税関職員・森万智（趣里）をはじめ、空港の各部署からメンバーが集められた新設部署「GATE24」――。近年の国際犯罪の巧妙化や訪日外国人の急増により空港の入管や税関の現場が困難を極める中、迅速かつ一括対応を可能にするべく縦割りの構造を排除した内閣官房直属のスペシャルユニットとして誕生したのだが…。壮大な構想とは裏腹に、GATE24に割り当てられたのは空港の隅の小さな審査ブースで、まるで“空港審査の補欠”のような扱い。しかも、入国審査官・早見圭一郎（眞栄田郷敦）と税関職員・松山篤志（板垣李光人）は「入管」「税関」の縄張り意識から、チーム立ち上げ早々に対立の様相を見せ前途多難の予感…。 そんな中、GATE24で早見が審査していた外国人夫婦が、日本に来る前に別の国で入国を拒否されていたことが判明する。その理由は不明で犯罪の可能性も拭えないことから、首席審査官・深澤然（柳葉敏郎）と内閣官房国境管理改革室参事官・杉原美都里（松雪泰子）の指示のもと、万智、早見、松山は協力して“人”と“モノ”の両側から慎重に調べることに。夫・サミールがいら立ちはじめる中、スーツケースの中身を確認していた万智は、荷物の中にあった２体の人形の不思議な形に目が留まる。 そこへ突然、警視庁国際犯罪対策課の刑事・井内崇也（吹越満）たちがやってきて、夫婦を入国させるよう要求してくる。詳しい説明もないまま国際犯罪が絡んでいるとだけ聞かされたGATE24のメンバーは、日本の安全を脅かす可能性がある以上、このまま入国させていいものかどうか意見が分かれ、決めかねていた。そんな時、ひとりマイペースに調べていた万智は、スーツケースに入っていた人形が「緊急事態」を意味していることを突き止め…！

税関職員・森万智（趣里）たちGATE24が業務を終えようとしていた時、空港に爆破予告が入る。犯人の要求は、ローマ行きの飛行機に仕掛けた爆弾を解除する代わりに深夜０時までに300万ドルを用意しろというもの。そのため、急きょ爆弾が仕掛けられたとされる飛行機は欠航され、この便に乗り継ぎ予定だった乗客は一時入国することになり、GATE24が対応することに。乗客の荷物の中に爆弾が入っていることも考えられるため、万智、入国審査官・早見圭一郎（眞栄田郷敦）、税関職員・松山篤志（板垣李光人）たちGATE24のメンバーは迅速かつ慎重な審査が要され緊張が走る。 審査ブースでは爆弾予告のことを知らされていない乗客たちが騒然とする中、商社マン・相馬悟（塚本高史）がひと際大声で怒鳴りだす。そのそばを老婦人・ルイーザが夫・ヨゼフの車いすを押して通りかかったところ、車輪が相馬の足に当たってしまい、ルイーザは相馬から怒り任せに突き飛ばされてしまう。万智が駆け寄ると同時に、近くにいた乗客・中江サクラ（杏花）が相馬をなだめ、その場は落ち着きを取り戻すが…。 GATE24はなんとか無事に全員の審査を終えてほっとしたのもつかの間、サクラ、相馬、ルイーザ、ヨゼフの４人が向かうはずだったホテルにまだ到着せず、ターミナルに残っている可能性があると連絡が入る。爆破予定時刻の深夜0時が迫り、急いで４人の捜索が行われる中、空港内の蕎麦屋さんで不審物が発見される。警視庁の爆発物処理班が駆けつけ現場が緊迫する中、突然、万智が警察官の間をすり抜けて不審物の方へと近づいていき…!?

税関職員・森万智（趣里）は審査していた乗客の腹部に違和感を抱き調べようとしたところ、その人物が隠し持っていた、メルシアウサギが突じょ脱走！ 感染症を持っている可能性もあることからGATE24の審査ブースは急きょ封鎖される。メルシアウサギの大捜索が行われる中、乗客たちを別のブースに案内するが、幼い子ども・ルイス（柊エタニエル）を連れた篠宮文佳（凰稀かなめ）が移動を拒む。首席審査官・深澤然（柳葉敏郎）の判断で、万智たちは特別にこの２人を近くの別室で対応することに。そこへ、外務省領事局の貴島英斗（小林虎之介）が警視庁国際犯罪対策課・井内崇也（吹越満）らと共に突然訪ねてくる。貴島は入国審査官・早見圭一郎（眞栄田郷敦）の大学の同級生だというが、早見はなぜか動揺した様子を見せ…？ そして貴島は、ルイスの父親から「息子が誘拐された」と連絡が入ったため、ルイスを直ちに保護すると告げる。貴島によると、ある国の政府高官であるルイスの父・ジュリアン（厚切りジェイソン）は、日本人妻で絵本作家の篠宮冴子（陽月華）と離婚、ジュリアンがルイスの親権を持つことになり冴子は帰国。しかし、ジュリアンの留守中に冴子の妹・文佳がルイスを連れ去ったといい、このまま母親に引き合わせれば条約違反で国際問題に発展しかねないという。 文佳が別室で井内らの事情聴取を受ける中、万智はルイスを見守ることに。そんな中、早見や税関職員・松山篤志（板垣李光人）たちは、貴島とリモートでつながったジュリアンと話していたところ、搭乗口でルイスのことを待っていた冴子が取り乱していると連絡が入る。さらに別室にいたはずの文佳が早見たちのもとへ乱入し、画面越しのジュリアンに食って掛かる。この騒動で万智が一瞬、目を離した隙にルイスが姿を消してしまい…！

人気韓国アイドルグループ・Hi-Fi Un!cornが１年ぶりの来日公演のため空港に到着。ところがVIP専用ルートのシステムトラブルで、急きょGATE24の審査ブースで対応することに。同じ便の一般乗客たちを待たせる中、税関職員・森万智（趣里）、入国審査官・早見圭一郎（眞栄田郷敦）、税関職員・松山篤志（板垣李光人）たちGATE24はHi-Fi Un!corn一行の入国手続きを始めようとしたところ、万智がひとりの女性から声をかけられる。なんと万智がかつて海外で暮らしていたときに通っていた日本人学校の恩師・結城理子（笛木優子）で、現在はHi-Fi Un!cornのマネージャーをしているという。２人は再会を喜んだのもつかの間、グループメンバーのヒョンユル（キム・ヒョンユル）がパスポートを紛失し、状況から考えて同じ便に乗っていた何者かに盗まれた可能性が浮上。もしパスポートが見つからなければ入国できないため、数時間後に迫るステージには立てなくなってしまう。 対応策を検討するため一旦Hi-Fi Un!cornや結城たちは別室で待機となり、万智たちはその間に一般乗客の入国審査を進める。しかし、その中にパスポートを隠し持っている人がいることも考えられるため、慎重に確認を行うことに。すると、パスポート写真と全く異なる顔の女性・遠野ミラ（田中美久）や日本に持ち込めないものばかり携行している男性など、審査に引っかかる人が出てくる。しかも、その態度や言動からGATE24のメンバーは怪しさを感じ…。 そんな中、結城の話から、１年前のHi-Fi Un!cornの来日公演の際に、コンサートを中止しないと会場に火をつけるという脅迫状が届いていたことが判明。その矢先に、乗客の中に健忘症を発症したと思われる記憶のない老人が現れる。彼の衣服の焦げ痕から火薬の反応が出たうえに、所持品からは、謎の暗号が書かれたコンサート会場の見取り図が出てきて…!?

チャトワン共和国から来日した女子大学生のアミタ・バラッドが、入国した翌日に殺害される事件が発生。入国時の様子などを聞く名目で、警視庁捜査一課の西田幸三（内村遥）がGATE24を訪ねてくる。すると、西田はまず税関職員・松山篤志（板垣李光人）に話を聞きたいと指名。アミタが入国する際、入国審査官・早見圭一郎（眞栄田郷敦）と松山が審査を担当していた。しかし、理由はそれだけでなかった。なんとアミタのスマートフォンから松山の写真が見つかったというのだ。その件を問われた松山は、アミタとは初対面で写真を持っていた理由も分からないと答えるが、西田は松山を怪しんでいて…？ 後日、西田が再び松山に話を聞くため、国際犯罪対策課の井内崇也（吹越満）たちと共にGATE24にやってくる。ところが、今回はまるで取り調べのようで…。実は防犯カメラに、空港近くのバス停で松山とアミタが親しげに話している場面が捉えられていたのだ。しかも、松山はこの日、通勤ルートとは異なるバス乗り場にいたことも指摘される。 そんな中、税関職員・森万智（趣里）が確認していた入国審査時の映像をきっかけに、松山の不正疑惑が浮上――松山の手引きでアミタが何かを密輸していた!? さらに最近、松山が怪しげな男と金銭のやり取りをする場面を、遠藤のぞみ（齊藤京子）が偶然目撃していたこともあり、ますます松山への疑惑が深まる。そこで万智、早見たちは自ら真相を確かめるため、松山を尾行するが…!?