班長となり《管理職研修》を受けている浅輪直樹（井ノ原快彦）は、同じく研修中の刑事・近藤由紀夫（駿河太郎）と出会う。居合わせた国木田誠二（中村梅雀）によると、近藤は特命捜査６係の係長で、同じリーダーでも直樹とは真逆のタイプだという。そんな中、直樹をはじめ、村瀬志保（羽田美智子）、青柳靖（吹越満）、矢沢英明（田口浩正）、高尾由真（深川麻衣）らの電話が一斉に鳴ることに。観覧車のある公園のベンチで、胸に折れた薔薇の花束を抱いた女性の刺殺体が見つかったのだ。所持品のスマホの着信履歴やメッセージアプリなどから４人の怪しい人物が浮かび上がり、直樹以外の刑事たちはそれぞれ容疑者のもとへ向かうのだった。一方の直樹は、少し前に被害者と接触があったという男の事情聴取に立ち会うが、その人物は、なんと今朝会った刑事・近藤で…!?　普段から駒としてしか接してこなかった部下からの信頼は薄く、誰一人として近藤をかばう人物はいないという――。直樹は、おととい被害者と食事をし、自宅前まで送ったと語る近藤に、彼女の家まで案内してほしいと申し出るのだった。やがて、直樹と近藤は２人で被害者の自宅の部屋を訪ねるが、直樹はそこであることに気付いて…？

頭から血を流しふらふらと交番にやってきた男・市ノ瀬悠人（東ヨシアキ）の腕には男の子の赤ちゃんが抱かれていた。その後、村瀬(小宮山)志保（羽田美智子）、青柳靖（吹越満）、矢沢英明（田口浩正）、高尾由真（深川麻衣）らの捜査で、絶命した悠人は他殺の可能性があり、抱いていた赤ちゃんは彼の子どもではないことが分かった。青柳によると、悠人には恋人がいたらしいが、子どものいる女性と付き合っていたということだろうか…。 一方で、特捜班に向かう道中、班長の浅輪直樹（井ノ原快彦）はレディースクリニックの前で取り乱している女性・奥原杏里（映美くらら）と遭遇する。杏里は「子供が誘拐された」と騒ぐが、盗まれたのは自身の凍結卵子だった。犯人は人材派遣会社の経営者である杏里に対して、後から伝える要求に従わなければ卵子はどうなるか分からないと脅迫してきたという。直樹は、由真の後輩である品川東署・盗犯係の南双葉（富田望生）と行動を共にするが、卵子を持ち出したのはクリニックの事務員・長谷部恵奈（玉井らん）である可能性が浮上。2人は恵奈のもとへと向かうも、直樹らが訪れると彼女は小学生を突き飛ばし逃走を図ろうと試みるのだった。双葉は「市民を危ない目に遭わせてまで守らなければならないものなのでしょうか？」と、凍結卵子は《命》なのかどうかを、直樹に問いかけて…。 やがて、悠人が抱いていた赤ちゃんの母親が判明し、そのことを機に、事件は思わぬ事態に発展するのだった――。

新郎の高村裕樹（時任勇気）と新婦の泉絵里奈（能條愛未）の結婚式に列席予定だった広瀬大介（髙野光希）が刺殺体で発見される事件が発生。特捜班班長の浅輪直樹（井ノ原快彦）は、彼らの結婚式を担当するウェディング・プランナーの星野七美（加藤夏希）に確認するが、名簿には広瀬の名前はなかった。しかも、七美によると二日前に《式を中止しろ》との脅迫文が届いていたが、絵里奈の父親が県議会議員でこのような脅迫のイタズラは日常茶飯事であったため、式はそのまま敢行されることになったという。その後、青柳靖（吹越満）、矢沢英明（田口浩正）の捜査で、被害者が未解決の強盗・放火事件の犯人である可能性が浮上。結婚式で何かが起きる不穏な雰囲気を察知した直樹は七美に、式に村瀬(小宮山)志保（羽田美智子）、高尾由真（深川麻衣）を含めた特捜班の参列を要請するのだった。 ウェディング・プランナーに扮した直樹だったが、サプライズ演出のために式場を訪れた芸人・ドリアン野々宮（芋洗坂係長）を確保してしまったりと、たびたび七美と衝突する。そのうちに、この日のためにシンガポールから来日した新郎の先輩・瀬戸口和也（渡部秀）らも集まり式は開始されるが、新郎・新婦の馴れ初めを紹介するVTRに、例の強盗・放火事件の動画が流れる。なんと、2人の出会いはこの事件現場で…!?　やがて、七美の同僚である小川静香（天野はな）からの連絡で、敷地内に不審者がおり、ウェルカムボードが無残にも引き裂かれていたことが発覚。逃げ出す怪しげな男を直樹は取り押さえるが、そのことで新郎・新婦にまつわる思わぬ真実が浮き彫りとなるのだった。

遠くに富士山の見える自然豊かなある村で休暇を楽しむ高尾由真（深川麻衣）。しかし、あろうことか出張帰りの青柳靖（吹越満）と矢沢英明（田口浩正）とばったり遭遇。しかも、彼らの乗る車のガソリンが足りなくなりそうで、二人は村で一泊することになったのだが、なんと宿泊する旅館まで同じで由真は「休暇を楽しめない」と心底がっかりする。 翌朝、青柳と矢沢は温泉に向かうが、そこでクラウドファンディングで村おこしを行っている東京からの移住者・福元正志郎（尾関伸次）の遺体を発見する。彼らの泊まる旅館の女将・山下奈緒子（西原亜希）らと共に、廃れた温泉を復活させるプロジェクトの代表を務めていた福元は、有毒な硫化水素が発生しやすい場所である浴槽の中で溺死体となり見つかったため、村の駐在・鶴見（星田英利）らは事故ではないかと言うが…。青柳と矢沢が刑事だと知った村人たちは警戒して非協力的となったことで、二人は由真に観光客のふりをして捜査するよう頼むのだった。 一方で、東京の浅輪直樹（井ノ原快彦）班長と村瀬(小宮山)志保（羽田美智子）も事件現場へと向かっていた。首に刺し傷のある鬼頭晃（阿部遼哉）の遺体が海からあがったのだ。彼の遺留品からは乾燥大麻が見つかり、過去に同じく大麻での逮捕歴があったことから、麻薬関係のトラブルに巻き込まれた可能性が浮上する。 やがて、由真は村に住む唯一の子どもである小林芳雄（森優理斗）と出会う。探偵を自称する彼は《怪人のアジト》と呼ぶ空き家に由真を案内するが、そこで彼女は驚くべき光景を目にする――。 そして、直樹と志保は被害者の家に向かうが、屋根裏に大量の大麻と共に隠されていたファイルの中に、なぜか由真の名前があって…!?

息子の福太郎（木村風太）が彼女の花村萌（丸山純怜）を妊娠させてしまったために、妻・早苗（畑野ひろ子）らとともに花村家へお詫びに出向くことになった矢沢英明（田口浩正）は、特捜班内でも心ここにあらずで…。そんな中、とあるアパートに空き巣に入っていた男・小澤晃一（田口浩正/二役）は、自宅に戻った際に犯行現場に手袋を忘れてきてしまったことに気付く。手袋を回収するべく、昨夜忍び込んだアパートに出向いたところ、たまたま青柳靖（吹越満）と遭遇。容姿が矢沢とソックリだったため、彼と勘違いした青柳は、忘れ物の矢沢の警察手帳をあろうことか小澤に渡してしまい…!?やがて殺人事件が発生し、青柳は困惑する小澤を連れて、現場に向かうのだった。 事件現場で班長の浅輪直樹（井ノ原快彦）、村瀬(小宮山)志保（羽田美智子）、高尾由真（深川麻衣）らと合流した青柳、そして落ち着かない小澤。被害者は服飾専門学校生の紙谷栞（内海誠子）で、後ろから殴られて財布の中の現金とスマホを盗まれていた。強盗の仕業だろうか――？なんとかその場を取り繕う小澤は青柳と組まされて栞のバイト先に聞き込みに行くが、道中でトイレに行くふりをして逃げ出してしまうのだった。 やがて、事件後に聞き込みをしていた栞の同級生・熊谷文香（優希美青）から緊急のSOSをもらった直樹は、彼女のアパートに向かう。なんとそこは、昨夜、小澤が空き巣に入った部屋で…？手袋を取りに戻った小澤もそこに居合わすが、はたして――!? そのうちに、小澤は矢沢の警察手帳を使ってある大胆な行動を！そして、栞にはストーカーの影が…!?二つの事件の衝撃の結末やいかに――？

目出し帽を被った二人組がIT会社社長・茂木邦彦（小久保寿人）の家に押し入り、邦彦を撲殺。妻の涼子（森迫永依）の首を絞めて気絶させるという強盗殺人事件が発生する。近隣の防犯カメラに映っていたのは傷害致死事件の前科がある夕川樹（福山翔大）で、涼子によると樹は生き別れた実兄だと言う。その前科も、被害者は涼子の当時の彼氏で…。幼少期、貧乏な自分と相反して、裕福な家に引き取られた妹への復讐なのだろうか――？　やがて、夕川は特捜班によって逮捕されるが、黙秘を貫き、真相はまだ藪の中だった。 一方、妻・倫子（中越典子）の独立にモヤモヤが募る班長の浅輪直樹（井ノ原快彦）は、彼女と言い争いに。謝ることもできずに気まずい雰囲気のままソファで眠るが、なんと目覚めるとそこには捜査支援分析センター副所長の村瀬健吾（津田寛治）の姿が！　足が不自由なはずの村瀬は自分の足で歩いており、しかも「事件だ、行くぞ！」と直樹を連れ出す。事態の把握が追いつかないまま彼に付いていくと、そこは昨日訪れた涼子の家で――。家の中には監察医ではなく刑事の早瀬川真澄（原沙知絵）がおり、しかも被害者は邦彦ではなく涼子になっていた…。直樹は気になることがあり、現場を飛び出して倫子が働く洋菓子店に行くも、彼女は直樹を他人を見る目で見て!?　直樹は《パラレルワールド》に迷い込んでいたのだった！　その後、直樹は、ボクシングジム会長の青柳靖（吹越満）、タクシー運転手の矢沢英明（田口浩正）、看護師の村瀬(小宮山)志保（羽田美智子）、家事代行サービスの高尾由真（深川麻衣）らと遭遇。挙句の果てには三ツ矢翔平（向井康二）は《サイバーセキュリティエンジニア》を名乗りチャラ男となっていて…。やがて、異世界での《特捜班メンバー》たちの協力で、樹と涼子の複雑な兄妹関係の真相が明らかになっていくのだった。そして、直樹は無事に元の世界に戻ることができるのか――!?

４年前に起こった現職議員襲撃事件の犯人である百合岡久伸（水野智則）が刺殺体で発見される。班長の浅輪直樹（井ノ原快彦）、村瀬（小宮山）志保（羽田美智子）、青柳靖（吹越満）、矢沢英明（田口浩正）、高尾由真（深川麻衣）ら特捜班メンバーが捜査にあたると、凶器に使われた包丁はプロが使うメーカーのもので、犯行時刻に近隣住民がバイクの走り去る音を聞いていたことが分かる。また被害者の部屋のカレンダーには、次の都議選の告示日に丸が付けてあって…。百合岡は再び議員を襲うつもりだったのだろうか――？　そして、10年前に妻を亡くして、今年二十歳になるひとり息子と離れて暮らしていることも発覚するのだった。 やがて、志保と由真の聞き込みから、水道工事会社勤務の被害者が、作業に入った店で突然のキャンセルを受けていたことが明るみに。彼女たちはキャンセルをした小料理店に出向き、店主の中崎幸生（西村和彦）に話を聞くと、その日は百合岡を呼んだものの、自力で水漏れを直したと説明。そのうちに、店を手伝っている中崎の息子であるレント（福松凜）が配達先からバイクで帰宅する。殺害現場の近隣住民が聞いたバイクの音のことを覚えていた由真は彼に犯行時刻のアリバイを尋ねるが、志保はその時のレントの様子に不信感を抱いて…。すると、店の常連客の庄田雅樹（伊東孝明）からレントにまつわるある重要な情報が寄せられるのだった。また、直樹は殺害される3日前に、ギャンブル好きだった百合岡が急に賭博を辞めると宣言したという情報を入手。「謝りたくなった…まっとうな人間にならないと」と語っていたらしいが、いったい彼に何があったのか――？　一方で、4年前の襲撃事件の動画を観直していた青柳と矢沢は、ある違和感に気付いて!? 過去の襲撃事件、現在に巻き起こった殺人事件、レントの怪しい動き、そして、何かを秘めていそうな中崎…それらのピースが合わさった時、真実は思わぬ方向へと転がり出すのだった…。

かねてより検討をしていた妻・倫子（中越典子）の独立問題だったが、夫である特捜班班長の浅輪直樹（井ノ原快彦）が見守る中、無事に物件の契約を完了させることに。ほっとしたのもつかの間、二人にお茶を出そうとした不動産会社アルバイトの一色成美（佐々木史帆）の不手際で、契約書に飲み物をこぼしてしまう事態に。しかし、逆に倫子は成美の濡れた洋服を気にし、成美は彼女の優しい気遣いに恐縮するのだった。 一方で、ある私立高校で定時制の教師・椿原祐佳（仁科咲姫）の遺体が発見される。何者かにカーテンのタッセル（束ねるバンド）で絞殺されたようで、遺体の周辺には数珠のブレスレットの玉が転がっていた。防犯カメラに外部からの侵入者は映っていなかったため、直樹を筆頭に、村瀬（小宮山）志保（羽田美智子）、青柳靖（吹越満）、矢沢英明（田口浩正）、高尾由真（深川麻衣）ら特捜班メンバーは、当日補習を受けていた阿久津英司（丈太郎）、三枝幸生（水野直）ら３人に聞き込みをすることに。 直樹は、補習を受けていた３人のうちの一人である女性生徒宅を訪れるが、なんと姿を見せたのは不動産会社で飲み物をこぼしたあの成美だった。しかも、玄関先のシューズボックスの上にはタッセルが置いてあって――。成美はその場で「私が先生を殺しました」と自供するのだった。 早期の事件解決に、残業を覚悟していた三ツ矢翔平（向井康二）も直樹を称えていたところ、三枝に聞き込みに行っていた志保と由真から犯人は三枝だったとまさかの報告が！　上着のポケットからはタッセルも見つかっていて…。さらに、青柳と矢沢によると、遺留品の数珠を持っていた阿久津も犯行を自供したそうで!?　三ツ矢は３人のスマホの解析を急ぎで頼まれるハメに…。そして、成美の殺害動機は「先生が怖かった」ことで、三枝は祐佳に300万円をだまし取られた経緯があり、阿久津は祐佳にフラれた腹いせだったと語るのだった。 ひとつの殺人事件に、３人の被疑者――？　真犯人はこの中にいるのだろうか、それとも…。やがて、直樹らの執念の捜査で、衝撃の事実が明らかに！

鑑識課・猪狩哲治（伊東四朗）に呼び出され、最近のお気に入りだという昭和レトロの雰囲気を醸す喫茶店「何者でもない」にやってきた特捜班班長の浅輪直樹（井ノ原快彦）。猪狩から「ここでは、職業も肩書も年齢も関係ない。居場所みたいなもの」と説明され見渡すと、女子高生からサラリーマン風の男、思いつめたような表情の女性・田中敦子（伊勢志摩）ら、さまざまな人が客として訪れていた。そんなとき、直樹の携帯が鳴る。スーツケースで遺棄された遺体が発見されたのだ――。 被害者の女性は若くしてタワーマンションに住むエリート会社員で、鑑識官の佐久間朗（宮近海斗）が部屋で血痕の付いた置物を発見する。どうやら犯人は、部屋で彼女を殺害し、遺体を外に運び出したらしい。青柳靖（吹越満）、矢沢英明（田口浩正）がマンションの管理人に話を聞くと、一カ月くらい前に、被害者女性と別の女性が揉めていたとか。防犯カメラの映像を見て、直樹は驚く。なんと、被害者と揉めていたのは、喫茶店で目撃した敦子で…!?　調べによると、敦子の娘は被害者と同じ会社に勤務していたが、二年前に自殺。その後、敦子は被害者からストーカーとして訴えられ、逮捕された過去があった。遺体を運んだスーツケースについていた指紋が敦子のものと一致したため、直樹と村瀬（小宮山）志保（羽田美智子）、高尾由真（深川麻衣）は敦子の自宅アパートに向かう。自宅には、娘の自殺の真相をずっと追い続けている形跡があり…。殺害された女性は、敦子の娘の自殺と関係が？　そんな中、直樹は喫茶店「何者でもない」に戻り、猪狩に敦子のことを聞くと、彼女は常連の間で《あっちゃん》と呼ばれており、喫茶店に通い出して一年ほどになるそう。すると、店のマスター宛てに敦子から電話が！　「やり残したことがある…必ずまたそこに行くから」とだけ告げると、電話は切れて…。やがて特捜班の執念の捜査で、複雑な人間関係の裏に隠された衝撃の真実が明らかになるのだった――。

検挙率の高い特捜班に、なんとテレビの密着取材が入ることに。班長の浅輪直樹（井ノ原快彦）をはじめ、村瀬（小宮山）志保（羽田美智子）、青柳靖（吹越満）、矢沢英明（田口浩正）、高尾由真（深川麻衣）らメンバーはインタビューを受けるも、それぞれに緊張の面持ちで…。やがて、直樹が取材の流れで前身である９係の話を語ると、ＡＤの九野優樹（岡部ひろき）が本番中であるにもかかわらず、異常な反応を示して…。その様子を見た直樹は、彼のことが少し気になるのだった。 翌日からは、その九野が密着取材を行うことに。青柳も「そうそう事件なんて起きない」と今年二十歳となる彼とフレンドリーに接し、すっかり特捜班に打ち解けているように見えたが、人知れずメンバーを冷たい目で見る九野の姿があって…？　そんな中、九野は特捜班の歴史を勉強したいと、由真に20年前の事件の資料を用意してもらうことに。いったい、なぜ――!? やがて、元特捜班の立場から話を聞きたいとの九野からのオファーで、捜査支援分析センター副所長の村瀬健吾（津田寛治）と三ツ矢翔平（向井康二）のもとを訪れるが、取材中も、なぜか九野は《20年前》にこだわっているように直樹には見えるのだった。 その後も密着インタビューは、監察医の早瀬川真澄（原沙知絵）はもとより、直樹の妻・倫子（中越典子）、青柳の婚約者・垣内妙子（遠藤久美子）、矢沢の妻・早苗（畑野ひろ子）にまで及ぶことに。そして、かつてのメンバー・新藤亮（山田裕貴）に直樹が連絡すると、切迫した様子で…？　強盗犯を追っているという彼に特捜班が協力することになり、新藤は久しぶりの直樹とのコンビを喜ぶのだった。しかしそんな喜びもつかの間、なんと犯人が持っていたナイフが、直樹の胸に突き刺さって――。はたして？ 密着取材の件を聞きつけた元班長で現警視庁音楽隊員の国木田誠二（中村梅雀）がみごとなベースプレイを披露するなど、やがて取材も終盤に。すると、九野に秘められた9係と関係の深い驚くべき過去が、徐々に明らかになっていくのだった。 「9係」～「特捜9」と、シリーズ通算20作のグランドフィナーレとなる最終回！！