シーズン3は、カラムとレイラがついに魔力の国ゼイディアにたどり着いたところから幕開けです。ズモを母親であるドラゴン王妃に引き合わせるために、旅の最後に待ち受ける最も危険な道のりへ向かう2人。一方、王位に就くためにカトリス王国に戻ったエズランは、すぐにゼイディアとの戦争に行くよう強く求められます。牢屋から出るべく必死のヴィレン卿は、新たに味方につけた神秘的なスタータッチ・エルフのアーラヴォスが持つ力に気づき始めます。
ゼイディアに近づいたレイラとカラムだが、その行く手に、かつて人間に目を焼かれ、激しいにくしみに取りつかれたおそろしいドラゴンが立ちはだかる。
王として初めて議会に出席したエズランは次々と難しい決断をせまられる。レイラの導きで、全てのものが魔力(まりょく)をもつ不思議な世界を進むカラム。
故郷にもどったレイラを思わぬ事態が待ち受ける。サンファイヤー・エルフのもとで光に運命を委ねられるアマヤ。父に真実を確認するクラウディア。
見知らぬ女から、ミッドナイト砂ばくを横断するための乗り物を提供するといわれたレイラたち。カトリスに危機がせまる中、大きな決断をするエズラン。
ニックスを見つけるため砂ばくをかけぬけるレイラとカラム。戦争の準備が始まったカトリスでは、意外な人物がエズランに救いの手を差しのべる。
大軍を率いてゼイディアに向かうヴィレンの口から、アヴィザンダムの死についての真相が語られる。フィフィとともに大空をかけるエズラン。
ドラゴン王妃(おうひ)に会うため嵐(あらし)の塔(とう)を登り始めるレイラたち。ヴィレンは、サンファイヤー・エルフを狙った計画を実行する。
勢力を増したヴィレンの軍が嵐の塔に近づく。ドラゴン王子を連れて安全な場所ににげるか、ここに留まり戦うか、決断をせまられたカラムたちは...?
ドラゴン王子を守るとちかった仲間たちは、ヴィレンの軍隊とそう絶なバトルをくり広げる。だがヴィレンは、まだおどろくべき企みをかくしていた。