研究都市 沢芽市。街の中心に、大企業ユグドラシルコーポレーションのタワーが、そびえ立つ。街の若者たちは、ダンスチームを結成し、ステージでパフォーマンスを競い合っていた。 葛葉紘汰は、姉と二人暮らし。ダンスチーム鎧武に所属していたが、遊びは卒業し、大人にならなきゃいけない、と決め、チームを抜ける。だが、昔の仲間のビンチを救ったことで、否応なしに、紘汰も戦いの運命に巻き込まれていくのだった……！

ライダーに変身する力を得た紘汰。さて、この力を何に使う？いろいろ試してみるものの……。そんな中、ダンスステージをめぐるバトルはヒートアップ。駆紋戒斗率いるチームバロンが今、一番の勢いだ。「強さ」に哲学を持つ戒斗は、チーム鎧武のガレージに乗り込んできて…

ライダーとして戦うことに目覚めた紘汰は、チーム鎧武のパーカーを引っ張り出してきて、ビートライダーズに復帰していた。インベスゲームを挑んでくるチームにも、ライダーに変身して華麗に勝利をおさめる。すっかり人気のアーマードライダー鎧武。一方で、錠前ディーラーのシドは、ライバルチームの戒斗に近づき……。いよいよアーマードライダーバロン登場！バナナで変身！

バロンとのバイクレースで、再び謎の森へ迷い込んだ紘汰。一緒に飛び込んだ戒斗は、不思議な果実がロックシードに形を変えると知り、一人でつき進む。行方不明のリーダー裕也を探し始めた紘汰だが、別のアーマードライダーが現れて……。

異世界の森で謎の白いライダーに襲われた紘汰。あのベルトは気安く扱ってはいけない力、と思い知った紘汰は、変身できなくなってしまう。そんな紘汰を見て、光実は決意の変身をする。アーマードライダー龍玄となって、「チームインヴィット」が仕掛けてきたインベスを倒すのだった。また森で謎の果実がロックシードに変化することを知った戒斗は、錠前を集め、それを元に、各チームを傘下に収める。そして戒斗は、チーム鎧武にも狙いをさだめ……。

「チームレイドワイルド」リーダーの初瀬、「チームインヴィット」リーダー城乃内までもがアーマードライダーに変身！　黒影（マツボックリ）と、グリドン（ドングリ）がライダーバトルに乱入する。　ライダー戦国時代。混戦する戦いの行方は？　そんな中、最後の一つとなった戦極ドライバーの行く先を、錠前ディーラーシドは決めかねていた。「さて、最後のひとつ……誰に預けたもんかな？」　フルーツの王様、ドリアンライダーまでもがここに誕生!?

ドリアンライダーへと変身したカリスマパティシエ凰蓮・ピエール・アルフォンゾ。戦闘のプロフェッショナルである凰蓮は、ビートライダーズたちのチーム争いは、くだらないお遊び、本物の戦いを教える、と参入してきたのだ。一方的な戦いを目の当たりにして我慢できない紘汰。戦おうとしたところに光実から手渡された錠前は……スイカ！？スイカ……頭上からスイカ？そんな中、少しずつ明らかになる、ユグドラシルの不穏な動き･･･。今回、なんと意外なことにあの人が……？？

沢芽市は、大企業ユグドラシルコーポレーションの開発によって発展した地方都市。この街で育った戒斗は、ユグドラシルに対し、複雑な思いがあった。同じくこの街で育った舞。舞は、空間の「裂け目」を発見し、再び謎の森へと迷い込んでしまう。インベスに襲われた舞を助けたのはバロン。前回のブラーボとの戦いで負傷していた戒斗だったが･･･。

謎の森の“裂け目”からインベスがこちらの世界に来て、人を襲っているのではないか･･･。そんな不安を口にした光実。ネットでは、インベスの仕業？と思われる怪事件が見つかる。そんな頃、フルーツパーラー店長　阪東がコウモリインベスに襲われた。紘汰、光実は、チーム鎧武のメンバーとともにインベス探しを始める。広い街でインベスを探すのはなかなか至難の業だったが……。

クリスマスで賑わう街に突如現れるインベス。“裂け目”があちこちに発生し始めていた。鎧武となって倒すも、このままではキリがない、と焦る紘汰。謎の森で、防護服で作業していた人々に聞けば何かわかるかもしれない。だが、白いライダーのことを思うと、無策で飛び込むわけにはいかない…。悩む紘汰に、光実は他のライダーたちを集めた共同作戦を提案する。自分たちが、白いライダーの気を引き付けておき、その隙に紘汰が探れば…。そして企画した、スペシャルゲーム。同時に光実は、白いライダーの正体が兄なのか、確かめたいと思っていた。

紘汰と光実は各チームのリーダーに声をかけ、「謎の森で、ロックシードを多く集めたチームが勝つ」というルールのスペシャルゲームを始めた。参加したのは、龍玄、バロン、黒影、グリドン、ブラーボ。このゲームで、白いアーマードライダーの気を引き、その隙に紘汰が森の秘密を探る作戦だった。計画どおり、白いライダーが現れ、アーマードライダー達を狩り始める。紘汰は、どこかに防護服の人々の拠点があるはずだと踏んで探すのだが……。

自分たちはユグドラシルに「モルモット」と呼ばれ、実験台とされていた。光実は、「これ以上の変身は控えるべきだ」と提案する。そんな中、紘汰たちの目の前で黒影が多数現れ、植物を焼き払っていた。まるで量産型のような黒影は一体････。一方、ベルトを斬月に壊されてしまった初瀬。自分たちのステージにチームバロンが勝負を挑んでくる。再び現れる謎の金髪の少女。進化する斬月。物語のベクトルが大きく動きます。

沢芽市に不可解な病気が広がり始めている。怪生物に襲われた人々の容態が急変、現代の医学では対処できないというのだ。そして矛先は、怪生物インベスをゲームにしていたビートライダーズに向けられる。そんな街の動きの中、ユグドラシルが凰蓮=ブラーボに接触を始めていた。それでもインベスが現れれば、紘汰は変身し戦う。一方、ベルトを壊され、仲間にも見放された初瀬は、「力」への欲望を抑えきれず彷徨い････。

果実を口にした初瀬がインベスになってしまった！信じられない思いで、必死に呼びかける紘汰。そのまま初瀬は行方をくらませてしまう。一方、バロンは、斬月に一人立ち向かい……。そんな頃、光実は兄の車に忍び込み、ユグドラシル内部に潜入していた。そこには、人工的に管理されたクラックがあって……。

量産型、黒影トルーパーに拘束されてしまった紘汰。ユグドラシル内部で、同じく捕まっていた戒斗と出会う。連れて行かれた先は、広い研究室のような部屋。そこにいた男は、戦極凌馬。ベルトの設計者は自分だと語るが････

ユグドラシルから脱走した紘汰と戒斗。追いすがる黒影トルーパーのダンデライナー隊を蹴散らす。街では、妙な行動をするインベスがいた。宝石店から金品を盗む……　一体、何が起こっているのか？そして、紘汰は、ＤＪサガラから渡されたレモン錠前と、パーツをいろいろ試してみるのだが……。

ヘルヘイムの真実を見せられた光実。貴虎から下された指令は、「葛葉紘汰のドライバーの奪還」。光実は、紘汰にもう一度、確認をしようとガレージに向かう。「紘汰さんは、それでもまだアーマードライダーを続けるんですか？」紘汰は逆に、光実に尋ねる。「お前は守りたいものって、あるか？」光実が守りたいものとは……？

依然インベスの危機にさらされている沢芽市。ビートライダーズに対する風当たりは日に日に増していく。汚名返上を期すために舞たちはビートライダーズの合同ダンスイベントを計画。自分たちの無実と本来の目的を市民に伝えようと各チームに呼びかける。しかし、思惑はバラバラで一向に足並みがそろわない。さらに、チームバロンでは、戒斗がある決断を下すのだった。

合同ダンスイベントの成功で、ビートライダーズ同士の抗争はなくなった。抗争がなくなれば、紘汰が用心棒でついている必要もない。今、やるべきことは……。チームを離れた紘汰は、戒斗と合流し、ユグドラシルに対抗するための策を練る。そこに現れた光実は……。それぞれの思惑が交錯し、行動を開始する。その先にあるものは……。

ユグドラシルのクラックホールに飛び込んだ戒斗。その前に現れる戦極凌馬。一方、ヘルヘイムの森でも、貴虎が変身を解除し、紘汰に真実を語ると言う。「ヘルヘイムの真実」そして「理由のない悪意」とは？そんな頃、街では、増えていくインベスを相手に、ナックルが戦っていた。そこに現れた、凰蓮と城乃内は……。

貴虎に聞いたヘルヘイムの真実を、光実に話す紘汰。光実は、舞にもみんなにも知らせるべきではない、と主張する。知らずにいること。絶望を知ること。どっちが正しいのか……。悩む紘汰。シドは、そんな紘汰をこのままにはしておけない、とユグドラシルで宣言する。そして迎えるシドとの決戦。一方、戒斗のとる道は……。

沢芽市の真ん中、橋の上に小さなクラックが発生した。それは、徐々に大きくなり、ユグドラシルが周辺を封鎖し始めていた。紘汰と光実は、ヘルヘイム側にも入り口があるに違いない、と森へと向かう。そこには、一足先に戦極凌馬がいて、新世代ライダー、マリカも臨戦体制を取っていたのだが‥‥。ジンバーチェリーアームズも初披露！

インベスになった裕也を倒してしまったことを知らされた紘汰。深い絶望に陥る紘汰を、光実は慰める。舞の笑顔を見ても、何も言えない紘汰。その前にまた、金色の謎の少女が現れ……。一方、戒斗はかわらず一人、ヘルヘイムの森で行動を続けていた。その前に、いよいよ姿を現すのは、新たな敵？

人類の運命を左右する存在ーオーバーロード。ヘルへイムの支配者である謎の生命体を巡って、様々な思惑が交差する。ユグドラシルは戒斗を利用して捜索を。その戒斗は発見の末、ひたすらに剣を交える。そして対話と説得を試みるべく動き出す紘汰。耀子から奪ったピーチエナジーロックシードを使ってみると、意外な能力があることに気づき…

オーバーロードとの戦いを経て、悩む紘汰。彼らに接触すればヘルヘイムの侵略を止める手掛かりが掴めるのだろうか……。そんな鎧武、ナックルたちの戦いを眺めている城乃内＝グリドン。何だか自分の行き場がなくなったような気がしていた。凰蓮＝ブラーボにそのことを見抜かれ、特訓が始まる!?そんな頃、ＤＪサガラは、ユグドラシルの凌馬の前に姿を現していた。一体、彼は何者なのか？何が目的なのか？

「話したいことがあるの」　舞は、自分に隠し事をしている、と紘汰に詰め寄る。ためらっていた紘汰だが……。そんな頃、ユグドラシルの湊耀子は、戒斗に興味を持ち、ゲネシスドライバーを渡す。紘汰への不信感をつのらせた光実は、凌馬と耀子にある作戦を持ちかけていた。新世代アームズに変身した戒斗とオーバーロードを探す紘汰は、ヘルヘイムの森で遭遇する。そして待ち受ける光実は……。

紘汰を撃った光実。気を失ってしまった紘汰に近づき、止めをさそうとするが‥‥。一方、逃げたオーバーロードのデェムシュは、怒りにまかせ、森にいるユグドラシルの研究員に襲いかかる。緊急事態に出動した貴虎は、初めてオーバーロードを目の当たりにした。そこに駆けつけた鎧武と、斬月•真は力を合わせ‥‥

ユグドラシルの貴虎と心が通じ合えた、と仲間に喜び勇んで報告する紘汰。その様子を見ながら、光実は、警戒を強める。一方、ユグドラシルでは貴虎先導の元、シド、耀子らがオーバーロード探索へとヘルヘイムの森に向かっていた。二手に分かれたとき、シグルドが斬月・真に牙を向く……！

光実が変身した斬月・真。その正体を紘汰は知らない。とまどいを隠せないところに、紘汰、戒斗、光実の３人は、戦極凌馬に呼び出される。シドがユグドラシルの人工クラックを破壊し、ロックビークルも壊していった。ヘルヘイムの森に入る手段がない自分たちの代わりに、捜索をお願いしたいというのだ。そんな頃、ヘルヘイムでは、白いオーバーロード、ロシュオが現れていた。彼は森の侵略を生き延びたというのだが……。

時は２週間前に遡る。夜の沢芽市に近づく一つの影が……。その正体は赤と青のロボット？紘汰と舞は、雨の中、一人の男と出会う。その体は冷たく、固い。自分は“機械”で、名前はジローだという。しかし、名前以外は何も思い出せないというのだ。面倒見のいい紘汰は、自分のアパートに連れて帰る。意外なことに、ジローは、料理や掃除もまたたまく間に覚えて……。そんな頃、戦極凌馬の元にも黒いアンドロイドが運び込まれていた……。

クラックを通して沢芽市へと乗り込んできたオーバーロード、デェムシュは、街で破壊のかぎりをつくす。鎧武とバロンは、力を合わせ、追いつめる。一方、ヘルヘイムの森にいる光実とシドの前には、レデュエが現れた。禁断の果実を欲しているシドは、レデュエに戦いを挑み………。そしてユグドラシルも、凌馬の指揮下、オーバーロード捕獲作戦を展開する。三つ巴の戦いのゆくえは？

ユグドラシルの妨害に合い、瀕死の重傷を負った紘汰。ガレージで紘汰を看病する舞。その前に、サガラが現れる。「お前は世界を救いたい。ならば答えは一つだろう……」黄金の果実の力を秘めた、「鍵」。その力は……。その頃、オーバーロードのレデュエは、破壊された人工クラックの前に来て……

新たな力を得て、極アームズとなった紘汰。ガレージには、戒斗、凰蓮、城乃内、耀子らも集まり、作戦会議を進めていた。街にはユグドラシルタワーのクラックから入り込んだインベスがあふれ、人々は避難を始めていた。ビートライダーズたちは自警団を結成。市民を守るべく協力する。ユグドラシルでは各国の支部長が集まり、日本支部についての対策を協議中。そこに凌馬が現れて……。

光実がチーム鎧武のガレージに帰ってきた。凰蓮、城乃内、耀子たちまでもが我が物顔でいることに違和感を覚える。ユグドラシルタワーを占拠したレデュエは、人類に向かって宣戦布告。ロシュオの王妃復活のための作戦も始めた。紘汰たちは、街の人々を救うため、飛び出すが、オーバーロードの力はすさまじく……。

沢芽市をさまよう貴虎は、街の変貌にショックを受けていた。紘汰を見かけるが、湊耀子と一緒にいるのを見て、近づけないでいた。一方、インベスにさらわれた紘汰の姉、晶が連れて行かれた先は、ユグドラシルタワーの一室。そこにはラットとリカもいた。光実は、食糧調達に一人出ていた舞の前に現れる。「舞さん、迎えに来ました」 光実の描く未来とは……？

紘汰に とどめの一撃をさそうとする斬月•真。その前に飛び出した貴虎。突然現れた兄に、動揺した光実は……。ガレージでは、光実について意見が分かれる。自分に何が出来るか悩む紘汰。一人、別れた 貴虎は、自分の手で決着をつける決意をする。

貴虎、光実の元に急ぐ紘汰。変身して戦っているうち、イナゴの大群となって　姿を消した。今のは一体……？一方、腕に傷を負った戒斗の元には、サガラが現れる。「葛葉紘汰は、成長している。それに比べてお前は……」あおるサガラの言葉に挑発された戒斗は戦いを挑むが、不思議な力で別の沢芽市に飛ばされてしまう。そこはダンスではなく、サッカーで勝敗を決める世界だった！

光実と貴虎の戦いを止めるため、埠頭に駆けつける紘汰だったが、そこには、壊れた戦極ドライバーが残されていた…。傷心のままガレージに戻った紘汰の前に、戦極凌馬が現れる。凌馬は、ユグドラシルタワーへ向かう隠し通路がある、と突入を持ちかけてきた。その話に乗るか、反対派と賛成派に分かれる紘汰たちだったが…。

舞が光実にさらわれてしまった。紘汰は、ユグドラシルタワーへ突入し、舞、さらわれた人々の奪還を決意する。それには戦極凌馬の力を借りなければならない。ブラーボ、グリドン、マリカ、ナックル、バロン。そして鎧武にデューク。アーマードライダーが勢揃い。車に乗り込み、沢芽市の外にあるという秘密の入り口を目指す彼らだったが……。

ユグドラシルへの地下通路を進む紘汰と凌馬。辿り着いた部屋で、装置をつけられてベッドに横たわる人々を発見する。リカ、ラット、姉の晶も見つけ、紘汰は助けようとするところに、レデュエが現れる。「なぜ、お前はこの世界の人間達のために戦っている？お前はもはや、この世界の人間ではないのに」その言葉の意味を問う紘汰にレデュエは……。一方、舞はロシュオに黄金の果実を見せられて……

オーバーロードの力を覚醒させた紘汰。合流した戒斗も、その様子が違っていることを、察する。ともに舞を助けに行く2人は、ロシュオと対峙した。はじめて目の当たりにする王の力。森を意のままに操り、生命をも産み出す力。そんな神の力を持つオーバーロードの王との決戦は？

ヘルヘイムの森から帰った舞は、そのまま気を失ってしまった。ガレージに駆けつける光実。直後に戦極凌馬も来て、このままでは危ない、病院で自分が診ようと言う。藁をもつかむ思いの光実はそれに従う。診断の結果、舞の体に黄金の果実があるというのだが……。

ヨモツヘグリのロックシードで、龍玄・黄泉へと変身した光実。そのロックシードは装着者の生命力を吸うことにより、強大な力を発揮するという恐ろしいもの。龍玄の一撃が、鎧武　極アームズに炸裂するーー！そんな頃、凌馬は眠り続ける舞から、黄金の果実の摘出手術を試みるのだが……。

龍玄・黄泉の一撃により倒された紘汰。チャッキーとペコが見つけ、ガレージへと運ぶ。一方、進化をとげた戒斗は、インベスを呼び出し、この世界を新しく作り変えることを宣言する。戒斗側に立つと決めた湊耀子。止めるべく立ち向かうブラーボ、グリドン。突然のことにとまどうザックは……。

二人の決着をつけよう、と紘汰に向かって宣言する戒斗。世界を滅ぼし、黄金の果実を手に入れる。戒斗の決意は揺るぐことはない。紘汰は、ザックの行動が気になっていた。ザックは一人、作戦を立て、凰蓮に連絡をとる。戒斗は、ザック、耀子とともに、全人類と戦うためのインベス軍団を結成し始めた。止めようと、一人向かう紘汰。未来をかけて、いよいよ二人の最終決戦が幕をあける―――！

ぶつかり合う鎧武とバロン。並行世界へ迷い込んだ舞の目の前でも、戦う二人の姿が。どうあっても二人は決着をつけなくてはならない運命なのか？弱者の痛みを知り、戒斗の目指す未来も理解できる舞。今は、見届けることしか出来ない。決戦の行方は？

ヘルヘイムの植物、インベスを連れ去り、別の星へと旅立った紘汰と舞。それから７ヶ月ーー。光実の気持ちは沈んだまま、兄との間はまだぎこちなく、時だけが流れていた。活気を取り戻しつつある沢芽市。ビートライダーズのダンスに観客も戻ってきていた。そこに突然現れる、新たなアーマードライダー。「滅びるがよい！」と宣言するそのライダーは……？