「ジョーカー逮捕！」の仰天ニュースが世界中に流れた。ニュースを観た鬼山警部は何故か元気がない。ジョーカーとハチは 島全体が脱走不可能の刑務所・デモンズヘブンに収監される。大人しく刑務所に入ったジョーカーを怪しく思った所長のジェイスンは、ジョーカー達の行動を逐一監視していた。実はジョーカーが自首したのは、10年前に収監されて死んだコソ泥「小手先ニック」が手に入れ行方不明となっているお宝『ムーン・リング』を手に入れる為だった。ニックは死ぬ前にお宝を刑務所のどこかに隠したに違いない。同じ頃、スペードは同じお宝を狙って看守に化けて潜入し、所長のジェイスンはジョーカー達からお宝を横取りしようと密かに画策していた。

『虹孔雀の卵』を狙っていたクイーンと連絡が取れなくなってしまった。言葉にできないほどの美味しさで、世界中の金持ちのグルメが欲しがっている100年に1個しか生まれないというお宝だ。クイーンを探しに高級レストラン・カネアリーノに潜入したジョーカーとハチが見たのは、劇太りしたクイーンとロコだった。まずはお宝が先だと『虹孔雀の卵』を奪いにキッチンに潜入するが、料理長のミルフィーユに見つかってしまう。ミルフィーユのグルメ攻撃を受けたハチを庇い、ジョーカーはグツグツ煮えたぎった巨大鍋の中に落ちてしまう。

砂漠の盗賊団が所有する『オシリスの鳥人像』を手に入れたジョーカーとハチ。追手を振り払ってホッとしたジョーカー達の前にピラミッドのマスクをかぶった謎の怪盗が現れる。ラッキーピラミッドと名乗るその怪盗は、自分に不幸なことが起きるとありえないほどのラッキーを引き起こすことができるのだ。わざと不幸になりパワーを溜めたラッキーピラミッドは、まんまとジョーカーからお宝を奪い取る。予測不可能な怪盗に対し、ジョーカーは自分がコレクションしていたお宝をわたしラッキーにさせるというアホな戦いで挑む。そこに『オシリスの鳥人像』守っていた盗賊団が奪い返しにやってきて…。

今回のターゲットは、満月の夜にだけ姿を現すと言われる月光城にある『王者の聖剣』。盗みにいって戻ったヤツは一人もいないと伝わる幻のお宝だ。道中、ロコと出会ったジョーカーとハチは、城の執事・バトラーに招かれ、月光城を発見する。ジョーカー達を待っていたのは城に住む沢山の猫達。猫が一番苦手なジョーカーは落ち着いて宝探しどころではない。しかし、そこに待っていたのはプロフェッサー・Cの『デスゲーム作戦』によるダウトの罠だった。ハチを助ける為、ジョーカーとロコは間違えれば溶岩の底へ真っ逆さまのデスゲームに挑むが…。その頃、スペードとクイーンはジョーカーに変装したシャドウに騙され捕まってしまっていた。

シルバーハートがサフラン王国から手に入れた宝石『ブルースター』が盗まれた。ジョーカー、ハチ、ロコの三人は宝石を取り戻しにサフラン王国へ乗り込む。王国では『ブルースター』を盗んだ犯人・バジル将軍が、街ひとつ消し去るほどの破壊力を持つ衛星レーザー兵器『ラグナロクの光』を狙っていた。『ラグナロクの光』を復活させるには、『ブルースター』と王女が身に着けている宝石『レッドサン』が必要なのだと言う。なんとか阻止したいとパプリカ王女は、『レッドサン』をジョーカーに託し『ラグナロクの光』を破壊するよう頼む。ジョーカーは２つの宝石に隠されたパスワードを解き、バジル将軍の陰謀を阻止することが出来るか！？

今回狙うのはアイドルグランプリの優勝トロフィーについている『スリースタージュエル』。ジョーカー、ハチ、スペードの3人はアイドルグループ”JJブラザーズ”を組んでグランプリに出場する。グランプリにはシャッフルシスターズも出場していて、ハチは大ファンのアイドルに会えると大ハシャギだが、ダークアイはどこか落ち着かない様子。ジョーカー達はステージの進行中にお宝をいただく作戦だったが、同じくお宝を狙っていたシャッフルシスターズにまんまと先を越されてしまう。お宝を取り返すために、ジョーカーはシャッフルシスターズと対決することになり…。

タイムマシンとは知らずに大発明品『シグマ・ドライブ』を手に入れたジョーカーをシャドウが強引に奪おうと攻撃してきた。シャドウが放ったブラッディ・レインの衝撃で『シグマ・ドライブ』が暴走してしまい、ジョーカーとシャドウは江戸時代へタイムスリップしてしまう。江戸の街で二人が出会ったのは、ハチそっくりのお庭番・風魔のイチ。イチに"カラクリ盗賊"と勘違いされ捕まっている間に、『シグマ・ドライブ』が金有屋の若旦那に盗まれてしまう。元の時代に戻るため、ジョーカーとシャドウは一時的に手を組む事にする。その頃江戸では『シグマ・ドライブ』の力でカラクリ人形の金太夫が暴走を始めていた。

ジャックとクイーンは、お宝『サーベルタイガーの冷凍ミイラ』を狙って客船に忍び込んでいた。二人はそこでキングと名乗る小生意気な少年に出会う。ジャックとキングは出会って早々にケンカを始める始末。しかし、キングが両親に捨てられ同級生のダンプの家で世話になり、ダンプの召使のような扱いを受けているのを見て、ジャックは「なんで怒らないんだ？」とキングに迫る。その頃、身代金目的の誘拐犯グループが客船に忍び込み、逃げ損ねたクイーンとダンプが捕まってしまう。二人を助けようとジャックとキングは協力してある作戦を決行する。

今回のターゲットは私立十文字学園にある水墨画の掛け軸『月下の虎』。学園の生徒会長でもあり鬼山警部の娘でもあるハルカは、必ずジョーカーを捕まえると意気込む。しかし、お宝を狙っているのはジョーカーだけではなかった。盗賊団“邪悪な狐”にハルカと水墨画家の娘ユイが誘拐された。身代金は『月下の虎』。二人の救出に成功したらお宝を貰うことを条件に、ジョーカーは鬼山警部に協力する。しかし、鬼山警部はジョーカーがお宝を持ち逃げするのではないかと信用できない。ハルカの安否が気になり焦る鬼山警部は窃盗団の策略にはまってしまうが…。

ジョーカーはハチと一緒に忍者の里にやってきた。ハチが母親の誕生日を祝うために帰郷するというので、忍者屋敷のお宝目当てに一緒に行くことにしたのだ。忍者の里ではハチの生意気な妹クルミと穴掘りが大好きな弟イチマルが出迎えてくれる。ハチの家族の暖かさに触れ、自分の家族を思い出すジョーカー。イチマルが掘った穴から出てきた古い壺のフタをジョーカー達は開けてみるが、それは昔ハチの先祖が夜叉王を封印した『封印の壺』だった。恨みをはらそうと復活した夜叉王が、自由に体を水に変える『魔道忍法』を使って忍者の里を襲う。ジョーカーは捕まったハチとハチの両親を奪いかえすために、クルミとイチマルと協力して反撃を開始する。

残る魔水晶はあと一つ、《パンドラの遺跡に眠る魔水晶》だ。プロフェッサー・Ｃが奪ったシグマ・ドライブの力で竜巻が発生し、巻き込まれたジョーカー達は５０年前にタイムスリップしてしまう。そこパンドラ王国では、世界征服を企み、遺跡の扉を開く「パンドラの鍵」を奪おうとする連邦の諜報部員エージェント・クローバーと、それを阻止しようとするフランス諜報部員エージェント・シルバーが戦っていた。若き日のシルバーハートに出会い驚くジョーカー。しかし、エージェント・シルバーはジョーカーをかばってエージェント・クローバーの電撃ガンに倒れ、エージェント・クローバーはパンドラの鍵を使って《魔水晶》を手に入れてしまう。

「カイロスの杖」に３つの魔水晶がそろった。杖をプロフェッサー・Ｃから盗み出したシャドウは「時を操る魔女」ローズの眠る研究施設へと潜入する。ローズは時を止める能力を持つ魔女で、シャドウの妹だった。プロフェッサー・Ｃは、裏切り者のシャドウから杖を奪い取りついにローズを目覚めさせる。魔女の力を使って時を奪い、世界中の美術品を手に入れるのだ。止めに入ったジョーカーは、子供の頃出会った兄妹を思い出す。二人は死んだはずだ。ジョーカーが目に傷を負ったあの時に…。

ジョーカー達とシャドウはプロフェッサー・Ｃからローズを奪い返すため、研究施設のある自由の女神へと向かうが、上空に迫るジョーカー達をプロフェッサー・Ｃの飛行潜水艦の砲撃が襲う。スペードとクイーンが飛行潜水艦に乗り込む間に、ジョーカーとハチとシャドウはローズの待つ研究施設に潜入する。ローズを操る額の装置を壊し正気に戻そうと試みるも、プロフェッサー・Ｃに阻まれ、ローズの力は「カイロスの杖」に吸い取られていく。ジョーカー達はローズの命を救うことが出来るのか？