９年前には内閣総理大臣を務めながらも、今では政治家人生の引退を間近に控えている武藤泰山（遠藤憲一）。サウナ議連、お寿司議連、デザート議連…とのんびりした議員生活を送っていた泰山のもとに、民政党最大派閥を率いる二木正一（岸部一徳）から連絡が入る。支持率が史上最低の５％を記録し、後に控える候補者たちも失言、裏金、女性問題と不祥事のオンパレード――結党以来の窮地に立たされた民政党を救うべく、泰山は再び総理大臣の座に就くよう命じられるのだった。 一度は断るものの、二木の説得により「とりあえず」総理大臣の職を引き受けることにした泰山。再び官房長官の座に就けることを喜ぶ狩屋孝司（金田明夫）、そして書生の田中丸一郎太（大橋和也）とともに新たな公設第一秘書を探す泰山のもとに、前任秘書・貝原茂平の推薦だという冴島優佳（あの）がやってくる。 成田育英財団出身の優秀な人材だという優佳は、さっそく武藤内閣の閣僚案を提案。政治のしがらみにとらわれない斬新な案に目を見張る泰山だったが、結局閣僚人事は二木の意向を反映したものにせざるを得ず…？ 翌日、政治評論家の蓮沼清彦（満島真之介）らとテレビの生放送に臨んでいた泰山は、途中激しい頭痛に襲われ、意識を失ってしまう！　そして目覚めた泰山は、再び入れ替わりの事態に見舞われたことに気づく！ そこに現れた警視庁公安部の新田理（山内圭哉）と猫田マモル（山時聡真）により、今回の入れ替わりが某国のハッキングによるものであることを知らされ…!?

引退を間近に控えながらも、派閥のドンである二木正一（岸部一徳）からの要請で、再び総理大臣の座に就くことになった武藤泰山（遠藤憲一）。しかしその矢先、またしても入れ替わりが発生！新たに秘書となった冴島優佳（あの）と中身が入れ替わってしまったのだ！　公安の新田理（山内圭哉）、猫田マモル（山時聡真）の調べによると、今回の入れ替わり対象は【全国民】だという――こうして再び未曾有のテロに巻き込まれることになった泰山を次なる入れ替わりが襲い…!? 総理執務室で頭痛に見舞われた泰山は、気がつくとどこかの山中でシャベルを片手に立っていた。目の前には両手を縛られ頭から血を流して、ぐったりと木にもたれかかる１人の男――「まさか俺は、殺人犯と入れ替わってしまったのか!?」――周囲を強面の男たちに囲まれていることに気付いた泰山は、シャベルを投げ捨て、一目散に逃げ出す！ その頃、泰山と入れ替わった木下直樹（曽田陵介）は、狩屋孝司＝カリヤン（金田明夫）、田中丸一郎太（大橋和也）、優佳らと入れ替わりの対策本部にいた。よもや目の前にいる泰山の中身が別人だとは思いもしない田中丸らだったが、何を言われても「ああ…」としか返答しない泰山に業を煮やし…？ 一方、追っ手から逃れた泰山（木下顔）は、無一文な上に連絡手段も見つからぬまま、ひたすら総理官邸を目指して走り続けていた…！

引退を間近に控えていた武藤泰山（遠藤憲一）に再び訪れた総理大臣返り咲きのチャンス。しかし、秘書の冴島優佳（あの）、そして闇バイトに手を染める若者・木下（曽田陵介）と立て続けに入れ替わるという事態に見舞われてしまう！　公安の新田理（山内圭哉）、猫田マモル（山時聡真）の捜査で、一連の出来事はアメリカ政府が黒幕である可能性が浮上！　そんな中、大統領選で再選を果たしたアメリカのバーガー大統領が緊急来日することになる。 このタイミングでの来日を偶然の一致で片付けることはできない、と官房長官の狩屋孝司（金田明夫）、田中丸一郎太（大橋和也）らと協議する中、またしても入れ替わりが発生！　なんと泰山は5歳の保育園児・早瀬信太（吉本凪沙）と入れ替わってしまう。 バーガー大統領との会談を控え、５歳児になってしまった泰山（信太顔）。まさか子どもの姿で首脳会談に同席するわけにもいかず、何もできない泰山は、ただ保育園で園児たちと遊ぶしかなかった…。一方、理由もわからず総理大臣の身体に入ってしまった信太（泰山顔）は、一郎太とお馬さん遊びをしたり、優佳に抱っこをせがんだり、と気ままに過ごしていた。 その頃、対策本部では入れ替わりに関係する脳波チップの流通経路が特定され、ワクチンに混入されていた可能性が浮上する。 そして信太の体での生活に限界を感じた泰山は、保育園を抜け出し、バーガー大統領との会談に向かうことを決意するが…!?

９年ぶり２度目の総理大臣就任を果たした武藤泰山（遠藤憲一）だったが、秘書の冴島優佳（あの）、闇バイトに手を出す青年、５歳の保育園児…と立て続けに国民と入れ替わるという前代未聞の事態に見舞われる。官房長官の狩屋孝司＝カリヤン（金田明夫）をはじめ、書生の田中丸一郎太（大橋和也）、優佳、そして公安の新田理（山内圭哉）、猫田マモル（山時聡真）ら《チーム泰山》の強い結束と協力もあり、なんとか難局を乗り越え、内閣支持率も上昇の兆しを見せ始めていた。 しかしその矢先、泰山は今まさに臨終のときを迎えようとしているおばあさん・トメ（丘みつ子）と入れ替わってしまう！ 驚異的な生命力でなんとか持ち直した泰山（トメ顔）だったが、病院のベッドの上で身動きをとることもできず…。 一方、総理執務室を“天国”と勘違いするトメ（泰山顔）を対策本部に連行した田中丸たちは、トメから自身の身体が現在非常に危険な状態だと知らされる！　万が一、トメが亡くなってしまった場合、中に入っている泰山の身にも危険が及ぶと知り、大急ぎでトメの入院先を探し始める一同。しかしその最中、トメが対策本部から姿を消してしまい…!? 自由を満喫しようと街に出たトメは、なんとファストフード店でアルバイトを！　なんとかトメを見つけ出した優佳は、入院先を聞き出そうと必死に説得を続ける。しかしトメは、「せっかく手にした自由を失いたくない、今日だけは好きなことを好きなだけやらせてほしい」と懇願。優佳を引き連れ、パフェを食べたり、爬虫類カフェで楽しんだりと、やりたいことを次々と満喫する。 その頃、青森の病院に入院するトメの夫・進（伊武雅刀）と息子の恵介は、トメの延命治療について決断を迫られていた！

秘書の冴島優佳（あの）、闇バイトの青年、５歳の保育園児、そして今際の際のおばあちゃんと、様々な国民と目まぐるしく入れ替わりを繰り返す武藤泰山（遠藤憲一）。内閣支持率も乱高下する中、公安の新田理（山内圭哉）はついに入れ替わりの真相に肉薄する！　入れ替わった人々の生活圏、そのすべてに置かれていたのはある空間消毒器だった…。 そして同じ空間消毒器が置かれたネットカフェの個室から出てきた14歳の中学生・萩原秋保（黒川想矢）は、早朝の新宿へ。繁華街の路上でたむろする若者たちに“ユキ”という少女の行方を聞いて回る秋保は、ユキらしき人物を見つけた矢先、頭痛に襲われてしまう！ 一方、泰山は野党議員の神宮寺から予算委員会に向けてスキャンダルを引き合いに取り引きを持ちかけられるが、それを受け入れようとはせず…。その矢先、頭痛を感じた泰山は、気がつくと秋保と入れ替わっていた！ 今回は公安の猫田マモル（山時聡真）によって入れ替わり後速やかに確保された泰山（秋保顔）。対策本部で会った秋保（泰山顔）に、代わりに予算委員会に出るよう頼むが、「国なんてどーーーでもいい！ユキを探す！」と、協力を拒まれてしまう！　なんとか秋保（泰山顔）を予算委員会に送り込み、代わりにユキを探しに新宿にやってきた泰山（秋保顔）。今どきの若者と聞き馴染みのない日本語に翻弄されながら目の当たりにしたのは、想像を絶する光景だった…！ さらに、秋保の身体にある無数の傷を発見した泰山は、彼が抱える問題を知り…？

突如として広まった内閣総理大臣・武藤泰山（遠藤憲一）の体調不良説。泰山と官房長官の狩屋孝司＝カリヤン（金田明夫）は、噂の出処は民政党のドン・二木正一（岸部一徳）だろうと推測する。自分の意向に沿わない動きを見せる泰山への牽制と思われるが、その裏にはようやく身辺整理が終わった《永田町のプリンス》白鳥翼（溝端淳平）を次期総理大臣へ推そうという二木の策略があった。 しかしその矢先、白鳥に女性関係のスキャンダルが発覚！　なんと6股交際が週刊誌にスッパ抜かれてしまったのだ。政敵の失脚に沸き立つカリヤン、田中丸一郎太（大橋和也）らだったが、そこに入れ替わりの予兆が！　そして次の瞬間、泰山はお笑いコンビ・ミサイルキックの堀田豊（安井順平）と入れ替わってしまう。 ２年前にガードレールに当て逃げをしてしまい、無期限の謹慎が明けた堀田。ようやく復帰して掴んだネタ見せの最中に入れ替わりが起きてしまったことで、激しく落ち込んでいた。実は復帰から１年経っても仕事が取れなかったら解散しようと相方の山倉（おいでやす小田）にもちかけており、その期日まであと10日に迫っていたのだ。 その頃、スキャンダルが発覚した白鳥は二木にはしごを外され、政界追放の危機に立たされていた。白鳥の話を聞いた堀田（泰山顔）は独断で白鳥を匿うことを決めてしまい…!? 時を同じくして、公安の新田理（山内圭哉）と猫田マモル（山時聡真）の調べで、一連の入れ替わりにナリタカンパニーの成田崇彦（中村育二）が関わっていることが判明。ナリタカンパニーが運営する成田育英財団の出身である冴島優佳（あの）は複雑な思いを隠せず…。

いよいよ入れ替わりテロの黒幕に肉薄した武藤泰山（遠藤憲一）たち。しかし公安の新田理（山内圭哉）らがナリタカンパニーに強制捜査に踏み込むものの、中はすでにもぬけの殻。新田と猫田マモル（山時聡真）は、狩屋孝司＝カリヤン（金田明夫）、田中丸一郎太（大橋和也）、冴島優佳（あの）ら《チーム泰山》の中に裏切り者がいるのかもしれない、と泰山に告げる。時を同じくして、さまざまな国民との入れ替わりを繰り返しながら、乱高下してきた内閣支持率も、白鳥を救うために堀田（泰山顔）が披露したフリップ芸が身内を庇っているなどとしてSNSが炎上したことによりここにきて大暴落。野党は武藤内閣に対して内閣不信任案の提出を決める。 SNS上で炎上が続く中、またしても泰山に入れ替わりが起こる！　今回、泰山が入れ替わったのは制作会社のドラマプロデューサー、月本茜（武田梨奈）。妊娠後期の身でありながら、テレビ局のプロデューサー・小田山正平（正名僕蔵）とスタッフ、主演女優の神崎塔子（橋本マナミ）の板挟みになりながら働いている女性だった。 「このまま産休に入るから大丈夫」という茜（泰山顔）の言葉をよそに、撮影現場に戻った泰山（茜顔）はつわりに苦しみながらも、茜の職務を全うしようと奮闘。しかし、とんでもないトラブルが発生してしまい…!? 一方、総理官邸では茜がプロデューサー業で培った根回し力を発揮！　しかしその頃、田中丸にはある危機が襲いかかっていた…！

ついに動き出した民政党のドン・二木正一（岸部一徳）。民政党を離党して新党『本家民政党』を立ち上げ、武藤泰山（遠藤憲一）率いる武藤内閣に不信任案を突きつけたのだ！『本家民政党』は民政党の４割の議員を取り込み、さらに二木はスキャンダルで切り捨てかけた《永田町のプリンス》白鳥翼（溝端淳平）をも仲間に引き入れようとしていた。 このままでは不信任案が可決され、内閣総辞職か解散総選挙を選ぶことになる泰山。しかし泰山は官房長官の狩屋孝司＝カリヤン（金田明夫）や書生の田中丸（大橋和也）らに「国民を信じる」と宣言し、解散総選挙に打って出ることを決めるのだった。 時を同じくして、泰山に関する暴露や陰謀論の動画配信を世に放っていた覆面配信者が政治評論家の蓮沼清彦（満島真之介）だったことも判明。いよいよその仮面を脱ぎ去り、新党『ネオニッポン』の旗揚げと政界進出を表明する。「こんな泡沫政党は相手じゃない、あくまで敵は『本家民政党』だ」と息巻く泰山に、秘書の冴島優佳（あの）は不安そうな表情を浮かべ…？ 優佳の不安が的中したのか、民政党vs本家民政党の一騎打ちと見られた選挙戦はネオニッポンも加えた三つ巴の様相を呈してくる。アイドルや元アナウンサーなど有名人を続々出馬させる戦略でネオニッポンは一躍、一大政党に。時流を読んだ二木は、ネオニッポンの蓮沼に近づき、ある提案を持ちかけて…。 そんな中、公安の新田理（山内圭哉）が、一連の入れ替わりの黒幕とみられるナリタカンパニーの成田崇彦（中村育二）の身柄を拘束し、対策本部に連れてくる。対面した泰山は、成田から衝撃の事実を告げられ…!? やがて真の黒幕が動き出し、明らかになる裏切り者の正体…。そして入れ替わりテロは思いもよらぬ方向へと進んでいく！