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昭和12年秋、陸軍内部の強い反対の中、結城中佐によってスパイ養成を目的とするD機関が秘密裏に設立された。参謀本部から監視の密命を受け、D機関に赴いた佐久間中尉が目にしたのは超人的な選抜試験を平然とくぐり抜けた若者たちだった。

ゴードン邸を捜索する佐久間たちだが、スパイ行為の証拠をどうしても見つけることができない。そんな中、捜索は二度目だとゴードンが口走ったことで、佐久間はこの任務が武藤によって仕組まれたものだと知る。

何も思い出せない…。目覚めると、すべての記憶を失っていた。所持しているパスポートには“島野亮祐”の名前。入国地はマルセイユ。かたわらにいた謎の男アランたちによって、現在のフランスがドイツ軍に占領されていることを知る。

上海派遣憲兵隊に配属された本間英司軍曹は、着任早々、及川政幸大尉に呼び出される。及川から、憲兵隊内部に潜む敵の内通者を捜査せよという命令を受けているそのさなか、爆発音が響き渡り…。

ロンドンで写真店を営んでいた伊沢和夫は、ある日突然スパイ容疑で拘束されてしまう。執拗な尋問に耐える伊沢の前に現れたのは、英国諜報機関のスパイ・マスターである ハワード・マークス中佐だった…。

〝協力者〟モロゾフから機密情報を手渡したいという緊急連絡を受け、D機関員である瀬戸礼二は満鉄の超特急あじあに乗車していた。情報の受け渡しをしようと接触をはかるも、モロゾフはすでに殺されており…。

サンフランシスコからハワイ諸島を経由し日本へと向かう豪華客船朱鷺丸(ときまる)。そのデッキ上でクロスワードパズルに興じていた内海脩のもとに、ジェフリー・モーガンと名乗る男が現れる。そのとき、海上に目をやった人々の口から悲鳴があがり…。

元外交官の白幡樹一郎に、陸軍の機密である“統帥綱領(とうすいこうりょう)”を盗読したとの容疑がかけられる。秘密裏に真相を究明するため、蒲生次郎は白幡と旧知の間柄である英国領事アーネスト・グラハムに接触するが…。

風戸中佐率いる生粋の陸軍軍人によって組織された“風機関”が、D機関の追い落としを謀り、スパイ容疑のかかる白幅樹一郎を追っていた。そしてとうとう、白幡邸の書生森島邦雄を通じて“統帥綱領(とうすいこうりょう)”受け渡しの日時が知らされる…。

英国タイムズ紙極東派遣員のアーロン・プライスは、D機関の創設者と噂される結城中佐の正体を暴かんと調査を進めていた。手に入れた陸軍幼年学校の名簿を調べるプライスは、首席で合格しながらも素行不良で退学となったある生徒に目をとめる。その名は“有崎 晃(ありさき あきら)”……。

ドイツ国防軍の諜報機関アプヴェアに所属するヘルマン・ヴォルフ大佐は、副官を務めるヨハン・バウアー中尉とともにベルリン郊外で起きた列車事故の調査に赴く。そして事故に関係するとみられた男の持ち物から、あるスパイ道具を見つけ出す。男は“真木克彦”という日本人の死体から盗んだと自供するが……。

ベルリン・アルゲマイネ社の記者カール・シュナイダーにドイツとソ連の二重スパイの疑いがかけられる。スパイである証拠を探るD機関だが、突如シュナイダーは謎の死を遂げる。結城中佐の指令を受けた機関員たちは各自調査に乗りだすが……。