世界中のお宝を狙い、ミラクルメイカーの異名を持つ怪盗ジョーカー！そんな彼のターゲットは『竜の宝玉』。金有の屋敷に潜入したジョーカーは、同じ宝を狙う新人ドロボウのハチと出会う。だが、屋敷には金有が仕掛けた数々の罠が二人を待ち受けていた。ジョーカー達は『竜の宝玉』のある大広間から宝を盗みだすことができるのか?！

ジョーカーとジョーカーに弟子入りしたハチが次に狙うのは絵画『ナポレオンの思い出』。そのお宝は100年に1度だけ開く、百年金庫の中に保管されている。扉が開いてから歯車が１周して閉じるまでに盗み出さなければ、また百年たつまで絶対に開くことが出来ない。千載一遇のチャンスを狙うジョーカーの前に、芸術探偵ビリジアンが立ちふさがる。

ジョーカー達は、『人魚の青水晶』を乗せた金有所有の豪華客船に潜入する。船上では仮装パーティーの真っ最中。そこに現れたのは正体不明の怪盗スペードと、幼い頃の修行仲間キング。キングはスペードの助手をしていると言う。お互いに子供の頃の借りを返そうと、ジョーカーとキングはどちらが先にお宝を奪えるか勝負することに。スペードの不思議な技『イビル・グランス』にジョーカーは太刀打ちできるのか？

ジョーカーは超高層バルハラタワーの88階に展示されている『オーディンの氷像』を狙う。スペードも同じ宝を狙っていると知ったジョーカーは「あいつにだけは負けない！」といつも以上に意気込む。ジョーカーは自ら発明した『バルンポンプ』を使って盗み出す作戦だったが、たどり着いた88階は炎に包まれていた。それぞれの弟子のハチとダーク・アイを救う為、ジョーカーとスペードはいやいやながらお互いの力をあわせて救出に向かうが…。

ハチが掃除中にジョーカーの部屋で見つけた謎の『鍵』。ジョーカーが幼い頃、その『鍵』をかけて父親と謎解き勝負をした記憶が蘇る。両親が旅行に出かけた留守の間も、謎解きに明け暮れるジョーカーだったが、そこに両親が交通事故で死んだとの知らせが届く。いつか両親は戻ってくると信じて、ジョーカーは家宝の『時を告げる女神』を、泥棒たちの手から守っていた。そこに、伝説の怪盗シルバーハートが現れて…。

ジョーカーが世界各国で凶悪な美術品強奪事件を起こしているというニュースが舞い込んできた。身に覚えのないジョーカーは、ニセモノを追って、次に狙う『ジェミニの王冠』が展示されている月光グランドホテルに向かう。 ニセモノを捕えようとレポーターに変装し侵入したジョーカーの前に、警官に化けたニセモノ〝シャドウ・ジョーカー″が現れた。逃走するシャドウを逮捕しようと躍起になる鬼山が、シャドウの攻撃『ブラッディ・レイン』に撃たれてしまい…。

青い海！白い雲！南の島！狙うは昔、島の大王が持っていたと言い伝わる伝説の宝石『スカーレット・ハート』。村にある古い石版に記された謎を解けばお宝の在処が判るという。 『スカーレット・ハート』を狙い、マンボー将軍ひきいる謎の組織”クローバー”も島に上陸していた。ジョーカーとハチはマンボー将軍に対抗するためスペードと協力することにするが、将軍の執拗な攻撃の前に追い詰められてしまう。将軍はスペードに、命を助ける代わりにジョーカーを撃てと命じる。

ジョーカーが狙ったお宝が次々破壊される事件が発生する。次のターゲット『ロシア皇帝のシルバーエッグ』も破壊されるのではないかと先回りするジョーカー達。 鬼山警部達が仕掛けた「電磁ネット作戦」をかいくぐり、まんまとシルバーエッグを手に入れたが、実はそれはジョーカーのアジトを見つけようとする鬼山警部の更なる罠だった。ロードジョーカーで逃走するジョーカー達の前に現れたのは、子供の頃共に修行したダイヤモンド・クイーンだった。問答無用で襲い掛かるクイーン。追い込まれたジョーカーを庇いシルバーハートが斬られてしまう。

偽物のシルバーエッグでジョーカーを騙した鬼山達は、その隙に本物を飛行機で運び出す。 シルバーエッグを破壊しようと乗客に変装して乗り込むクイーン。一方、負傷したシルバーハートは、クイーンは両親を殺した犯人がシルバーハートと勘違いしていると伝え、クイーンの誤解を解いて欲しいとジョーカーに託す。ジョーカーとハチは格納庫から潜入し、クイーンを説得しようと試みるが、クイーンは聞く耳を持たずジョーカーに剣で斬りかかる。

ミスター金有所有の黄金特急に潜入するジョーカーとハチ。それは、パリにある金有ミュージアムに先祖代々伝わる黄金の首飾りを運ぶノンストップの特別列車だ。ジョーカー達は、走る列車の屋根伝いに潜入、寝台車に変装して乗り込むが、鉄格子が仕掛けられた車両の中に捕まってしまう。ピンチを脱出したジョーカーは、列車の切り替えポイントを使って車両ごと盗もうとするが…。

幼いジョーカー、スペード、クイーンはボロボロに傷ついた一匹の犬を助け、トウモロコシにちなんでロコと名付ける。実は、ロコは人の言葉を話す、科学実験で誕生したスーパードッグ１０１号だった。 同じく科学実験により生まれた巨大トカゲの９９号が、研究室を逃げ出し街中で暴れているという。９９号は猫のダウトに「人間に復讐しろ」と吹き込まれ、自由になろうと研究室を破壊し脱出したのだ。騒ぎを聞きつけたジョーカー達は、ロコと一緒に９９号を食い止めに向かう。巨大化し続ける９９号を倒すため、ロコとジョーカー達はとっておきの作戦をたてる。

甲賀の城の天守閣にある『黄金のシャチホコ』を狙い、お城に潜入したジョーカーとハチ。 城を守る甲賀忍者のリーダーは、忍者学校でハチの先輩だった百鬼丸だった。ハチがジョーカーの助手だと知った百鬼丸は、ハチには怪盗の才能がないと諭す。分身の術で逃げようとしたハチは、百鬼丸の言うとおりドジを踏んでしまい、そんなハチをジョーカーは見捨てて去ってしまう。 ジョーカーを追う百鬼丸。奥義・竜王烈火を炸裂させ、ジョーカーも忍術・変わり身の術で対抗するが…。

ギリシャの地下遺跡の奥に眠る『オリンポスの財宝』。スペードに先を越されまいと、ハチとロコは先に二人だけでスペードを追って地下遺跡の中へと向かう。そうとは知らず遺跡の前でロコを待っていたクイーンは突如現れたシャドウに襲われてしまうが、遅れてきたジョーカーに間一髪で助けられる。シャドウを追って『オリンポスの財宝』があるという地下遺跡の奥へと急ぐジョーカーとクイーン。しかし、二人とシャドウの前に財宝を守る伝説の怪物メデューサが立ちはだかる。メデューサの力で石像にされたハチ、スペード、そしてクイーンを助ける為、ジョーカーはシャドウと手を組むことにするが…。 一方、シルバーハートはプロフェッサーＣの計画をつきとめようと、プロフェッサーＣのアジト、霧の古城へと潜入していた。