【登場!!ヘンな忍者】動物達が忍者として暮らす念雅(ねんが)山。ある日、三流派の一つである念雅流のもとに、じいやさんがおかしなペンギンを連れてきた。頭領のネンガから「まん丸」と名づけられた天然ボケなペンギンは、先輩のタヌ太郎・ツネ次郎と共に忍者修行を開始するのであった。【まん丸アイドル化計画!?】山の地主であるじいやさんは、溺愛するまん丸を山のアイドルにすることで流派どうしの争いを収めようとしていた。一方、ネンガはまん丸の忍者としての素質を買っていて、じいやさんとアイドルにするか忍者にするかでもめてしまう。そんな中、まん丸が自分の将来の夢を語り出すのだった。

【への一!?乱子参上】さすらいの一匹狼、紫狼沙(しろうさ)が念雅山に戻ってきた。その紫狼沙に惚れるうさぎ忍者の乱子(らんこ)は、一方的に追いかけて山についてきたのだった。ある日、まん丸が風呂の水を汲みに行くところを面倒見のよい乱子が手伝うのだが、ドベ軍団の苔助(こけすけ)に桶を壊されてしまう。【ミスターボロット大暴走!】じいやさんがまん丸のボディーガードとして、遠隔操作型ロボット「ミスターボロット」を発明した。ユーモアを持たせるために、体はボロボロの模様でボタンを押すと食べ物を叫ぶヘンテコロボットは、なんとまん丸を乗せて暴走をはじめてしまい崖から真っ逆さま!はたして、まん丸の運命は!?

【初めてのおつかい大騒動】ネンガから白ヤギ仙人に手紙を届けるよう、おつかいを頼まれたまん丸。ところが渡された地図をなくしてしまい道に迷ってしまう。こっそりあとをつけてきたタヌ太郎とツネ次郎が助けようとするのだが、一人で暗い洞窟の中に迷いこんでしまった。まん丸のはじめてのおつかいの結果はいかに!?【変身粘土!?ネンネン】まん丸達の前に生きている不思議な粘土があらわれた!まん丸にネンネンと名付けられた粘土は、なんと自由に姿を変えることが出来る変わった生き物。その噂を聞きつけた伊賀流の頭領・黒龍斎(こくりゅうさい)は、自分のペットにしようとドタ八に奪ってくるよう命じるのだった。

【恐怖の電話魔は誰だ?】じいやさんがまん丸に携帯電話を持たせたのだが、それがネンガに見つかり電話を遠くに投げ捨てられてしまった。すると、真美子ちゃんの家にいたずら電話が何度もかかってくるようになってしまった。真美子ちゃんに惚れているタヌ太郎が携帯電話を拾って、いたずら電話をしていると疑われるのだが、はたして…。【スーパーヒーロー乱入!!】まん丸達はオソロシ山の頂上に咲くテングバナ草を取ってくるようにネンガから命じられた。まん丸達はネンネンを引き連れて頂上を目指すのだが、その途中で無敵のヒーローを名乗る変な男があらわれた。ヒーローらしからぬ出で立ちでドジな男は、なぜかしつこくまん丸達の邪魔をしてくるのだった。

【めざせ!エステで弟子入り】への一乱子はどうしても紫狼沙の弟子になりたいが、なかなか認めてもらう事ができない。そこで、大人っぽくきれいになって弟子入りする作戦を考えついた乱子は、まん丸やタヌ太郎達に手伝わせて美しくなるトレーニングを開始する。【大怪獣くじ引き作戦】氷の湖に遊びに来たまん丸達。そこには、背中がくじで出来ているハリネズミのくじ郎が番人をしていた。するとそこへやって来たガン吉とドタ八が、かつてくじ郎が忍術で凍らせ、湖に閉じ込めた怪獣をよみがえらせてしまうのだった。再び怪獣を凍らせるには、くじ郎の背中から白いくじを引かなければならないのだが…。

【怒りの折り紙禁止令!!】秘められた力を持ちながらも、それをなかなか発揮出来ないまん丸に苛立ちをつのらせるネンガ。とうとうまん丸の大好きな折り紙を禁止することにした。どうしても折り紙がしたいまん丸は、夜も眠れずふらふらと崖の上にたどり着く。そこへネンガが来て、崖から折り紙を落とし、まん丸に取りに行かせるのだった。はたしてネンガの狙いとは!?【オホホホ…逃走する少女!!】トンネルの入口で「私をつかまえると願いがかないます」という奇妙な張り紙を発見したまん丸達。その張り紙を書いたのは、「逃走する少女」という名前で、なぜかトンネルの中を逃走し続けているらしい。願いをかなえたいまん丸達は必死に少女を追いかけはじめるのだった!

【嵐の予感!謎の天容の笛(前編)/嵐の予感!謎の天容の笛(後編)】その笛を吹くとすべての忍者の頂点に立つと言われる「天容の笛」。念雅流に代々伝わるこの笛を奪い合うおかげで、各流派同士の争いが絶えなくなるため、ネンガが封印し休戦協定を結んでいた。ところが、伊賀の黒龍斎と甲賀の白老が、秘められた力を持つまん丸に笛を吹かれてしまうことを恐れて、再び笛の奪い合いを開始してしまう!

【私をドベと呼ばないで!!】森にキノコ狩りに出掛けたまん丸達。すると、森には念雅流の予備忍ドベ軍団が勢ぞろい。ドベを返上したいとり郎は、はりきって幻のキノコ「踊りマツタケ」の元にまん丸達を案内するのだが、そこにはお化けキノコのデッカイダケが待ち構えていたのだった。【玉に願いを…】道場で修練していたまん丸達は、ネンガが大事にする掛け軸を破いてしまった。慌てたまん丸達は何でも願いを叶えてくれるケン玉のケン郎の元を訪れる。早速、ケン郎に掛け軸を直すよう頼むのだが、願いを叶えるにはケン玉の難しい技を成功させなければいけないのだった!

【まん丸の新たなる力!!】雷が落ちた山にまん丸達が向かうと、抜いた者に大いなる力が与えられるという「天容の刀」が頂上に刺さっていた。ところが、失敗すると本の中に閉じ込められてしまうため、先に着いて挑戦していたガン吉や乱子達はすでに本の中。刀を抜けばみんなを助けられると知ったまん丸も挑戦するが…。【ボロット2号はダンスがお好き】じいやさんがボロット2号を開発した。早速ボロット2号のお腹のハッチに入って操縦するまん丸だが、いつの間にか居眠りしてしまう。すると伊賀のドタ八によって黒龍斎の屋敷に連れていかれてしまうのだった。まん丸は屋敷から脱出するため、必殺技「スーパーファイアーロケットボム」を繰り出すのだが…。

【笛はどこに?ド派手な強敵登場!!(前編)/笛はどこに?ド派手な強敵登場!!(後編)】海外で修行していた伊賀の黒龍斎の息子、桃助(ももすけ)が帰ってきた。桃助は黒龍斎が天容の笛を狙っていることを知ると、まん丸を人質にして天容の笛を奪おうとするが、ネンガに返り討ちにあってしまう。すると今度は、甲賀の白老がひょうたんに桃助を閉じ込め、ネンガに天容の笛と交換するよう迫るのだった。再び巻き起こった笛をめぐる三つ巴の戦いの行方は!?

【昇忍試験だョ!全員集合】今日は年に一度の念雅流昇忍試験の日。ドベ軍団から正式な忍者に昇格するための大事な試験だが、ネンガは試練を与えるためにまん丸にも試験を受けさせることとした。木登りや激流の川渡りなど過酷な試験の連続にまん丸は落第寸前。はたして、まん丸は試験に無事合格することが出来るのか!?【来たぞ!恐怖の笑いバチ】ネンガの指令で抜き打ちのサバイバル訓練を行うことになったまん丸達。早速、食料を探しに出たまん丸は森でハチミツを見つけて持って帰ろうとするのだが、ハチの大群に襲われてしまったのだった。しかも、そのハチは刺されると笑いが止まらなくなる恐怖の「笑いバチ」だった!

【天の怒り!謎の笛ついに登場!!(前編)/天の怒り!謎の笛ついに登場!!(後編)】伊賀と甲賀は懲りずに天容の笛を奪おうとしていた。いつまでも続く争いにあきれたネンガは、とうとう天容の笛を登場させて、なんと伊賀の黒龍斎に吹かせてしまうのだった。ところが念雅流の正当な継承者しか吹けないため、黒龍斎は逆さまで宙に浮いたまま元に戻らなくなってしまう。それを見た甲賀の白老は、チャンスとばかりに天容の笛を吹くのだが…。

【はりがねランドへの招待状】ある日、まん丸達に針金山遊園地の招待状が届いた。喜んだまん丸は乱子達と一緒に遊びに行くことにした。そこは乗り物や射撃など、アトラクション全てにたくさんの1円玉を払う不思議な遊園地。しかも、うっかりつまらないと言ってしまった乱子、ドタ八、ツネ次郎が次々と姿を消してしまうのだった。【迷い込んだ精霊の森】雨宿りしようと大木の穴に逃げ込んだまん丸達。すると真っ逆さまに落ちてしまい、たくさんの精霊達が暮らす精霊の森に辿り着く。その森の守り神がある日突然化石になってしまい、精霊達が困っていることを知ったまん丸は、守り神を生き返らせようと必死に祈りはじめるのだった。

【お父さんと南極大冒険!】ある日、自分の故郷について語り出したまん丸。生まれ故郷は南極に近いシシカト島で、お父さんは色々なことに挑戦する風変りな冒険家であることを打ち明ける。さらに、50年に一度だけ咲く花を求めて、お父さんと冒険した武勇伝をタヌ太郎とツネ次郎に話しだすのだった。【指名手配!まん丸は1億円?】ひょんなことからまん丸が指名手配され、しかも賞金1億円がかけられてしまった!するとそこへあらわれたのは、うさぎの賞金かせぎラッピ。言いなりになってしまう術をかけられたまん丸は、あっさりと捕まり連れて行かれてしまうのだが…。

【最強の敵!!ギオ現る!(前編)/最強の敵!!ギオ現る!(後編)】羅門衆の頭領ギオがよみがえった。ギオは、かつて念雅流の正当な継承者にして、なんとネンガの弟。邪悪な力を操るギオは念雅流の天容の笛を奪おうと、手下のピエーロを暗黒意念で巨大化させ、第一の刺客として送り込むのだった。はたして、まん丸達は天容の笛を守ることが出来るのか!?

【恐怖…文字もじの術!!】天容の笛を狙う羅門衆のギオが、次なる刺客モジモジ人形の使い手・モジーを送りこんできた。人形に書いた文字どおりの災難を起こすことが出来るモジー。そうとは知らないまん丸は、ゾウのモジモジ人形を拾ってしまい次々と災難に巻き込まれてしまうのだった。【燃えろ!おにぎり兄弟】まん丸達は、森でおにぎり兄弟のまる君とさんか君に出会った。二人はどっちが兄でどっちが弟なのかを明らかにするため、親探しの旅に出ていたのだった。そんな折、まん丸が親の居場所を知っていると、ガン吉とドタ八から嘘を聞かされたまる君は、まん丸を襲い親の居場所を聞きだそうとする。

【初恋南極メモリー】まん丸のシシカト島時代の淡い恋のお話。毎日見かけるピピンちゃんという女の子に恋をしたまん丸。ある日、思いきって声をかけると二人は意気投合して恋人同士に。そんな矢先、まん丸は海の向こうの世界を見たくなり、旅に出ることを決意するのだった。それを聞いたピピンちゃんは…。【ペットはコマルっち!?】羅門衆の参謀、粘心(ねんしん)は小鳥のコマルを刺客で送りこんできた。しかし、コマルはひょんなことから甲賀のガン吉と出会い、ペットになるのだが、白老に見つかり追い出されてしまう。ガン吉は仕方なくまん丸達に預けるが、粘心の術で急成長したコマルが、凶暴な鳥になってまん丸達を襲うのだった。

【フロコプター大空中戦!!】羅門衆の刺客、ハトのポン太郎があらわれた。当たったすべての者がしもべになってしまうポン太郎の豆鉄砲攻撃で、まん丸達は大ピンチに!するとそこへ、じいやさんが風呂桶で出来た乗り物「フロコプター」で助けに来るのだった。はたして、最新兵器フロコプターの実力やいかに!?【激闘!ネンガ対紫狼沙】羅門衆ギオは次なる刺客、赤べこ忍者・レッドブルを送りこんできた。ギオから策を授かったレッドブルは、への一乱子を人質に取り、紫狼沙にネンガを倒すよう命じるのだった。思いがけず実現した永遠のライバル同士の激闘の行方は!?

【闇の罠!ネンネンの秘密(前編)/闇の罠!ネンネンの秘密(後編)】ネンネンに乗り移って、念雅の屋敷に乗り込む事に成功した羅門衆参謀の粘心。なんと、かつて紫狼沙と戦った際に切り落とされた体の一部がネンネンだったのだ。動揺したまん丸達は隙をつかれて、天容の笛を奪われてしまう。はたして、まん丸は天容の笛と大好きな相棒ネンネンを取り戻すことが出来るのか!?

【誕生!パオパオランド(前編)/誕生!パオパオランド(後編)】争いを止めさせようと、念雅・伊賀・甲賀の三流派合同の修練場「パオパオランド」を作ろうと提案したまん丸。賛成したネンガからリーダーに指名されるのだが、ケンカを続けるタヌ太郎やドタ八、ガン吉は一切手伝おうとしない。それでもあきらめずにがんばるまん丸の姿に、やがてみんなの気持ちが一つになっていくのだった。

【決定!あんたがリーダー】パオパオランドで修練に励むまん丸達。ところが相変わらず仲はわるく、ケンカばかりしていた。そこで、真美子ちゃんの提案で、みんなをまとめるリーダーを決める選挙を行うことにしたのだった。立候補したのはツネ次郎とガン吉。開票結果は五分五分の同票で、最後の一票はなんとまん丸!はたして、まん丸が選ぶのは!?【さあ、私を食べて…】羅門衆のギオが次なる刺客に選んだのは、巨大なリンゴの姿をしたアップルンだった。女の子でリンゴらしく食べられたいと思っているアップルンだが、ギオの暗黒意念によって凶暴化し、天容の笛を奪おうとパオパオランドに乗り込んでくるのだった。

【帰って来たライバル!!】海外留学から久しぶりに帰った伊賀の桃助。パオパオランドができた事を知ると、それを念雅の策略と思い込み乗り込んでくるのだった。桃助は勝手にライバル視するまん丸と対決しようとするが、おとぼけでのんびり屋のまん丸に調子は狂いっぱなしで…。【電撃!?タヌ太郎の婚約発表】ふたこぶ山に住むタヌ太郎のかあちゃんが、タヌ太郎のためにお見合い写真を持ってやって来た。このままだと連れて帰られてしまうと思ったタヌ太郎は、愛しの真美子ちゃんに恋人のふりをしてもらう事にした。ところが、タヌ太郎には嘘をつくと鼻が赤くなるクセがあったのだった。

【レベルアップ!!ドベ軍団】ドベ軍団は、羅門衆の襲撃に備えて修練に励むようネンガから言い渡される。ところが、相変わらずの間抜けぶりでタヌ太郎からバカにされっぱなし。とり郎はなんとか汚名返上しようとレベルアップを図るが、他のドベ軍団はまったくやる気がない。そこで秘策を思いついたまん丸がとった行動とは!?【入れ替え魔・せんたく丸】まん丸とネンネンが遊んでいた川の水中に、洗濯機の姿をした羅門衆の刺客・せんたく丸が潜んでいた。すると、渦に取り込んだ者の心を入れ替えてしまう「渦柱の術」で2人は入れ替えられてしまう。助けに来たタヌ太郎と力を合わせて、せんたく丸に立ち向かおうと川の中に飛び込んでいくのだが…。

【逆襲!ギオの巨大戦艦!!(前編)/逆襲!ギオの巨大戦艦!!(後編)】暗黒意念に手を出した報いで老化が始まった羅門衆のギオ。一刻も早く天容の笛を手に入れようと、自ら念雅の山に乗り込んで来た。空飛ぶ巨大戦艦であらわれたギオの前に立ちはだかるネンガと紫狼沙。ところが、隙をつかれて捕えられ、殺されそうになってしまう。そこでまん丸は、二人を助けようとネンガから預かった天容の笛をギオに渡すのだった。

【スクープ!ネンガ様開眼!!】念雅流の頭領ネンガは普段から常に目を閉じて生活している。どうしてもネンガが目を開いたところが見たいまん丸達は、本気になった時だけ目を開ける事を知り、あらゆる手を尽くすが目は閉じたまま。それでもしつこいまん丸達に根負けしたネンガが、一度だけ目を開いて見せることに…。【巨大怪魚タロジを追え!!】真美子ちゃんに日頃の感謝をこめて、寄せ鍋を作ることにしたまん丸達。そこで、鍋に入れる魚を釣るためどんぶり沼に出掛けるのだが、そこは乱暴者の巨大怪魚タロジが住む沼だった。タロジに捕まり食べられてしまったネンネンを助けようと、まん丸はタロジに立ち向かっていく。

【乱子のムフフ大作戦】家に閉じこもっていた乱子は、その玉から出る煙を吸うとラブラブになるというムフフ玉を作っていた。ムフフ玉を完成させた乱子は、とうとう告白をするため、紫狼沙のもとへ向かう。はたして、乱子の恋の行方はいかに!?【喜怒哀楽がとまらない!!】羅門衆の粘心は、ネンガとの戦いで傷を負ってから目覚めないギオのために、火の玉のような四人組の刺客、喜怒哀楽を送り込んで来た。憑いた相手を「喜・怒・哀・楽」の感情に取り憑かせるという「鬼火操りの術」によって、天容の笛の隠し場所をつきとめられてしまったまん丸達は大ピンチに!!

【まん丸の(秘)探偵日記】念雅流の忍者の証である、大事な印堂帯を無くしてしまったタヌ太郎。昨晩、寝るときにはあったため、誰かに盗まれたと言いだし大騒ぎ。そこでまん丸は、タヌ太郎の行動をたよりに犯人探しの推理をはじめるのだが…。【戦慄!!ネンガ様暗殺計画】お互い自らを最強と名乗る羅門衆の刺客モウラとモザイは、粘心の命令により天容の笛を奪いに念雅の山へやって来た。ところが、まん丸やドベ軍団のマイペースぶりに調子を狂わされっぱなし。そんなモウラとモザイだが、ネンガの修練場所に先回りし、爆弾を仕掛けようと企むのだった。

【運命の決着!!ネンガ対ギオ】早朝、眠りにつくまん丸達に別れを告げてネンガはギオの羅門城へ向かった。これ以上、兄弟の争いに周囲を巻き込むことが出来ないと考えたネンガは、一対一でギオとの決着をつけに来たのだった。体力が完全に復活したギオと目を開き本気モードのネンガ。天容の笛をかけた死闘が開始された。【旅立ち!笛を取り戻せ!!】乱子から天容の笛がギオの手に渡ったことを聞いたまん丸は、念雅流忍者の意地にかけて笛を取り戻しに行くことを決意する。パオパオランドを紫狼沙に任せ、まん丸、タヌ太郎、ツネ次郎の三人は決死の覚悟で羅門城を目指すのだが、いきなり羅門衆の豆もぐらに捕まってしまう。

【突入!あれが羅門城だ!!(前編)/突入!あれが羅門城だ!!(後編)】ネンガと天容の笛を取り戻すべく、羅門城へ向かい旅に出たまん丸達。その行く手を阻む羅門衆の敵を何とか倒し、やっとの思いでたどり着いた羅門城へ突入を試みるが、粘心の罠にはまり捕まってしまうのだった。一方、パオパオランドではまん丸達を助けに行こうとドベ軍団達が勢ぞろいしていた。

【輝ける未来、輝ける星(前編)/輝ける未来、輝ける星(後編)】天容の笛を手にして最強忍者となったギオ。捕らわれの身となったまん丸は絶体絶命の大ピンチ!!するとそこへ、伊賀と甲賀の軍団、さらにはドベ軍団達が助けに来たのだった。全員が力を合わせて最強の敵ギオに立ち向かうのだが、まん丸を助けようとした紫狼沙がギオの餌食になってしまう。はたして、天容の笛をめぐる最後の戦いの決着の行方は!?