まさか…ウソだろ…。あの壮絶な空港占拠事件から1年、警視庁刑事部･立てこもり犯罪対策班『BCCT』の捜査員となった武蔵三郎（櫻井翔）に、“史上最悪の１日”がやって来る…！ 来たる東京都知事選挙に向け選挙特番を放送中の『テレビ日本』を、突如として妖怪の面をかぶった「妖（あやかし）」と名乗る武装集団が占拠！「この放送局は我々、妖（あやかし）が占拠しました。放送を止めたら人質を全員殺します」――。 人質の数、500名！都知事候補、番組スタッフ、キャスター、俳優…。三郎の妻・裕子（比嘉愛未）と娘・えみり（吉田帆乃華）にも危機が迫り…！ さくら（ソニン）、志摩（ぐんぴぃ）、本庄（瀧内公美）、さらに警視庁の新たな仲間と共に人質救出と“妖怪退治”に挑む武蔵！妖のターゲットは一体誰だ!? その目的は!? そして“あの男”も動き出し…！ かつてない陰謀と罠が武蔵を襲う、まばたき厳禁のタイムリミット・バトル･サスペンス、みたび幕開け！！

「この放送局は我々、妖（あやかし）が占拠しました」――。東京都知事選挙に向けた選挙特番を放送中の巨大テレビ局を、妖怪の面をかぶった正体不明の武装集団が占拠！ビルを封鎖し、都知事候補や番組スタッフら500人を人質に立てこもった！ 現場に居合わせた武蔵（櫻井翔）と和泉（ソニン）は、巻き込まれた裕子（比嘉愛未）とえみり（吉田帆乃華）を外に逃がそうとする途中で天狗に襲われ、和泉が撃たれてしまう…！武蔵は倒れた和泉を裕子に任せ、えみりを連れて走る！！ 一方、人質の救出を急ぐ本庄（瀧内公美）たち現場指揮本部は、テレビ局への潜入経路を発見！警備部長の屋代（高橋克典）は直ちにSAT隊員を向かわせるが…。その裏で、拘置所を脱走した大和（菊池風磨）の計画が静かに動き始めていて――。 武蔵と家族に危険が迫る中、妖がついに番組を乗っ取り生放送を開始！「ある装置」を使った彼らの要求に、武蔵は息をのむ！そして早くもあの妖が面を脱ぐ！！

「都知事候補の闇を２時間以内に暴け」――。放送局を占拠した妖（あやかし）は、人質の一人である都知事候補・三河龍太郎（北代高士）の闇を暴けと武蔵（櫻井翔）に要求。２時間以内に暴けなければ、三河は熱湯につかり、火傷死してしまう…。 三河に一体何の罪が…？真相解明を急ぐ武蔵は、三河が代表を務めるサッカースクールのスタッフ・福江（岡部尚）を問い詰める。福江はおびえながら、「あの子が……コックリさんに殺されたのは……俺のせいなんです！」。“あの子”とは？“コックリさん”とは…？謎を解き明かそうとする武蔵は、１年前の“ある事件”にたどり着く…！ 一方、大和（菊池風磨）に命を握られてしまった伊吹（加藤清史郎）は、大和に命令されるがままクリーニング店の店主・間崎（谷川昭一朗）をさらおうとするが、間崎の娘・菖蒲（北村優衣）に見つかってしまい…。そんな中、放送局に閉じ込められた人質たちが脱走を企て始める…。 いよいよ生放送内で、武蔵と般若の【交渉戦】が開始する 武蔵は三河の罪を暴けるか！？そして妖がまた１人、面を脱ぐ！！

武蔵（櫻井翔）の毒死まで、９０分――！テレビ局を占拠した武装集団・妖と青鬼・大和耕一（菊池風磨）の接点を突き止めようとした武蔵は、妖のワナにハマり、毒死の危機に！９０分以内に武蔵の体から毒を抜かなければ、命が尽きてしまう…。 焦る武蔵をあざ笑う般若は、武蔵の命を助ける条件として、人質の一人である現東京都知事・大芝三四郎（真山章志）の闇を暴けと要求…！間に合わなければ武蔵が毒死するだけでなく、大芝も頭蓋骨粉砕で死亡する…！ 本庄（瀧内公美）ら現場指揮本部は、般若が残したヒントを手掛かりに大芝の過去を調べ、１年前の『女郎蜘蛛殺人事件』にたどり着くが…。その先に、予想もしない悲劇が待ち受ける…！ 一方、裕子（比嘉愛未）は、人質に刺された妖・がしゃどくろの治療を命じられ、限られた手術道具で懸命の治療に当たるが…。そんな中、裏社会の始末屋“のっぺらぼう”に命を狙われた伊吹（加藤清史郎）は、衝撃の事実に驚愕する――。 全身に毒が回り始めた武蔵の運命は！？次に面を脱ぐ妖は、誰だ！？

武蔵（櫻井翔）の目の前で、都知事が絶命――！ 妖の要求に応じ、テレビ局ディレクター・日出（亀田佳明）の闇を暴こうとする武蔵は、手掛かりを知る都知事・大芝（真山章志）を取り調べるが、その最中、大芝が謎の感電死を遂げた…。 指揮本部内で都知事が殺害される前代未聞の事態に、捜査員たちは騒然！ 仕掛けたヤツは、まだ近くにいるはず…。警備部長の屋代（高橋克典）は直ちに建物を封鎖して犯人を捜索するが、不審な人物は見つからない…。まさか犯人は、警察関係者!? 内部の犯行を疑う本庄（瀧内公美）は、警察に紛れ込んだ敵をあぶり出すため、志摩（ぐんぴぃ）に極秘任務を命じる…。 一方、２時間以内に日出の闇を暴かなければ、日出は釘刺しにされて死に至る。急ぐ武蔵は、５年前の事件を調べるが…。そんな中、テレビ局では人質たちの仲間割れが始まり…。 警察の裏切り者は一体誰だ!? 待ち受ける衝撃の真相…！ ついに般若が面を脱ぐ！！

テレビ局を占拠した般若の正体は、武蔵（櫻井翔）の義理の弟で警視庁BCCT捜査員・伊吹（加藤清史郎）だった！　テレビ局で拉致されたはずの伊吹が、なぜ妖に！？　衝撃の展開に、指揮本部はもちろん、伊吹の姉・裕子（比嘉愛未）も大混乱…！ 正体を明かした伊吹は、武蔵に自分自身の闇を突き止めろと要求！「すべての手がかりは与えました。２時間以内に、あなたの闇を突き止め、私が般若になった理由を明らかにしてください」。間に合わなければ、毒ガスによって人質の誰かが死ぬ――。心当たりを探る武蔵は、５年前に起こった『鎌鼬（かまいたち）事件』を調べ始める――。 一方、毒ガスの恐怖におびえる６人の人質たち。用意された防護マスクは５つ。このままでは、誰か１人が確実に犠牲になる…。５つしかない防護マスクを巡って、人質たちの命懸けの奪い合いが始まる！！ 伊吹が妖になったワケは！？　武蔵が関わった鎌鼬事件とは一体！？　妖誕生の秘密がついに明らかに！！

『大和耕一が凍死するまで、あと90分』――。武蔵（櫻井翔）は義理の弟・伊吹（加藤清史郎）が般若になった理由を突き止めたが、占拠事件はまだ終わりではなかった！ 暴走を始めた伊吹は、仲間だった大和（菊池風磨）を冷凍庫に監禁！90分以内に救い出さなければ、大和は死に至る…！ 武蔵は葛藤の末に、「大和を救い出す」――。病院占拠事件で目的を達したはずの大和が、なぜ妖に手を貸したのか？ それを明らかにするためにも、大和を死なせるわけにいかない…。 屋代警備部長（高橋克典）を取り調べるため、指揮官の本庄（瀧内公美）は全捜査員に告ぐ、「これより指揮を武蔵主任に移す！ 大和耕一の監禁場所の特定を急いで！」。 一方、テレビ局では、伊吹ら妖たちが“真の目的”のために動き始める。そんな中、伊吹と裕子（比嘉愛未）が姉弟であることを知った人質たちは、裕子にメスを突き付け、妖に解放を迫る――！ 妖の本当の狙いは!? 伊吹を狂わせた原因とは!? ついに大和の命の灯が……

「伊吹を止めるぞ、俺とおまえで」――。武蔵（櫻井翔）は般若・伊吹（加藤清史郎）の暴走を止めるため、宿敵である青鬼・大和（菊池風磨）と共闘。大和を監禁場所から間一髪救い出すと、伊吹の目を盗んで指揮本部に留置し、「知ってること、全部話せ」。武蔵の追及に、大和は「おそらく座敷童は今、放送局内に潜り込んでいます」。 妖の一人である座敷童は、放送局内すべての場所に出入りできるマスターキーを握っている。その鍵を奪い取れば、人質解放の糸口になる…！武蔵は座敷童を炙り出すため、秘策を打ち出すが…。 そんな中、伊吹が次なる要求を武蔵に突き付ける！官房長官の息子・式根潤平（山口大地）の闇を２時間以内に暴け――。間に合わなければ、潤平の頭蓋骨を新たな装置が襲う…。 武蔵と大和は、妖が残したヒントを頼りに、すべての始まりとなった闇に迫る！！ 座敷童は一体誰だ！？妖を生み出した“始まりの闇”とは――！？

すべてを裏で操る『傀儡子（くぐつし）』とは、一体誰だ！？その正体を突き止めようとする武蔵（櫻井翔）たちは、般若・伊吹（加藤清史郎）の要求に応じ、警備部長・屋代（高橋克典）の身柄を引き渡す“人質交換”に踏み切る。伊吹の狙いは何なのか…？ 引き渡し役に指名された本庄（瀧内公美）は、叔父である屋代に「必ず、生きて法の裁きを受けてもらいます。あなたの命は、私が守ります」と約束。 人質交換は１時間後…。本庄に代わって捜査の指揮を執る和泉さくら（ソニン）は、人質交換に乗じて別経路からＳＡＴを潜入させる極秘作戦を計画するが…。 そんな中、青鬼・大和（菊池風磨）が武蔵を呼びつけ、「あなたに、プレゼントがあります」――。すべてを終わらせるため、武蔵は大和と再びバディを組み、ある作戦を仕掛ける…！ 最終回直前！ついに妖が放送局を占拠した真の狙いが明らかに！　さらに傀儡子を炙り出す『死の記者会見』がスタート！屋代と本庄の運命は！？武蔵は傀儡子の正体にたどり着けるか――！？

「そこまでです、武蔵刑事」――。すべてを裏で操る『傀儡子（くぐつし）』の正体を突き止めた武蔵（櫻井翔）。しかしその直後、バディを組んだはずの青鬼・大和（菊池風磨）が本性を現し、武蔵にナイフを突きつける――「銃を渡してください、武蔵刑事」。武蔵に協力すると見せかけ、土壇場で裏切った大和。その目的は…！？ 一方、爆死の危機が迫る人質たち。恐れをなした都知事候補・沖野（片岡礼子）が、ついに重い口を開いた――「傀儡子は……屋代警備部長です！」。しかし、当の屋代（高橋克典）は、がしゃどくろ（瞳水ひまり）に撃たれ裕子（比嘉愛未）の懸命の処置もむなしく息をひきとった。叔父を亡くした本庄（瀧内公美）は怒りに震え、指揮本部には衝撃が走る…。 そんな中、般若・伊吹（加藤清史郎）が最後の放送を開始！傀儡子は本当に屋代なのか！？伊吹が仕掛けた〝最大の装置〟が発動する…。 武蔵が突き止めた真相とは！？最後、これまで見た景色がガラッと変わる、驚愕の最終回！！