本作はNCISの出来事から数年前の1991年を舞台に、若き日のリロイ･ジェスロ･ギブスの姿を描く。ナレーションを務めるのはマーク･ハーモン。このシリーズでギブスは設立されたばかりのNCISのキャンプ･ペンドルトン支局で、新米特別捜査官としてキャリアをスタートさせる。NCISの伝説マイク･フランクスが率いるタフで個性的なチームの中で、ギブスは自分の居場所を築いていく

本作はNCISの出来事から数年前の1991年を舞台に、若き日のリロイ･ジェスロ･ギブスの姿を描く。ナレーションを務めるのはマーク･ハーモン。このシリーズでギブスは設立されたばかりのNCISのキャンプ･ペンドルトン支局で、新米特別捜査官としてキャリアをスタートさせる。NCISの伝説マイク･フランクスが率いるタフで個性的なチームの中で、ギブスは自分の居場所を築いていく。

キャンプ･ペンドルトン支局の近くで殺人事件が発生し、ギブスとチームはサンディエゴ郊外のモールに赴く。

今もなお妻と娘を失った悲しみの中にいるギブスは、行方不明の少女に関わる事件の捜査でチームに協力する。

死刑執行のカウントダウンが始まり、フランクスは死刑囚から被害者の遺棄現場を聞き出したいと焦っていた。

NISが死んだ海軍水兵の事件の捜査を開始し、ギブスはララと共に初めての潜入捜査に当たる。被害者は国の安全を脅かす極秘情報を漏洩していた可能性があった。

NISは認知症を患う女性の殺人事件を捜査する。

ギブスとチームは海軍の司祭が告解室で殺された事件を捜査する。司祭は誤ってターゲットにされた可能性があった。

海軍水兵とクラブで夜を過ごした後に女性が行方不明となり、捜査に当たるチームがメキシコに赴く。

リロイ･ジェスロ･ギブスは妻と娘を亡くして初めてのクリスマスを迎える。特別捜査官としてNISのキャンプ･ペンドルトン支局でマイク･フランクスとララと働くことになったギブス。その勤務初日に至るまでのあり得ない旅路が明かされる。

名の知れた海兵隊指揮官の息子が亡くなり、チームが捜査に当たる一方、家族にまつわるフランクスの重要な過去が明かされる。

証拠物を保管する部屋が何者かに侵入され、大金が行方不明となった。チームは最近起きた事件との関連性を調べる。一方、ララはギブスに心を開き、コワルスキーは前に進もうと葛藤していた。

ベトナム戦争の従軍後に苦境にあえいでいた退役軍人が惨殺され、チームが捜査に当たる。この事件でフランクスは自身が退役後に抱いていた苦悩を思い返すことになる。一方、ギブスは将来の新しい道を模索していた。

刑務所から出所したばかりの投資顧問の女性が遺体で見つかり、チームが事件の捜査に当たる。一方、メアリー･ジョーは私生活の予期せぬ展開に動揺を隠せなかった。

軍の曹長だった女性が車の中で焼死体で見つかり、チームがこの悲惨な事件の捜査に当たる。フランクスは疎遠になっていた妻ティッシュの暴行事件とこの事件の繋がりを疑っていた。

サンドマン"として知られたスナイパーであることが特定されたバグズが、ヴェラに電話をかけてきた。刑務所から質問に答える意思を示したバグズだったが、ヴェラが到着すると突然翻意し、事件を再考するようチームに要求した。

サンドマンの事件が衝撃的な展開を見せた後、チームはFBIと共にさらなる捜査を進める。ウィーラーが仕事を失うまいと必死になる一方、彼の家族が危機的状況に陥っていた。

ペドロ･ヘルナンデスの殺人事件が掘り起こされ、ギブスは報いを受けることになる。だが彼がチームを最も必要とする時、一人のメンバーの忠誠心が試されることになる。