風都。大小の風車がところどころで回る“風の街”。亜樹子は、父の営む探偵事務所を畳むべく、この街に来た。だが、事務所で会ったのは父ではなく、ハードボイルドを気取ったカッコつけ青年・左翔太郎だった。翔太郎の探偵の仕事に同行した亜樹子はこの街・風都の真実を知ることになる。

ようやく探し出した真理奈の恋人・陽介はマグマ・ドーパントになっていた。翔太郎とフィリップはダブルに変身、マグマのガイアメモリをブレイクしたが、突如現れた謎の巨大怪物が陽介をさらっていった！直後、陽介は遺体で発見される。翔太郎は、悲しみにくれる真里奈に犯人を見つけることを誓った。

ラジオの都市伝説コーナーで紹介された幻のカジノの噂。掛け金０から一夜にして大金を手に入れられるという天国のカジノ「ミリオンコロッセオ」が、風都にあるというのだ。興味を持つフィリップ。信じない翔太郎。そこにミリオンコロッセオにはまって、おかしくなってしまった娘を調べてほしいという依頼が舞い込んだ！

全ての知識を手に入れられるフィリップが唯一知ることの出来ないもの、それは自分の過去。フィリップは「我が家」というキーワードをインプットすると、機能が“止まって”しまうのだった。 その時、ミリオンコロッセオに潜入した亜樹子から連絡が！フィリップ絶不調の中、ダブルは勝ちを掴めるのか？

第二風都タワー建設を推進する市議・楠原みやびが狙われている。みやびは子連れのパフォーマンスで政策をアピール中で、危険にも関わらず、娘あすかを連れ歩いている。護衛を依頼されていた翔太郎は、物陰でライダーに変身し、銃弾の嵐から母娘を救った。その時、あすかがダブルに言う。「パパ！来てくれたのね…パパ！」

死んだはずのパパは、街の平和を守る仮面の騎士となった。パパがくれた人形を握って祈っていれば、危険な時も必ずやってきて助けてくれる。母のついたそんな嘘を、少女はずっと信じていた。ハーフボイルドな翔太郎はそんな嘘につきあっていくのか？一方、フィリップは第２風都タワー建設候補地に隠された謎を追う！

地球の本棚で、鍵がかかって閲覧できない本を見つけたフィリップ。開けない情報、それはヘブンズトルネードという名のストリートダンスの技らしい。「このままじゃ夜も眠れない」。組織から狙われているから不用意に出歩くな、という翔太郎の忠告も聞かずに、フィリップは外へ出ていってしまう。

俊敏な動きで襲いかかるコックローチ・ドーパント。ダブルからルナとトリガーのメモリに続き、ヒートとメタルのメモリも奪って行ってしまった！見つけ出して取り返すと息巻く翔太郎だが、フィリップはヘブンズトルネードを見ることにしか興味がない。仕方なく翔太郎はフィリップの検索無しでコックローチに迫ることにした。

パティシエたちの連続失踪事件の被害者家族たちが大挙して探偵事務所を訪れた。行方不明のパティシエたちは皆、ある屋敷にゲストとして招かれたことがあるという。早速、亜樹子はそのお屋敷にメイドとして潜り込んだ！だが、彼らはその屋敷がどんな恐ろしいところなのか知らなかった。そこは、あの「園咲家」だったのだ！

園咲琉兵衛が変身したテラードーパント。Ｗは敵の根源を見る。一方、亜樹子は依頼者である麻衣を危険に晒した責任を感じ、翔太郎にも素直に謝る。お父さんをぼんやりとしか覚えていないから翔太郎くんのことがうらやましかったのかもしれない、と言う亜樹子に、翔太郎は「おやっさん＝鳴海荘吉」の話をする。

ある夜、鳴海探偵事務所に「命を狙われている、助けてくれ」という電話が飛び込んできた。指定場所に行った翔太郎は、霧の中から現れた黒い外車が依頼者・青木に襲い掛かり、その体を幻のように擦り抜けるのを見た。直後、青木は絶名。検死報告によると青木には車に轢かれた後はなく、ウィルスに感染して死んだという。

雨の日の交通事故。ストリートギャングの黒須たち四人の乗った車にひき逃げされた山村幸は今も病院で昏睡状態であった。弟・康平は黒須たちを激しく憎み、やがて怪物車が次々と黒須たちを襲った。だが、康平はドーパントではなかった。バイラス・ドーパントに対峙し、翔太郎は思う。まだ泣いている気がする、と。

風都の人気ラジオ番組「園咲若菜のヒーリングプリンセス」。翔太郎もフィリップも熱心なリスナーだ。だがその日、生放送を聴いていると、電リクのコーナーで怪しい電話がかかってきた。電話の相手は、若菜の答えにちなんだ「悪事」を決行する危険なストーカーだった！ウインドウェーブに駆けつける翔太郎だが…！？

球体化したバイオレンス・ドーパントが直撃！クレイドール・ドーパントは粉々になった。若菜の運命は？一方、フィリップは気になっていた。ダブルがクレイドール・ドーパントの手を掴んだ時、若菜との扉越しの握手の感触がフラッシュバックしたのだ。「でも多分……気のせいだと思う」と言うフィリップだが…。

その日やってきた美人銀行員からの依頼は、「仮面ライダーを探して欲しい」というもの。翔太郎も亜樹子も超簡単な依頼だ♪と高を括っていたら、悪の権化・仮面ライダーを告発したい、とのことでビックリ。なんとライダーが銀行を襲って現金を奪ったというのだ！俺たちの偽物が現れた！？

フィリップを「運命の子、来人（らいと）」と呼び、力ずくで連れて帰る、と迫る冴子。 フィリップは、冴子がビギンズナイトに遭遇した幹部（タブー・ドーパント）だと知って驚愕！必死の逃亡を図る。一方、倉田に囚われた翔太郎と亜樹子。「楽しいゲームはこれからさ。」アームズ・ドーパントの邪悪な遊戯が始まる！

理髪店「バーバー風」で散髪中の翔太郎。そこが偶然出遭ったのは、あの園咲霧彦！まさかこんな場所で会えるとは！ダブルとナスカで激突する二人だったが、マスターの依頼で一時停戦。その依頼内容は、二日前から家に帰ってこない１５歳の娘・茜を探してほしい、というものだった。

意識不明の統馬に泣きすがる茜。子どもたちを泣かせるミュージアムに怒り心頭の翔太郎。そんな中、フィリップは疑問に思っていた。メモリブレイクしたはずなのに、壊れなかったバードメモリ。副作用と関連があるのか？そしてフィリップは、茜の腕に“あるもの”を見つける。茜が隠していた事実、とは？

鳴海探偵事務所にクールな男が依頼に現れた。男の名は、照井竜。風都署の刑事だ。頻発している奇怪な凍結事件の犯人を見つけたい、という。照井から本物のハードボイルド臭がするのが気に入らない翔太郎だったが、前金に目がくらんだ亜樹子はその依頼を受ける。謎の男、照井竜。その冷たい視線は何を見つめる！

真起子を警察に連行するのかと思いきや、エンジンブレードで斬りつけるアクセル。変身解除した人間に斬りつけるとは！止めようとするダブルにアクセルは言う。「奴は俺の全てを奪ったダブリューのメモリの持ち主だぞ！」翔太郎のハードボイルド（ハーフボイルド？）と、竜のハードボイルドがぶつかる時、何が起きる？

ガイアメモリ流通組織に警察の情報を流す内通者がいると分かり捜査中の竜と真倉。マークしていた捜査一課の氷室刑事が、ミュージアムの黒服たちと取引きする現場を押さえるが乱闘になる。時を同じくして、超常犯罪捜査課にロス市警帰りの女性刑事が配属になった。

トライセラトップス・ドーパントの正体は綾だった！「メモリを渡せ。これ以上罪を重ねるな」というアクセルに対し、本当の敵はまだ他にいると主張、拒否する綾。「私は復讐する。このメモリの力を使って」。そして綾は姿を消した。そんな時、竜のビートルフォンに不敵なコールが！ダブリューのメモリの持ち主か！？

視聴者参加型のオーディション番組に出場していた女子高生コンビ・クイーンとエリザベスは、ＣＤデビューがかかった３週目に超ド下手な挑戦者に負けたという。審査に不正があった、それを暴けと依頼してきた２人。ただの負け惜しみかと思う翔太郎と亜樹子だったが、その挑戦者・ジミー中田の歌を聴き、思わず悶絶する。

ライアー・ドーパントの能力は、言葉の針を刺して自分の嘘を相手に信じさせるというもの。ジミー中田の勝利は、このライアーが審査員に『ジミーは最高だ』という嘘を信じ込ませて勝ち取った不正なものだった。それを知ったジミーは絶望する。夢破れた若者ジミーに対し、密かにシンパシーを感じていた翔太郎は…

泣けると評判のベストセラー小説『少女と人形の家』。亜樹子がそれを読んでいると、いつのまにか見知らぬ少女が事務所に入ってきていた。その少女はリコと名乗り、「人形の声を聞いて！」という主張を繰り返す。渡されたメモの住所に行ってみる亜樹子が目撃したのは、人を襲う人形だった！

人形を操るパペティアー・ドーパント。その正体を現した堀之内にダブル、アクセルも迎撃態勢。だが突如、謎の濃霧がたちこめ、パペティアーをさらっていった。パペティアーを助けたのは、井坂深紅郎。「彼女を操り人形にして下さい。」操り人形にされる「彼女」とは、園咲若菜。そして、亜樹子が危ない！

探偵事務所の面々と馴染んできた竜は、ステージレストランで一緒に外食だ。舞台の上では、美人だが下手くそな女マジシャンが失敗をしている。そのマジシャン・リリィ白銀がなんと依頼に来た。彼女は透明になれるドーパントだった！だが、そのガイアメモリにはバグが発生しているらしく、身体から出てこないのだという。

竜を救うために、ツインマキシマムする翔太郎。ヒートトリガーは全身を超過熱で燃やしながら、ウェザー・ドーパントに発砲した！ダメージでボロボロの翔太郎は、リリィを助けることを竜に託すと意識を失った。竜はそんな翔太郎を、余計な真似をするから自業自得、と言う。井坂への復讐しか頭にないのだ。

今回の依頼主は、目覚まし時計を持ち歩く女子大生。夢の中に怪物が出てきて、それに掴まると二度と目を覚まさなくなる。それが怖くて眠れないという。夢の中に現れるドーパントってこと？調査に向かった翔太郎たちは、風都大学の研究室で特殊な装置を使って明晰夢の世界へ。さあ、夢の中で何が起きるのか？

翔太郎が夢の世界から戻れないでいる中、フィリップはウェザー・ドーパントの雷撃を食らい、絶対絶命。どうなる！？一方、夢の中で姫香を守ると宣言する翔太郎に、ナイトメアは言う。「もうじき彼女はぐっすり眠れる。そうすれば私たちは結ばれるのさ。永遠に」。翔太郎たちは危険な王子様を捕まえることが出来るのか。

“おやっさん”こと鳴海荘吉を訪ねに来たコワモテ男・尾藤。刑務所に十年間服役し、出たら会いに来いと荘吉に言われていたとのこと。荘吉が死んだことを知り落胆する尾藤に、翔太郎は「おやっさんのやり残した仕事なら俺の出番だ！」とつきまとう。「半人前に用は無い」と早々に見抜かれるが…

必殺キック・ファングストライザーの最中、自滅して変身解除するフィリップと翔太郎。ファングでも…フィリップの身体を使っても翔太郎がついてこられない。シュラウドは、翔太郎にはもうダブルは無理と呟き…。ウェザーの脅威の前に駆け付けたのはアクセル。それを見たフィリップは、「照井竜……僕と組む気はあるかい？」

美しくどこかはかなげな依頼人。謎めいた依頼…。昨日から昨日が見つからないと言う。そんな彼女が見せたのは小猫の写真。「きのう」って猫のことだったの？だが、翔太郎は「これはただの猫ではなく、猫の形をした大切な思い出だ」と訳知り顔で解釈。ふだん嫌がるペット探しを快諾する。

依頼人・不破夕子の正体は須藤雪絵。あの霧彦の妹だった。自分は兄のようなヘマはしない、イエスタデイメモリでミュージアム幹部になる、と言う雪絵。雪絵は最初から翔太郎たちに挑戦してきていた。騙され、利用された翔太郎。だが、何か納得出来ない。「まだ俺の仕事は終わってない」。ハーフボイルドの虫が、またうずき…

風都野鳥園。竜は思い出していた。昇進祝いに妹・春子がペンダントをくれたこと…。だが、その春子は父母共々、ウェザーの手にかかって死んだこと…。そんな中で竜は、高校生くらいの少女・島本凪と出会う。彼女の腕に生体コネクタがあるのを見つける竜。一方、園咲家ではある異変が起きていた……

井坂は凪の腕のコネクタが完成しない事に動揺する。これだけの恐怖を味あわせたのに。何かが凪の心を支えている？一方、竜はシュラウドから「トライアルメモリ」を渡された。そのメモリがあれば、超高速で戦える新しいアクセル＝トライアルになれる。だが、トライアルメモリを使いこなすにはやるべきことがあった。

探偵事務所を訪れた依頼人は、おどおどした中年男。詳しい事情は聞かずに、別れた自分の家族を探して欲しいと言う。ただの冴えない男と思われたが、彼はフィリップを見て愕然とする。「き、君は！なぜ、こんな場所に！」フィリップを知っているのか？この来客は、鳴海探偵事務所の面々の運命を大きく揺さぶることに。

ミュージアムからの脱走者・山城博士は、フィリップの記憶を消した科学者だった。一方、園咲家。若菜は、財団Ｘからの使者・加頭と硫兵衛の会話を盗み聞いてしまう。「私が最も信頼する有能な人間に全指揮権を与える」「下のお嬢様ですね」。それを聞いた若菜はショックを受ける。

衝撃の事実を知った園咲来人ことフィリップ。探偵事務所でも苦渋のムード。その言いたいことを溜めこんでる様子に、亜樹子は心配する。そんな中、奇妙な調査依頼が飛び込んできた。依頼人は美人のシネコン職員・虹村あい。覚えのない自分の主演映画が映画館でかかっているから調べて欲しい、というのだ。

圧倒的な戦闘力を誇る冴子ナスカ。「もうやめてくれ」。もう１人の“姉さん”である冴子に懇願するフィリップだったが、鼻で笑われる。「お前は物なのよ、来人。家族じゃない」。フィリップは絶望的な気持ちになるのだった。一方、若菜は唇を噛み、「クレイドールにもっと力が欲しい！」。そして覚悟の上、ある行動に出る！

風都署の留置所に呼ばれた翔太郎。檻の中で面会を希望している容疑者は、なんと刃野刑事だった。「俺は無実だ！」。一方、フィリップは悩んでいた。地球の本棚に若菜が現れたことを…。実際、若菜はまた現れた！しかも、本にもフィリップにも触れることが出来る１００％のシンクロ率で！フィリップ、検索不可能！？

最強の防御力を誇るジュエル・ドーパント。なんと必殺のビッカー・チャージブレイクも弾かれてしまった！その硬い体への攻撃方法を検索したいフィリップだったが、地球の本棚に入るとシンクロ率１００％の若菜が襲ってくる。検索できない！どうすれば良いのか？

依頼人・後藤良枝が連れてきた老婆は、一晩で老人になってしまった１０歳の娘だった。児童劇団の舞台主役に決まっていたという少女みゆに一体何が起きたのか？やがて事件の陰に見え隠れするのは、あの謎の女―シュラウド。奇妙な老化事件の裏に隠された愛憎劇、その幕が今開く。

愛娘みゆを老婆にされた良枝は、それを「ふけさせ屋」に依頼したのが娘の友だち・久美の母親だと知る。みゆを元に戻すにはオールドをメモリブレイクしないといけないのだが、オールド・ドーパントは強敵。翔太郎が老人状態では戦えない。倒すには、シュラウドの思惑通りサイクロンアクセルエクストリームになるしかないか？

インディジョーンズの格好をした風変わりな依頼人・轟響子は、風都博物館の学芸員。彼女の依頼は、館長の失くし物「イーヴィルテイル」を探して、というものだった。風都博物館の館長って、ひょっとして……園咲琉兵衛！いよいよ園咲琉兵衛の秘密に迫る時が来た！！

今の来人はデータの固まりだというテラー。そして、若菜が地球の巫女になるために必要だ、と。抵抗するダブルだが、テラーの力はあまりにも強大。翔太郎は恐怖にのたうつ。そして園咲家。目を覚ましたフィリップが部屋に入ると、そこには琉兵衛、若菜、冴子、そしてシュラウド！園咲家、最後の晩餐が始まった。

他人行儀に改まったフィリップが言う。「翔太郎、君に頼みがあるんだ」。若菜を捜して助け出してほしい。それは相棒からの最初で最後の依頼。翔太郎は、粒子化しかけたフィリップの手を、まだ見ていない。一方、若菜の前に現れたのは、あの白い服の男。財団Ｘ・加頭。謎に包まれた無表情男が、ついにそのヴェールを脱ぐ！

フィリップの精神的苦痛が若菜を呼び覚ます。そのことに気づいたユートピアは、翔太郎を徹底的に痛めつける。さらにユートピアはフィリップの仲間たちを次々と襲っていく。ウォッチャマンが、サンタちゃんが、クイーンが、エリザベスが、刃野刑事が、真倉刑事が、そして、亜樹子が！！！

フィリップが消えて一年がたった。だが、街の危機は終わる気配がない。かつて流通したガイアメモリの残りは、まだ風都の平和を蝕んでいるのだ。そんな中、翔太郎の元に少年が依頼に来た。ガイアメモリを売買し、ミュージアムを継ぐと豪語する若者たちから姉を取り戻してほしいとのこと。一方…若菜が警察病院から逃亡した。