閻魔大王の命を受け､人間界にやって来たえん魔くんは、幼なじみの雪子姫､カパエル､御目付け役のシャポー爺と共に、非行妖怪を捕まえて地獄に送り返すための妖怪パトロールを結成する。先任者のダラキュラはクビにされたことを逆恨みし、洋海小学校の非行妖怪たちをたきつけて、えん魔くんを襲わせる。

夜の散歩を楽しむカパエルは､ぶらり爺が女の子の若さを吸い取る現場を目撃する｡その団地に住んでいるツトムのガールフレンド・ハルミちゃんも危うく襲われかけ､妖怪パトロール隊はぶらり爺の退治に立ち上がる。ところが別の妖怪・ムカデガラミまで現れ、えん魔くんは卑怯な攻撃によって身体をバラバラにされてしまう。

正体不明の老人に背中を引っかかれるという事件が続発。襲われた人間は原因不明のカイカイ病を発症し、ひたすら天井に飛び上がるのだった。謎の老人の正体は、妖怪・孫の手。カイカイ病を治すためには孫の手を倒すしかない。ところが汚染された死の川には、孫の手とは別の、もう一体の不気味な影が潜んでいた…。

妖怪たたみ返しが、宿直のトバッチリ先生の前に現れた。たたみ返しは妖力でトバッチリ先生を下僕にすると、３年２組の子供達を意のままに操ってえん魔くんを倒そうと企む｡その中にはえん魔くんの親友・ツトムの姿もあった｡えん魔くんもさすがに子供達を相手には戦えず､雪子姫までもが人質にとられてしまう｡

宿題を忘れたツトムは、ノートを見せてもらうためにハルミちゃんをおだてていた。それを耳にした妖怪バーバラが嫉妬して、ハルミちゃんを魔の妖怪病院へとさらってしまう。バーバラは自分よりも美しいものを許すことが出来ないのだ。嘆き悲しむばかりのツトムは、えん魔くんに一喝され、共に妖怪病院へと向かうが…。

深夜タクシーの乗客が行方不明になり､無残な遺体で発見された。ＴＶでニュースを見ていたえん魔くんは､予知能力を働かせ、真っ赤に染まったタクシー乗り場にただならぬ妖気が漂っているのを察知する。これ以上、被害者を増やすわけにはいかない。一同はシャポーの提案で、全員で囮になって妖怪を誘き出しにかかる。

ツトムのクラスに、あすなろという不思議な転校生がやって来た。彼の正体は、人間になりたい一心から地獄界を脱走してきた妖怪・あすなろ小僧だった。ツトムを気に入ったあすなろ小僧は、おびえる彼に友達になれと強要する。あすなろの正体を知ったえん魔くんは地獄界に帰るよう説得するが､攻撃されて捕われてしまう。

校庭に落ちていた１枚の羽根を見た途端、シャポー爺の顔色が変わった。えん魔くんは不審に思って問いただすが、何も聞き出すことができない。妖怪・耳ずきが出現し、カパエルが応戦するが、幻覚攻撃を受けて正気を失ってしまう。えん魔くんも苦戦の末、捕らわれてしまった。耳ずきはシャポー爺の命を狙っているらしい。

寂しがりやの妖怪・小判小女。彼女は誰かにすがりつかなければ生きていけない習性を怒黒に利用され､自覚しないまま怒黒菌をばらまき､心優しい人間を不幸に導いていた｡人間の魂を好物とする怒黒は､より多くの魂を得るために水爆を積んだ飛行機を乗っ取り、日本へ向かわせるという恐怖の計画を実行する。

居眠りの罰として廊下に立たされたツトムは、給食室で異様に大きな青虫を発見するが、誰にも信じてもらえない。町へ買い物に出かけた雪子姫がその青虫に襲われ、自らの攻撃を跳ね返されて大ケガを負ってしまった。大切な雪子姫を傷つけられたえん魔くんは我を忘れるほど激怒し､青虫を焼き殺そうとするが…。

雨の夜に現れ、人を惑わせる妖怪・雨女郎。彼女の素顔を見た人間は、妖気にあてられ､高熱が出て髪も歯も抜け落ちてしまう雨女郎病にかかってしまう。トバッチリ先生やツトムまで被害にあったことを知ったえん魔くんは、雨女郎に戦いを挑むが、弱そうな外見にだまされて油断した結果、手痛い敗北を喫してしまう。

深夜の町に妖怪・火火爺が現れ、手当たり次第に物を燃やし始めた。えん魔くんが後を追うものの取り逃がし、挙げ句に放火犯の濡れ衣まで着せられてしまう。何とか捕まえようとしても、火火爺にはえん魔くんの火炎が効かない。炎と炎の凄絶な戦いに雪崩が発生し、ツトムたちの乗った列車が巻き込まれそうになる。

人間の魂を狙う妖怪・かまいたち三兄弟。三位一体の攻撃でえん魔くんを苦しめる彼らは、雪子姫の美しさに心を奪われて攻撃をやめてしまう。己の力を過信した雪子姫は、かまいたち三兄弟にまんまと捕らえられ、花嫁として連れ去られてしまう。雪子姫とケンカをしていたえん魔くんだが、彼女の本当の気持ちを知り…。

えん魔くんは続発する新幹線消滅事件の調査に取りかかった。協力に駆り出されたツトムは、すっかり怯えている様子。彼は新幹線ごと空に持ち上げられ、地獄谷へと連れ去られてしまう。そこで待ち受けていたのは、念力坊という巨大な妖怪だった。酒好きの念力坊は、ワインを作らせるために人々を連れ去っていたのだ。

妖怪・仮面坊は背後で糸を引く沈没なまずと共に、えん魔くんを陥れる策略を実行に移した。理由もなく痛めつけられたと、えん魔大王にデタラメを訴え、２人を対決させようと謀ったのだ。えん魔大王は仮面坊の言い分を頭から信じ込み、えん魔くんを叱りつける。納得がいかないえん魔くんは、大王にケンカを吹っかける。

自然に囲まれたある村に、恐ろしい怪物が現れた。象の頭と鷲の爪を持つ巨獣・ゾウワシだ。凶暴なゾウワシに襲われた被害者の中には、ツトムの祖父の名も含まれていた。さすがのえん魔くんも、ゾウワシの圧倒的なパワーの前に手も足も出ない。萎縮するえん魔くんを置いて、村の男たちはゾウワシ狩りに出かけるが…。

なるかみ山を出身地とする人々が、雪男のような怪人物に誘拐される事件が続発していた。どうやらその人物、雪入道という雪子姫の元親戚にあたる男らしい。調査を始めた雪子姫は、過疎化の進むなるかみ山にやって来る。雪入道を手足のように操って事件を起こしていたのは、ヤマモリという村の守り神だった。

カパエルが遭遇した妖怪・イヨマントは、みゆきという人間の女性に恋をする心優しい妖怪だった。彼は熊の毛皮の敷物に化け、決して正体を明かすことなく、みゆきの傍にいることだけを望んだ。だが、望みの叶った平穏な日々も長くは続かなかった。みゆきが暴走車に跳ねられて、意識不明の重態に陥ってしまったのだ…。

不思議な霧が街を包み、人々が瞬く間に深い眠りに落ちて倒れてゆく。霧は妖怪・まどろ眠の放った催眠ガスだった。えん魔くんや雪子姫も抵抗する間もなく眠らされ、もうひとりの黒幕である妖怪・百手のもとに連れ去られてしまう。“妖怪ニュータウン”を建設中の百手は、雪子姫を人柱にしようと企んでいた。

えん魔くんのもとに、新たな非行妖怪が地獄界から脱走したとの報せが届いた。その妖怪こそ、暴れん坊として有名な木枯らし小僧。えん魔くんに宣戦布告した木枯らし小僧は、ツトムの通う洋海小学校や家族連れで賑わう動物園に現れ、動物たちを暴走させてパニックを起こす。えん魔くんは、木枯らし小僧と対決する。

空を飛ぶ妖怪船が現れ、ツトムたちが社会見学に来ていた工場を襲った。船の名は大妖怪ゴーシップ。船体そのものが、巨大な生きた妖怪なのだ。ゴーシップは無数のコウモリを吐き出し、えん魔くんたちを瞬く間に窮地に叩き落とす。倒す手段はただひとつ、えん魔大王の御妖船・ドロロン号で立ち向かうしかない…。

テスト中、ツトムが突然異様な行動をとった。ハルミの答案を堂々とカンニングしたばかりか、注意するトバッチリ先生に食ってかかったうえ、答案を破り捨てて教室を飛び出してしまったのだ。どうやら何者かに操られているらしい。異次元世界に迷い込んだつとむは、えん魔くんたちのくつろぐ地獄別荘にたどり着く。

放浪の旅を続ける妖怪・オロロンには、他界した息子がいた。彼は新聞配達に励む少年・サブローに亡き息子の姿を重ね、父親になり代わる決意をする。ちょうどサブローには、寝たきりの母を捨てて蒸発した行方不明の父がいた。オロロンが父として帰宅すると、サブローはこれまでの恨みつらみも忘れて大喜びするが…。

ドロロン号でのハイキングの途中、えん魔くんたちは竜神湖の主・竜魚が暴れ回る姿を目撃した。工場が垂れ流す廃液の作用で、凶暴化してしまったのだ。かつては人間を愛した守り神が、裏切りとも言うべき人間の行為によって、憎しみと破壊の権化となっている…。えん魔くんは仕方なく、竜魚に攻撃を加える。

大物非行妖怪・大金怪が、出た妖と虎御前を引き連れて人間界にやって来た。大金怪の挑戦を受けて立つえん魔くんだが、雪子姫とカパエルを人質にされたために手も足も出ず、ドロロン号を巻き上げられて倒されてしまう。だが、虎御前はえん魔くんの幼なじみ。彼女はえん魔くんの死に少なからずショックを受けたようで…。