シスターロゼットとその従者クロノはマグダラ修道会のエクソシスト。シスターケイトのお小言も何のその！今日も今日とて魔を祓うべく大騒ぎ！！ロゼットとクロノ、二人の冒険譚がいよいよ開幕！！

破壊の権化、シスターロゼット。果たして今回は無事に事件を解決へと導けるのか？シスターケイトの気苦労は減る事が出来るのか？従者クロノに隠された秘密とは！！エルダーの発明品が事件に更なる混乱（カオス）を生む。

ロゼットとクロノはアズマリアと言う少女の保護を命じられる。悪魔使いの元からなんとかアズマリアを無事に保護するも、彼女の力を目の当たりにするロゼットとクロノ･･･それは彼女達が良く知るヨシュアと同一の力だった。彼女達の正体･･･地上代行者とは一体何なのか？

レライエの強襲を受け、負傷したロゼットとクロノ。再び囚われたアズマリア。ロゼットはアズマリアを助ける為クロノの封印を解く決意を固める。頑なに首を縦に振らないクロノを説得するロゼットにクロノが出した答えは･･･

ロゼットの先走った行動を見抜いていたレミントンは修道騎士としての道を勧める。その頃、自らも強くなりたいと願うアズマリア。そんな彼女を地下訓練場へと案内するケイト。ロゼットの試験の為、レミントンは訓練場に試練を用意していた。アズマリアがそこにいるとも知らずに･･･。

ロゼットとクロノ、そしてアズマリアを迎えた一行はとある事件で宝石使いの女性と知り合う。戦いを通してクロノの正体が悪魔だと知って衝撃を受けるサテラ･･･。果たして事件は無事解決する事が出来るのか？

マグダラが封印していた結界が破られた。サテラの協力を得て封印場所を目指す一行の前に姿を現すアイオーン。アイオーンの狙いはアズマリアだった。ヨシュアを連れ去ったアイオーンを前に銃を構えるロゼット！！ロゼット達の運命の歯車が今、大きく動き出す。今回はアズマリアも頑張ります。

グランドセントラル駅までレミントンを迎えに行くロゼット。それが敵の罠とも知らずに・・・。待ち構えていた敵の正体はクロノのかつての仲間でありアイオーンの仲間の1人、罪人リゼールだった。果たしてロゼットとレミントンはこの危機を乗り切れるか？

4年前･･･病弱だったヨシュアと男勝りのロゼット。幼いながら大きな夢を抱くそんな二人の前に現れたクロノという存在。気遣うロゼットの優しさが辛いヨシュアは願う･･･強くなりたいと。そんな彼女達の前に姿を現したアイオーン。ロゼットとヨシュア、クロノの運命がここから始まる。

すべてのはじまり･･･セブンスベル孤児院。ロゼットとクロノそしてヨシュアの運命が狂い始めたアイオーンとの邂逅。アイオーンの誘惑にヨシュアが手にしたもの。それはかつてアイオーンの手によって折られたクロノの角だった。運命が悲しく過酷にロゼットとクロノに降りかかる。ヨシュアを救う為、ロゼットは決断する罪人（悪魔）クロノとの契約を！！

この数日の間に二つのマファイアがナニかに襲われ壊滅していた。既にマグダラ修道会は独自に調査に赴き一つの結論に至っていた。それは愛故の悲しい結末。だからと言って人を殺して良い理由にはならない！！われらシスターロゼットはマフィアを襲うモノを撃退するべくエルダーから託されたモンスターマシンを操り立ち向かう。大暴れシスターの本領発揮！！果たしてマフィアを襲うモノの正体は？

聖歌隊と共に生誕劇の練習に励むアズマリア。そんな中、ロゼット達にもたらされたヨシュアの情報。西海岸で多発する悪魔がらみの犯罪･･･そしてアイオーンの存在。ロゼット達ははやる気持ちを押さえながら旅立ちの準備に入る。そんな3人にレミントンはせめてみんなでクリスマスを迎えようと提案する。ロゼットとクロノに送るプレゼントに悩むアズマリア･･･未だクリスマスを祝った事がないアズマリアにとって初めてのクリスマスが始まろうとしていた。

ヨシュアを求めサンフランシスコに向かうロゼット達。ここはその列車の中。偶然にもサテラと合流し、ほのぼのムードで無事到着・・・なーんてスムーズに行かないのがこのパーティ。ヨシュアの写真がロゼットの下に届く。メモに従い一人で食堂車へと訪れると、周囲の客達が一斉にロゼットに向き直る。悪寒と共に思い出すのはグランドセントラル駅でのあの事件、罪人リゼール・・・次の瞬間、激しい爆発音が車内に響き渡る！

無事！？サンフランシスコに到着した一行。しかし、クロノが高熱で倒れてしまい、急遽サテラの別荘に向かう事になった。どうやらダメージを受けた体が急激に回復しようとしているためらしい。心配したロゼットはいつもの調子で薬を買いに飛び出してしまう。当然クロノに効く薬などあるはずも無く、たどり着いたのは怪しげな占い通り。謎の老婆が現れ、熱さましに良く効くおまじないがあると言うのだが・・・ロゼットの耳元でなにやら囁く老婆。とたんに真っ赤になるロゼット。はたしてそのおまじないとはいったい・・・？

この日、公爵デュフォーからとてつもない提案が上がった。 突然セカンドハウスに訪れたデュフォーは、ロゼット達と共に戦いアイオーンを倒そうと言うのだ。 悪魔と手を組むという事に揺れるマグダラ中央評議会。 しかし、なぜ同じ悪魔であるデュフォーがアイオーンを？ そして、クロノは静かに過去を語りだす。 なぜ罪人と呼ばれているのか、その本当の意味を・・・

マグダラ修道会と悪魔達が手を組んだ･･･そんなロゼットの決断が割り切れないサテラ。 そんなサテラに失踪事件の報が届けられた。 失踪事件の裏には悪魔崇拝が関係しているらしい。 話しを聞いたサテラは悪魔崇拝の儀式が行われている廃坑へと足を踏み入れるのだった。 これから起こりうる現実が、サテラにとってどれほど残酷なものになるのかなど、今は知るはずもなく・・・。 時を同じくしてロゼット達も、「悪魔に手を貸す人間」を調べるため、この廃坑へと向かっていた。

自分に聖痕が表れ必死に戸惑いを隠そうとするロゼット、先の出来事によって力を無くしてしまったサテラ。 この日のセカンドハウスは、いつもより重い空気が流れていた。 そんな中、マグダラ修道会から一本の電話が入る。 アイオーンら罪人のアジトを突き止め、公爵デュフォー率いる悪魔達と共に一斉攻撃をかける事が決定したのだ。 サテラとアズマリアを残し、アジトへ向かうロゼットとクロノ。 正午を迎えたその瞬間、間髪いれずにアジトに踏み込んだ・・・・・しかし！？

罪人達に見事にしてやられたマグダラ修道会。なんとか相手に手傷を負わせはしたものの、こちらのダメージも相当なものであった。そのショックゆえか、気持ちがバラバラになってしまっているロゼット達。何もできない歯がゆさと焦る気持ちが、徐々に自分達を追い込んで行く。 そんな姿を見ていたアズマリアは、今のままでは駄目だと感じ皆をカーニバルに連れ出す事に。「笑う時は笑う、楽しむ時は楽しむ。」以前に聞いた、ロゼットの言葉を思い出して。

ついに弟ヨシュアとの再会を果たすロゼット。4年間捜し求めたヨシュアが今、目の前に・・・だが悲しい現実がロゼットを待ち構えていた。ロゼットが解らないヨシュア。そしてアイオーンを庇うその姿にただ立ち尽くす。一方で罪人の手に落ちた最後の地上代行者アズマリア。パンデモニウムの首を掲げ贖罪の儀式が始まる。

贖罪の儀式でサンフランシスコの町は混乱状態に･･･そんな中、クロノとヨシュアが対峙する。何とかヨシュアを説得しようと試みるがクロノの声は届かない。二人の戦いが更に街の被害を広げていく。デュフォーやレミントンの加勢で罪人を退けるもアイオーンにロゼットが連れ去れてしまう。

ロゼットの行方は依然不明なまま･･･ 市民の混乱は今やアメリカ全土へと広がっていた。 一方でヨシュアとの戦いで時間凍結されたクロノそんなクロノの前に現れたマグダレーナの幻影。クロノの過去に大きく関わり運命を変えた一人の少女。クロノとマグダレーナの悲しく切ない物語が今、明かされる。

エルダーから宣告された悲しい現実。 クロノの封印を次に解けば･･･ロゼットの命は･･･。 新たな武器を片手に傷ついた体でヨシュアをマグダラから連れ去ったフィオレの後を追う。 その頃街ではロゼットとアイオーンの姿が報告される。 救いの手を差し出すロゼットの姿は聖母の様に市民達から崇められていた。 そしてフィオレの後を追っていたクロノ達の前にロゼット達が姿を現す。 一方サテラが見つめる先にはフィオレの姿が･･･。

クロノはいよいよ最後の対決へと向かう。 一度アイオーンとロゼットを取り逃すも再び決着を着ける為に対峙する両者。 そして最後の聖痕により正気を取り戻したロゼットは全ての決着を･･･忌まわしき物語に終止符をうつべくクロノの封印を開放する。 残り僅かな命をクロノに託してアイオーンとの決着をつけるべく二人の最後の戦いが･･･今！！

あの事件からロゼットとクロノの消息は掴めないまま・・・ 時間凍結から開放された孤児院は再び時を刻み始めた。 子供達にせがまれアズマリアが歌を歌って聞かせている。 レミントンは信仰を捨てヨシュアと共に歩む道を選んだ。 シスターケイトは信じた道を進みつづけアズマリアも又ロゼットと同じ道を選択する。 そしてロゼットとクロノは最後の時を共に刻みつつ