F県F市の地下深く本部を構える秘密結社アクロス。それは、世界征服の第一歩として市街征服を企む理想推進機関である。しかし、構成員は美形の総帥イルパラッツォとお元気お馬鹿な美少女?エクセルの二名だけという情けなさ。本日も｢社会に害毒を垂れ流す漫画家を抹殺せよ!｣という、スケールの小さい仕事にいそしむエクセルだが…。

大雨のため洪水に見舞われたF市。そんな状況にもめげず、生活費を得るため今日も新聞配達のバイトに励むエクセルだったが、地球征服のため現れた超プリティな宇宙人・プチュウの先遣隊と遭遇してしまう。なりゆきで彼らを撃退し、武器と宇宙船を手に入れたエクセルは…。

アクロスに現れた美貌の新構成員ハイアット。しかし彼女はすぐに血を吐いて絶命する、筋金入りの虚弱体質だった。イルパラッツォはハイアットに、行方不明となったエクセルの捜索を命ずる。いっぽう、当のエクセルは、なぜか密林地帯で傭兵部隊に捕われ、地下牢に入れられていた…。

例によって道ばたで行き倒れていたハイアット。彼女を助けたのは、同じアパートの隣室に住む渡辺だった。一目でハイアットに恋してしまった渡辺は、なりゆきで彼女とデートすることになるが、たまたまその場に居合わせた同僚の岩田と住吉に後をつけられ…。

市街征服計画遂行のため、市役所に潜入するエクセル&ハイアット。だが、本来の任務を遂行する前に、なぜか市政の不正腐敗を次々と暴いてしまい、｢すぐ殺る課｣のヒットマンに狙われる始末。はたして二人は、無事に市役所から脱出することができるのか?

F市郊外の山の頂上に秘密兵器を設置する指令を受けたエクセルたちは、ふもとのペンションでバイトにいそしみつつ、山頂へのアタックを開始する。一方、その近くにある市の研修所には、岩田たち一行が｢市街安全保障局｣局員として送り込まれ、市政の黒幕・蒲腐博士の指示のもと研修に励んでいた…。

蒲腐博士の命により、地下水道の調査に向かった市街安全保障局の一行。それに気づいたイルパラッツォは、本部に通じる地下水道から彼らを排除するよう、エクセルたちに命令する。かくして両者のへっぽこな戦いが開始されるが、そこには予期せぬ第三の脅威が潜んでいたのだった…。

活動資金も底をつき、連日の猛暑と空腹にさいなまされるエクセル。危機を救ったのは近所に住む薄幸の美少女コゼットだった。エクセルたちは美女っ子新聞の勧誘員からゲットしたプール券で、美女まみれの市民プールに出かけることにするが…。全編画面に美女しか登場しない?珠玉の一編!

市街征服の第一歩として、若者たちに人気のあるスポーツを調査するためボウリング場でバイトすることになったエクセル&ハイアット。その日は｢ボウリング娘。｣というテレビ番組の撮影が行われていたが、そこに謎の武装集団が乱入し、エクセルは彼らと一戦交えるはめに…。

ふとした偶然で、エクセルの部屋から脱出することができたメンチは、かつての飼い主だった老人を訪ねる旅に出る。野良犬たちのグループに合流したメンチは、彼らの協力を得て老人の家を探し出すのだが、彼らの前に保健所の特殊野犬捕獲部隊が立ちはだかり…。

市街征服に先立ち教育現場の実態調査を行うため、エクセルはハイアットと共に、かつての母校に教育実習生として潜入することに。しかし、母校はいつのまにか県下に悪名とどろく不良高校となりはてていた。早々に不良学生を締め上げたエクセルはその力量を買われ、野球部再建のためのコーチを頼まれるのだが…。

岩田ほか市街安全保障局の一行は、蒲腐博士の命を受け県下の警察署に実習配備される。彼らを出迎えたのは刑事ドラマかぶれの女刑事、藤堂ぷりんだった。一方、街でアルバイトに励んでいたエクセルたちは強盗事件に巻き込まれ、ハイアットが人質として捕えられてしまう…。

年末年始恒例、年忘れ新春特番すぺさる!というわけで、エクセルとハイアットが東西両軍に別れて繰り広げる、お宝っぽいけどどこかで見たような隠し芸の数々!もちろん豪華ゲストとは名ばかりのおなじみメンバーも総出演!行く年来る年あけおめことよろ、極楽悦楽恐悦至極の30分!

人手不足の市街安全保障局に、新たな女性メンバー・六本松が配属される。人間離れした彼女の能力に不審を抱く松屋たちだが、岩田だけはおかまいなしに六本松にモーションをかけまくる有様。一方、エクセルはイルパラッツォの命を受け、ヤバゲな箱を抱えて作戦行動にいそしんでいた…。

爆弾処理に失敗し殉職?した六本松は、蒲腐の命により復活を果たすが、その姿は以前とは似ても似つかないネコミミロリータに変貌を遂げていた。あまりのギャップに新六本松を毛嫌いする岩田。一方、エクセルたちは前回の反省に鑑み、爆弾ロボットを連れて市街に繰り出すことに…。

エクセルたちのアパートになぜか突然、新旧二体の六本松が宅配される。なりゆきで二人を居候させることになるエクセルたち。食事の世話から金策に至るまで望みをすべてかなえてくれる六本松ズにエクセルは大喜びだが、強盗事件の犯人として警察に追われる羽目になり…。

あこがれの海外出張でアメリカにやってきたエクセル&ハイアットは、ダウンタウンで不良たちにからまれるが、サンドラという名の少年に助けられる。サンドラはジャパニメーションのビッグなアニメーターになってジャパンマネーを稼ぐのが夢だと言い、ボスの指示のもと作画作業にいそしむ暮らしを続けていたが…。

市街の状況を憂えるF県F市の為政者たち。蒲腐はかねてから準備していた戦闘服を無理やり岩田たちに着せると、市立戦隊ダイテンジンとして出動させるのだが…。｢エクセル・サーガ｣の原点となった幻のコミック｢ダイテンジン｣が、いまこの実験アニメで蘇る?

またまたふとしたことからアパート脱出に成功したメンチは、大富豪のお嬢様・アン安西に拾われる、アンは遺産相続を賭けた｢80時間世界一周｣の記録に挑戦している最中であった。なりゆきでアンと行動をともにすることになったメンチ。しかし、アンの行動を阻もうとする刺客が、二人のもとに迫っていた…。

第1話にその場限りの脇役として登場、非業の最期を遂げたかと思いきや、霊として奇跡の復活?を果たし、いつのまにやら本編とはまったく関係なしに独自のストーリーを展開するに至った外国人季節労働者・ペドロ。愛を求めてさすらう魂の彷徨い人の行く手に待つものは何なのか?行け行けペドロ、それなりに。

イルパラッツォのもとに、アクロス本部からの指令を携えて生粋のビジュアル系連絡員・KEYが派遣されてくる。歌もギターも玄人はだし、ルックスも抜群なKEYに対して羨望混じりのいらだちを隠せないイルパラッツォ。だが、その様子を見たエクセルは、自分に甘い言葉を投げかけるKEYへの嫉妬心と勘違いし…。

本部からの督促も手伝い、本格的に市街征服計画を開始させるイルパラッツォ。しかし、そのはるか頭上、漆黒の宇宙空間では、再び地球征服を企む宇宙人プチュウたちと、それを阻止してハイアットこと姫の救出をもくろむ他のプチュウたちとの戦いの火蓋が切って落とされようとしていた…。

プチュウ惑星都市の墜落により壊滅したF県F市は、暴力が全てを支配する無法の荒野と成り果てていた。アクロスの所在を求めてさすらうエクセルは、ふとしたことから武装強盗団に追われていた少年を助け、少年の家に世話になるが、そこでイルパラッツォの噂を聞いて…。

イルパラッツォの銃弾を受けて荒野に倒れたエクセルを救ったのは、市街安全保障局のメンバーだった。街をアクロスが恐怖に陥れる中、彼らは秘密のアジトで反撃の機会を伺っていたのだ。彼らのおかげでエクセルは意識を取り戻すが、記憶を失っていることに気づく…。

激しい攻防戦の中、アクロス移動要塞に侵入を果たす市街安全保障局。いっぽう、戦闘のどさくさにまぎれて要塞内に潜入したエクセルは、失った記憶に導かれるかのように、イルパラッツォの鎮座する玉座の間へと知らず知らず導かれていくのだった…。