某大会、数々の強敵を倒し決勝戦へと駒を進めた天野河リュウセイ。決勝の相手は謎の組織「ビックバン・オーガニゼーション」の総帥にして最強のボーガー「ビッグバン」。そのビッグバンに決勝を前に浴びせられた言葉「今のお前では私には勝てない！」。何が足りないのか悩むリュウセイ。又、ビッグバンの正体は何者なのか。

ボーガー仲間の勝治が突然リュウセイに挑戦状を叩き付けてきた。いつもは冷静な勝治には似合わないその挑発的とも言える行動に戸惑うリュウセイ。残り少ない人生を懸けた勝治の想いをリュウセイに伝える勝治の母親。その熱い想いに応えるためリュウセイは勝治の挑戦を受ける事を決意。静かだが熱い戦いが奇跡を呼ぶ。

近所にオープンしたライバル店の出現により売り上げ激減。閉店の危機に見舞われたケンの店を救う為に立ち上がるリュウセイと勝治。ところがリュウセイが暴走、勝手に店の存続をボーグバトルの試合に賭けてしまった。ところが相手の中華三兄弟はボーグバトルの賞金を開店資金にしていた強者ボーガーだった。店の存続を賭けた三本勝負が始まる。

リュウセイ達の住む町に突然現れた流れ者ボーガー「ジョニー」。次々に町のボーガー達が倒され、ついにリュウセイ達の前に現れ挑戦してきた。ジョニーの正体を調べるべく町の情報屋「ジェニファーの店」に向かうリュウセイ達。そこには意外にもジョニーの過去を知る女が働いていた。ジョニーの目的は何か、過去は。やがて強敵との決戦の日がやってきた。

柄にも無く勉強とボーグバトルの両立について語り合うリュウセイ達。そこにリュウセイの父親・大輝が現れ「両立を目指すなら塾に来てみないか」と言葉をかけた。リュウセイの父親は塾も経営していたのだ。しかしその正体は塾生達を各界の中枢に送り込み世界支配を目論む秘密組織だった。その野望を打ち砕くため立ち上がるリュウセイ達。その前に立ち塞がる同級生エリート３人組。

突然、お米以外の主食を禁じる条例が発令された。パンを食べられなくなったロイドは町を出ると言う。「そんな理不尽は許せない」と立ち上がるリュウセイと勝治。主食の選択権を賭けボーグバトルの勝負が始まる。雑魚ボーガーを倒した後に立ち塞がったのは親友のケン。中華料理屋の息子が何故・・・。何かに憑かれたように戦うケンにさすがのリュウセイも大苦戦。

近所に開店した大型回転寿司の店。余興としてのボーグバトルに流星の名が。初めは気乗り薄の流星だったが「お寿司食べ放題」に俄然やる気満々。さらに挑発に現れた謎の天才美少女ボーガー「ベネチアン」に闘志を燃やす。しかし対戦相手のベネチアンの正体を知ってしまった流星は試合での精彩を欠く。流星の試合ぶりにプライドを傷付けられたベネチアンの猛攻が始まる

生死の境をさまよう勝治。そこに突然スクータで病院に乗り付けた老人が一人、勝治の祖父だった。奇跡的に回復した勝治につれられロイドの店にやってくる。たまたま手にしたカブトボーグで流星にあっさりと負けてしまうがどうにも収まらない。翌日改めて勝治を参謀に流星に勝負を挑む事になった。60年の充実した人生と輝ける将来との激突。

流星の同級生、石田一の様子がおかしい。憧れの班長、相馬友子に頼まれて一肌脱ぐ事になった勝治。原因は石田の母親がボーグバトルに夢中になり家庭を顧みない事だった。不良主婦の溜り場「ボーセン」に乗り込みそこのボスとして君臨する石田の母親に勝負を挑む勝治。果たして勝治の勝負と恋の行方は如何に。

リベンジに燃えるガルフストリーム笹本との対戦中に突然現れた若い男。次々にマシンを蹴散らし打倒リュウセイの言葉を残し去ってゆく。男の正体をつかむ為にリュウセイ達は早速「マダム・ジェニファーの店」へと出掛けてゆく。そしてそこに現れたビック・バン。そこでリュウセイが初めて知る驚愕の事実。はたして男の正体は。

突如夜の街に現れた正体不明のボーガー「ボーガーX」。今日もまたオプションパーツ狩りの犠牲者が一人。傍若無人なその振る舞いにリュウセイ達が立ち上がる。しかし神出鬼没の敵に対し何ら有効手段が掴めない。そこにかつての「ボーガーX」を知ると言う女性の登場。「彼を止めて！」の願いを背に戦いの火蓋が切られる。

ロイドの店に届いた一枚の手紙。差出人は、ロイドの若き日の仲間・シェリルだった。ロイドのかつての盟友ロバートが、悪の組織のボスになったことを告げるシェリル。ロイドはシェリルに、ロバートを止める様求められるが拒絶する、しかしリュウセイの熱い言葉に心を動かされ、封印していたマシンを手にする。

ビッグバンの留守中に街の支配を目論むドクター・ネオが現れる。その野望を阻止すべく立ちはだかるケン、勝治。一方リュウセイは新たな必殺技を身につけるべく、ボーグ仙人の下で激しい修行を積んでいた。ドクター・ネオは、ケン、勝治に勝利し、彼らの夢を否定する。そこへ、ついにリュウセイが現れた。

ブラックゴールド団による世界征服の野望を砕くため、敵の本拠地に乗り込むリュウセイ、勝治、ケン。様々な障害を乗り越えて進む中で、一緒に戦うかつての対戦相手、ライバル達は次々倒されてゆく。彼らの想いを背にした3人は、ついに基地の心臓部へとたどり着くが・・・。

ボーグバトル全国大会に向けての地区予選が始まった。今まで対戦して来た強豪達も全てこの地区大会に参加する中、リュウセイは再会した山田・ジョニー・一郎と決勝戦での対戦を誓い合う。そんな中、意外すぎる選手が勝ちあがっていた・・・。

全国大会へ向けての気分転換のため、海辺の静かな漁村の民宿に出かけたリュウセイ、勝治、ケン、ロイド。しかし村ではお年寄りの楽しみとしてボーグバトルがとても盛んだった。しばらくボーグバトルから離れていたかったリュウセイは必死に逃げる。しかし村のいたるところで老人たちが待ち構えていた。

富士山を舞台に開催される全国大会。その前日、リュウセイはビッグバンの挑発にまんまと乗ってしまった結果、信じられないハンデを背負い戦うことになってしまう。圧倒的不利な状況下で、果たしてリュウセイは勝ち進むことができるのか？

決勝戦に進んだリュウセイの相手は、ヨーロッパで活躍するビデ田中。リュウセイはビッグバンの「お前は海外に出たことがあるのか！世界の壁を知れ！」という言葉に自信を失う。必死に励ます仲間たち。そこへ世界レベルの黄金のカルテットが登場した。

日本チャンピオンになったリュウセイは一躍人気者に。勝治、ケンはいつの間にかリュウセイの雑用係の様な存在になり、リュウセイとの友情に疑問を持ち始める。そんな中、リュウセイの人気に目をつけ、ボーグバトルでリュウセイを倒すことで芸能界デビューを目論む、双子の姉妹が現れる。

はす向かいに出来たフレンチレストランの為に、またしても昇竜軒は経営不振に。そのピンチを救う為乗り出すリュウセイ達。フレンチ店のオーナーが撤退条件として出してきたのは、ライバルとのボーグバトルに自分を勝たせることだった。コーチを引き受けたリュウセイだったが・・・。

病院でボーグバトル禁止を言い渡される勝次。もうその体は激しいバトルには耐えられず、命の危険さえあるという。落胆する勝治の前に、シルクハットの伯爵が現れる。伯爵は、勝治の病状を見透かしたように、エレクトリカルスピードワゴンを譲ってほしいと持ちかける。

野菜嫌いなリュウセイに対して、ロイドは世界大会における３大伝説を語る。それは全て食べ物の好き嫌いにより勝負が決した話だった。しかしリュウセイは聞く耳を持とうともしない。ロイドは野菜ボーグを通販で取り寄せ、リュウセイと練習試合を組んでみることにしたが・・・。

パワーをつける為のトレーニングを模索するリュウセイたちは、ボディビルの特訓をはじめる。トレーナーのバーバラのもと、リュウセイ、勝治、ケンの３人とも、面白いように筋肉が付いてゆき、いつの間にか目的がボディビル大会への出場へとすりかわっていった。そこへビッグバンが現れる。

リュウセイの前に現れる偽者リュウセイ。次々に現れてはリュウセイにバトルを挑む。実はリュウセイを鍛える為の試練だった。何も知らないリュウセイは戦いを進めるごとに、本当の自分がわからなくなっていった。

世界大会を控えたリュウセイのもとに、ボーグバトルマンが現れた。彼は日本代表のリュウセイに、教養をレクチャーし、日本の恥をさらすことにならない様、カブトボーグ協会より派遣されてきたのだ。リュウセイの激しい抵抗も虚しく、ボーグバトルマンによる、カブトボーグの歴史、そして起源についての講義がはじまった。

ケンは不良に絡まれていた少女・ミノリを助け、一目惚れしてしまう。楽しいデートの日々を送るケンだったが、リュウセイの世界大会出場に帯同するため、出国の日が迫っていた。恋と友情の狭間で悩むケン。果たしてケンが選ぶのは、ミノリとの恋か、リュウセイとの友情か？

ボーグバトル世界大会の為、N.Y.にやってきたリュウセイ達は、街角で行われていた子供達の草ボーグに何気なく参加。しかし何度対戦しても全く歯が立たない。その頃、日本のカブトボーグ協会でも、ある大きな問題が提起されていた。このままでは日本代表のリュウセイには勝ち目がない。壮大なプロジェクトが今、始まる。

いよいよ世界戦。ビルの頂上を目指し、先着１６台が決勝リーグに進出、残りは脱落という過酷な戦いがはじまった。新しいマシンを手にしたリュウセイだったが、各国代表のライバル達に大きく引き離される。あせるリュウセイに対して、アメリカ代表、ジャンマイケルが衝撃の一言を放った。

決勝リーグ、次の舞台に向かう飛行場で、リュウセイのマシンが強奪された。犯人を追う勝治とケンがたどり着いた先は、何でもありのダークバトルが行われている地下の闘技場。犯人の少女、ジュディは母親の入院費ほしさに、リュウセイのマシンを奪って賞金稼ぎに来ていたのだった。

世界戦・次の会場はアフリカ・サバンナ。リュウセイの対戦相手はエジプト代表カメーダ・カメーダ。彼は、不思議なことに国内予選を１戦もする事も無くエジプト代表となり、世界大会出場を果たしていた。何も知らないリュウセイは、既にカメーダ親子の策略に陥ってしまっていた。

世界戦ツアーの合間に、リュウセイ一行は、カブトボーグ好きの王様が治めるアマラオ王国に招待を受け、豪遊する。中でも勝治は大歓待を受けるうちに、ここに残りたいと言い出す始末。まだ試合を残すリュウセイ達は勝治と別れて出発する事に。そこに軍のクーデターと民衆の革命軍の蜂起が同時に勃発、王国はパニックに陥る！

ベスト８に駒を進めたリュウセイは、国際カブトボーグ連盟からの呼び出しを受け、大会に潜り込んだ敵対する団体からの刺客を探すことになる。リュウセイ達が怪しいと睨んだのは、準々決勝での対戦相手・英国代表のトーマス・アルバート。そして、激しいバトルの最中、ついにトーマスの意外な正体が明らかに・・・。

世界戦後、リュウセイたちは気晴らしに幼稚園に出かける。アイスクリームを懸けた園児たちとのボーグバトルで敗退するリュウセイ。勝治たちはわざと負けたリュウセイの優しさを誉めるが、リュウセイからは何と衝撃のボーグバトル引退宣言が飛び出した。

動物園でのイベントに招待されたリュウセイ。実は人気者の白熊「ピーク」とのボーグバトルだった。白熊とはいえピークはかなりの「実力者」。追い討ちをかけるように飼育係の低一とピークの心温まるエピソードに、観客は涙を誘われてしまう。絶体絶命のリュウセイ、その時－！

学校に来ないケンを心配したリュウセイ、勝治が昇竜軒を訪ねると、中華料理からスイーツの店に様変わりしていた。オーナーはケンの妹リンリン。リュウセイ達は、中華料理店に戻す様、リンリンにボーグバトルでの勝負を挑むが、追い返されてしまう。ケンの屋台で寂しくラーメンをすする３人、しかしあまりの不味さに驚く。３人は昇竜軒秘伝のタレを捜しに、再び店に戻るが・・・。

ロイドの店に同じクラスの西山が現れ、リュウセイの宿命のライバル・ジョニーの襲撃を知らせる。新必殺技をあみだしたジョニーは、リュウセイとの対決を迫る。ひとまずジョニーをケンに任せたリュウセイは、勝治とともにマダム・ジェニファーの店へと急ぐ。そこで語られる驚愕の事実に驚く２人。一方ジョニーは軽々とケンを倒し、リュウセイを追う。

ボーグ工場のオーナー・中島がロイドを訪ねてきた。仲の悪い双子の娘を仲直りさせ、工場を仲良く二人で継いでほしいのだが・・・という中島の相談にのり、一行は工場へ向かう。大喧嘩する姉妹を勝治が叱責し、喧嘩は一旦収まった。しかし姉妹は二人とも勝治に惚れてしまい、今度は勝治を巡ってまた大喧嘩。中島と一行は事態の収拾に努めるが・・・。

ロイドの店に、リュウセイの馴染みだという浜田がやってくる。浜田の語るリュウセイとの並々ならぬ因縁。しかし当のリュウセイは浜田のことを一向に思い出す気配がない。業を煮やした浜田はリュウセイにボーグバトル勝負を挑む。

リュウセイ達の乗る飛行機に、時限ボーグが仕掛けられていた。排除しなければ飛行機は墜落してしまう。偶然乗り合わせていたボーガー達は、協力して時限ボーグ排除に立ち上がる。リュウセイ、勝治、ケン、ロイド、ビッグバン、中華三兄弟、ジョニー、ボーガーX・・・。総力を結集した闘いが今幕を開ける。

不良少年少女からマシンを盗む「ボーグスリ名人・銀次」が現れた。各地で被害が報告される中、ケンのマシンがすられてしまう。銀次の正体を突き止めるべくリュウセイと勝治が動き出す。そして突き止めた正体は、何と学校給食のおばさんだった・・・！

いつもの4人（リュウセイ、勝治、ケン、そしてマンソン）がロイドの店にたむろしている。そこにビッグバン達が公園を荒らしまわっているとの情報が入る。いつもの4人の連携でビッグバン達を撃退するが、ビッグバンは新たな刺客、ビッグ・バン・ローゼスを送り込んできた。果たしていつもの４人は勝てるのか！？

昇竜軒の斜向かいに出来た床屋にケンは散髪に出かけるが、つい気持ち良く寝てしまったところで「カブト刈」にされてしまった。元に戻してもらうためにボーグバトルを挑むも敗退。カブト刈のまま登校する羽目になってしまう。翌日には勝治までカブト刈の犠牲者に。しかしそこから街の様子が変わってきた。

誰でも手軽にバトルを楽しめる１コインボーグが流行りだす。しかしお手軽さに比例してマシンを粗末に扱う風潮が広がりだし、あちこちに捨てられている１コインボーグのマシン。そんな現状にリュウセイ達は違和感を覚えるが、ある日、捨てられた1コインボーグを片付ける１人の老人と出会う。

リュウセイは対戦相手のミイラ男に不吉な予言をされ敗退する。失意のリュウセイを取材陣が取り囲む。しかし取材の相手はトムキャット・レッド・ビートルだった。試合に負けた腹いせと嫉妬でリュウセイは思わずトムキャット・レッド・ビートルを川に投げ捨ててしまう。川に流されたトムキャットは様々な人々の手に渡り旅を続ける。

リュウセイは、入院したベネチアンの代わりにイベントに参加するベネチアンの弟の稽古をつける事になった。しかしあまりのお粗末さに見かね、リュウセイ自身が身代わりになりイベントに参加することに。イベント当日、エキジビションの相手として現れたのは謎のボーガー、チロリアンとカナリアンだった。

カブトボーグ世界ランキング上位者が何者かにより次々に倒されてゆく。そしてリュウセイの前に現れたその男の正体は、宿命のライバル、ジョニー・山田一郎だった。リュウセイとの決着を着ける為シベリヤで修行したジョニーは、恐ろしいほどの力を身につけていた。

今年こそ彼女を作り楽しいクリスマスを送りたいと切に願うケン。バス酔いのまま夜の街を歩いていると、広告の看板を持ったサンタクロースに出会う。酔った勢いでサンタに絡み、彼女をねだりながら寝てしまったケン。目が覚めると、そこは見知らぬ女・マキコの部屋だった。

夏休みもあと僅か。ほとんど宿題に手をつけていないリュウセイとケン。頼りの勝治は家族と海外旅行中。思い余った二人は街に出て宿題争奪ボーグバトルを次々に仕掛けてゆく。無差別に町内を荒らしまくる二人にロイドの堪忍袋の緒が切れた。

夏休みも終わりに近付いた頃、勝治は家族と海外旅行に出かける。島の観光に出かけたその日の晩に、民族衣装を身に纏い、踊る一人の少女と出会う。彼女にほのかな恋心を抱く勝治だが、言葉が通じない為の誤解から少女を悲しませることになってしまう。

中華料理の真髄を極める為の修業を終え、中国からケンが返ってきた。しかし様子がおかしい。戸惑うリンリンはリュウセイ達に助けを求める。ロイド、勝治が見守る中、ケンとリュウセイの最後のバトルが始まった。