いじめられっ子の白金ハルと、最強のXBプレーヤーを目指すタイガ。ふたりの少年はひょんなことから、ミナトトライブのリーダー、神谷瞬と出会う。神谷に連れられてミナトトライブのアジト「Lovely Ocean」にやってきたふたりは、トライブ同士の決闘”XB”が始まる瞬間に偶然居合わせ……。何を思ったか神谷は、XB初心者であるハルとタイガに、自身の代わりにXBのゲームに参加するよう告げる。

XB に魅了され、ミナトトライブへの加入を決めたハルとタイガ。ふたりは副リーダーの有栖川さおりからXB のルールを教わるが、勉強が苦手なタイガはイマイチ身が入らない。その様子を見ていた神谷は「実際にプレーした方が早い」と、練習試合を提案する。一方その頃、ネオトーキョー国王の鳳天心は、世継ぎである鳳王次郎率いるチヨダトライブに、とある命令を下していたーー

圧倒的なスピードで、次々と強豪トライブをねじ伏せていくチヨダトライブの王次郎。彼が次の標的に定めたのは、最強のXBプレーヤー、神谷瞬が率いるミナトトライブだった。血と暴力を肯定する王次郎の思想を、神谷は悪趣味だと切り捨て……。かくして、ミナトとチヨダの戦いの火蓋は切られる。

王次郎に敗北し、絶望するミナトのメンバー。トライブ解散の命も下り、身も心もバラバラになりかけていた。そんな矢先、アダチトライブの千住百太郎に、有栖川が誘拐されるという事件が発生。残されたミナトのメンバーは戸惑いながらも、有栖川を助けるべくアダチシティへと向かう。

有栖川を助けるため、アダチとのXBを始めたミナトだったが、アダチの地の利を活かした戦い方に翻弄されてしまう。そんなミナトメンバーの前に、突如「手を貸そうか」と近づく謎の男、青山カズキ。彼の立てる作戦により、ミナトはみるみるうちに形勢を立て直し、アダチに追いつき始めるが……。人を嘲るようなカズキの態度とやり口に、ハルとタイガは反感を抱いていた。

ミナトとの戦いを終えた千住には、もうひとつ気に食わない存在があった。ネオトーキョー中のトライブを潰しまわっている、チヨダの王次郎だ。千住はチヨダへと殴り込みをかけることに決める。チヨダとの戦いに一度破れ、その実力を身を持って知っているハルたちは、千住を心配して戦いを止めようとするが......。

ミナトから離れて修行するよう、タイガにけしかけるカズキ。その姿を目撃したハルは、カズキへの不信感をより一層深める。そんな折、ハルのビームバットを盗もうと、アジトに泥棒が入るという事件が発生。もしかしたら、あの泥棒の正体は......。

チヨダの神木結衣は、青山カズキ殺害を依頼するため、オオタトライブを訪ねていた。オオタトライブはそれまで、貧しい服に身を包み、物乞いの様な振りをしていたが......。その正体は混沌を愛するリーダー、園田不兆率いる残忍な盗賊団。神木の依頼を受けた園田たちは、XB 法などお構いなしに、ミナトトライブへの襲撃を開始する。

混迷するオオタとの戦いのさなか、園田の口からカズキの真の目的が告げられる。それは「ミナトトライブを利用し、自分の左腕を壊した王次郎に復讐する」というものだった。それを知ったハルたちは、戦いを継続する意義を見出すことができなくなり、ゲームを放棄しようとするが……。しかし、修行から帰ってきたタイガだけは、戦う意志を失っていなかった…！

国王である天心を殺害し、新国王となった王次郎は、即位してすぐに新たなXB法を制定する。その内容は「対戦相手の殺害や、敗者への残酷な命令も容認する」という常軌を逸したものだった。しかし、過激さを増した新たなXBは一部の民衆に支持され、見世物として世に広がってしまう。かつてのXBを愛したミナトのメンバーたちは、新たなXBを受け入れられずに、悶々とした日々を過ごしていた。そんなある日、ミナトはチヨダの神木から、XBを申し込まれる——

かつてのXBを取り戻すため、王次郎との戦いを決意したハルたち。しかし彼らを待ち受けていたのは王次郎ではなく、チヨダ選りすぐりの般若面だった。それぞれがトライブのリーダークラスの実力を持つ般若面の手によって、一人、また一人と負傷していくミナトのメンバー。そんな彼らの前に現れたのは、意外な男たちだった……。

ついにフィールドに降り立った王次郎。卑劣な手段で勝利を得ようとした神木を罷免し、自ら決戦のマウンドに立つ。対するバッターボックスには、神谷から受け継いだビームバットを強く握りしめるハル。XBの未来を決する、最後の対決がはじまる——！