故郷のザンクティンゼルを飛び立ったグランは、星の島を目指し騎空団の仲間と共に旅を続ける。 よろず屋シェロカルテからの依頼を受け、田舎の小さな島へ向かったグラン達。 その島では少し前から轟音が続いており、ルリアはかすかに星晶獣の気配を感じ取る。 音の正体を探る中で、グランは谷底に倒れているドラフの少女、アリーザを見つける。 助け出したアリーザから話を聞くと、アリーザは島に響く轟音について心当たりがあるという。 島の人々のためにも、グラン達がもう一度谷底へ向かうと……

エルステ帝国に追われていたグラン達に、突如エルステ帝国側から和議が持ち掛けられ、一行は交渉のため城砦都市アルビオンへと向かう。 アルビオンは士官学校を中核とする学園都市であり、アルビオン士官学校はカタリナの母校でもあった。 一行は緊張の中、エルステ帝国軍少将フュリアスと対面するが、早々に赦免状を渡されあっさりと交渉は終了する。 晴れて自由の身となったグラン達は、現アルビオンの領主であり、カタリナの後輩でもあるヴィーラからもてなしを受けることになるが……

エルステ帝国からの赦免状を得て、無罪放免となったグラン達。 しかし、宴から一夜明けると、カタリナは置き手紙だけを残しグランとルリアのもとを去ってしまう。 事情を聞くため、カタリナの居場所について手掛かりを得ようとヴィーラのもとに向かう道中、カタリナがアルビオンに身を捧げ、自ら犠牲になろうとしていることを知る。 追手をかわし、カタリナのもとにたどり着いたグラン達。 しかしカタリナは、その決心はグラン達のためだけではなく、ヴィーラのためでもあると語り始める。

グラン達の説得も虚しく、カタリナの決心は覆らない。 カタリナには過去の出来事でヴィーラに対して負い目があり、ヴィーラが求めるのなら、アルビオン領主としての重圧や孤独に耐え忍んできた彼女の力になりたいという思いがあった。 一方、無罪放免の裏に隠された帝国の思惑を知ったグラン達は、フュリアスに取引の無効を訴え、カタリナを取り戻すため、アルビオン城で行われているシュヴァリエ移譲の儀式に割って入る。 しかしそこへ、突如、エルステ帝国の新兵器アドウェルサによる攻撃が襲い掛かるのだった。

星晶獣シュヴァリエの力を開放し、グラン達に襲いかかるヴィーラ。 暴走するヴィーラの姿を目にしてカタリナは自責の念にかられる。 そしてカタリナは、過去を清算するためヴィーラの気持ちに向き合うことを決意する。 カタリナの願いを叶えるため、グラン達はヴィーラの猛攻を総力戦で迎え撃つ。 ついに追い込まれ、シュヴァリエの力を展開できなくなったヴィーラだが、戦意はなお衰えない。 その想いを受け止めようと、カタリナはヴィーラと対峙する。

アルビオンを出たグランサイファーが辿り着いたのは、入ったら最後、二度と出られないと噂の深い霧に包まれた島。 情報収集と食糧調達のため村を歩いていると、やつれた死に顔のゾンビ達に出会い、百年前に現れたという幽霊船の話を聞く。 ゾンビの村人の家に招かれたグラン達は思わぬ再会を果たす。 黒騎士と行動を共にしていた三人──傭兵コンビのドランクとスツルム、そしてルリアと似た力を持つオルキス。 ドランクは、この島で起こっている現象は星晶獣が関係していると言い、グラン達に協力を依頼する。

セレストに飲み込まれてしまったルリア・イオ・オルキスの三人。 残されたグラン達は、村で出会った幽霊少女フェリとともに、ルリア達を救う手立てを探す。 一方のルリア達も、ただ助けを待つだけではなく、協力して試行錯誤しながら出口を探していた。 少しずつ心を通わせるルリアとオルキス、そしてそれを微笑ましく見守るイオ。 しかし、セレストの体内を進むにつれて、徐々にイオの様子がおかしくなっていってしまい……

セレストは何者かに操られていた。 その意に従い、セレストは村を襲ってゾンビ達を食らう。 被害を抑えようとグランサイファーを操縦し、セレストを食い止めるラカム。 グランはルリア達を助け出すべく、グランサイファーからセレストへと飛び移り、その内部へと潜入する。 真っ暗なセレストの体内を進むうち、グランの目の前に現れたのは、幼い頃の記憶が映し出されたかのような風景。 そこで待ち受けていた、鏡写しになったかのようなもう一人の自分が振るう剣に、グランは苦戦を強いられる。

傷ついたグランサイファーを補修するため、グラン達は艇造りの聖地と呼ばれるガロンゾ島に向かう。 ガロンゾ島でグラン達は艇の修理を依頼するが、船大工達は巨額が動く仕事にも関わらず、契約書を取り交わすことはしなかった。 そのことを不思議に思っていると、ガロンゾ島には口約束でも約束を遵守させる神様がいるのだと教えられる。 修理費用を稼ぐためシェロカルテからの依頼をこなすグラン達。 一方、修理を指揮するため艇に残ったラカムの前に、一人の少年が現れる。

突如現れたポンメルン率いるエルステ帝国軍によって、連れ去られてしまったグランとルリア。 魔晶の影響で苦しむノアも、同じく帝国の駐屯地にある研究所に囚われていた。 残されたラカム達の前にはロゼッタが現れ、グラン達の救出に力を貸してくれるという。 忘れていた遠い記憶を思い出したラカムは、一刻も早いノアの救出を決意する。 そして、連行されたグランとルリアはエルステ帝国宰相フリーシアと対面し……

グランとルリアは帝国の駐屯地から脱出し、ラカム達との合流を果たす。 ノアは帝国の襲撃によって朽ちてしまったグランサイファーを蘇らせようとするが、消耗していたため力が足りず、ガロンゾ島に住む契約を司る星晶獣ミスラの力を借りることを提案する。 しかし、突如襲った魔晶の力により、ノアは苦しみながら暴走を始めてしまう。 ノアを救い、ラカムの声を届けるために、グラン達はフリーシアの陰謀に立ち向かう。

グラン達の前に現れた黒騎士とオルキスは、ルリアを連れ去ろうとする。 オルキスと戦いたくないとルリアは必死に訴えかけるが、その声は虚しくもオルキスには届かない。 過去に囚われルリアの力を求める黒騎士と、ルリアは決して渡さないと固く誓うグラン。 二人の譲れない信念がぶつかり合う。