ガンマ団から秘石を盗んで逃亡したシンタローは、南の島に流れついた。最強の殺し屋といわれた男だが、島の少年パプワくんに手も足も出ず、秘石はチャッピーの首輪にされてしまう。

気がつけばシンタローはパプワくんの召使。秘石を取り戻すために、世話をすることになる。そして、パプワ島は恐ろしい島だった。動物は言葉を話し、足の生えた鯛までいるのだった…。

秘石をとり戻すために、ガンマ団から刺客・東北ミヤギがやってきた。ミヤギは相手に筆で漢字を書き、そのモノに変身させる「生き字引の筆」の持ち主。シンタローは蛙にされてしまう。

パプワ島のご先祖様の霊が里帰りをする日。「静かな湖畔」を歌いながらパプワくんの育ての親、カムイじいちゃも現れた。カムイはシンタローに、３０分だけ願いを叶えてくれるという。

ガンマ団第２の刺客、忍者トットリがやってきた。トットリは先にやってきたミヤギの親友らしい。ゲタで天変地異を起こす「明日天気になーれ」式必殺技で、シンタローたちを襲う！

朝から落ちつきのないシンタロー。何をたくらんでいるのか、森の中に消えてしまった。シンタローを探すためパプワくんが森の仲間に招集をかけると、ふしぎな動物たちが集まってきた。

ガンマ団第３の刺客は博多どん太。体の小さなふんどし小僧だが、相棒のブタのトンコツ丸でダシをとったラーメンを食べると、大人バージョンにパワーアップ！強烈な電撃技を放つ！！

南国果実園に連れていかれるシンタロー。イトウくんとタンノくんは、恐ろしい所だという。鼻血ブースケ、ナマヅメハーガス、確かにすごいのがいたが、強烈なのはワキ蛾の臭いだった！

空からアザラシに乗った女の子が下りてきた。くり子と名乗るその子は、パプワくんに一目惚れ。お嫁さんになるという。パプワくんも「今日からお前も友達だ」というのだった。

祇園仮面アラシヤマは、ガンマ団の刺客。京都弁が風情な味わいだが、大ナマヤツハシで敵を包み、炎で池を干上がらせる強敵だ。シンタローのピンチに、パプワの目が赤く輝いた！

「女子大生」と書かれてナマイキになったアライくん、「舞苦鯛村」と書かれて凶暴になったエグチくん。動物たちが変身してしまった。ミヤギが復活、トットリと反撃を開始したのだ！

ガンマ団の偵察部隊が上陸した。捕まえた者の記憶を映し出す機械で、秘石の情報を集める計画だ。イトウくんやタンノくんを捕まえてしまい、無用な記憶を見せつけられる偵察部隊…。

パプワハウスに大穴をあけてモグラのモッくんが出てきた。おわびに地底王国に招待してくれるという。モッくんには敵が多く、追われるうちにパプワくんたちは、奇妙な扉を発見する。

ガンマ団の総帥が島に乗り込んできた。総帥マジックは、実はシンタローのパパ。息子には甘いマジックだが、秘石の追跡は執拗だ。秘石にはとてつもない秘密が隠されていたからだ。

ガンマ団の刺客・甲子園球児たちと秘石をかけて野球で勝負をすることになった。島では誰もやったことがなく、パプワくんは秘石で打撃練習をする始末だ。マジックも観戦に現れた。

巨大な錦鯉に乗って、ガンマ団の刺客・武者のコージが現れた。しかし、錦鯉が推定3億円と聞いたシンタローは武者のコージには関心を示さず、錦鯉をパプワハウスで飼うことにする。

パプワ島の七夕では、イッポンタケが先着1名に限り本当に願いを叶えてくれるという。弟コタローに会いたいシンタロー。パプワくんが先に向かったと知り、猛然と追跡を開始する！

ガンマ団からグンマ博士がやってきた。自ら設計したロボットを操縦し、シンタローに復讐するつもりだ。グンマはシンタローのイトコ。子どもの頃からイジメられ、恨んでいるのだ。

タンノくんがシンタローを、強引に実家に連れていった。両親の勧める見合いを、一緒に行って断ってくれという。見合いの相手は、顔は超絶美形で下半身はナマグサい、イカ男だった。

今日は運動会。優勝者はマミヤくんの鍋とナカイくんの蒲焼食べ放題だ。シンタローの選手宣誓で競技が始まった。参加者の中にはコスプレして紛れ込むミヤギとトットリの姿もあった。

運動会そっちのけで、シンタロー、ミヤギ、トットリ、アラシヤマの、秘石をかけた戦いが始まった。必殺技を駆使し、少ないお友達も総動員し、抜け駆けの限りを尽くして死闘が続く。

ホサカくんがタマちゃんの子守を頼みにきた。家出をした妻を探しに行くという。むずかるタマちゃんを連れてピクニックに行くシンタローたち。そこに、ミヤギとトットリが現れた。

目覚めると、シンタローは海岸の柱に縛られていた。今日は海の守り神がくる日。ミヤギ、グンマと一緒にイケニエにされるのだ。海を引き裂き、酒臭い匂いをさせて、守り神が現れた！

チャッピーが白熊の子どもを見つけてきた。フッくんと名づけてもらい、わが子のようにかわいがり育てるチャッピーだ。しかし、南の島の気候は、フッくんには暑すぎるものだった。

グンマ博士がヨッパライダーそっくりのロボットで、再び島にやってきた。また宴会を始めるパプワたち。ようやく偽物だと気づいたときには、チャッピーがロボットに捕まっていた。

さらに懲りずに現れたグンマ博士。今度は天才科学者、ドクター高松と一緒だ。高松は植物兵器でシンタローを襲い、「これで世界は私とグンマ様のもの」と鼻血を出しながら宣言する。

パプワ島に温泉が出た。近頃疲れ気味のシンタローが入っていると、ガンマ団の刺客が襲ってきた。地獄温泉別府丸は、温泉の素や温泉たまごなど、温泉技でシンタローたちを苦しめる。

ミヤギとトットリは森で秘石を拾って有頂天。アラシヤマも浜辺で秘石を拾った。マジックは秘石を見つけた者に欲しいものをやるという。だが、秘石は島のいたるところに落ちていた。

パプワ島のオニゴッコは、秘石を奪った悪いオニをみんなで捕まえるという設定だ。オニはシンタロー。最初は嫌がるが、ふと、島を脱出するチャンスかも、と張り切って逃げ始めた！

ガンマ団の刺客・津軽ジョッカー。ジョッカーにはシンタローに勝つ絶対の自信があった。なぜなら、覆面の下の素顔は、シンタローが溺愛する弟コタローにそっくりだったからだ。

次なる刺客は名古屋ウィローだ。魔法でイトウくんをエビフリャ～に、タンノくんを名古屋コーチンに変えてしまう。腹がへったパプワたちが追いかけると、突如、名古屋城が出現する。

パプワ島に珍しい客がきた。船にアトラクションを乗せた巡業遊園地だ。日本に帰る途中だと聞いて、目の色が変わるシンタロー。動物たちも集まって、遊園地で楽しく遊び始める。

タンノくんのことが忘れられない、見合い相手のイカ男・ウミギシ。恋のライバル、シンタローに再度、決闘を申し込む。だがタンノには、タンノ自身も知らないすごい秘密があった…。

パプワハウスに泊めてやったサルが秘石を盗んで逃げてしまった。ガンマ団の刺客、自称エンターティナー日光猿王の仕業だ。追いかけるシンタローを、猿王の奥義「反省芝居」が襲う！

パプワ島に現れたさすらいの女占い師。心は乙女のイトウくんとタンノくんは占いが大好き。シンタローとの結婚運をみてもらうが、占い師の正体はガンマ団の刺客・トウキョウだった。

トウキョウの必殺技は、相手の心を打ち砕くこと。鏡の中の過去の世界に吸い込まれてしまうシンタローたち。そこには、大好きなおじさんと修行する若き日のシンタローの姿があった。

ガンマ団の切り札がやってきた。シンタローが尊敬するサービスおじさんだ。これまでの刺客とは強さもケタ違い。シンタローはミヤギやトットリ、アラシヤマにまで協力を求めた。

サービスに立ち向かうシンタローたち。アラシヤマは久しぶりに友達と戦うヨロコビで、舞い上がってしまう。だが、総帥の弟サービスは強かった。４人がかりでも歯が立たないのだ。

島はオバケの噂でもちきり。おちおち野宿もできないと、ミヤギとトットリは家作りを始める。仲間に入れてもらえないアラシヤマはひとりで家を作るが、その家にもオバケは現れた！

ヒグラシのエンドウくんが相談にきた。仲間は大人になったのに、自分だけは１００年も幼虫のまま。セミになって空を飛びたいというエンドウくんのために、シンタローは特訓を始める。

パプワ島の大統領を選ぶことになった。ミヤギ、アラシヤマなど泡沫候補も乱立する中、激突するのはイトウくんとタンノくん。怪文書も飛び交う激しい選挙戦が繰り広げられていく。

サービスが島に戻ってきた。今度こそシンタローを連れて帰るつもりだ。島の生活にすっかり馴染むシンタローは、パプワとの別れを躊躇していた。そんなシンタローに、パプワは…。