引退したゼロゼロナンバー達の元へ、ジャーナリストのルーシー・ダベンポートが訪れる。彼女は迫る危機を告げ、一同に再び立ち上がるように頼むが…。

異様な嵐を前に、再び力を合わせるサイボーグ達。戦闘服に身を包み、この異常気象を操っているカウボーイに立ち向かう。だが、敵はあまりにも手強い。

ルーシーが話したブレスドの存在は、もはや信じるしかない。だが、本当に戦うべき相手なのだろうか。戸惑う一同へ、新たな刺客・ティーチャーが迫る。

サイボーグ達の農場に突如として現れた、国連軍ガーディアンズ。この場の全員をテロ活動の容疑者として拘束するという。不穏な空気が立ち込めてゆく。

お尋ね者となったサイボーク達は、追っ手との戦闘を回避。ジョーとフランソワーズが戦わずに済む方法を探す中、手分けしてブレスドの手掛かりを追う。

探していた答えに辿り着いたジョーとフランソワーズ。だが、その反応は互いに異なっていた。そんな中、ガーディアンズはドルフィン3に攻撃を始める。

五十嵐はジェットを解放し、2人は連れ去られたイワンを追跡。ブレスドの手に落ちる前に救出しようとする中、ジョーは思い切った手段を強いられる。

五十嵐は、ルーシーを連れてニューヨークへ帰還。時を同じくして、ジョー達はガーディアンズと協力し、イワンが捕らわれているはずの工場へ潜入する。

人類の歴史について議論するイワンとエンペラー。同じ頃、カタリーナは、全人類の強制進化というエンペラーの恐ろしい計画を博士達に明かしていた。

宇宙空間でブレスドと激闘を繰り広げるジェット。宇宙ステーション内では、マイクロドローン投下を防ぐため、ジョーとハインリヒが時間と戦っていた。

ルーシーと五十嵐を逃がすグレート・ブリテン。イワンの真意が明かされる中、サイボーグ達とガーディアンズはニューヨークに集結し、激しく衝突する。

エンペラーに立ち向かうジョー。イワンを封じ込めた上、カタリーナの記憶を消し去るエンペラー。救援に急ぐ仲間達。ニューヨーク最終決戦の行方は!?