超人主義者の学生が起こした新宿擾乱の結果、国家は管理外の超人たちを犯罪集団として危険視するようになった。 巨大ロボットの導入で強化された国家公共保安部隊は、爾朗の抜けた超人課や来人たちを指揮下におき、治安出動への訓練を強行する。 そのとき、鷲巣雄星と名乗るアンドロイド戦士がＵＦＯで飛来した。 彼は宇宙の知的生命体がつくる平和連合からの使者で、数々の星系を消滅させたＳ遊星人を捕獲するため、地球に来たという。

若い女性が地球に潜む宇宙人を音楽の超能力で切断し、次々と殺害していく。 彼女の名は遙アキ――かつてエンジェルスターズでアラクネと呼ばれたシンガーであった。 超人課の捜査で浮かびあがった潜伏先は、ジュダスが営む違法病院だ。 そこに居あわせた爾朗は追っ手からアキを護るため、ともに逃避行に出ることとなった。 爾朗からアキに語られたのは、天弓ナイトのヘルメットと宇宙生命体フューマーにまつわる２年前の物語であった。

冬期国際スポーツGP札幌大会が一ヶ月後にせまり、スキージャンプ用に身体改造手術された3人の超人「スリーバードメン」が人気を集めていた。 だが謎の黒雲から雷撃を受けた彼らの頭部から花のような怪物体が生えてきて、エキジビション出場すら危ぶまれてしまう状況となった。 近くにいたジャンパー雨戸は超人手術を拒否したことで彼らと確執があり、犯人と疑われてしまったが、黒雲の被害は一般人を巻きこんで拡大する一方だった。

神化47年冬、北陸のトンネルで寝台急行が火災事故を起こした。 笑美は大惨事のニュースを見て、人間嫌いで知られる女妖怪デビラに会おうと地底深くへ出かける。 笑美と同格の地位をもつ妖怪一族だけに、シールド工法で地底へ到達した人間に対し、不可侵の警告を発した可能性を感じたからだ。 だがそのころ、デビラの弟デビロは人間と変わらぬ姿で新宿に姿を現した。 彼の口ずさむ詩的な言葉は、道行く人びとの心を揺り動かし始める……。

平凡なサラリーマン若村一勇は、妻を亡くして幼い娘の夕子と暮らしていた。 ある朝、二人の乗るバスは護送車から脱走した超人ジャックフラッシュに襲撃される。 死にかけた一勇の全身が膨れあがり、超人ニンゲンマンに変身して事態を収拾した。 身体の激変に当惑した一勇だったが、正義の超人出現に夢中になる夕子を見て、活動の継続を決意する。 だが彼の能力発現には、大量発生した外来種セイタカアワダチソウが大きく関わっていた。

南極大陸の氷山から凍結された人体が発見され、調査のために超人課へ運びこまれた。それは300年以上も前に凍結されたものだという。 だが、これに目をつけた帝告の里見が氷柱を引き取っていった。 解凍されて復活した少女・影胡摩は、戦後間もなくからずっと総理大臣の職を続けてきた立花繁の屋敷へと通される。 かつて鐵假面剱士として悪と戦った胡摩は柴探偵事務所へと乱入し、帝告から悪の首謀者と教えこまれた人吉爾朗へ斬りかかるのだった。

横田の米軍基地から脱走した兵士・ジョナサン・マレル曹長の捜索依頼が、超人課へと持ちこまれた。 人工的な能力強化を施され、東南アジアで長引く戦争へと投入されて、心を深く傷つけられた超人兵士だ。 その非人道的行為を疑問視する爾朗は、来人と協力してジョナサンを故郷アメリカへ帰そうと試みる。 一方、部隊を率いるカロルコ大佐は、超人の軍事利用では同志的関係の孫竹に、アメリカの恐るべき野望を打ち明けるのであった。

神化49年の日本は、立花総理の尽力で中東戦争によるオイルショックから立ち直ろうとしていた。 さらなる支持率向上のため、アメリカからスーパーロボットＮＵＴＳが輸入され、超人取り締まり政策が強化される。 テスト運用を託された帝告の倫子は、パイロットとして元IQのマリをスカウトし、さらなる要員を求めて超人課を訪れた。 普通の人間が操縦する超人的存在・スーパーロボットが登場したことで、超人のイメージは決定的に変わる。

ジンの残した怪剣クロードのヘルメットは、超人取り締まり目的で密かに量産されていた。 ＮＵＴＳ操縦用となったメットを装着した爾朗は、残留思念に導かれたかのように、封じられていた過去を次々とかいま見る。 超人の求めるべき理想とは何か。そして爾朗の果たしてきた役割とは……。 東京中枢・丸の内の八束重工前で開催されたＮＵＴＳの展示会で、大事件が発生した。 超人たちは運命を切りひらくべく、それぞれの行動を開始する。

沖縄超人博覧会場で世界の超人たちを主導し、人類への貢献を約束したマスター・ウルティマが、笑美によって殺された。 その理由とは何か？　さらに笑美たち妖怪は科学実験都市ウルティマ・ポリスを奪取し、怪獣たちとともに籠城する。 この過激な行動に対し、超兵戦士隊は市中に潜伏する超人たちを危険分子と断定し、徹底的な弾圧を加えていった。 超人同士の対立が激化する情勢下で、爾朗は出自に関する重大な秘密を聞かされる。

古来から人とともに存在してきた妖怪、魔物、悪魔たちは、科学至上主義となった人類の犠牲とされることに反発し、爾朗を盟主として決起した。 だが、爾朗の乗るアーラエクウスのエネルギー放射は留まることを知らず、輝く竜と化して敵味方の別なく炎に巻きこみ始める。 超人同士が対立するように仕向けてきた、帝都広告社の里見の真の目的とは何か？ 超人の存在意義を賭けた戦いの中、最後の決着の時が、まさに迫っていた……。