シャター・スペースでいきなりシャドウから戦いをいどまれたソニック。グリーンヒルが壊れてしまったことでソニックを責めるシャドウは、自ら事態を打開しようとする。

ボスケイジ・メイズのカケラを探し続けるカオス委員会。ジャングルを破壊(はかい)するロボットたちを止めるには、戦うしかないことに気づくソニック。

キャプテン・ドレッドとその乗組員たちを助け、カケラを取りもどすため、得意技である高速移動で目的地を目指すソニック。そんなソニックの前に、思わぬ味方が現れる。

裏切り者だとかんちがいされたソニックは、キャプテン・ドレッドたちのいかりを買う。さらにその後、カケラをめぐって海上で激しい戦いがくり広げられる。

これまで以上にパワーアップしたカオス委員会がニューヨウクにもどってくる。追いつめられた抵抗(ていこう)軍たちは、自分たちから戦いをしかけるかくごを決める。

絶対に失敗しないように造られたという、カオスソニックを相手に苦戦を強いられるソニック。一方カオス委員会は、さらに勢力を拡大するための作戦を実行する。

パラドックス・プリズムを元通りにするカギが、シャター・スペースのひとつにあることがわかる。ナインとソニックは、カケラを安全に運ぶためのポータルを見つけられるのか。

ナインがパラドックス・プリズムを元通りにする時間をかせぐため、カオス委員会とのバトルにいどむシャドウとソニック。だが、思わぬサプライズがソニックたちを待っていた。