時は文明開化の頃、場所は帝都東京市…。江戸川子爵家に起きた怪事件、そこに現れ颯爽と事件を解決した、一ノ宮勘太郎と名乗る青年。民俗学者と妖怪バスターの二足の草鞋を履く彼は、子爵令嬢のすずと共に訪れた神社で、幼少の頃より憧れ続ける伝説の最強妖怪「鬼喰い天狗」が封じられた封印石を発見して…。

勘太郎たちと行動を共にすることとなった春華。だが封印時の記憶を失い、鬼を殺せなくなった自らの異変に戸惑いを覚えていた。そこへ勘太郎の担当編集であるレイコが持ち込んだ幽霊事件に興味を持った勘太郎たちは、花街の吉原へと赴く。老舗遊郭『菊園』の看板花魁、小染太夫から語られた哀しい恋の物語の真実とは…。

とある村で子どもたちが次々と行方不明になる事件が発生した。その事件を解明するため調査に乗り出した勘太郎は、この村の“山の神”が事件の鍵を握っていると考え探し回る。そんな中、今度はすずが行方不明に。そこですずを探しに山に向かった勘太郎たちは、この山の神である白天狗のスギノ様と遭遇して…。

車夫をしている誠一の依頼で、彼の幼なじみの芙美に会いに行った勘太郎たち。だが、勘太郎の面会を芙美は激しく拒む。なんと彼女の顔は透明に消えかかっていたのだ。その原因は、燕尾服の男に誘われて森の写真館で撮った一枚の写真。この写真が彼女の魂を吸っていたのだ。そして、レイコにも魔の手が忍びより…。

幼なじみの夢奴の相談で、両国を訪れた勘太郎たち。その夢奴の話によると、彼女は今、人形師の青柳新三郎の屋敷に出向き、毎夜彼の前で踊っているらしい。だが、屋敷には青柳と夢奴以外誰もいないはずなのに、なぜか憎しみに満ちた視線を感じるという…。勘太郎はその原因を探るため、人形屋敷である青柳邸を訪れるが…。

街中に夜な夜な現れるという噂の幽霊電車。勘太郎たちは調査を開始するが、春華は電車のモーター音が苦手らしく終始不機嫌。毎晩現れる時刻に手がかりを得た勘太郎と春華は、バトルの末にその謎を解き明かす。なんと幽霊電車の正体は半年前に事故を起こした車両だった。一方、すずは街頭で一人の少女と出会い…。

名づけ親＝主人、の立場をタテに、ヨーコに原稿の下書きをさせる勘太郎。あきれる春華に対して、まるで挑発するかのようなふざけた態度をとる勘太郎は険悪な雰囲気に。そこへ「行方知れずの令嬢を捜してほしい」と、ある良家からの依頼が舞い込んだが、とうとう愛想を尽かした春華は飛び去ってしまい…。

貰った鯛焼きをしまっておいたヨーコだが、洗濯をしている間に勘太郎と春華に食べられてしまった。ショックを受けて家を飛び出し、スギノ村や江戸川邸を渡り歩いたあげく、喫茶店で女給の仕事に挑戦するヨーコ。そこで客から仕事を手伝って欲しいといわれ、ヨーコがついていった先は胡散臭い妖怪見世物小屋だった…。

恩師に頼まれ、学生時代の後輩の蓮見と共に調査に向かった勘太郎たち。彼とは対照的に、エリート民俗学者である蓮見は妖怪の存在を真っ向から否定する。一行のいく先は宝が眠るといわれている嫁島。またの名を人喰い島。奇妙な石柱を調べる勘太郎と蓮見。その上に鎮座する「眠り猫」の意味を考えあぐねているその時…。

謎の変死事件を追って湖畔の村を訪れた勘太郎は、村の祭を取り仕切る朱雀院家に世話になることになった。そこには姿が似ていても性格がまるで正反対の双子の姉妹、舞と雅がいた。宴の席で雅は占いを行うが、具合を悪くして途中で席を外してしまう。その夜半、恭子の部屋を訪れる勘太郎。ところがそこにいたのは…。

新たな犠牲者が出た。雅は自らの余命が幾ばくもないことを知りながら、生きた証を残すため儀式を行う決意をする。一方その頃、雅を救いたい一心の舞は人の生命を司る神である泰山府君を召喚しようとしていた。身代わりとなる命を差し出すことで雅が助かると信じて。しかし、そこへ駆けつけた勘太郎が見たものは…。

若くして貿易会社を営む女社長の櫻沢宏子の邸宅へ退魔作業にやってきた勘太郎たちだったが、次から次へ現れるチビ妖怪の対処に追われっぱなし。そんな中、屋敷に出入りする軍人の姿を見かけ、不審に思った勘太郎は屋敷内を探索し、謎の花園に迷い込む。その頃、春華は敵の罠に陥り囚われの身となっていた…。

樹海で訓練中の兵隊たちが突如現れた「鬼喰い天狗」に襲われ、行方不明になる事件が相次いでいるという。軍からの依頼を受けた勘太郎と春華は、その謎を解くべく富士の樹海に赴く。そんな樹海の奥で発見されたのは、なんと巨大軍艦「畝傍」の朽ち果てた姿だった。そして夜、闇に乗じて妖たちが動き出して…。

レイコは、幼い頃から無類の本好き。ある日、読書の最中に眠ってしまったレイコの傍にあった書物が光を放ち、謎の妖怪が現れ、手をかざすとレイコは本の世界に吸い込まれてしまう。それ以来、レイコの身の回りで不可思議な現象が起こり出す。妖怪に取り憑かれたことを察した勘太郎はその原因を突き止めようとするが…。

すずの案内で、かつて江戸川子爵が世話になった山あいの別荘に避暑にやってきた一行。すずは幼い頃、この別荘の管理人夫婦、とくに奥方の千影にとても可愛がられていたという。ところが別荘に着いた勘太郎たちは、千影が既に亡くなったと聞かされる。河原で一人悲しみにふけるすずの目の前に現れたのは千影の姿だった…。

妖怪退治の依頼を受け伊藤邸を訪れた勘太郎。そこに現れたのは、死んだ人間の強い怨みが妖怪となった狂骨だった。恨みを残した亡骸を供養すれば収まるのだが邸主の健一郎は、身に覚えがないという。そんな折、狂骨が再び姿を見せる。追い詰める勘太郎と春華。しかし、そこへスギノ様が現れ、事態は思わぬ展開に…。

沼田先生が英国への文化使節に蓮見を推薦したことを知ってやさぐれる勘太郎。そこへレイコから、教会で起こった怪事件を調査する仕事が舞い込む。早速、神父が収容された病院を訪ねるが、神父はちょうど息を引き取るところだった。彼の最期を看取ったのは、エドワーズと名乗る謎の司祭。日本へきた彼の目的は…？

怪奇現象を科学的に解決してくれるという「摩訶不思議研究会」なるグループの存在を耳にした勘太郎。この新たな商売敵の登場に憤慨した勘太郎は、研究会の本拠地に乗り込む。だが、そこにいたのは蓮見だった。対峙する二人。そこへ怪奇事件調査の依頼が舞い込み、二人は意地と面子をかけて事件の解決に乗り出すのだが…。

呉服商伏見屋の若旦那である義夫の屋敷では白蛇が現れ使用人たちが怯えて次々と辞めてしまうらしい…。義夫と面識のあったヨーコは伏見屋で働くことを志願する。ヨーコに次第に想いを寄せる義夫。だが、それをよく思わない義夫の父、義兵衛。伏見家は代々妻を娶らない掟があり、それを破ると祟りが起こるというのだが…。

チビ妖怪たちに取り憑かれた人々が街に溢れ、勘太郎も処理にてんてこ舞い。どうやら人気の娘義太夫、昇菊の寄席を聞いた人々が被害に合っているらしい。勘太郎は春華を昇菊の一番弟子である百合の護衛につけ、彼女から昇菊の情報を得ることに。次第に春華に対し恋心が芽生える百合に昇菊は縁結びの御守りを手渡すが…。

怪奇現象の調査のため家を留守にする蓮見から一ノ宮家に預けられたロザリーは、ヨーコとすずたちに次第に馴染んでいく。一方、一度は本来の鬼喰い天狗として覚醒しかけた春華は、勘太郎たちから距離を置き、百合からもらったお守りを手に物思いにふける。そんな春華を元気づけようと、すずは春華を浅草見物に誘うが…。

頼光によって記憶の断片を取り戻した春華は、その記憶に翻弄され、勘太郎から距離を置き孤立していく。かつて自分を封印した男、奴は勘太郎につながる者なのか？ いつしか二人の間には亀裂が生まれ、次第にその口を広げていくのだった。そんな中、春華は突然自我を喪失し、鋭く伸びたツメを勘太郎の無防備な背中へと…。

勘太郎と同じシルエットの男に封印された、という記憶。そして、彼に向けられた殺意。記憶が戻り始めたことに戸惑う春華は、一ノ宮家から姿を消す。一方、春華がいなくなった理由が自分にあると考えた勘太郎は思い悩み、仕事にも手がつかない。そんな中、鬼喰い天狗の完全覚醒をもくろむ頼光の最後の策謀が幕を開ける…。

蘇りつつある記憶の断片に翻弄され、ついに自我を失ってしまった春華。一方、ヨーコを盾にとった頼光に、春華との契約解除を迫られる勘太郎だが、突如現れたむーちゃんとロザリーの機転によりヨーコを救い出すことに成功する。しかし、そこに鬼喰い天狗の本性を取り戻した春華が現れて…。

頼光との戦いを終えると再び勘太郎のもとを去ってしまった春華は、スギノ村で物思いにふける日々を過ごしていた。一方、春華に拒絶されることを恐れるあまり迎えにもいけない勘太郎と、それをまた見守ることしかできずはがゆい思いをするヨーコたち。そんな中、一ノ宮家を訪れた江戸川子爵から驚くべき事実が語られて…。