若葉町『島谷火工』で爆発が起き、現場から工場の社長・島谷辰雄（住田隆）と思われる破損した遺体が見つかる。被害者の名前を聞いた鬼塚（北大路欣也）は、過去に島谷社長が金融会社の営業社員に殴られた事件を思いだす。啓太郎（風間俊介）、咲（上白石萌音）、世条（松島聡）らと捜査を始めると、島谷の会社には、先代社長時代から多額の借金があることが判明する。そんな中、社長の妻・ゆり子（中山忍）のもとに保険会社から連絡が来る。これは保険金目的の殺人？あるいは借金に苦しめられた島谷社長の自殺か？そんな時、工場を解雇され、社長ともめた元工員・綿吹（石田佳央）の存在が浮上。捜査の目が綿吹に集まった中、またも爆発が起き、綿吹が死亡してしまう。捜査本部が『連続爆破事件』と判断する中、綿吹による島谷社長殺害を自白した遺書メールが見つかる。事件は解決と思いきや、新たな事実が浮き彫りになり-。

３年前に自らの母・和子（山口果林）を殺したと自首した友川誠（勝村政信）。しかし、遺体のありかも犯行の手口も自白せず「調べてください」と言う。鬼塚（北大路欣也）の推理のもと、啓太郎（風間俊介）、咲（上白石萌音）、世条（松島聡）らが和子について聞き込みを始めると、働いていた食堂では和子は現在入院していることになっており、３年前に突然辞めていたこと、和子には誠とは別に、もう一人の息子・卓（矢柴俊博）がいることがわかる。卓は介護をしていた父が亡くなってから社会復帰ができず、和子とも度々ぶつかっていた。さらに、誠と卓の兄弟は、母が死亡したあと３年間も年金の不正受給をしていたことも発覚。誠の狙いは一体何なのか？なぜ事件の詳細を語らないのか？真相が謎に包まれる中、鬼塚は３年前に新宿で起きた「ハクビシン」の大量死を思い出し…。一つの家族と介護を巡る闇が、事件と共に浮かび上がる！？

新宿東署の玄関で突如、咲（上白石萌音）に掴みかかった男・酒井（堀井新太）。５年前、酒井は、同じマンションに住む岩崎からの嫌がらせ被害を、交番勤務だった咲に訴えていた。だが、証拠がないことから咲の上司は酒井のイタズラ通報として処理。そのことを酒井は強く恨んでいた。話を聞くと、「恋人の舞（渡辺早織）が今、岩崎に監禁されている。それは5年前に岩崎を捕まえなかった咲のせいだ」という。自分がもっと詳しく調べていれば、と後悔を募らせる咲。鬼塚の導きにより岩崎のアパートに向かうと、岩崎は酒井の供述は真っ赤な嘘だと証言。そんな中、市ヶ谷濠で舞の水死体が発見され…。酒井のスマホに残された舞からのメッセージや、新たに浮かび上がる第三の男、更にあるハーブ店の存在も繋がり、事件は一層複雑化していく。嘘をついているのは一体誰なのか？咲は過去の悔いを乗り越えることができるのか！

咲(上白石萌音)が辞表を提出し、驚きを隠せない鬼塚（北大路欣也）と世条(松島聡)たち。そんな中、世条の友人である葛見健次郎（土屋神葉）が遺体で発見される。殺人事件として捜査本部が立てられると、鬼塚は咲の辞表を預かったまま、啓太郎（風間俊介）に捜査本部に入れてほしいと自ら志願する。遺体が発見された「念仏坂」は、健次郎が勤務する不動産会社が管理するマンションのすぐ側。そのマンションは近隣住民からの訴訟で違法建築とされたが、解体工事は未だ行われず、現在も住民からの非難が殺到している。鬼塚が捜査を進めると健次郎はグループ電話アプリの中で度々仕事の不満を吐いていたことが判明。そこで健次郎と同じグループにいた佐伯（少路勇介）に話を聞こうとすると、佐伯は鬼塚の顔を見た途端に逃げ出した！佐伯と鬼塚の関係とは？世条は友人の想いに気づくことができるのか？そして、咲の選ぶ道は…。

咲(上白石萌音)はまだ進退を決めかねており、鬼塚（北大路欣也）と栗田(石黒賢)に促され有給休暇をとることに。そんな中、西早稲田で無差別傷害事件が発生。犯人は、立ち向かった交番勤務の警察官・諏訪(金田明夫)の『警ら用自転車』を奪い、逃走。鬼塚の土地勘を頼りに検問の緊急配備が行われる中、SNS情報から犯人は以前鬼塚と世条（松島聡）が聴取をした佐伯(少路勇介)であることがわかる。捜査本部に報告すると、指揮をとる管理官の森（久世星佳）が勝手に捜査をする鬼塚に猛反対。その姿に啓太郎（風間俊介）は疑問を抱くが…。防犯カメラより新たな佐伯の目撃情報が入ると同時に、諏訪が交番から突如行方不明に！更に街で銃声の通報があり、鬼塚たちは佐伯と諏訪の間で何かが起きたことを疑う。一方、事件を知った咲は、捜査ができないことに葛藤し…。果たして佐伯はどこに逃げたのか？そして、咲が出す答えとは？

諏訪(金田明夫)の遺体が西早稲田の人工池で発見される。通り魔事件で逮捕した佐伯　(少路勇介)を殺人容疑に切り替え取調べを行うと、佐伯は、本当は鬼塚（北大路欣也）を殺したかったが、諏訪が抵抗するため銃を奪って撃ったという。それを聞いた鬼塚は、柔道の師範である諏訪の銃を持ち去らずにいたことに違和感を覚える。一方、諏訪殺しの犯人として佐伯を一刻も早く送検しようとする森(久世星佳)は、鬼塚に勝手な動きをしないよう釘を刺す。しかし、鬼塚は後輩の死に立ち向かうため森の反対を押し切り、独自の捜査を始めることに！そこへ啓太郎（風間俊介）や咲（上白石萌音）、世条（松島聡）、淳子(余貴美子)、栗田（石黒賢）の５人も加わり…。諏訪の交番日誌を確認する中で、ある言葉を引き金に鬼塚の中で何かが次々と繋がり始めた！諏訪の死の真相とは？そして、佐伯の本当の目的とは？！

刑事任用試験の面接で必ず出される質問は「君はなぜ、刑事になろうと決めたのか」だと、咲（上白石萌音）に伝える鬼塚（北大路欣也）。そんな中、『デリバリー・ゴー』の会長・松山伝次郎(小田桐一)の遺体が発見される。遺体にはブルーベリー果汁が入ったタレが付着していた。「焼き鳥・てっちゃん」のタレにはブルーベリーが使用されていたことを思い出した鬼塚が店に聞き込むも、店主・悟（西村和彦）の父が常連客の金城（大林丈史）にタレをあげてしまっており、店にはもうなかった。そこで金城を訪ねてみるが、既に使い切ったという…しかし、伝次郎と金城が知り合いだったことが発覚！さらに金城は元学生運動家で、伝次郎は元警察官だったという。鬼塚の記憶の中で昭和43年に新宿で起きたある一つの事件が頭をよぎる…鬼塚の捜査が導き出した犯人とは。そして咲が、刑事になろうと決めた理由とは…感動の最終回！