閉ざされた島「ザンクティンゼル」で生まれた少年・グラン。 彼は大いなる空へ飛び立つ夢を抱き、相棒のビィを連れて日々鍛錬に励んでいた。 そんなグラン達が暮らす平穏な島に、突如響き渡る轟音。 音の方向を見上げた彼らは、空に浮かぶ軍艦の姿とそこから落ちる光を目撃する。 光の落ちた方向を目指し、立ち入りが禁じられている森を進むグランとビィ。 そこで彼らは、蒼い髪の不思議な少女と出会う。 少女の名はルリア。 彼女はとある事情で、軍事国家・エルステ帝国から追われる身となっていた。 ルリアを守るため帝国に反旗を翻した騎士・カタリナとも合流し、グランはふたりを島から逃がすため、手助けを買って出る。

エルステ帝国軍に一度は敗れるも、ルリアの力によりグランは再び立ち上がる。 そして彼はルリアの導きで星晶獣・バハムートを召喚し、帝国軍を退けた。 力を使い果たし、気を失ったグランは、夢の中で幼き日の記憶を回想する。 かつて手にした、彼方にいる父からの手紙――。 「星の島、イスタルシアで待つ」と書かれたその手紙こそが、彼が空の冒険に憧れる理由だった。 その後、無事に目を覚ましたグランに安堵する一行。 しかし、ルリアから告げられたのは、「グランはすでに命を失い、自分と命を繋ぐことで生き長らえている」という衝撃の事実だった。 言葉を失うグランだったが、問題を解決できる可能性としてカタリナが口にした「星の島」の名に、彼の心は躍りだす。

星の島を目指し、ザンクティンゼルから飛び立ったグラン達。 しかし、カタリナの小型騎空艇の操縦はおぼつかず、一行は近くの島に不時着を試みる。 墜落同然の着陸ではあるものの、彼らはどうにか新たな島へと到着した。 降り立ったのはポート・ブリーズ群島の一部、エインガナ島。 風を司る守り神・ティアマトが祀られる、穏やかな風の吹く島だった。 そこへ草原を通りかかったひとりの男が、大破した小型騎空艇を見てグラン達に苛立った声をかけてくる。 男はラカムと名乗る騎空艇の操舵士で、乱暴に扱われた艇の有様が許せない様子だった。 街の人々が言うには、ラカムは直るはずもない朽ちた騎空艇の修理をずっと続けている変わり者らしく……。

ルリア奪還を目論む帝国少将フュリアスの襲撃を受け、追い詰められたグラン達。 彼らの逃亡を助けたのは、操舵士の男・ラカムだった。 一行は島から旅立つため、ラカムを操舵士として迎え入れたいと提案するも断られてしまう。 彼は幼い頃に魅せられた、古びた騎空艇・グランサイファーでなければ飛びたくないと語る。 数年前にラカムが空を飛ぶことを止めてしまった原因――。 それはかつて、自らが丹精を込めて修理したグランサイファーで墜落を経験した過去にあった。 墜落以来、どこにも故障箇所がないにも関わらず、グランサイファーはピクリとも動かない。 ラカムはグラン達に協力したいが、他の騎空艇で旅立つことはできないのだという。

ポート・ブリーズを救いたいというラカムの覚悟を受け取ったかのように、グランサイファーは沈黙を破り飛び立った。 強風の中、数々の飛来物や乱気流を避ける見事な操舵を見せるラカム。 そうした彼の技術により、グラン達は星晶獣・ティアマトが待ち構える黒雲の塊へと辿り着く。 険しい道程の末に相対したティアマトは、エルステ帝国軍の策略により自身の意思とは反して暴走していた。 ポート・ブリーズ群島と、その守り神であるティアマトを救うため、グラン達は大空の決戦へと挑む。

ティアマトの脅威からポート・ブリーズ群島を救い、グラン達は新たなる島へと旅立つ。 辿り着いた先は溶岩の河が流れ、その熱を利用した鉄鋼業が盛んなバルツ公国。 そこでは彼らに仕事の依頼をしたいと、よろず屋のシェロカルテが待ち構えていた。 シェロの紹介で出会った依頼主は、バルツ公国の特務官。つまり国の重要機密に関わる秘密諜報員であった。 彼はグラン達にポート・ブリーズを救った騎空団と見込んで依頼があるという。 依頼内容は、行方をくらましたバルツ公国の最高権力者・ザカ大公の捜索。 団長となったグランの決意もあり、一行はその依頼を受けることに。 早速調査を始めたグラン達だったが、背後には彼らを尾ける怪しい人影があった。

ザカ大公の魔力を発する機械の魔物に囲まれ、絶体絶命のグラン達。 イオの呼びかけにより敵が怯んだ一瞬の隙をつき、彼らはどうにか危機を脱することができた。 しかし、出口を塞がれ退路を失った一行は、ザカ大公の手がかりを求めてさらなる深部へと踏み込んで行く。 何者かからの呼び声が聞こえるというルリアの案内で辿り着いたのは、地下に隠された秘密工場。 そこではザカ大公と、彼が建造した鉄の巨人・コロッサスが待ち構えていた。 ザカ大公は正気を失っているようで、弟子であるイオの顔さえ忘れてしまっていた。そして血走った目でルリアを見つめ、コロッサスを星晶獣として目覚めさせるために力をよこせとルリアに迫る。 さらにその一部始終を、エルステ帝国最高顧問・黒騎士と謎の少女が見つめていた。

石壁に囲まれた薄暗い遺跡。 そこではトレジャーハンターのマリーとカルバが、お宝を求めて探索を行っていた。 同じ頃、アウギュステに向かう道中で補給のためにとある島に立ち寄ったグラン達は、シェロカルテから遺跡調査の依頼を持ち掛けられる。 シェロの依頼を受け、森の奥深くに佇む遺跡に辿り着いた一行。 ところが突如足元の石畳が崩れ、彼らは遺跡の地下へと落とされてしまう。 落下の最中に二手に分断され、魔物と罠が蔓延る遺跡の内部でバラバラになったグラン達。 ラカム、イオと共に行動するグランは、ルリア、カタリナ、ビィと合流するため、遺跡の探索を始める。その先でグラン達は、魔物と交戦するマリーとカルバに遭遇するのだった。

新たなる目的地・アウギュステ列島に降り立ったグランサイファー。 美しい水資源に恵まれた島とされるアウギュステだが、グラン達は到着早々に海岸線に漂着したヘドロのような塊を目にする。 観光地とは思えない惨状を見て戸惑う一行に声をかけたのは、ラカムの旧縁で傭兵の男・オイゲンだった。 彼曰く、ここ最近エルステ帝国がアウギュステの海で何らかの実験を行っており、その影響で異臭を放つヘドロが島中で発生しているのだという。 結果、強硬な姿勢のエルステ帝国とアウギュステとの間で戦争が勃発。 オイゲンが所属する傭兵部隊も駆り出され、島には不穏な空気が漂っていた。 そんな中、ルリアには星晶獣らしき声がかすかに聞こえていて……？

エルステ帝国に攫われたルリアを捜し、グランはアウギュステの街を駆ける。 同じ頃、帝国軍により騎空艇の発着場が制圧され、ルリアを連れたポンメルンはアウギュステを発とうとしていた。 帝国軍の蛮行に街の人々は傷付き、責任を感じて胸を痛めるルリア。 そんな彼女をポンメルンは「破壊のための道具」と呼び、さらに苦しめる。 今まさに帝国の軍艦へと乗り込もうとした刹那、立ち塞がる帝国兵を薙ぎ払いルリアの元へグランが駆け付ける。 混乱を極めるアウギュステの海に、さらに轟音とともに巨大な水柱が上がった。 現れたのは島の守り神とされる、水の星晶獣・リヴァイアサン。 突如現れた巨大な竜は、軍艦もろとも街を破壊し始めるのだった。

アウギュステで起きたエルステ帝国との交戦から、心を閉ざし眠ったままのルリア。 グラン達は彼女を目覚めさせるため、謎の女性・ロゼッタの案内で新たな島・ルーマシー群島を訪れる。 「世界から忘れ去られた島」と呼ばれるルーマシーは、一歩踏み込めば巨木が生い茂る原生林。 すぐに方向感覚を失うような森の中を、ロゼッタは迷う素振りもなく突き進んでいく。 そうして一行が辿り着いた森の最深部には、ひときわ巨大な木がそびえ立っていた。 そこに、グラン達の前に森の恵みを司る星晶獣・ユグドラシルが現れる。 グランはロゼッタとユグドラシルの力を借り、命のリンクで繋がったルリアの意識の中へと入り込む――。

アウギュステ列島、首都ミザレア。 そこでは暴走を続けるリヴァイアサンに、オイゲン達が対抗していた。 目覚めたルリアを連れてアウギュステに戻ったグラン達は、街の惨状を見て愕然とする。 オイゲンは合流したグラン達に島からの撤退が決まった事を告げるが、グランらはそれを引き留める。 ルリアが感じ取ったのは、リヴァイアサンは汚された海を浄化するために力尽きてしまったということ。 そして自分の命を繋ぐために、人々の生命力を吸収しているという事実だった。 「リヴァイアサンを助けたい」というルリアの決意に、力を貸すことを約束するオイゲン。 さらに時を同じくして、マリーとカルバを始めとした腕利きの騎空士たちがアウギュステを護るために動き始めていた。