賞金稼ぎのスパイクとジェットは、組織から非合法目薬“ブラッディ・アイ”を盗み出したアシモフ・ソーレンサンを追い、小惑星ティワナにやってくる。占い師のラフィング・ブルから獲物は北にいると教えられたスパイクは、アシモフの身重の恋人カテリーナと出会う。二人は火星へ逃亡しようとしていたが…。

スパイクとジェットは、ある研究機関から実験動物を盗んで逃走中のアブドゥル・ハキムに関する情報を馴染みのドクターから入手し、その後を追って火星へとやってきた。しかしその頃、研究機関の追っ手を叩きのめしたハキムは、漢方薬店でゴロツキに実験動物の入っていたスーツ・ケースを盗まれてしまう…。

ジェットの夢のお告げに従って、火星軌道上のカジノ衛星にやってきた二人のカウボーイ。そこでスパイクは、カード台でディーラーをつとめる、美しく抜け目の無さそうな女、フェイと出会った。ブラックジャックの勝負に参加するスパイク。フェイは彼を、オーナーから命ぜられた裏取引の相手と間違えゲームを進めるが…。

賞金首のモーガンを追ってガニメデまでやってきたカウボーイ。しかし、モーガンはトゥインクル率いる環境テロ・スペースウォーリアーズに殺されてしまう。二人は目標を変更してトゥインクルを捕えるが、トゥインクルの息子でもある部下たちがウィルス爆弾でガニメデ政府を脅迫し、賞金を取り消させてしまった…。

レッド・ドラゴンの幹部のマオ・イェンライ。スパイクが賞金稼ぎになる前に恩を受けた暗黒街の大物である彼に賞金がかけられた。ジェットの制止にも耳を貸さず、一人火星へ向かうスパイク。だがそれは、スパイクをはめようと仕掛けられた罠だったのだ。仕掛けたのは、因縁の男ビシャス。二人の対決の行方は…。

次なる賞金首・ジラフを追って、ブルース・バーへやってきた二人。ところがジラフは、店で見事なブルース・ハープの演奏を披露した少年・ウェンと、その車椅子の父・ゼブラを追って姿を消し、スパイクが追いついた時には彼らのホテルで撃たれた後だった。「あいつを助けてくれ…」謎の言葉が意味するものは？

龍の刺青のあるデッカーという男。それが今回の賞金首だ。それぞれ飲み屋とファミレスに分かれて待ち伏せするスパイクとフェイ。スパイクはそこで、気風がよくヘビメタ好きの女トラッカーVTと出会う。その頃フェイは、ファミレスに姿を現したデッカーを取り逃した上、レッドテイルを破壊されてしまった…。

金星への定期便で、ハイジャックを企てた賞金首を取り押さえたスパイクたち。それを見ていた若者・ロコが、スパイクに弟子入りさせて欲しいと願い出た。だがその直後、ロコは何かの包みをスパイクに預けると、何者かに追われて逃げ去ってしまう。実はロコの首にも賞金がかかっていたのだ。その罪状は…。

南米の荒野に巨大な地上絵が出現した。何者かが人工衛星をハッキングして、レーザーで描かせたもののようだ。地球で調査に乗り出したジェットとフェイは、ラディカル・エドワードという謎のハッカーが怪しいとの情報を得る。その頃、地上の廃墟の一角では、一人の子供が衛星同士のみのネットにアクセスしていた…。

賞金首を引き渡すため、ガニメデにやってきたビバップ号。昔の同僚・ドネリーから、かつての恋人のアリサが港町でバーを営んでいることを聞かされたジェットは、一人でその店を訪れる。ジェットを迎えた若い男を、自分の今の恋人・リントだと紹介するアリサ。一方、スパイクは新たな賞金首の情報を入手して…。

賞金首の情報もなく、宇宙を彷徨うビバップ号。だが、怠惰な空気の流れる船内を恐怖に陥れる影が動き出した。ジェットがなにかに噛まれ、倒れてしまったのだ。傷跡から侵入した正体不明のウィルスが原因らしい。そのうちにフェイとアインも噛まれてしまい、完全武装したスパイクは一人で謎の生物を追うが…。

カリストの上空で、ビバップ号から出て行ったフェイ。宇宙ネットでその行方を探していたエドは、「ジュリア」というコードネームがカリストから発信されているのに気付く。それを知ったスパイクは、動揺を隠せぬまま一人カリストに向かう。その頃フェイは、カリストでグレンという謎めいた男に出会って…。

グレンとビシャスは、タイタン戦役時に同じ部隊で戦った同士だった。自分を蠍の毒牙から救いながら、その直後にスパイ容疑をかけ投獄させたビシャス。彼の真意を知るためにグレンが仕掛けた取引が、コードネーム「ジュリア」だった。ジュリアの行方を知りたいスパイクは、ジュリアのことを知るグレンのもとへと急ぐが…。

続発するゲート襲撃事件に乗り出したカウボーイたちは、事件の裏にネット公団が絡んでいることを突き止めた。そんな彼らの捜査線上に、ゲートの基本システムを考案した伝説のプログラマーにしてチェスマスター・ヘックスが浮かび上がる。その男は、今エドが夢中になっているネット・チェスの対戦者らしく…。

ある日フェイは、アインの顔がある男に似ていることに気がついた。その男とは、記憶を失い、54年の眠りから目覚めたフェイを守った弁護士のウィットニー。フェイが思いを寄せたウィットニーは、彼女を守ろうとして帰らぬ身となった。ところが、ジェットが捕まえてきたケチな結婚詐欺師は、あのウィットニーで…。

冥王星へ向かう囚人護送船で、反乱が発生した。首謀者は、警官だった頃のジェットが追い続け、彼の左腕を奪った殺し屋・ウダイ。ISSPの元同僚・ファドから連絡を受けたジェットは、単身ビバップ号を降りる。そして、護送船の行き先が組織の本拠地のエウロパであると看破すると、ファドと共に追跡を開始する。

燃料も食料も尽きたまま、慣性航行を続けていたビバップ号。エウロパに到着する直前で怪しいぼろ船に当て逃げされたビバップ号は、イオに不時着してしまう。アインと共に食料を探しに出かけたエドは、街で出逢った風変わりなキノコ売りの老人・ドミノが、違法キノコ販売で賞金をかけられていることを知り…。

フェイ宛に届いた差出人不明、料金着払いの配達物。不穏な心当たりが山ほどあるフェイは、取りあえずとんずらを決め込み、残されたスパイクとジェットが包みを開けてみると、中から出てきたのは前時代の遺物ともいうべき、ベータのビデオテープ。二人は、それを再生する最後のビデオデッキを求めて地球に飛び…。

愛機のオーバーホールのため地球にやってきたスパイクを迎えたのは、昔気質の修理屋で愛機の元の持主のドゥーハンだった。その頃ビバップ号は、衛星軌道上で宇宙海賊を追っていたが、コンピューターウィルスを注入され取り逃がしてしまう。その後スパイクも合流し、海賊との再戦の火蓋が切って落とされたが…。

ターゲットと共に目撃者をも一掃する完璧な殺人マシン東風。スパイクはある晩、東風の暗殺現場に偶然居合わせてしまった。東風の攻撃はスパイクを圧倒し、なんとかその場はしのいだものの、深手を負わされてしまう。そんな彼に、東風からの挑戦状が届く。深夜のアミューズメントパークで、二人の死闘が始まった…。

ジェットのもとに、旧知の宇宙風水師・パオからメールが届く。その謎めいた文面が気にかかったジェットはパオを訪ねるが、彼は既に死亡していた。ジェットは、訪れた墓でパオの娘・メイファと出会う。父の死に疑問を抱くメイファは、メールに示された太陽石のありかを探すのを手伝って欲しいとジェットに頼み…。

爆弾魔を捕えたスパイクの前に現れた、ライバル賞金稼ぎのアンディ。西部劇から抜け出したような勘違い男は、スパイクを爆弾魔と勘違いし銃口を向け、結果爆弾魔には逃げられ、爆弾は爆発してしまう始末。その後も鉢合わせを繰り返す二人は、爆弾魔そっちのけで戦いだし、街中に混乱を巻き起こしていく。

人間の脳をデータ化してネット上で生きることを教義とする電子移民財団・スクラッチ。その入信者から行方不明者が続出し、教祖のロンデスには多額の賞金がかけられた。それを知ったフェイは、早速単身スクラッチに入信して教団を調べ始めるが、危機を告げる通信を最後に連絡が途絶えてしまった…。

少女時代の自分からのビデオに映っていた場所を探し求め、フェイとエドはレッドテイルで飛び出した。途中で立ち寄った、以前エドが暮らしていた修道院では、エドの父親が彼女を探していることを聞かされる。そしてフェイはビデオの場所で、彼女の同級生だったという老婆から声をかけられ…。

ビシャスは組織に対してクーデターを試みるが、失敗。組織はビシャス一派の一掃を命じ、その鉾先は組織を抜けたスパイクとジュリアにも向けられる。行く当ても無く彷徨っていたフェイは、ギャングたちから銃撃を受けていた一人の女に力を貸すが、彼女こそ、スパイクが探し求めるジュリアだった。

長老を皆殺しにして組織のトップに就いたビシャス。その頃スパイクは、ついにジュリアと再会を果たした。「一緒に行くわ、最後まで…」。しかし、そんな彼らに組織の激しい追撃が容赦無く迫る…。ジェットとフェイと別れ、戦いに赴くスパイク。互いに相手を倒せるのは自分だけだと自負する二人の、壮絶な死闘が始まった。