愛機「デュランダル」を失ったスバルに突如、禁断症状が現れる。重度のコックピット依存症のスバルが、震える体で導かれるように向かった場所とは…。「スバル！ このチョコバーを握ってろ！」それぞれの専用機を失ったイチノセ兄弟が伊勢湾で時間を潰していたところに、地球連邦軍の使者がやって来る。海底にある地球連邦軍総司令部に連れて行かれた二人は、そこで思わぬ人物との再会を果たす。「…父さん！」

地球でイチノセ兄弟と運命の再会を果たした二人の父「ソウイチロウ・イチノセ」博士は、デュランダルを生み出した一流のロボット開発者だった。しかし、ちょっとヘンな兄弟の父親は、だいぶヘンな人物で…。「あれこそが、私の最高傑作54万ダルだ！」父ソウイチロウによって、開発された新しい専用機「ネオデュランダル」に乗り込んだスバルは、さっそく敵襲に見舞われる。ネオデュランダルとスバルの初陣は果たして…。「何をやっとるんや、うちの次男坊はぁ！！」

父に銃を突きつけ、ネオデュランダルを奪おうとするイスズ。しかし、自分だけが「ユニヴァってない（ユニヴァース感覚に目覚めていない）」事実に改めて直面して、劣等感にさいなまれたイスズは、スバルたちの元から去っていく。ここからスバルとイスズの兄弟は再び別の道を歩むことになる。ネオデュランダルを手にしたスバルは、ますますその才能を開花させていた。繊細で精度が要求される操縦も難なくこなす彼のユニヴァース感覚は、ついに次のステージに…。「あれは…英雄の目」

イスズの部下であり、人工ユニヴァース感覚者「キャラウェイ」の操る機体の登場により、連邦艦隊は窮地へと追いやられる。戦果を報告するためイスズの元を訪れたキャラウェイだったが、敬愛する恩人のある行動によって、突如精神が不安定になり倒れてしまう…。「ダメェ〜」アシストボットのパッカーは、ネオデュランダルの新しいコックピットには自分の居場所がないと感じ、旅立ちを決意する。最後の記念にスバルの操縦席に座ったパッカーは、愚痴っぽいAIと出逢って…。「スバルさん、お元気デ…」

連邦艦隊の張った防衛戦は次々と破られ、戦闘宙域はさらに拡大していく。ティラミスは民間輸送艇からSOSを受け、搭乗していた民間人を一時収容することになった。思いがけず民間人との交流を持つことになったスバルだったが…。「バルカン撃たしたってぇ〜」民間人に紛れティラミスに侵入したイスズとマイバッハは、ネットで買った爆弾をデュランダルに取り付けようとする。だが、異変に気付いて、コックピットから出てきたスバルと残念な再会を果たしてしまい…。「何でお前はいつまでもコックピットに引きこもっているのだ！」

銃弾に倒れて意識不明のスバルを病室で付き添うイスズ。兄が弟に語りかけようとした時、それを遮るかのように賑やかな見舞客が訪れる。「逆にこっちが元気もらっちゃったっていうか」スバルの生命の危機によって覚醒したスバルBは、「スバル・ビヨンド」に進化を遂げる。早速、専用機「ハーデスデュランダル」に乗り込んだビヨンドだったが、機内で思わぬ”敵”と出逢う。「あれか、宇宙ゆとりか？」

病室で目覚めたスバルの脳内に、彼のコピー生命体・ビヨンドの声が響き渡る。ネオユニヴァース感覚を持つ者同士による高レベルの戦いが、今始まろうとしている。だ・か・らオニポテセットのLサイズだってば…」執拗に自身をつけ狙うビヨンドに対して、その理由を問うスバル。吐露されたビヨンドの禍々しく黒い欲望を耳にして、彼の正気を疑うスバルだったが、戦いはエウロパのキッズのいたずらにより意外な方向へ向かうこととなる。「この童貞！」

中尉へと昇格したスバルだったが、ビヨンドとの戦いの影響でパイロットを続けることに疑問を抱き始めていた。そんな折、彼は自身に意外な才能があることに気づく。将来に新たな可能性を感じた彼は、ある惑星へと向かうのであった。「俺にしか出来ないことは1つだけですか！？」ヴォルガー大尉とコックピット外での戦闘に参加していたスバルは、敵襲によってパイロットスーツにダメージを受けてしまう。時間が無い中、駆け込んだパイロットスーツ専門店の店員は、ちょっと気がきかなくて…。「仲間が今、戦場で待ってるんだ！」

ワープゾーン内の時空の歪みは、時に鋭い感覚の持ち主に幻影を見せると言われている。後輩「ロメオ」を迎えたスバルが見た幻影とは、シミュ様とは果たして一体…。「やべぇ、この人やべぇ人だ」戦場での戦いに怯えるロメオを、スバルは叱咤する。その最中にロメオは、デュランダルの肩に知らない機動兵器の手が乗っているのを目撃してしまって……。ロメオ憧れの天才エースパイロット・スバルだったが、オカルトには弱かった…。「人の顔に見えるやつじゃん…」

革命によりメトゥスの民を根本から変えようと企むイスズは、仲間たちとの親睦を深めるために食事の場を設ける。凶暴なため鎖に繋がれていたはずのビヨンドも参加し、初めは猜疑心に苛まれていたビヨンドだったが、そのお店についワクワクしてしまい…。「コイツらボクを回転寿司でコントロールしようとしているな…」突如として始まった「エスカレド・キャデラック」総帥の演説に人々は拳を振り上げ狂喜した。彼こそが「メトゥスの民」を統べる最強の男である。今話では、知られざる彼の日常にスポットを当てるのだが、やはり彼もまたちょっとヘンだった。「いかん、ビックリして意志とは無関係に屁が出てしまった」

キャデラックの演説を皮切りに地球連邦とメトゥスの民の戦いは激化の一途を辿る。地球連邦はメトゥスの民に対抗すべく、ネオデュランダルの強化プランに着手し、ロメオのD・ライザーをサポートメカとしたデュランダルの新たな姿を模索していた。「僕はこのD・ライザーでスバル中尉の翼になるんだ！」ネオデュランダルが新しい姿に進化した頃、イスズたちの元には新型専用機「ケリュケイオンⅡ」が届けられていた。その姿はまるで神話の世界に出てくる三頭竜のようであり、バケモノのようなコックピットに武者震いするマイバッハたちだったが、イスズの態度がどこか変で…。「絶対刺す！刺せば済む話！」

極秘裏に開発されていたコックピット「ラムダβ」を搭載した、最終兵器「ヘカトンケイル」で地球を攻撃するキャデラック。その圧倒的な力の前に地球連邦はなす術もなく途方に暮れていた…。そんな折に、敵軍であるはずのイスズより地球連邦にある提案がされる…。「これより我々ティラミス部隊は、メトゥスの民、イスズ隊との共闘を開始する！！」

ヘカトンケイルの破壊的な力にスバルたちは必死の抵抗を続けていた。地球の存亡、生死をかけた戦いが行われている最中…スバルは、ヘカトンケイルにあってはいけないハズのあるものを見つけてしまって…。果たしてイチノセ兄弟は初めての共同作業で地球を守ることができるのだろうか。「これで終わりだぁー！」