監督が、ティム・バートンからジョエル・シューマカーに変わるとともに、バットマン＝ブルース・ウェインのキャストも、マイケル・キートンからヴァル・キルマーにリフレッシュされ、新たなヒロインとしてニコール・キッドマンという豪華キャストに加えて、ロビンも初登場となる。
とは言え、ティム・バートンが製作指揮に関わっているので、前作からのダークファンタジー色は引き継がれている。
今回の敵は、残虐なギャングのトゥーフェイス＝トミー・リー・ジョーンズと元ウェイン社のマッド・サイエンティストで電磁波による他人の精神コントロールを目論むリドラー＝ジム・キャリー。
バットマンはトゥーフェイスに両親を殺されたが、同じ境遇のロビンがトゥーフェイスへの憎しみから復讐を企てることに反対すし、と同時に、バットマンの役割は終わったとし基地の機能を全停止させる。
だが、ブルース・ウェインに憎しみを持つリドラーは、ブルースの思考を映像化させ、ブルースこそがバットマンであることを突き止める。
トゥーフェイスとリドラーは、バットマンへ復讐するため、ブルースの屋敷を強襲。ヒロインのニコール・キッドマンを誘拐する。
リドラーが残したヒントを解明したバットマンは、ロビンを仲間に加え、トゥーフェイスとリドラーを捕獲しニコール・キッドマンを救出するために基地に残されたバットウイングとバットボートで出撃する。
バットマンは、リドラーの脳波コントロール装置を破壊、トゥーフェイスのコインを投げる習性を利用し、二人を退治する。
バットマンとロビンはパートナーとなり、悪と対峙していく道を選ぶのであった。
