。犯人はネオイタリア代表のミケロと、彼に扇動された敗退ファイター3人。なぜ倒したはずのミケロが、決勝大会に参加できるのか。ドモンは主催者のウォンを問い質すが、答えを知るにはミケロとのファイトに勝つ他は無かった。パワーアップしたミケロの脚技にドモンは翻弄されるが、アレンビーの助言で形勢は逆転。だがその時、爆風の中から大きな鳥のようなガンダムが現れた……。

ドモン同様、チャップマン復活に疑問を抱き、ネオイングランド領事館を訪れるジョルジュ。そこでマリアルイゼが殺人を目撃してしまう。犯人はDG細胞に冒されたチャップマンと「指輪の男」だと証言するが、何故か真相は世間に公表されない。謎を残したまま、ジョルジュはチャップマンとのファイトに挑むが、ミケロの陰謀でマリアルイゼ達が人質にされてしまう。ジョルジュはドモンに助けられ、辛くもファイトに勝利。だがジョンブルガンダムが爆散した煙の中、巨大な機影が浮かび上がる。

ネオホンコン政庁に潜入したシュバルツは、地下に眠るデビルガンダムとキョウジを発見する。だがマスター・アジアに看破され、ウォンはこれをドモンの仕業と思い込む。ドモンをファイトで制裁すべく、ウォンはガラ＆ラセツとのタッグマッチを画策。ドモンは超重力フィールドで動きを封じ込まれ、タッグを組んだアレンビーは二人を相手に苦戦を強いられる。圧倒的不利な状況下で、ドモンとアレンビーの武闘家魂が重なりあい、合体技「爆熱ダブルゴッド・フィンガー」を編み出した。

ドモン制裁に燃えるウォンが仕組んだ次のカードは、なんと新シャッフル同盟4人との連戦。ドモンはファイトを通じて5人の心を束ねるべく、戸惑いつつもこれを承知した。最初の相手であるチボデーは、打倒ドモンを胸に、ギアナ高地で新必殺技「豪熱マシンガン・パンチ」を会得。ファイト本番でチボデーは、目にも留まらぬラッシュでドモンを圧倒し、ドモンもこれを分身殺法ゴッド・シャドウで迎え撃った。熾烈なファイトの中で、互いを永遠のライバルと認め合ったドモンとチボデーは、最後の一撃を己の拳に賭ける。

ガンダムファイト優勝のために、ドモンとのファイト棄権を決めたネオフランス元首。従わなければ国家反逆罪を課せられる状況に、騎士の誇り高きジョルジュは激しく打ちのめされた。失意のうち、ジョルジュはガンダムローズを奪い脱走。国家のためでなく、全てを捨てて己のために戦うと、ドモンに決闘を申し込んだ。新必殺技「ローゼス・ハリケーン」を繰り出し、今までにない気迫で戦うジョルジュ。ドモンとの死力を尽くした戦いぶりを見て、ネオフランス元首の心も揺さぶられる。

ネオチャイナ総帥に謁見し、優勝への決意を新たにするサイ・サイシー。彼はある手紙を読んだ日を境に、心を入れ替えて修行に励んでいた。その手紙とは、亡き父、ロンパイが瑞山と恵雲に遺したもの。少林寺再興への願いと、幼いサイ・サイシーを案ずる心が綴られていた。父の姿を胸に、ファイトに挑むサイ・サイシーだが、激戦の末ドモンに両腕を破壊されてしまう。しかし少林寺最高奥義「真・流星胡蝶剣」で、ドモンの右腕を撃ち砕く。閃光の中、サイ・サイシーは勝利を確信するが……！

再びタッグマッチを仕組まれたドモンとアレンビー。今回の相手は、アルゴと彼に恨みを持つグラハムという異色のコンビであった。ドモンとの決着をつけるべく、アルゴは新技「ガイア・クラッシャー」でリングを分断した。その横で、グラハムはファイトを通じて少しずつアルゴへの疑惑を薄めていく。だがウォンの手によって、アレンビーが突然バーサーカー・モードとなり、ドモンとアルゴの戦いに乱入する。そこでアルゴが見たのは、暴走する彼女を身を挺して止めたグラハムの姿であった。

タッグマッチの末、重症を負ったアレンビーがニセの救護隊によって誘拐されてしまった。ドモンはなぜついて行かなかったとレインを責める。一人アレンビーを探すドモンの前に、風雲再起が現れ、ネオホンコン郊外の島へと彼を導く。そこに居たのはウォンと決裂したマスター・アジア。二人はガンダムヘッドに襲われ、地下水路へと閉じ込められる。一時休戦の中、マスター・アジアは最終奥義「石破天驚拳」をドモンに授けた。敵であるマスター・アジアの行動に戸惑うドモン。その陰で、レインはある決意を固めていた。

レインが去り、再び心を閉ざしたドモンの前に、次の対戦相手であるシュバルツが現れた。そこに居たのは、ネオ・ドイツのクルー服に身を包んだレイン。電流爆破金網時限デスマッチが始まり、シュバルツの卓越した戦闘テクニックに、ゴッドフィンガーに故障を抱えたドモンは大苦戦する。人を信じることの大切さを説かれ、自分の過ちに気付いたドモンは、レインにサポートされ石破天驚拳でシュバルツを撃破。互いの大切さを確かめたドモンとレインだが、救護班に運び出されるシュバルツを見て、その素顔に驚愕するのだった…。

ついに迎えた最終決戦の朝。ドモンはランタオ島での決勝大会へ、レインはシュバルツの入院先へと潜入。彼女はそこで、シュバルツがDG細胞で造られたアンドロイドだと知る。決勝大会ではマスター・アジアを探すドモンの前に、同じくDG細胞に冒されたマーキロットが立ちはだかる。ドモンはパワーアップしたマーキロットを撃破するが、山頂にはデビルガンダムが再生し、その傍らにはマスター・アジア率いる「デビルガンダム四天王」が待ち構えているのであった。

ミカムラ博士とシュバルツから、デビルガンダム強奪事件の真相を知らされ、罪深さに愕然とするレイン。一方ドモンは、四天王の一人であるミケロのガンダムヘブンズソードに行く手を阻まれていた。シャッフル同盟の紋章で異変を感じ、ドモンの元へ駆けつけたアルゴとサイ・サイシー。彼らに戦いを託し、ドモンはデビルガンダムの待つ山頂へと向かう。レインはランタオ島のドモンへ真実を告げるべく、シュバルツを治療しライジングガンダムへと乗り込んだ。

次にドモンを待ち受けていたのは、チャップマンの駆るグランドガンダムであった。チボデーとジョルジュが足止め役となり、ドモンは戦友たちの想いを胸に、再び山頂を目指す。その頃海岸では、レインとシュバルツのガンダムを上陸させるため、バリア突破作戦が行われていた。島全てが戦場と化す中、バーサーカー・システムに操られたアレンビーが現れる。山頂を目前にして、アレンビーの強襲で窮地に陥るドモン。その猛攻を、レインのライジングガンダムが体当たりで阻む。

ついにマスター・アジアと対峙したドモンとシュバルツ。しかし3人もろとも始末せんと、ウォンがデビルガンダムを操る。乱戦の合間、シュバルツはドモンに己の正体を語るが、ドモンはそれでも彼を本当の兄だと信じた。シュバルツはデビルガンダム内部のキョウジを捕らえ、自分ごと討てとドモンに叫ぶ。マスター・アジアの制止を振り切り、慟哭とともに石破天驚拳を放つドモン。シュバルツとキョウジは安らかな笑みを浮かべ、デビルガンダムと共に光の中に消えていった。

ノーベルガンダムがウォルターガンダムへと変貌し、レインのライジングガンダムに牙を剥くアレンビー。海中から海上へと逃れたレインは、暴走するアレンビーの救出のため、バーサー・システム受信機へとライジング・アローの一撃を放つ。また全ての黒幕であったウォンも、ウォルターガンダム撃破に巻き込まれ、爆炎の中にその姿を消した。残る敵は、デビルガンダムを倒され、怒りに燃えるマスター・アジアのみ。 彼の真の目的、それは人類を抹殺し、ファイトで荒廃した地球を再び自然に還すことだった。師の深い悲しみを、ドモンは拳で受け止めんと決意し、ガンダムファイト史上最大の戦いを繰り広げる。

ドモンのガンダムファイト優勝に世界中が沸く一方、ネオジャパン軍はデビルガンダムの残骸を回収。レインはそれらを消滅させるため、父と共に宇宙へと旅立っていた。レインの気持ちを察し、別れを受け入れるドモン。だが瀕死のミカムラ博士から通信が届く。デビルガンダムの生体ユニットにすべく、レインがウルベに拉致されたのだ。彼女の元へ急ぐドモンの前に、復讐に燃えるグレート・ウォンが立ちはだかるが、風雲再起とともに一蹴。レインを救うため、ドモンは大気圏を駆け上っていく。

クーデターを起こし、全世界に宣戦布告をするウルベ。レインを生体ユニットに組み込んだデビルガンダムは脅威のスピードで成長を遂げ、ネオジャパンのコロニー全体を覆うまでに巨大化した。ナスターシャの手配したシャトルで、新シャッフル同盟らも宇宙に上がるが、デビルガンダムの圧倒的な力の前に近づくことすら出来ない。だがコロニー内部に居たミカムラ博士が、命と引き換えにカッシュ博士の冷凍カプセルを射出。デビルガンダム破壊と、レインの救出をドモン達へ託したのだった…。

地球へと触手を伸ばすデビルガンダムに対し、世界中のファイターたちはガンダム連合を結成。キラルを先陣とした彼らの奮闘と、目覚めたカッシュ博士の助言に導かれ、ドモン達はついにデビルガンダムの動力炉へと到達した。動力炉の正体は、ウルベ自らが搭乗する合体四天王グランドマスターガンダム。石破天驚拳も効かない強敵だが、ドモンは師匠や家族の声に支えられ、5人の勇気と絆を結集させた技「シャッフル同盟拳」を放つ。不気味な笑みを浮かべたまま、ウルベの肉体は灰燼と化した。

ウルベ亡き後もなお再生し、地球を食らうデビルガンダムとグランドマスターガンダムを前に、人類の全戦力が殲滅されるのも時間の問題であった。ドモンはついに中枢部でレインを見つけるが、デビルガンダム最終形態となった彼女はドモンを拒み、攻撃する。ドモンの家族を奪った父と自分の罪深さに、レインは心を閉ざしたまま生体ユニットと化していたのだ。1年間の戦いの末に辿り着いた、最後の敵がレイン。この残酷過ぎる現実に、ドモンは絶望の淵に落とされるのだった…。