直樹（野間口徹）はタイヤメーカーに勤めるさえない中年会社員。唯一の楽しみは、ＶＲ（仮想現実）世界を体感するゲーム「トワイライト」。その中で直樹は制服姿の女の子・ナオキ（倉沢杏菜）として生きていた。しかしそのトワイライトもまもなくサービスを終了するという。その最後を静かに見守ろうとするナオキは、ある日天真爛漫な美少女・ホナミ（井桁弘恵）と出会う。ホナミは基礎操作すらおぼつかない初心者のようで…

現実世界での直樹（野間口徹）は遅刻の常習者。生活態度全般を改めるよう年下の上司・澤田（細田善彦）に度々注意されている。他人と付き合うのが苦手な直樹はこれまでＶＲ世界の中でナオキ（倉沢杏菜）として自分だけの時間を静かに楽しんできた。しかし、ホナミ（井桁弘恵）と出会い、ＶＲの操作を教え、トワイライトの世界を案内しながら一緒の時間を過ごすうちに、今まで感じたことのない不思議なときめきを覚える。

直樹（野間口徹）はＶＲ世界・トワイライトのお祭りでナオキ（倉沢杏菜）としてホナミ（井桁弘恵）と射的を楽しんだり浴衣で花火を見物したりする。ホナミはナオキを素敵な人だと言って頬にキスをする。現実の直樹はその衝撃を引きずりながらボーっと仕事をしていた。ホナミからの誘いでまたもＶＲでデートする二人。その時、ショットガンの腕前を競うゲームが始まり、飛び入りを誘う司会者の声に応えてホナミが参加することに…

トワイライトの中のゲームステージでホナミ（井桁弘恵）は圧倒的な実力を見せて優勝。周りの観客は熱狂してホナミを取り囲む。その様子を離れて見ていたナオキ（倉沢杏菜）はホナミが自分だけのものではなくなる気がしてそっとその場を離れる。ようやくナオキを探し当てたホナミは一人で拗ねるナオキに本当の気持ちを尋ねる。お互いが好きだと知った二人はキスを交わす。それは直樹（野間口徹）にとっても初めての経験だった…

直樹（野間口徹）は、会社で同年代の同僚・佐々木（堀内敬子）が若手・加藤（瀬戸芭月）から仕事の不備を責められている状況がいたたまれない。ＶＲの世界でナオキ（倉沢杏菜）としてホナミ（井桁弘恵）と会っている時だけは穏やかでいられた。列車に乗って訪れた命の森でホナミは美しい声の鳥・クロツグミのことを教えてくれた。会社の休憩時間にクロツグミのことを調べる直樹だったが、突然上司の澤田（細田善彦）に呼び出され…

一人呼び出された会議室で、直樹（野間口徹）は上司の澤田（細田善彦）から希望退職について考えてくれと言われる。週末のナオキ（倉沢杏菜）はそんな現実を一時忘れ、ホナミ（井桁弘恵）とＶＲ世界を旅している。雪山、砂漠、古代の遺跡、水中…二人で歩けばどこも楽しかった。リゾートホテルでナオキは自身が孤独な人生を歩んでいることを告白するが、ホナミはそれを「孤独の強さ」だといい、素敵だとナオキを褒めてくれる。

ナオキ（倉沢杏菜）とホナミ（井桁弘恵）はリゾートホテルで忘れられない夜を過ごした。余韻に浸る直樹（野間口徹）の様子を見た同僚の佐々木（堀内敬子）は、直樹の私生活が好転しているのだと思い込み、何事にも始まりがあれば終わりがあって、人の気持ちは変わるのだと応援する。だが、ホナミが望むように、来週、トワイライトの隠しワールドを探検したら、二人の関係も終わってしまうように直樹には思えていた。

ナオキ（倉沢杏菜）たちは、ホナミ（井桁弘恵）が勝ち取ったチケットを使って隠しワールドへ出発。二人を乗せた列車は宇宙へと飛び立っていく。まるで「銀河鉄道の夜」みたいだとホナミは喜ぶ。しかし直樹（野間口徹）は、すべての世界を見終わったら案内人としての自分の役割は終わり、ホナミと一緒にいる理由はなくなると思いさみしくなる。ホナミへのプレゼントを、思い切って会社で佐々木（堀内敬子）に相談する直樹だったが…

ナオキ（倉沢杏菜）とホナミ（井桁弘恵）の隠しワールドの旅も終わりに近づいていた。「次が最後になるかもしれない」と直樹（野間口徹）は、ホナミにあることを告げることを決意する。特別列車の次の目的地は『約束の場所』。宙に浮かぶ十字架とロウソクに囲まれた祭壇でナオキは自分の思いを切り出すも、ホナミに遮られてしまう。そして、ホナミの口を出た言葉にショックを受けたナオキは―

ホナミ（井桁弘恵）との突然の別れに茫然自失となった直樹（野間口徹）は、会社を休んでしまう。３日ぶりの会社で希望退職を進められ、仕事でもミスをする。気分を変えようとバイクで海に向かうも、海辺のカフェでホナミの妄想を見てしまう。ホナミと行った誰もいない神社に向かい１人で花火を見るナオキ（倉沢杏菜）の目からは涙が溢れていた。

ホナミ（井桁弘恵）との別れから立ち直れない直樹（野間口徹）だったが、出社すると加藤（瀬戸芭月）が会社を辞めるという。そして、加藤から「直樹さんは逃げている」と言われてしまう。その言葉がトゲのように刺さった直樹。『銀河鉄道の夜』を読みながらホナミとの思い出を振り返るうちに、もう一度ホナミに会いたいという気持ちが高まり、ホナミの個人情報をハッキングしてしまう。

ハッキングした住所に向かった直樹（野間口徹）。そこにいたのは、７０歳前後の男性だった。ホナミ（井桁弘恵）は穂波だったのだ。穂波の豪邸での気まずい時間、ＶＲ世界でホナミと過ごしてもあの頃の楽しさは戻ってこない。しかし、穂波が手術することになり、直樹は穂波の体調が心配にもなる。一方、穂波の病室に孫の葵（柊木陽太）が見舞いに来る。母親の飛鳥（田中麗奈）に言われ着替えを持ってきたのだった。

手術を終え自宅に戻った穂波だったが、告げられた病状を直樹（野間口徹）に伝えられないでいた。ホナミ（井桁弘恵）から「また家に遊びに来て欲しい」と誘われたナオキ（倉沢杏菜）は目の前にあるカレーとパフェに例えて「現実とＶＲは別物」だと断るが、ホナミの熱意に押し切られ再び穂波の家を訪れることに。一方、穂波が退院した知らせが飛鳥（田中麗奈）の元にも届くが、飛鳥は全く気にする素振りを見せないでいた。

手料理は美味しいし穂波は良い人間だ。だが、直樹（野間口徹）は無理をして穂波と会っていた。ＶＲでホナミ（井桁弘恵）と会うためだった。特別列車での旅を再開したナオキ（倉沢杏菜）とホナミ（井桁弘恵）は「新世界ホール」を訪れる。そこでホナミはもう一度家に遊びに来て欲しいと誘う。直樹には現実で会いたがる気持ちが分からず、自分の正直な思いをぶつけてしまう。

ホナミ（井桁弘恵）との旅も以前のように楽しめず、実生活では年下上司の澤田（細田善彦）から希望退職の催促をされた直樹（野間口徹）は自分のことを「いてもいなくてもいい存在」だと沈み込んでしまう。そんな時に佐々木（堀内敬子）から掛けられた言葉をきっかけに直樹は穂波の気持ちを考え始める。しかし、その頃病状が悪化した穂波は病院に救急搬送されていたを知らず…

無理をして退院した穂波が直樹（野間口徹）に旅を再開しようと誘うが、直樹はどうしても気乗りがせず仕事を理由に断ってしまう。ある日、ふとカレーを作ろうと思い立った直樹だったが、作りながら思い出されるのはホナミ（井桁弘恵）と穂波との時間…。自分のことを「勝手すぎる」と思った直樹は穂波の家に行くことにする。しかし、穂波の家を訪れた直樹の後姿を見ている人物がいて…

穂波（坂東彌十郎）の家を訪れた直樹（野間口徹）。それを見ていた穂波の孫・芦原葵（柊木陽太）は、２人の関係に疑問を持ち潜入捜査を始める。隠れて２人の会話を盗み聞く葵。２人は友達のようだが、それだけでもなさそうだ…。見つかりそうになり逃げ隠れた穂波の部屋で、葵はかつて自分が使っていたＶＲゴーグルを発見する。装着しトワイライトを起動すると、目の前には見知らぬ女性・ナオキ（倉沢杏菜）が座っていた。

直樹（野間口徹）と穂波（坂東彌十郎）と葵（柊木陽太）。ぎこちない３人だったが、スマホゲームをきっかけに直樹と葵が意気投合し和気藹々とした空気になる。しかし、葵はＶＲで誰かと話す穂波を見てしまい、トワイライトにログインし自身のアバター「アオイ」（井上音生）となり穂波の姿を探し始める。「命の森」でナオキ（倉沢杏菜）とホナミ（井桁弘恵）を見つけた葵だったが、目の前で２人がキスをするのを目撃してしまう。

ホナミ（井桁弘恵）とナオキ（倉沢杏菜）の関係性を探ろうと、葵（柊木陽太）は穂波（坂東彌十郎）が外出した隙をついて、穂波のＶＲキッドを使いログインする。ホナミになりすました葵がナオキとの時間を過ごしていたが、その姿を帰宅した穂波に見られてしまう…。激怒した穂波は部屋に閉じこもってしまい、直樹（野間口徹）が何とか取り持とうと発した言葉が穂波の逆鱗に触れてしまう。

命の森でナオキ（倉沢杏菜）はアオイ（井上音生）にホナミ（井桁弘恵）との関係について話をする。「この関係に名前なんてなくたっていい、初恋ってだけでいいんだ」真面目に話してくれたことで、葵（柊木陽太）は直樹（野間口徹）を信頼するように。一方、直樹はこれから穂波とどうすれば良いか分からず、途方に暮れていた。そんな中、穂波は医者から余命を告げられ…

穂波（坂東彌十郎）との仲直りを目指す直樹（野間口徹）は、中学生の葵（柊木陽太）から自宅に招待される。思い切って自宅を訪れた直樹は、葵より自分の誕生日プレゼントであるロボットを巡って葵の母・飛鳥（田中麗奈）と祖父・穂波の間に軋轢（あつれき）が生じたことを聞く。祖父と母の関係修復のために直樹の協力が不可欠だと言われる直樹。そのためにも、まずは直樹が穂波とコンタクトをとらなければならないが―。

「逃げちゃだめ、逃げちゃだめ、逃げちゃだめ」と穂波（坂東彌十郎）に向き合おうとする直樹（野間口徹）。穂波にメッセージを送るも返信が無い。一方、葵（柊木陽太）は家族の関係修復のため、母・飛鳥（田中麗奈）の信頼を得ようとポイントアップに励む。突然張り切り出した葵を怪しみ、事情を探り始める飛鳥の秘書・耕助（前原滉）。家族のことを問う耕助に対し、飛鳥は父・穂波との幼少時代の思い出を語り始める。

仲直りをしようと何度も穂波（坂東彌十郎）へメッセージを送り続ける直樹（野間口徹）。しかし、返事は一向に来ない。「あと一日ここで待ってる。来なかったら終わりにしよう」と、最後のメッセージを送る。そんな直樹の元へ穂波から「１８時に喫茶店に行きます」とやっと返事が来る。ＶＲ世界にてホナミ（井桁弘恵）とついに対面を果たしたナオキ（倉沢杏菜）だったが、「もうＶＲを止めます」とホナミから告げられて―。

「私は死にかけの男です」とＶＲ世界でナオキ（倉沢杏菜）に自らの余命を告げるホナミ（井桁弘恵）。その言葉に現実世界の直樹（野間口徹）も動揺を隠せない。「これで終わりにしてください。静かに死なせてください。お願いします」と頭を下げるホナミに対して、為すすべも無い。そのままＶＲの喫茶店を立ち去ってしまうホナミ。翌朝、決心を固めた直樹は穂波（坂東彌十郎）の元へバイクを走らせる―。

仕事中の直樹（野間口徹）の元に電話が掛かってくる。慌てて自宅へ戻るとそこには葵（柊木陽太）が待っていた。荷物を抱えて家出してきた葵を心配する直樹。腹を空かせた葵にまずはカップ麺を勧める。一方、直樹から葵の報告を受けた穂波（坂東彌十郎）は心配そうな表情を見せる。２つ目のカップ麺を食べようとしたところで、葵は母・飛鳥（田中麗奈）と祖父・穂波のことで口論になったことを語り始める。

穂波（坂東彌十郎）と飛鳥（田中麗奈）の親子の仲直りを目指す、直樹（野間口徹）と葵（柊木陽太）。二人の前に思わぬ協力者が現れる。飛鳥の秘書・耕助（前原滉）も力を貸してくれることになる。一方、直樹はＶＲ世界にログインし、ホナミ（井桁弘恵）に、葵の願いが穂波と飛鳥の仲直りであることを伝えるが―。

穂波（坂東彌十郎）と飛鳥（田中麗奈）の親子を仲直りさせるプランが始動した。葵（柊木陽太）の誕生会を利用して親子を再会させようというものだ。普通に招待しても飛鳥は足を運ぼうとしない。そこでデザートのシュークリームを食べた葵が腹痛の芝居をし、穂波から飛鳥に連絡させる。直樹（野間口徹）たちの作戦は上手くいくと思われたが、プランは思わぬ事態に―。

ＶＲ世界の高台で、ナオキ（倉沢杏菜）はホナミ（井桁弘恵）に誕生会で仕組んだことを打ち明ける。「怒った？」というナオキからの問いかけに、ホナミ「いいえ全然」と答える。「人生の最後に、心配してくれる直樹さんや葵がいてくれる」と感謝の言葉を続けるホナミ。「娘さんと、話したい？」と再度問いかけるナオキ。頷くホナミ。直樹（野間口徹）は決意を新たにもう一度、穂波（坂東彌十郎）のために出来ることを考え始める。

穂波（坂東彌十郎）と飛鳥（田中麗奈）の仲直りを目指す作戦が再び動き始めた。直樹（野間口徹）の新たな作戦は、飛鳥にＶＲ世界に入って貰うというものだった。恐る恐るＶＲゴーグルを飛鳥に差し出す耕助（前原滉）。逡巡の末、ゴーグルを装着する飛鳥。困惑する飛鳥の目の前に表れたのは、ナオキ（倉沢杏菜）だった。果たして作戦の行方は？

直樹（野間口徹）と葵（柊木陽太）の努力が実を結び、穂波（坂東彌十郎）と飛鳥（田中麗奈）のわだかまりは無くなる。ＶＲ世界の喫茶店でナオキ（倉沢杏菜）とアオイ（井上音生）に感謝を伝えるホナミ（井桁弘恵）。再び隠しワールドの旅の計画を立てる三人。一方、直樹の身の周りにも変化が。加藤（瀬戸芭月）の退職に伴い、送別会を開くことになり、澤田（細田善彦）が意外な選択をしていたことが分かる。

ホスピスに入ることを決めた穂波（坂東彌十郎）はパソコンとＶＲゴーグルを持参する。再開されたナオキ（倉沢杏菜）とホナミ（井桁弘恵）の隠しワールドの旅。終着点『世界の終わり』に到達する。そこでは使われなくなったアカウントが光る玉となり浮遊し、死者のように闇へと吸い込まれていた。それを見つめ怯えるホナミ。自らの死を恐れるホナミに対して、直樹（野間口徹）が、ナオキが、語りかける言葉とは？

ＶＲゲーム「トワイライト」はサービス終了を迎えようとしていた。直樹（野間口徹）はその終焉を見届けるため、一人ログインする。ホナミ（井桁弘恵）と初めて出会った高台にたたずむナオキ（倉沢杏菜）。そこに直樹が現れ、直樹とナオキはもう会うことが出来ない穂波（坂東彌十郎）とホナミとの思い出を振り返る。やがて、光が全てを包み込み、ＶＲ世界は終焉の時を迎えるが―