日本シリーズ八連覇目前の巨人。しかし川上監督は、洗練されすぎて面白みに欠ける巨人軍の野球に不安を抱き、理論を越えた野性味溢れる「侍」を求めていた。そんな時、まさに侍というべき男がいると教えられ、川上は土佐の地へ。そこで目にしたのは、デッドボールをものともしない、あまりにも破天荒な男・番場蛮だった。

春の甲子園選抜の出場権をかけた試合を前に、大洋ホエールズのスカウトマンが蛮のプレイを見にやってきた。打倒巨人に燃える蛮は、何とか大洋に入団できないかとスカウトマンに自己主張！いいところを見せようとする蛮だが、力めば力むほどノーコンになる悪癖が顔を出してしまう。そして室戸高校との試合が始まったのだが……。

ドラフト会議で巨人軍が1位で指名したのは、なんと蛮だった！　しかし巨人に敵意を抱く蛮は、指名をきっぱりと断ってしまう。しかし何としてでも入団させたい巨人軍は、辣腕スカウトマンを送り込むが、その行き過ぎたやり口に蛮はさらに態度を硬化。諦めきれないスカウトマンは、一か八かと、身体を張った説得を試みる。

巨人軍入団を決めた蛮は、自分で希望した不吉な数字・４を背番号にもらってご満悦。だが、相変わらずの傍若無人ぶりで「巨人軍を内側から食い破る！」と大見えを切って、二軍選手たちの反感を買ってしまう。そんな蛮を待ち受けていたものは、怒り狂った二軍選手たちが仕掛けた、川上監督公認の「地獄のしごき」練習だった。

巨人軍の合宿が始まったが、早朝練習をサボるなど、相変わらずマイペースを貫く蛮。寮の庭で勝手に投球練習を始めたり、トレーニングの邪魔をしたりと、二軍選手たちとの相性は最悪で、何かとぶつかってばかり。見かねた川上監督は、二軍の練習場に長嶋・王を伴って現れ、バッティング調整と称して蛮に荒療治を行う。

合宿の最中、二軍の紅白戦が行われることになった。普段から蛮に煮え湯を飲まされ続けている二軍選手たちは、チャンスとばかりに蛮を痛めつける作戦を練る。そして翌日、孤立無援でも相変わらずけろりとしている蛮をよそに、粛々と試合はスタート。だがそれは紅白戦とは名ばかりで、実は1対17の野球地獄だった！

紅白試合でピッチャーを務めていた八幡が負傷。代わりにマウンドに立つことになった蛮だが、相変わらずの殺人的ノーコンでデッドボールを続出。グランドは死屍累々となってしまった。あまりの惨状に、チームメイトはピッチャー交代を申告。しかしそれを拒否した蛮は、「もし勝利投手になれなかったら腹を切る！」と宣言する！

二軍をやりこめた蛮は、今度は一軍も自分の手で“ぶっ壊す”ことを宣言。蛮のこの態度に熱心な巨人ファンたちは怒り心頭、蛮を襲撃する者まで現れた。そんな中、巨人・ロッテの二軍同士の練習試合の話が持ち上がり、蛮は先発投手に指名され意欲満々！しかし試合前夜、過日の襲撃犯が謝罪に訪れ、蛮を連れ出そうとするが……。

ロッテ二軍との試合で、蛮はホームランを予告。その通りランニング・ホームランをやってのけた蛮だったが、強引なスライディングで昨日負傷した左目の傷が開いてしまう。更に身内の陰謀によって、アンモニアまみれのタオルで傷を拭いてしまった！激しい痛みと視界の悪さに苦しむ蛮は、まともに球を投げることができるのか!?

ロッテとの練習試合で活躍を認められた八幡は、晴れて1軍選手に。愛すべき先輩の晴れ姿を見ようと、蛮も練習を抜け出して球場に駆けつけた。ピンチにリリーフで登場した八幡だが、極度のプレッシャーから自慢のコントロールが狂いはじめてしまう。そしてとうとう八幡の投げたボールが相手選手の顔面に向かって飛んだ！

蛮の前に突如として現れた超高校球の打者、眉月 光。眉月の人を食ったような態度に、蛮は怒り心頭！そんな中、ひょんなことから蛮は草野球チームの試合に、助っ人として出場することになった。相手は草野球のチームと高をくくっていた蛮だったが、相手チームの助っ人として現れたのは、なんとあの眉月 光だった。

眉月との対決に気をよくした蛮は、調子に乗って川上監督に一軍昇格を要求。「明日のスタメンに」と詰め寄るが、川上は蛮に監督代行をせよ、と驚きの注文を出す。さらに、試合に勝てば川上が巨人を去り、負ければ蛮が切腹という命がけの大勝負！しかし蛮はスタメンから主力の長嶋・王を外すなど、とんでもない采配をふるい続ける。

巧みな心理戦で試合を優位に進めていく蛮監督。しかし敵も目には目をとばかりに心理戦を仕掛け、チームが混乱。事態を収拾するべく、蛮は自ら投手としてマウンドに立つ。だが好調だったのも初めだけで、徐々に相手チームの作戦に乗せられ、いつもの暴投を繰り返してしまう。ついに逆転されてしまった巨人は、絶体絶命のピンチに！

蛮と八幡はアメリカ遠征のメンバーに選ばれた。諸手を挙げて喜ぶ二人だったが、八幡が選抜されたのは、蛮の練習相手というだけの理由だった。自らの野球人生を否定された八幡は、自暴自棄になって町に飛び出していってしまう。町中を探し回った蛮が見つけたものは、後楽園球場の鉄塔の上に立つ八幡の姿だった！

殺人的ノーコンを直すため、特訓を始めた蛮と八幡。飛騨の山奥で投球練習をする二人の前に、突如大男が現れ、蛮の投げたボールを斧で真っ二つに！大砲万作と名乗るその男は、蛮に野球対決を申し込む。二つ返事で承諾する蛮だが、実は大砲は中日からスカウトを受けており、その勝負に契約金の倍増を賭けていた。

眉月光のヤクルト入団が発表された。蛮は闘志を燃やすが、気負うほどコントロールが狂ってしまう。蛮のノーコンをどうにか直せないかと苦心する八幡は、ロッテの監督・金田からアイデアを借り、ノーコン改良兵器を発明。それはなんと、ボールがストライクゾーンを通らないと痛烈な罰が下るマシンだった！

巨人軍のキャンプ地・宮崎で練習を続ける蛮の前に、眉月と理香が連れ立って現れた。仲睦まじい二人に蛮は苛立ち、せっかく身についたコントロールが再びボロボロに……。そんな中、眉月と理香が婚約するという噂を聞きつけた蛮は、川上監督が視察に訪れるのもそっちのけで、練習場を飛び出しヤクルトのキャンプ場に殴り込む。

殴り込み騒動の罰として自宅謹慎を言い渡された蛮。気分転換に故郷・土佐に帰省したが、野球の勘どころか釣りの腕まですっかり鈍ってしまっていた。荒れる蛮に、母は父の使っていたという血染めの手ぬぐいを差し出す。血を流してまで銛投げの特訓をした父を越えるべく、蛮はボールを手に荒海へ舟を漕ぎ出していった。

アメリカ遠征に参加した蛮は、各地を転戦する中、昨年の大リーグの優勝チーム・アスレチックスと対戦することになった。だが、アスレチックスには凶悪なラフプレイで知られる狼酋長ことウルフ・チーフがいた。試合中、スパイクで蹴りつけ、次々と先輩選手たちを負傷に追い込むウルフに、蛮は怒りを燃やす。そしてマウンドに上がった蛮は……。

眉月や大砲が活躍する中でデビューもしていなかった蛮は、ようやくオープン戦の最終日、ロッテとの試合で登板することになった。ライバルに負けじと張り切る蛮は、絶妙なコントロールで味方のピンチを救い、８回までを完封に押さえ込むなど絶好調！しかし金田監督は、蛮の完璧に見えるピッチングの、あることに気がついた。

前回のロッテ戦を教訓に、何とか変化球を身につけようと、蛮は八幡と練習に励むが、なかなか上達しない。そんな中、高所から落下してきたスパナにヒントを得た蛮は、ひたすら高くジャンプする練習を始めた。その努力の末に新魔球が完成する。蛮は魔球を携えて、宿敵・眉月のいるヤクルト戦のマウンドに立つ。

ハイジャンプ魔球で眉月に勝利した蛮は、調子に乗って、次のヤクルト戦では完全試合をすると言い放った！一方、眉月は蛮の魔球を破るべく、山寺に篭もり弓矢を打ち返す猛特訓を始める。試合当日、序盤からパーフェクトペースで打線を封じる蛮。いよいよ最後の一人というところで、傷だらけの眉月が蛮の前に現れた。

蛮と眉月の対決を見て、ハイジャンプ魔球の攻略のヒントをつかんだ大砲。打倒・蛮を誓い、魔球をホームランにすると宣言。大砲は飛騨の山奥に篭もり、次々と滑り落ちてくる巨大な丸太を斧で真っ二つ割く特訓を敢行した。満を持して、魔球を打ち砕く秘策とともに打席に入った大砲は、蛮渾身の球をバットで受け止めるが!?

大砲の打球で足を負傷した蛮は、名医と呼ばれる吉田整骨院に運び込まれた。全治１ヶ月を言い渡された蛮だが、魔球を破られたことに焦り、院長を罵倒したり病院を抜け出したりと大暴れ。ついには檻に閉じこめられてしまう。そんな時、蛮は院長のふとした動作を見て、ハイジャンプ魔球を改良する鍵を見つけ出す。

新魔球「エビ投げハイジャンプ」を生み出した蛮。怪我からの復帰戦の相手が中日と決まり、蛮は雪辱を晴らすべく大砲に新魔球をお見舞いする。その凄まじい威力に屈し、三球三振に打ち取られる大砲。だが大砲は、エビ投げハイジャンプの隠された弱点を予見し、再び蛮と対峙するべく、バッターボックスに立つのだった。

蛮との対決で右手首を骨折した大砲は、治療のために故郷の飛騨に帰ることになった。その頃、蛮は路上で何者かに襲われる。襲撃犯の背後に大砲がいると聞いた蛮は、真相を確かめるため大砲に会いに行く。しかし、頑なに口を閉ざす大砲に、蛮は憤りつつも踵を返すが、その矢先、落雷に巻き込まれ谷に転落してしまう！

蛮に叩きのめされた阪神は、巨人を打倒するために大リーグからウルフ・チーフを呼び寄せた。闘志を燃やす蛮は、ウルフのデビュー戦を見るために球場に駆け込む。そこで蛮は、今までに見たこともない構えから繰り出される、必殺の“スクリュー打法”を目の当たりにするのだった。

いよいよ巨人対阪神の試合が始まった。試合は王の先制点によって巨人ペースで進んでいたが、ウルフの必殺のスクリュー打法と殺人スライディングで戦局は一変してしまう。蛮は、アメリカでの因縁に決着をつけるべくマウンドへ向かう。“エビ投げハイジャンプ”対“スクリュー打法”の決戦がはじまる！

“エビ投げハイジャンプ”をウルフに破られた蛮は、オールスター戦を目前に突然、姿を消してしまった。南伊豆にこもった蛮は、八幡と共に新魔球を発明する特訓を始める。鉄の樽に入って崖から転がり落ちる謎の特訓を繰り返し、蛮はついに新魔球を生み出すことに成功。東京へ戻った蛮は、王と長嶋に対決を申し込むのだった。

完成した“大回転魔球”を引っさげて、蛮は阪神戦に臨んだ。“エビ投げハイジャンプ”の雪辱を晴らすため、蛮はウルフに新魔球を投げ込む。魔球の威力に、一度は三振に打ち取られてしまうウルフ。だが、インディアン流の狩りの極意を思い出したウルフは、魔球を打ち返す秘策を抱き、四度目の打順を迎える。

ペナントレースで4位に低迷したままの巨人。しかし主力の蛮は大回転魔球の疲労から、試合に出ることができない。負けると後がない中日との三連戦、巨人は幸運にも豪雨でコールド勝ちすることが出来た。大喜びするナインのあまりの不甲斐なさに激昂した蛮は、疲れ切った体を引きずって、マウンドに立つのだった。

蛮の“大回転魔球”は無敵の強さを誇っていた。そんな中、腕の怪我を完治させた大砲は、蛮の新魔球を破るため、回転ピッチングマシンから打ち出される球を避けるという秘密特訓を終えて、全身傷だらけで球場に現れた。蛮との宿命の対決で、大砲は大回転魔球にバットを当てることに成功するのだが……。

八幡がヒットを打てないために、巨人は敗退し、またも4位に転落した。自信をなくした八幡を叩き直すため、蛮は二人で山にこもり、弱点である足腰を鍛える特訓を始めた。断崖絶壁に八幡を逆さ吊りにするという異様なバッティング練習をする２人。しかし、八幡を吊るす木に結んだロープが切れてしまう！

蛮の活躍でついに巨人は首位を奪還した。勢いに乗る巨人の影で、蛮のライバル・眉月は、“大回転魔球”を打ち破るため、深夜の工場にこもり極秘特訓を試みる。一時は魔球を打つことは不可能と、自暴自棄になる眉月だったが、パンチングマシンにヒントを得て、更に過酷な特訓に打ち込み始めた。

鉄の球を木のバットで打ち返すという過酷な特訓を経て、“大回転魔球”打倒の勘を会得した眉月。だが、試合の当日、眉月は極度の疲労のために倒れてしまう。だが病院で目を覚ました眉月は、ベッドを抜け出し、急いで球場へ向かった。蛮の活躍で着々と進む試合の最終回、“大回転魔球”に挑む眉月が登場した！

眉月に“大回転魔球”を破られた蛮は、偶然投げた皿の不思議な回転に気付く。蛮はボールを変形させる方法を模索するため、八幡と別れて伊豆大島へ向かう。その船の中で蛮は、空き缶やボールを握り潰す空手家と出会った。蛮は新魔球を発明するため、空手家の指導の下、猛特訓を開始。とてつもない魔球を編み出す。

蛮は過酷な特訓の末に、とうとう“分身魔球”を完成させた。しかし、八幡は球がいくつにも見える魔球を捕球することができない。このままでは巨人の優勝は絶望となる阪神戦の大ピンチ。特訓先で八幡はついに捕球に成功。蛮と八幡は、巨人V9への希望をつなぐため、オートバイに乗って後楽園球場へと急いでいた。

自力自力優勝の可能性が断たれた巨人に残された望みは、中日が阪神を破ることだった。そんな中、中日の大砲の弟・千作が修学旅行先で転落事故に遭い、重体となってしまう。試合のために病院へは行かず名古屋に残った大砲だったが、弟の容態を案ずるあまり、打撃に集中することができない。

セリーグの優勝は、巨人と阪神の直接対決へと持ち込まれた。蛮の“大回転魔球”に敗れ、姿を消していたウルフ・チーフも、決戦のを戻ってきた。ウルフは蛮の“分身魔球”を打ち破ると宣言する。そして、とうとう蛮とウルフの直接対決の時が訪れた。蛮の玉を見事に打ち返すウルフ。その中継を見ていた長島が、蛮に助言をする。

セ・リーグ優勝を果たした巨人軍は、パ・リーグ制覇の南海ホークスと日本シリーズを戦うことに。一方、理香の婚約報道に動揺する蛮を、試合中、野村監督お得意の「ささやき戦術」が襲う。集中力を欠いたうえに雨まで降り出し、蛮の分身魔球は、ただの棒球になっていた！

南海・野村の策に負けた蛮は、二度と失敗を繰り返すまいと復讐を誓った。そのためには雨に強い分身魔球を完成させなければならない。しかし、蛮は何の秘策もなく、特訓の成果を出せないまま、野村と対決すべく、リリーフのマウンドに立つのだった！

蛮と八幡が大阪の街を散歩していると、酒に酔った南海ファンがからんできた。あわや乱闘になろうとしたとき、割って入ったのが長島だった。帰京する電車のなか、長島流ケンカ野球を学んだ蛮は、その凄さに感動し身を震わせる。

日本シリーズ第三戦も制し勢いに乗る巨人。だがその中で、王は一人不調に苦しんでいた。「王は三冠王を手にして気を抜いている」という噂を耳にした蛮は、本人に真意を問いただす。答えをはぐらかす王だったが、蛮の容赦ない詰問に外出先に一緒についてくるよう告げた。その場所で蛮は王の不調の真実を知る。

V9を達成した巨人と、大リーグ覇者・アスレテックスの日米ワールドシリーズが実現した。蛮は早速、大リーグの二冠王であるジャックスに宣戦布告し、対決に闘志を燃やす。しかしジャックスは、しょせんは日本レベルの選手、と高を括っていた。そして第一戦に完敗した巨人は蛮を投入、第二戦に望む。

蛮の“分身魔球”に敗れたジャックス。しかし、彼は既に打倒蛮のヒントを掴んでいた。空手の道場を訪れたジャックスは、回転しながら飛んでくるヌンチャクを打ち返す打法で勝利を確信する。二戦・三戦の連勝で勢いに乗る巨人は、四戦目の先発で蛮を起用した。そしてとうとう、秘策を持つジャックスに打順が回ってきた。

怪物ジャックスに敗れた蛮を、理香やライバルたちが「最後まで戦え」と叱咤激励する。ジャックスの打席に登板した蛮は、過去の魔球で挑むが通用せず、マウンドに倒れてしまう。しかし、不屈の侍魂で立ち上がった蛮は、最後の１球で奇跡を起こす！