王道遊我(おうどうゆうが)は「ロード」と呼ぶ自分の発明でキュークツなデュエルの世界を変えたいと考えていた。 ある日、「デュエルの王」を目指す隣のクラスのルークからある伝説を聞く。 ルークと共にたどり着いた先には謎の石碑(せきひ)があり、そこにはホログラムの男が待ち受けていた。遊我が「デュエルの王」として認められるためには、制限時間内に勝利して新しいルールをインストールしなければならない！ 「僕の考えたロード、“ラッシュデュエル”ならできる！」

ホログラムの男を打ち破り、ラッシュデュエルをインストールした遊我たち。 デュエルを管理するゴーハ社に秘密にしようとするルークと「みんなで楽しくデュエルがしたいだけ」とオープンな姿勢の遊我が対立する。２人がラッシュデュエルで対決することに！

広がったラッシュデュエルにゴーハ社からの削除の手が伸び始めるが、遊我たちに直接接触してくる様子はない。 泳がされている、と感じたルークたちは、あやしい動きをするロミンを調べ始める。 遊我がロミンの気を引くようにラッシュデュエルをすすめるが…。

ゴーハ７小生徒会長、蒼月学人(そうげつがくと)は自分のふるまいに悩んでいた。ラッシュデュエルを認めるか否か。 そんな朝、毎日の日課であるカード占いで引いたカードは自分のエースモンスター「魔将ヤメルーラ」だった。ヤメルーラを見てガクトは何かをひらめく。

遊我たちのもとへ学校の新聞部が取材にやってきた！紙に印刷された新聞なら、ネットを監視するゴーハの目にとまらずルールを広められる！？ しかし、新聞部の目的はラッシュデュエルを“底の浅いルール”と決めつけることだった！ラッシュデュエルを悪く言われたルークは怒りにふるえ、立ち上がる！

７小新聞のおかげで、ラッシュデュエルが街に広まり始めた。記事の中で、行きつけの食堂が閉店することを知った遊我たちは、閉店前に名物のラーメンを食べようと向かう。店主が作るラストラーメンをめぐり、グルメデュエリスト麺三郎と前代未聞(ぜんだいみもん)のラーメンデュエル？の幕が開く！

ラッシュデュエルを消すことに苦戦していたゴーハ社が注目したのは、遊我が持っている“秘密のノート”だった。 そしてゴーハ社６人の幹部である“トップ・オブ・ヘキサゴン”の１人が転校生として７小へ送り込まれてきた。 遊我たちは大人たちの手からラッシュデュエルを守れるのか？

ものすごーく暑い日差しの中、遊我たちが飲み物を買おうと自動販売機へ向かうと、巨大な影が立ちふさがった。 なぜかルークに恨みを持っていて“世紀末決闘王”を名乗るヨシオが、ルークにラッシュデュエルを挑んでくる！強大な力の源(みなもと)はスパゲティナポリタンにあった！?ルークは一体どう戦うのか？

ゴーハ市に“ゴッシー”という恐竜が出現した、という噂が聞こえてきた。恐竜に男のロマンを感じると意気投合した遊我とルークの２人はさっそく市内を探索開始！ すると、ゴッシーの正体を“ラッシュデュエル恐竜”であると考えるゴーハ２小の伯佛(はくぶつ)カンたちに出会う。 ルークの案内で彼らと市内をめぐる遊我たちは、カンたちのゴッシー探しには興味以外に別の目的があることに気づいて…。

ロミンから渡されたロアロミンのライブへの招待券。七冥館(ななめいかん)という大舞台でロアロミンのボーカルデュエリスト・霧島ロアから遊我はラッシュデュエルの所有権をかけた３対３の勝負を挑まれる。一番手に名乗り出たルークに対し、恐怖をさそう怪談デュエルが襲いかかる！

ラッシュデュエルをかけた３対３の闘い。初戦はルークが勝ち、このまま勝利をつかもうとガクトが新・蒼月流で戦いに臨む。だがそこに対戦相手として現れたのは、まさかの人物だった！

２戦目を落としてしまった遊我たち。ラッシュデュエルの所有権がかかった最終対決で、遊我とロアがデュエルをスタートさせる。デュエルが進む中、遊我しか使っていないセブンスロード・マジシャンが不正カードである可能性が！なんと遊我がセブンスロードを引いた時点で敗北するという絶体絶命のピンチに…。

ついにセブンスロード・マジシャンを引いてしまった遊我。不正により敗北かと思われたとき、地中からオーティスが現れる！遊我がセブンスロードを手にしたきっかけ、そしてオーティスの正体も明らかになる！？

ロアロミンとのチームデュエルに勝利した遊我たち。しかし、ルークはロミンに「裏切りスパイ工作員と話す口などない！」と言って、そっぽを向く。 ションボリとさみしそうなロミンに対して、遊我たちが考えた仲直り作戦は心のこもった手料理！？料理は爆発だっ！

また“イセキ”が現れた!!というカイゾーに遊我たちが案内されたのは、船が校舎のゴーハ水産小学校だった！そして遊我たちが乗り込んだこの船は、なんと１ヵ月間は海の上だという。 さらに、遊我はカイゾーをめぐる誤解から、船長にして漁師デュエリスト・間黒七海(まぐろななみ)との海中デュエルに突入する！

逃げた偽カイゾーを追いかけ、遊我たちがたどり着いたのは、あのＡＩレストラン！ 目的を忘れて食べまくったルークのおかげで、皿洗いをする羽目に。 そこで出会ったゴーハ３小“洗い物クラブ主将”洗井新太(あらいあらた)の罠に、ロミンがはめられてしまう。 洗井とのラッシュデュエルに敗れると、ロミンはタダ働きの皿洗いをし続けなければならない…。

ゴーハデュエルのすべてを管理し、謎の言葉“セツリ”を口にする少年、西園寺(さいおんじ)ネイル。カイゾーのデータを奪ったのはネイルだった！ カイゾーのオリジナルデータを取り戻すためには、遊我たちのデュエル・アカウントをかけ、ネイルたちを倒さなければならない！ 最初の相手は、…猫でも人間でもあるかもしれない!?

ネイルとの闘い２人目の相手は、なんとロアロミンのメンバー、平(たいら)ゲッタだ！ゲッタは、ロアへの不満を爆発させ、バンドを飛び出したという。 そこへ、「ゲッタとデュエルをする約束をしていた」というロアが姿を現し、ゲッタとの因縁(いんねん)のデュエルに…。ぶつかり合うシャウトとビート！ 二人の友情？の行きつく先は…。

突然、ロード研究所の前にマッサージチェアが出現！ 遊我たちが、もみごごちを楽しんでいると、地下へ送りこまれてしまう。 そして、闇の中から現れたのは、自らを「ネイル様の執事兼玉座」と語る、マッサージチェア型ドローンのセバスチャンだった！ 遊我と“椅子の王”、デュエル開始！

遊我たちと一緒に、地下に来てしまったヨシオ。 自分の夢について悩んでいたヨシオは、デュエルの中で夢を見つけるため、ネイルの刺客とのデュエルに志願する。だが、その刺客の正体はゴーハ幹部のミミだった！ ヨシオは相手が母とは知らず決闘に挑み、ミミはヨシオのために闘う！バブルvs世紀末、ここに完全決着!?

ネイルがいる“ヘイブン”を目指し、地下をさまよう遊我たち。 疲れ切って、お腹もすいた一同の目の前においしそうな香りが…。 その先には、ゴーハ社員でごった返す、ド派手なラーメン店「宇宙軒」が見えてくる。 激ウマラーメンをふるまうのは宇宙子(そらこ)と名乗る宇宙人!? ラーメンとなれば、この男、麺三郎の出番だ！ラーメンデュエル、再び！

ミミからもらった優待券を使い、ＡＩレストランでの食事を楽しむ遊我たち。 彼らを見つめる怪しい視線…、その正体は、以前ロミンを苦しめた洗井新太(あらいあらた)だった！ ルークを洗い場に引きずりこみ、チートデュエルを仕掛ける洗井。対するルークは、特殊能力!?の“ルークデビル”が、なぜか発動しない…。

ヘイブンの入り口、セツリの門までたどり着く遊我たち。門の中の参道には様々なセツリをあつかう商店が立ち並んでいた。商店を抜けた先には、目的地であるヘイブンが…。重い扉が開き、待っていたネイルとの最終決闘。その時、巨大な光とともに想像を絶するモンスターが召喚される!!

約束の時間に姿を見せない遊我。心配するルーク、ガクト、ロミンはネイルに勝つための方法を探しにいく。オーティスに答えを求めた三人の行きついた先は、すべての始まりの場所“イセキ”だった。ヒントを知りたいという彼らに、オーティスはある条件を課す。それはデュエルでの「勝利」、そして「覚悟」！

再び相まみえる遊我とネイル！天帝龍樹(てんていりゅうじゅ)ユグドラゴ、その巨体が天を衝き(つき)、その咆哮(ほうこう)が大地を震わす！ルーク、ガクト、ロミン、３人の気持ちを乗せた遊我のドロー！さらにカイゾーの力も加え、彼らの夢と勇気と友情が奇跡を起こす！

ついに登場した遊我のマキシマムモンスター、超魔機神(ちょうまきしん)マグナム・オーバーロード！しかし、ネイルのたくみな戦術に苦戦する遊我。ラッシュデュエルと、仲間たちのアカウントを懸けた(かけた)闘いに決着の時が訪れる！これが、マキシマムデュエルだ！

ルークは７小をラッシュデュエルの聖地とするべく『ルーク部』を結成する。しかし、遊我たちには見放され入部希望者も見つからない。一人二役でデュエルをするルークの頬(ほお)をしょっぱい液体が伝う…。その瞬間、ルークの前に不可思議なデュエリストが姿を現す。

ラッシュデュエル大会に参加することになった遊我たちは、大会へ向け合宿で特訓をすることに。日が暮れる頃ロミンは、同じく合宿所に来ていた巻寿司子(まきすしこ)と、テレビのチャンネル権をかけてデュエルをすることになったのだが…。

合宿に合流するため山の中を進んでいた蘭世(らんぜ)と凛之介(りんのすけ)だったが、怪しいエンジン音を耳にして足を止める。その音の主は青い重騎(じゅうき)に乗る男、ゴーハ６小の田崎(たざき)ギャリアン！蘭世は合宿所への工作をほのめかすギャリアンに、デュエルを挑まれる！

遊我たちはルークの勘違いから、ラッパデュエット大会に出ることに…。楽器の演奏を習うため、吹奏楽部を訪ねるが音楽室は真っ暗な上に、突然、何者かに襲われてしまう！そして、なぜか異常に怯(おび)えるルークのうしろに、白銀のファゴットを引っさげた上城大華(かみじょうはるか)が現れる！

ラッパデュエット大会の会場へやって来た遊我たち。しかし、そこで行われていたのは『闇ラッシュデュエル大会』だった！大会を開いたゴーハ６小の叛逆者(はんぎゃくしゃ)、有栖川(ありすがわ)ジャンゴとラッパ特訓を無駄にされた怒りのルークがデュエルをすることに！

闇ラッシュデュエル大会会場に鳴り響く轟音！深紅の重騎とともに現れた六葉(むつば)アサナ率いる重騎デュエルクラブは、ゴーハ６小の規律に反したとしてその場にいた全員を連行しようとする。６小でのラッシュデュエルの自由を勝ち取るため、遊我はアサナにデュエルを挑む！

ゴーハ６小へ転校させられてしまった遊我たち。７小生徒会長の立場を失ったガクトに『生徒会長欠乏症(けつぼうしょう)』の症状が…。７小生徒会へ復帰するため、重騎デュエルクラブとのデュエルを決意したガクトの前に、蘭世と凛之介を６小へと連れ去った田崎ギャリアンが立ちふさがる！

遊我はアサナたちの秘密を探るためカイゾーとセバスチャンをネイルの元へと送り出す。雨に降られ雨宿りをしていた２体の前に、重騎デュエルクラブからの刺客にして地底人!?フィンガー地下子(ちかこ)が現れ、セバスチャンたちにデュエルを仕掛ける！

遊我たち不在のロード研究所に迫る巨大な無限軌道。その正体は重騎デュエルクラブのメカニック、象明寺(ぞうみょうじ)キャタピリオだった！圧倒的な解体の技で研究所に詰め寄るキャタピリオ。だが、その暴挙を許さぬ者がいた。美しい華には正義がある。上城大華、見参！

地下に広がる重騎闘技場へとたどり着いた遊我たちの前に、またしてもギャリアンが立ちふさがる。デュエルを挑んでくるが、なぜかボロボロのギャリアン…。見かねた蘭世の妄想(もうそう)が、ギャリアンに対しても発動してしまう！「この勝負、ギャリアンに代わって――この七星(ななほし)蘭世が譲り受ける！」というトンデモ展開に!?

次の相手は重騎デュエルクラブ参謀(さんぼう)を務める加山(かやま)シュベール！ハトラップを使った罠だった『ラッパデュエット大会』に誘い込まれた責任を取る、と意気込むルークが進み出る。しかし、重騎に乗り込んだシュベールは、自分の左肩に乗せた参謀の一角(いっかく)である鳩・ハトラップが相手をする!?と言い出す…。

地下最深部で遊我たちは、廃棄された試作型デュエルディスクを発見する。重騎デュエルクラブの秘密にたどり着いた遊我たちの前にアサナが現れ、遊我にデュエルを申し込む。それは、ラッシュデュエルと重騎道の誇りを懸けた最後の闘い。今、決戦の火蓋(ひぶた)が切られる！

激しく闘いの火花を散らす超魔機神マグナム・オーバーロードと幻竜重騎(げんりゅうじゅうき)ウォームＥｘカベーター！お互いに熱いデュエルを楽しむ遊我とアサナだったが、アサナの愛機・Ｒ６(アールシックス)に限界の時が訪れる。それでも引けない理由がアサナにはあった。取り戻したい、誇りがあった。

プリンセスＧが引退する!!どうやら、ラッシュデュエルを認めたことで、プリンセスＧの所属先であるゴーハミュージックを解雇(かいこ)されたらしい…。このニュースを知ったロミンは、ラッシュデュエルをやめると言い出し、最後の対戦相手として遊我を指名する！「これが私のラスト・ギグ！」

突然、生徒会と蒼月流からの卒業を申し出る蘭世。思いがけない蘭世の行動にとまどうガクトは、卒業の条件として、ラッシュデュエルで自分を倒すことを蘭世に課す。蘭世は、これまで主(あるじ)と敬(うやま)い、献身的に仕(つか)えてきたガクトとのデュエルで、なぜか異常なまでに挑発的な態度をとる。そこには蘭世の特殊能力!?である“蘭世アイズ”のほかにも、秘めた想いがあった…。

ゴーハ社がラッシュデュエル大会を開くと聞き、ルークは大会を勝ち抜いてデュエルの王になると宣言。大会へは３人のチームで参加しなければならないが、なぜか遊我は大会へ出ないという…。遊我の態度に納得がいかないルークだったが、大会へ向けマキシマムカードを発掘しようと坑道を訪れる。そこでルークは、宇宙服を着た奇妙な３人組と遭遇する！

ついに開幕したゴーハ・ラッシュデュエル・チームバトルロイヤル！ルーク、ガクト、ロミンのチームを応援するため会場へやって来た遊我は、大会へ出られなくなったアサナの代わりに出場するようルークに迫られる。するとその時、群衆の中から遊我にデュエルを挑む男が現れる！

チーム『ロアとゲッタとウシロウ！』が開会式に乱入！ロアは自分の目的を果たすため、社長ミミにデュエルを申し込む。一方、チーム戦を期待していたゲッタとウシロウは、「オレ様の後ろにいればいいんだ」というロアの言葉にショックを受けてしまう…。

熱戦が繰り広げられるチームバトルロイヤル！遊我たちも順調に勝利を重ねていくが、その前にデュエル恐竜研究クラブの３人が現れる。「遊我さんの胸を借りたい」とデュエルを挑んでくる後藤(ごとう)ハントは、なぜか以前と全く別人の雰囲気をただよわせていた…。

大会で敗北したデュエリストたちに囲まれてしまうルークたち。援軍に助けられピンチを切り抜けるが、ゴーハ６６(ダブルシックス)の刺客、スイーツ過去子(かここ)の待ち伏せにあってしまう。麺三郎の気持ちを揺さぶる過去子に対し、八木(やぎ)ニックの焼肉戦法が燃え上がる！

ゴーハ６６(ダブルシックス)を探すルークたちは、ハントの情報をもとにマキシマム山の坑道へ向かう。すると突然、ドラムとベースの演奏が響き渡り、ゲッタとウシロウが現れる！彼らがロアに代わる新たなリーダーとして選んだのは、長身のイケメンで、パリッとしたスーツに身を包んだ謎の人物だった…。

マキシマム山、坑道の奥深く、雪の降るデュエルフィールドで奥義(おうぎ)をぶつけ合うタイガーとアサナ。かつて「ハルっち」「アサっち」と呼び合うほど仲の良かった彼女たちが離れてしまうことになったある事件とは？はかなくも交差する幼い日の想い。あの日の空にもまた、粉雪が舞っていた…。

ついに迎えた決勝戦！第１戦はロアvsロミンの『ロアロミン』対決に！ロミンは新たなスタイル“ジャム”でロアを追いつめる。「あなたはソロではステージに立てない」と言われ動揺(どうよう)するロア。一方、闘いを見ていたゲッタとウシロウは、じっとしていられずに…。

決勝戦の第２戦はガクトvsネイル！ガクトは、蘭世が『新・蒼月流』から卒業してしまったのは自分がパッとしないからだと考えていた。そこでガクトは、強敵ネイルに対し、更に進化した“現在進行形”の蒼月流を準備してきていた!!その進化した姿とは･･･、キーワードは“ガクティング”!?

同点のまま迎えた決勝最終戦、おたがいの健闘を誓い合う遊我とルーク。燃えあがる『灰覇炎神ヴァスト・ヴァルカン』、遊我はロードを突き進む！うなりをあげる『連撃竜ドラギアス』、ルークはドーロを突っ走る！『デュエルの王』の称号をかけた最終決戦、いくぞ！ラッシュデュエル！

“リアルタイム・ラッシュデュエル・アンインストール”、ラッシュデュエルがラッシュデュエルそのものを消滅(しょうめつ)させていく。中断か続行か？向かい合って立つ遊我とルーク…。やがて二人は微笑む。こんなんじゃ終われない、サイコーのデュエル！いざ、最後のラッシュデュエル！

ラッシュデュエル・チームバトルロイヤルのおかげで、ラッシュデュエルは以前にも増しての大ブームに！この機会にラッシュデュエルクラブの部員を増やそうと、ルークが強引な勧誘を繰り返す。そして、茂みに隠れてデュエルをのぞいてた少年がルークに捕まってしまい…。

突然やって来た巨大要塞(ようさい)！それはゴーハ・コーポレーションの真の社長である６兄弟の要塞だった！遊我たちは、ラッシュデュエルのプログラムデータであるラッシュデュエルロボを破壊(はかい)から守るため、６兄弟とデュエルをすることに。第１戦の相手はスピードマニアの長男、ゴーハ・ユウロ！ライディング・ラッシュデュエル、アクセラレーション！

ゴーハ第７小学校に汽笛(きてき)の音が鳴り響く。クルーザーに乗って現れたのは、自称『海の男』、ゴーハ社長６兄弟次男、ゴーハ・ユウジーン！社長の権力で校庭を海に変え、海上デュエルを仕掛けてきたユウジーンに対し、泳ぐのが苦手な遊我に代わり、『デュエルの王』ルークが対戦相手を買って出る！

ゴーハ市にプロ野球チームが誕生すると聞き、「盗塁王にオレはなる！」と意気込むルーク。入団テストにやって来た遊我たちの前に現れた社長６兄弟長女、ゴーハ・ユウカは、デュエルの相手にスポーツ万能のロミンを指名する。野球ラッシュデュエル、プレイボール！

剣道大会の助っ人を頼まれたガクトは、遊我たちと一緒にゴーハ武道館を訪れる。しかし、そこに出場選手の姿はなく、静まり返る館内にはただ一人、少年がたたずむだけだった。その少年こそ社長６兄弟三男、ゴーハ・ユウラン！ガクトvsユウラン、剣道ラッシュデュエル、始めぃ！

夕方のゴーハ第７小。ルークの悲鳴を聞いて、廊下に飛び出した遊我たちは、たくさんの人形を目にする。その人形たちを操っていたのは、ゴーハ社長６兄弟四男、ゴーハ・ユウオウ！遊我とのデュエルで劣勢に立たされるユウオウだが、その口元には謎めいた笑みが浮かんでいた…。

ゴーハ社長６兄弟に対抗するため、ＡＩレストランで６小の生徒会と対策会議を開くことになった７小生徒会。しかし、会議中の一同に、不可解な出来事が立て続けに起こる。６小生徒会副会長“健崎(けんざき)ぼたん”を前に、運ばれてきた料理が次々と消えていく…。会議は踊る、されど進まず！

図書館を訪れていたグルグルは『ＳＥＶＥＮＳ』という謎の本に出会う。図書館員になっていたミミは、グルグルの持つその本があれば再び出世できると考え、グルグルにデュエルを挑む！一方、「ユウオウに会いに行く」と、ロクロスへ向かう遊我たちだったが…。

再び遊我たちの前に現れ、野球デュエルを仕掛けてくるユウカ。「一番の強打者は誰だ！」と挑発するユウカに対し、「ロアロミンの借りはロアロミンで返す！」と名乗りを上げるロア！ロックvsベースボール、異色の対決が実現！パワフルラッシュデュエル、プレイボール！

「ルークが家に帰ってない」とタイガーから聞き、遊我の作ったロードでルークを探す一同。『ゴーハ第６採石場』にたどり着いた遊我たちだったが、ユウオウに行く手をはばまれてしまう。「まてぇぇぇい！」採石場にひびき渡る謎の声！現れたのは…。

ルークに起きた異変について調べていたロアは、ミミからの情報を頼りに、ミミとグルグルと共にゴーハ社へ向かう。なんとか社内へもぐりこみ、社長室を目指すロアたちの前に、『ゴーハ社長６兄弟』の“最後の一人”が立ちふさがる！

ルークの住む上城家の屋敷『カミジョウ・ギヤ・カンパニー』を訪れた遊我たち。そこへタイミング悪く帰ってきたルークがタイガーにつかまり、姉弟デュエルスタート！すると、タイガーの猛攻を受けるルークに変化が…。

無茶な修行をしているタイガーを止めるためにマキシマム山へ向かった遊我たち。意識を失いかけていたタイガーを介抱(かいほう)していると、突然ロクロスが現れる！勝負を迫るユウオウに対し、ふらふらの状態でも戦意を見せるタイガーに代わり、デュエルに挑むアサナ。ユウオウがアサナの対戦相手として指名した人物は…。

ラッシュデュエルを懸けたゴーハ社長６兄弟との闘いも、ついに最終戦を迎える！遊我は、ユウオウの背後に姿を現したザ☆ルークメンにデュエルを挑む。遊我とのデュエルを前にして、パーフェクトモードへと変身したザ☆ルークメンを打ち倒すために、遊我のとった驚くべき作戦とは!?

ゴーハ星人の卑劣(ひれつ)な手段によって闘うことになってしまった、ザ☆ルークメンとザ☆ユーガメン。なぜ正義と正義がぶつからねばならない？葛藤(かっとう)に苦しみながらも全力で闘う２人の宇宙戦士。次の瞬間、夜空にきらめく流星が正義のデュエリストたちに奇跡をもたらす！

ユウオウは悩んでいた。とある日、珍しくゴーハ社長としての予定が何も無かったユウオウは、一人ゴーハ社をあとにする。公園でブランコに揺られているユウオウ。いやに兄弟たちが優しいのだ。そこへ、謎の美少女と謎の博士がユウオウの前に現れる。

ゴーハ・コーポレーション統括本部総務部庶務６課所属、フラッシュ海深子(うみこ)。彼女のずさんな仕事ぶりは目に余るものがあった。ひょんなことから海深子と再会したガクトは、彼女のガサツな勤務態度を改めさせるためにデュエルで勝負をすることとなる。

ゴーハ５小昆虫デュエルクラブ。風変わりな部員たちの中にはテントウ虫帽子の少女、七星(ななほし)ナナホの姿もあった。遊我を知っている様子のナナホは、グルグルに案内され遊我の元を訪ねる。しかし、遊我はナナホを前にすると突然様子がおかしくなり…。

ゴーハ社員食堂で働くことになったロミン。自慢のカレーを作るも売れ行きはさっぱり…。食べてくれると信じていたミミにも裏切られたロミンは、カレーを食べてもらおうとミミにデュエルを申し込む！思いがけず、その闘いがゴーハの存亡を懸けた闘いとなる…。

ゴーハ社の前でルークたちに出会ったハントは、取材でゴーハ社を訪れていたバクローたち７小新聞部も引き連れて『お金の匂い』がするゴーハ社の地下階へと向かう。最深階層で謎の廃工場を掘り当てたハントたちは、そこで夢のような“ある機械”を発掘する…。

ルークは遊我が６人目のゴーハ社長だとあたりをつけて遊我のご機嫌（きげん）取りをする。ミミに入れ知恵され、遊我を“接待ラッシュデュエル”でもてなすルーク。しかし、当の遊我はとてもつまらなさそう…。そんな遊我を見て、ルークは幼き日のとあるデュエルを思い出す。

ゴーハ社にゾンビ出現！パニックにおちいる社内で次々とゾンビになっていく仲間たち…。なんとか難を逃れたガクトだったが、しゃべるゾンビ・行手内造(いきてないぞう)に行く手をはばまれる。ゾンビになったみんなを救うため、ガクトがサバイバルデュエルに挑む！

『実は遊我がゴーハ社長の最後の一人かも疑惑』！！その真相を探ろうとするガクトたち。しかし、偶然出会ったアサナが「黙ってこそこそ調べるなど、友のすることではない」と立ちはだかる。遊我の謎を追うため、ロアがアサナとデュエルをすることに！

様子の変なグルグルを元に戻そうとしていた遊我たちは、デュエルによって人を操る『禁断のカード』の存在を知る。「こんなひどいことして喜ぶのなんて…」禁断のカードと関係のありそうなナナホを探す遊我とルークだったが、意外な人物が二人の前に立ちふさがる…！

何かが出力された形跡をたどり“ゴーハ社地下大深度区画”へと向かう遊我たち。デュエルカード試作機から出力されていたカードを復元すると、『禁断のカード』と思しき不気味なカードが現れる。そのカードを目の当たりにしたグルグルはさらにおかしくなり…。

『オリジナルデュエル開発ロード』から生まれた様々な新ルールを楽しむデュエリストたち。しかし、ルール同士の対立をあおり、デュエルに黒い影を落とす者がいた。「闘い！争い！相手を打ち負かす事こそデュエルの神髄！」破滅の使者…ゴーハ・ユウガ、降臨。

『禁断のカード』を手に現れたゴーハ・ユウガを迎え撃つため、ゴーハ本社の屋上へと駆けつけたルーク、ガクト、ロミン、ロア、ネイル、アサナ。デュエルでゴーハ・ユウガに立ち向かうルークだったが、禁断のカードから放たられるまばゆい光に包まれてしまう。

新たに生み出された膨大な数のデュエルルールは、ゴーハ・コーポレーションに致命的な混乱をもたらしていた。社長兄弟のやり方に納得のいかないミミは、勇んで社長室へと押しかける。社長兄弟たちを問い詰めるミミに、ユウロが語るゴーハ６兄弟の真実とは…。

いつもと同じ朝、いつもと同じ登校風景。しかし、そこにあったのはどこか他人行儀なロミンとガクトの姿だった。困惑する遊我を挑発するかのように、次のターゲット、オーティスにデュエルを仕掛けるゴーハ・ユウガ。その手中には『死者蘇生』が握られていた。

ガクトはラッシュデュエルの記憶を失っていた。それは仲間と過ごした日々の記憶さえも失ったことを意味していた。失われた記憶を取り戻すためにラッシュデュエル誕生の日をやり直そうとする遊我たち。上城龍久初監督作品『ドーロ・オブ・ザ・ラッシュ』公開！

ラッシュデュエルでガクトの記憶を取り戻そうと奮闘する凛之介。ギャリアンとセバスチャンはそんな凛之介の姿に触発され、ガクトと同じく記憶を失っていたそれぞれの主人、アサナ、ネイルとデュエルを繰り広げる。仲間たちを想う熱いデュエルが奇跡をもたらす…！

ロアロミンのシークレットライブに向けて練習に打ち込むロア。ガクトたちと同じく、ロアもラッシュデュエルの記憶を失っているようだった。「君の記憶を取り戻しに来たんだ！」ロアにデュエルを挑む遊我。共演デュエル再び。あの日の七冥館ライブが今蘇る…っ！

シークレットライブのステージで熱いデュエルを繰り広げる遊我とロア！闘いのさなか、遊我に思惑(おもわく)を見破られ自らをあざけり笑うロアだったが、ミミたちロアロミンファンの声援に“らしさ”を取り戻す。「今日はオレ様がたっぷりおまえたちを可愛がってやる！」

ロード研究所に集まり、ロミンのソロデビューを喜ぶ遊我たち。しかし、ルークだけは、仲間との思い出が欠けたロミンの笑顔を認められないでいた。一人、夕暮れの部室でふさぎこむルークに対し、ゴーハ・ユウガに記憶を奪われたバクローがデュエルを仕掛ける。

「私が勝ったら、デュエルは諦(あきら)めて音楽の道へ進む。あなたが勝ったら…その時はあなたが決めた道を進みなさい」プリンセスＧの強い想いにデュエルで応えようとするロミン。最高潮のギターバトルデュエルの末に、ロミンが決めた“わたし”の進むべき道とは…。

増え続ける新デュエルルールは月面に刻まれたデュエルプログラムそのものを崩壊(ほうかい)させようとしていた。ネイルはデュエルプログラムの崩壊を阻止するために制御システムの完全停止を提案する。システムを停止させるためにはルークの中に潜(ひそ)むあの力が必要だった。

パウリエフェクトの力を増大する“何か”を見つけられないでいた遊我に「お前はただの無力な小学生」と言い放つタイガー。その言葉に怒ったルークは、最強の姉、タイガーにデュエルで挑みかかる。壮絶(そうぜつ)な姉弟ゲンカデュエルは、謎の光とともに意外な結末を迎える！

すべての制御システムが停止したゴーハ市は静かな闇に包まれていた。デュエルプログラムを守るために月へと向かうことを決意する遊我たち。仲間たちと家族の想いを胸に秘めて重力を振り切る遊我たちだったが、宇宙にはまたしても“あの男”が待ち構えていた。

ゴーハ社長６兄弟の力を借りてラッシュデュエルロボを起動させた遊我たちは、危険な状態のデュエルプログラムを救うため、最後の試練、オーティスロボに立ち向かう！２体の巨大ロボが繰り広げるド迫力スケールのスペースバトル。激闘！ラッシュロボデュエル！

限界が近づくラッシュロボ。みんなを脱出させ、オーティスとの決戦へ向かおうとする遊我にルークが待ったをかける。カードで語り合う二人。親友とのデュエルを楽しむ遊我…しかし、その心には悲壮(ひそう)な決意を秘めていた。いくぞ！ラストラッシュデュエル！