日曜の朝に、不愛想なアンドロイド・メイドのベンに起こされ、不機嫌なジョンソン。気晴らしに、トリップムービーを見に出かけ、美女に囲まれ……、の超豪華な夢を注文する。ところが、そこで見たのは、左腕にサイコガンを持つ不死身の男、海賊コブラが大暴れする夢だった。気をよくして、高級カジノへ繰り込んだジョンソンは、夢に出てきたコブラの宿敵、海賊ギルドの幹部バイケンに出会う。

地球脱出のため宇宙船を調整していたコブラは、追われる謎の美女ビビを助ける。彼女を連れ、隠れ家に移るコブラ。しかし彼女は、なぜか狙われた理由を話そうとしない。彼女の追手との銃撃戦で、初めて的を外してしまったコブラは、地下の射撃場へ、すると、射撃練習中のコブラの後を横切る不審な影。捕らえてみれば、なんとビビだった。

惑星ザグザードにタートル号を取りにやってきたコブラは、酒場で賞金首のドグに絡まれ、やむなくドグを倒す。そこへ現れた賞金稼ぎの美女ジェーンが登場、ドグの仲間を倒す。だが、死体にはジェーンの物ではない弾丸の跡が…不審に思ったジェーンは、コブラの後を追う。彼がコブラだと知らぬジェーンは、コブラの墓の前に立つ彼に、コブラの事を尋ねる。

惑星シドに着くと、ジェーンの妹キャサリンは刑務所に連れていかれた後だった。コブラを宝石泥棒に仕立て、囚人としてシド刑務所に送り込むジェーン。だが、後をつけてきたクリスタルボーイによってジェーンは連れさられてしまう。一方、コブラは資料室でキャサリンの居所を調べているのを、超強化サイボーグの女死刑執行人たちに見つかってしまい、二人を倒す。

またも謎の敵から狙撃され、廃墟の町に逃げ込むコブラとキャサリン。コブラは敵の注意を自分に引きつけ、その隙にキャサリンを建物の中に隠れさせる。だが、敵はあきらめない。敵の照明弾が発射され、キャサリンは撃たれてしまう。

サイコガンで意識を失ったジェーンは、ギルド側のターべージに操られていた。一方、クリスタルボーイはザイーにコブラを捜させる。コブラの寝首を掻こうとするザイーたち。だが、仲間の一人がギルドの殺人兵器、ハンタースネークにやられる。ザイーを倒したコブラは、残った仲間のダッグからターベージのことを聞き出す。コブラにほれたダッグは、ターページを逆にスパイに行く。

キャサリンの仇討ちに行こうとするジェーンを引き留めるコブラ。そこへターベージの麻酔種子の嵐が襲う。麻酔の効かないアーマロイドのレディがターベージを迎え討つが、ターベージにパワーで押される。と、照りつける太陽に弱ってきたターベージは引き上げてしまう。麻酔から覚めたコブラは、ターベージの行く先リフレッシュセンターを突き止め、サイコガンで狙撃する。

ジェーンを殺され怒りを露にしたコブラは、エアバイクに乗ってボーイを倒しに向かう。ギルドのゲルファイターを次々と撃破、集まったゲルファイター部隊を峡谷に誘いだし、タートル号で一気に全滅させる。そして、クリスタルボーイのところへ乗り込むコブラ。照明を消し暗闇に紛れて消えるボーイ。コブラは彼を追って発着場へ。

コブラは、情報屋の占い師ミス・マドウからジェーンの妹ドミンクの居所を聞き出す。ドミニクはルルージュ星の海賊スノウ・ゴリラの中にいるという。ルルージュ星についたコブラは、現金を積んだ雪上バスにギルドの殺し屋ジョーが乗るのを目撃し、バスに乗り込む。すると案の定スノウ・ゴリラがバスを襲撃。ジョーがルートを知らせていたのだ。

なぜ海賊が銀河パトロールを助ける？というドミニクに、ジェーンやキャサリンとの関係を臭わすコブラ。ふたりは、ジェットスキーでスノウ・ゴリラ隊基地から脱出する。サンドラたちの執拗な追撃をかわすため、コブラたちはわざとクレパスの中に突っ込む。勝ち誇るサンドラたちの前に、クレパスの中からタートル号に乗ったコブラたちが現われる。

惑星ザドスに着いたコブラたちを、スノウ・ゴリラの宇宙船が攻撃してくる。なんとドミニクの耳たぶに発信機が仕込まれていたのだ。船はタートル号で撃ち落としたが、戦車ブラックシープが生き残り、攻撃してくる。しかもその隊にサンドラが、最終兵器のあるピラミッドへ走った。

王家の墓の番人を倒し、コブラを出し抜いて、最終兵器を手に入れたサンドラ。眼を持つ卵形をしたその物体は、コブラの持つ宝刀を見て、刀に変化し、さらにサンドラも巨大化。最終兵器とは進化する兵器だった！！

金塊輸送中のビーナス号の行方不明をギルドの仕業とにらんだコブラは、ラスベガス・ステーションへ向かう。実は、そこの支配人はギルド幹部のハンマーボルト・ジョーだった。さっそくコブラはカジノを、レディは倉庫を探り始める。カジノで男に絡まれていたバニーガールを助けるコブラ。

タートル号で宇宙を旅するコブラのところに、突然、光る玉が飛び込んできた。それはベラミという女の子に変わり、追われているからかくまってくれ、と言う。その追手とは大魔王ガルタンという、なんと魔法を使う大男。サイコガンも効かず、コブラもまったく歯が立たない。コブラは気に入られ、ガルタンの宇宙船にタートル号ごと連れてこられる。

８年前コブラは、圧倒的多数のギルド艦隊に追撃されたことがあった。それを救ったのがウィング星の保安官ベガだった。再会を誓い別れた二人。だが、時は流れ、ウィング星はギルドに占領されたため、ベガも保安官職を解かれ、ギルドに追われる身となっていた。約束を果たそうとベガを訪ねたコブラは、ベガの祖国再建の手伝いをすることになる。

コブラは銀河パトロールのドミニクからの仕事を受ける。依頼内容は海賊ギルドの資金源、ロド麻薬の売買ルートを暴くこと。疑惑のランド競技場を本拠地とするラグボールのプロ球団へ選手として潜入するコブラだが…？

一軍に入ったコブラは、チアガールのミランダの協力を得て競技場の地図を手に入れる。一方、コブラの存在が気に喰わない一軍のゲルドは、事故に見せかけてコブラを殺そうと何度も仕掛けて来る。またゲルドは、二軍との練習試合でも残虐さをアピール、ロンを殺してしまう。そんなある日、オーナーから呼び出されたコブラは、二軍チームのひとつと組んで一軍と試合するように命じられる。

いよいよ、一軍との紅白試合が始まる。まともにぶつかっては勝ち目が無いと踏んだコブラは、一軍の医療記録を調べ、ウィーポイントを攻める作戦を立てる。先行は一軍。だが、ファースト、コブラのパワーの前に圧倒され、あっけなくスリー・アウトに。その裏、二軍の攻撃では、まず先頭のゲックが駿足を武器にセーフティ・バンドで出塁。

ハーフタイムに、オーナーからイカサマの命令を受けるコブラ。そして後半戦。オーナーの命令に背いたコブラは一軍の卑劣な罠にはまって負傷退場。だがそれは、コブラの麻薬ルート捜査の時間を稼ぐ作戦だった…。

砂の海に覆われた星にやってきたコブラとレディは、街の人間が大量に殺されている現場に遭遇。そして剣を持った甲冑人間、ソード人の集団がコブラたちにも襲いかかる。奴らには、コブラのサイコガンも効果がない。タートル号に逃げ込んだコブラたちは、そこでソード人から逃れた少年バリスたち街の生き残りと出会う。

他の人間が逃げる時間を稼ぐため、コブラとレディはおとりとしてソード人と戦う。しかし砂の海を渡る途中、ソード人の移動要塞サンドルークと遭遇、二人は捕らわれの身となってしまう。すぐに監獄から脱出したコブラは、ある部屋に迷い込んだ。そこで、鎖につながれた一本の剣、ソードのジーク王に会う。

コブラは、ライフル星の金鉱探しの山師、ジンゴロウ爺さんを訪ねることにした。ジンゴロウ爺さんはタートル号の設計者だった。しかし、いざライフル星に降りてみると、街は荒廃し、鉱山も封鎖されていた。ここにも海賊ギルドの手が伸びていたのだ。コブラが爺さんの家についた時、ここも廃虚となっていた。

孤島の海でバカンスを楽しむコブラとドミニク。そこを通りかかった豪華客船クィーン・キャラディ号が、突然海底から攻撃を受けて沈没してしまう。調べに行ったコブラたちもロボット魚バラクーダとシーメンに襲われ、ドミニクが連れ去られてしまう。毒矢で気を失ったコブラは、エリスという女に助けられる。だが、彼女もまたサイボーグのシーメンだった。

宇宙一厳重と言われる銀河連合銀行の大金庫を狙いにやってきたコブラとレディ。その街で開かれているロボット市で変なロボットを買う。そのロボットには、鎖につながれた手首がついていたので、コブラは気味が悪がって鎖を切り落とした。エネルギーを注入されたロボットは、記憶回路に異常があり、自分の使命が思い出せないと悩んでいたが、そのうちどこかに消えてしまう。

ギルドの持つシルバーダイヤ三万個を、まんまと盗みだすことに成功したコブラは、昔世話になったドクターに会いにいった。ところがレディを誘拐され、レディとの待ち合わせ場所のサウナで、ダイヤと引き換えだと脅迫される。

灼熱の星、キラ星にきたコブラ。この星ではカザール連盟とドメル連邦が戦争の真っ最中。コブラは、戦乱に乗じて国宝のロイヤルルビーを盗んだ一団から、ルビーを横取りした。引き上げる途中の戦火の中、コロという少女を助け、キラディン宇宙港へ送り届けるよう頼まれる。

コブラのところにドミニクから、助けて欲しいと電話が掛かってきた。バロスデ星のホテルで落ち合うことになるが、コブラがホテルの部屋で見たのは、壁に貼られたドミニクの背中の皮膚の刺青だけ。さらに宇宙港のレディも、タートル号もろともバラバラに爆破されてしまった！

ある惑星の街酒場で、有名な早撃ちドグに決闘を申し込むコブラ。実はドグは、変身能力をもつ伝説のミラージュ人で、コブラの昔の親友だった。コブラは、サラマンダーとの対決のため、昔の仲間を集めていたのだ。コブラの目的を知ったドグは、協力を約束する。

コブラたちは、常人の１万倍という超鋭敏な感覚を持つ三人目の男・バットに会いに、ネプチューラ星の北極地帯へ来た。だが、そこにはサラマンダーの部下ベルガ大佐が、重装甲戦車キングダムで待ち伏せていた！

ギルドの幹部会がカジノステーションで開かれる。ロド麻薬の価格を決めるためだ。コブラはこれに潜り込みサラマンダーを倒すため、ギルド幹部、ロデスの幹部を襲う。ギルドの狙いとは、戦争と麻薬を操り、すべての星の混乱を引き起こした後、全宇宙を支配することだった。

コブラとドグは豪華列車でバカンス。そこでコブラはドミニクそっくりの女、エルラド教会首長ミラールと出会う。一方ドグは、死んだはずのサラマンダーに殺されてしまう。パットもパンプキンもサラマンダーに殺されたコブラは、手がかりを求め、エルラド教会本部へ向かう。