とある街にある昔ながらの佇まい『アパートの清水』――。 そこでは今日も、売れない漫画家・狩野進（横山裕）が締め切りを迎えて早々に彼女にフラれるところを同じ階の秋友美月（山本舞香）に冷めた目で目撃され、その騒がしさの中でも、訳あって１人暮らし中の少年・さとうコタロー（川原瑛都）は静かに朝の準備を進めていた。 この春からめでたく小学校に入学したコタロー。ランドセルを背負い、１人で小学校に通っていく姿を、狩野や美月、そして１階の田丸勇（生瀬勝久）は頼もしくも少し寂しい気持ちで見送るのだった。 そんなある日、コタローは突然「しょくぎょうくんれん」を始めると言い出す。美月が働く喫茶店や大家の清水のばーさん（イッセー尾形）、そして親友の岩永佑（松島聡）のもとを訪ねては、さまざまなことを学ぼうとするコタロー。意図がわからず困惑する狩野だったが、その理由が「いつ“優しき者からの寄付”が終わってしまうかわからないので自分の力で生き抜くために手に職をつけたい」というものだと知り、「俺の仕事も手伝ってみるか？」と声をかける。 さっそく締め切り直前の狩野の作業を手伝い始めたコタローだったが、ちょっとしたミスから原稿が台無しになってしまう出来事が…！　焦ったコタローは、そのまま何も言わず原稿とともに姿を消してしまい…？

ある日突然、さとうコタロー（川原瑛都）の前に現れた謎の大学院生・宇田桃葉（白洲迅）。『アパートの清水』の103号室に引っ越してきたというこの男は、コタローいわく「父上の存在を知りながら母上をゆーわく致した"母上ゆーわく男"」――つまり「父上の敵」だというのだ。 コタローがこれほどまでに人を嫌う姿を初めて目にした狩野進（横山裕）は、住人の秋友美月（山本舞香）と田丸勇（生瀬勝久）、コタローの親友の岩永佑（松島聡）、そして弁護士の小林綾乃（百田夏菜子）を緊急招集。みんなで事情を探ってみるとともに、コタローの身に危険が及ばぬよう警戒することを誓い合う。 そんな中、学校から帰宅したコタローを見て、ふと変化に気づく狩野たち。なんだかここ数日で急激に太ったように見えるコタローを心配した狩野と美月は、ちょうど学校で開かれる給食の試食会に保護者として参加してみることに…。さらにコタローは足の痛みも訴え始め…？

『アパートの清水』に入居し、狩野進（横山裕）らに「覚悟を持ってここに来た」と語った宇田桃葉（白洲迅）。さとうコタロー（川原瑛都）が会いたくないと思っていることもわかっていた、という宇田の真意をはかりかねる狩野たちは、「コタローが嫌なら追い出してやってもいい」と話すが、コタローは「１カ月くらいなら様子を見てあげてもよい」と予想外の反応を見せる。母の小夜梨（紺野まひる）が宇田の前でだけは楽しそうに笑っていたことをコタローは覚えていたのだ…。 当の宇田はそんなコタローや住人たちの思いなど意に介す様子もなく、飄々とした態度。そんな中、狩野のもとに弁護士の鈴野牧男（光石研）から「宇田のことについて話したいことがある」と連絡が入る。秋友美月（山本舞香）が働く喫茶店で鈴野と会った狩野は、そこで宇田がコタローに危害を及ぼすような人物ではないと聞くのだが…。

ある日の学校帰り、ロングコートダディという漫才コンビの路上ライブのチラシを見つけたさとうコタロー（川原瑛都）。その日は最前列でライブを鑑賞し、この先一週間はここでライブをしていることを確認したコタローは、「また来るぞよ」と言い残して帰っていく。 一方、漫画のネタ探しに頭を悩ませる狩野進（横山裕）は、離れ離れに暮らす息子のことで悩む田丸勇（生瀬勝久）の話にも満足に耳を傾けられない状況。あてにならない狩野に頼るのをやめた田丸は、帰宅したコタローに相談を持ちかけ…？ 翌日も、その翌日もロングコートダディのライブにやってきては最前列に陣取るコタロー。しかし一向にクスリともしないだけでなく、肝心のライブには目を向けずになぜか一緒に来た同伴者のほうばかりを見ているコタローに、ロングコートダディの２人も疑問を抱く。 ついに業を煮やした２人は、コタローに「冷やかしならもう来ないでいいよ」と告げる。すると、コタローが毎日通ってきていた理由を聞いていたマネージャーの井野口（佐々木史帆）はその驚きの事実を告げ…？

さとうコタロー（川原瑛都）の”竹馬の友”、岩永佑（松島聡）が20歳の誕生日を迎えることになり、コタローはサプライズでの誕生日会を企画する。しかし当の佑は浮かない表情。狩野進（横山裕）も「佑くんの誕生日は１週間後では…？」と不思議に思う。 実は佑が「誕生日」としていた日は児童養護施設『空の家』に拾われた日。しかし施設にいた頃にたまたまそのことを知ったコタローは、佑の本当の誕生日を祝おうと考えたのだ。 「拾ってくれた日があったから今がある。だから誕生日は”拾われた日”」と思っているがゆえに、コタローの気持ちを素直に受け取ることができない佑。そんな佑を銭湯に誘った狩野は、コタローが去年の誕生日に話していた、あることを佑に伝える…。 コタローと仲直りをしなくてはと思いながらも、なかなか踏み切れない佑のもとに、ある日コタローがやってくる。実はコタローは佑が働くスーパーで売っているキャラメルが好きで、よく買いに来ていたのだ。そのキャラメルには、コタローと父親（滝藤賢一）を繋ぐ、ある秘密が隠されており…？

さとうコタロー（川原瑛都）の友だちを集め、一緒にクッキー作りを楽しんでいた秋友美月（山本舞香）。作りすぎたクッキーを狩野進（横山裕）におすそ分けしに来ていたところへ、美月を訪ねて１人の年配の女性が現れる。 その女性はなんと、美月の母・皐月（田中美佐子）。しかもよりによって美月が狩野に押し倒されているかのような場面を目撃されてしまい、いきなり誤解を生んでしまうことに…。 以前のように、ダメ男に引っかかっていないか、仕事は上手くいっているか――美月を心配し、遠く鳥取から様子を見にやってきた皐月だったが、美月はそんな母親と素直に向き合うことができず…。そんな美月に、腹を割って話させようとビールを手渡したコタローだったが、それがまさかの事態を招いてしまう！ 一方、コタローのもとに毎月の生活費を届けに来ている弁護士の小林綾乃（百田夏菜子）も、家族の関する悩みを抱えていた。ある会話をきっかけに、思わずそのことをコタローに話してしまった綾乃。コタローは、それぞれが抱える家族の問題を知り、１つの決断を下す――。

『アパートの清水』の前に置かれているサボテン――そのサボテンをこの場所で２年ほど前に育てていた女性を狩野進（横山裕）は知っていた。 101号室に住んでいたその女性は、まだ夜も明けきらない朝早くにゴミを出し、人目を避けるように生活していた。『アパートの清水』を退去する際、大家の清水のばーさん（イッセー尾形）にそのサボテンを託していったその女性が、誰なのか狩野はまだ知る由もない。 ある日、寝ぼけ眼の狩野のもとを、小学社の編集者・矢野来夢（戸塚純貴）が訪ねてくる。そこで告げられたのは、現在連載中の週刊誌が来月号をもって休刊するということ！　他誌で連載を継続できるよう調整中だというが、差し当たってはしばらくの間「無職」になってしまうため、狩野は岩永佑（松島聡）の紹介でコンビニでバイトを始めることに…。 だが、自分の漫画を楽しみにしてくれているコタローに、無職になってしまったことが言いづらく、佑や秋友美月（山本舞香）に、「コタローには黙っててくれ」と頼むのだった。 思いの外ハードな連日のバイトに疲れを見せる狩野。そんな狩野を見たコタローは、自分に何か隠し事をしているのではないか、と尋ね…。そんな中、２人は幼稚園の頃にお世話になった教諭・花輪景介（西畑大吾）に再会する！　３人はコタローの家で一緒にご飯を作って食べることになるが…？

さとうコタロー（川原瑛都）の「みんなでどこかへ行きたい」という提案で海にやってきた狩野進（横山裕）、秋友美月（山本舞香）、岩永佑（松島聡）、宇田桃葉（白洲迅）、そして田丸勇（生瀬勝久）。初めての海に大はしゃぎするコタローを笑顔で見守る狩野たちだったが、一方で急に自分から誘ったりみんなを労るような行動を見せるコタローの様子に、どこか違和感も抱いていた。 海を大満喫し、アパートに戻ったコタローは「もう思い残すことはない」とつぶやき、一同に衝撃の事実を打ち明ける。 ――「父上から手紙が届いた。わらわと一緒に暮らしたいと」。 コタローの父（滝藤賢一）からの突然の申し出に、驚きを隠せない狩野たち。これまでの父親の行動を思い返すと、更生したとは簡単に信じることはできない。 それでも父親と暮らしたいというコタローの思いを汲み、アパートを去っていく日までの時間を過ごす中で、狩野はある事実に直面することになってしまい…？

母・和宮小夜梨（紺野まひる）の死の事実を受け止め、ようやく狩野進（横山裕）の前で泣くことができたさとうコタロー（川原瑛都）。いよいよ父親（滝藤賢一）と暮らすための準備に取り掛かっていく中、弁護士の鈴野牧男（光石研）は狩野を通して、小夜梨の遺品であるスマホをコタローに渡す。「いつかコタローが自分の死を知った時に見せてほしい」と小夜梨からスマホを託されていた鈴野は、コタローに「大事なのは今の気持ち。どうしたいのかよく考えて」と伝える。 パスコードとともにスマホを渡し、部屋を去ろうとする狩野に「ここにいてくれぬか」と頼むコタロー。狩野が見守る中、母のスマホに遺された写真や動画をじっくりと確かめていったコタローは、最後に小夜梨が遺した「幸せになってね…」というメッセージを聞き、「幸せとは何か」を考え込んでしまう。 ”幸せ”がわからないというコタローに、半ば自分にも言い聞かせるように、「父親と暮らすことが幸せなんじゃないか？」と語って聞かせる狩野。秋友美月（山本舞香）や田丸勇（生瀬勝久）にも「あいつ（コタロー）には絶対に幸せになってほしい」と明かす狩野だったが、どうしても寂しさは拭えないのだった…。 そうしてついに迎えた別れの日――岩永佑（松島聡）や宇田桃葉（白洲迅）、弁護士の小林綾乃（百田夏菜子）、狩野の担当編集の福野（大倉孝二）も駆けつけて見送る中、コタローの父親・並木がコタローを迎えにやってくる…。