パラドックス・プリズムの大きな力を手に入れるため、プリズムのカケラを集め始めるカオス委員会。ソニックはバラバラになった世界で出会った仲間たちと力を合わせ、悪の野望に立ち向かう!
シャター・スペースでいきなりシャドウから戦いをいどまれたソニック。グリーンヒルが壊れてしまったことでソニックを責めるシャドウは、自ら事態を打開しようとする。
ボスケイジ・メイズのカケラを探し続けるカオス委員会。ジャングルを破壊(はかい)するロボットたちを止めるには、戦うしかないことに気づくソニック。
キャプテン・ドレッドとその乗組員たちを助け、カケラを取りもどすため、得意技である高速移動で目的地を目指すソニック。そんなソニックの前に、思わぬ味方が現れる。
裏切り者だとかんちがいされたソニックは、キャプテン・ドレッドたちのいかりを買う。さらにその後、カケラをめぐって海上で激しい戦いがくり広げられる。
これまで以上にパワーアップしたカオス委員会がニューヨウクにもどってくる。追いつめられた抵抗(ていこう)軍たちは、自分たちから戦いをしかけるかくごを決める。
絶対に失敗しないように造られたという、カオスソニックを相手に苦戦を強いられるソニック。一方カオス委員会は、さらに勢力を拡大するための作戦を実行する。
パラドックス・プリズムを元通りにするカギが、シャター・スペースのひとつにあることがわかる。ナインとソニックは、カケラを安全に運ぶためのポータルを見つけられるのか。
ナインがパラドックス・プリズムを元通りにする時間をかせぐため、カオス委員会とのバトルにいどむシャドウとソニック。だが、思わぬサプライズがソニックたちを待っていた。