AC-12からヒルサイド･レーンの殺人捜査班(MIT)に異動したケイトは、ジャーナリストのゲイル・ヴェラの殺害事件を捜査する“灯台作戦”に加わった。長らく進展がなかった事件だったが、ある夜、ヴェラを殺したと話すロス・ターナーという男の目撃情報が極秘情報源(CHIS)から入る。デイビッドソン警部のチームは、問題の住所にいた男を確保したものの、ロスとは別人で、冷酷な殺人をするとは考えにくい人物だった。部屋からは別にカール・バンクスという男の指紋も出るが、CHISが遺体で発見されたため、目撃者による人物確認が取れなくなってしまう。一方、AC-12のスティーブのもとに、新たな情報が入り、ヘイスティングスの指揮下で、灯台作戦の捜査が始まる。

スティーブらはゲイル・ヴェラのプロデューサーを訪ね、彼女が各種事件の捜査における不備を取材していたこと、殺害時に家を荒らされていた形跡があることを知り、犯罪組織の犯行を疑う。そんな中、カール・バンクスの遺体が見つかり、捜査をするMITのもとにジャトリの後任として見習い巡査のピルキントンが入ってくる。一方、AC-12による灯台作戦の捜査も本格化。しかし、警視監補から牽制がかかり、ケイトからデイビッドソンへの漏洩が判明、スティーブはショックを受ける。　デイビッドソンの示唆により行われた捜索でジャトリ宅からプリペイド携帯が発見された。彼女は共に暮らしていたデイビッドソンにハメられたと訴えたものの、逮捕されてしまう…。

ヴェラ殺害に関する新たな目撃者、デボラの証言により、テリー・ボイルの取り調べが再び行われる。彼は重要な情報を口にしかけたが、デイビッドソン警部は取り調べを中断。署からの帰り道、ボイルは付き添いのピルキントンに車ごと貯水池に沈められかける。その場にケイトが通りかかり、ピルキントンは一転、ボイルを救出。しかしケイトはピルキントンの殺意を疑い、AC-12に報告する。廃棄されていたボイルの冷凍庫からジャッキー・ラバティの血液が発見される。一方、刑務所ではジャトリが手首を折る暴行を受けるが口を閉ざす。デボラとの関係が判明したバッケルスは逮捕。デイビッドソンは全てが片づいたことをチャットで匿名の人物に伝える。

バッケルスが捕らえられて灯台作戦のトップはデイビッドソンになった。警視監補は汚職捜査部門の統合と人員削減をヘイスティングスに告げ、退職を勧める。ケイトたちはブックメーカー強盗の実行犯から銃が特別製だった情報を入手。スティーブはヴェラの警察汚職関連の取材に服役期中の弁護士、ジミー・レイクウェルが応じていたことに気づいて面会へ。スティーブは証人保護を条件に、彼から情報を聞き出そうとするが、移送中に奇襲に遭い、戻った刑務所で死亡してしまう。ケイトの警告からピルキントンをMITから外そうとしたデイビッドソンは脅しを受ける。そして、ジャトリ宅から検出されたDNAにより、デイビッドソンの意外な血縁関係が判明する…。

スティーブたちはヴェラが取材していたヘイトクライム、ローレンス・クリストファー殺害事件を調べ始める。クリスの報告で、MITはブックメーカー強盗に使用された銃の製造場所の捜索に向かうが、現地でレイクウェル奇襲の捜査中のAC-12と鉢合わせ。AC-12はピルキントンが犯罪組織に対して情報漏洩をする姿を確認した。スティーブの部下、クロエの報告から、捜査に関わったサーウェルや、サンズビューの児童性的虐待とのつながりも見えてくる。さらに、ヴェラが関係者に幅広く取材を試みていたことも分かってきた。その一人、フェアバンクへのインタビューの前日にヴェラが殺されたことが判明する。デイビッドソン警部はケイトに異動願いを出すよう勧告する…。

ピルキントンの遺体が発見され、ケイトとデイビッドソン警視が逃走。しかし、あえなく捕まり投降する。警視監命令でヘイスティングスの後任となるべく権限を委譲されたカーマイケル警視正は、スティーブ、ヘイスティングスと共に、デイビッドソンを取り調べる。デイビッドソンはケイトをかばい、ピルキントンに向けて発砲したとのは自分だと話すが、多くの問いに対して黙秘を続ける。取り調べの中で彼女はトミー・ハンターとの血縁関係の真相を知らされ、大きなショックを受ける。MITのトップとなったケイトは作業場の床下の捜査を命じる。その頃、スペインに逃亡していたサーウェル逮捕のために同国が動いたが、彼とその妻は遺体で発見され…。

作業場の床下から、ヴェラ、ジャッキー･バティ、マニートを殺害した凶器が発見される。凶器にはピルキントンやトニー・ゲイツの指紋が残されていた。一方、押収された関係者のPCから、共通する“スペルミス”の存在があぶり出される。その頃、収監されたデイビッドソンは聴取のため別の場所へ移送されかけていた。異変に気づいたAC-12は移送を食い止め、関連していた看守を逮捕する。AC-12の存続に意欲をみせたヘイスティングスだったが、ステフに渡った大金の真相をスティーブたちに問われてしまう。その後、ヘイスティングスたちによるバッケルスの取り調べが行われる。シラを切り通すバッケルスだったが、逃れようのない選択を突きつけられる…。