茶屋でアルバイトしていたフウは、ムゲン・ジンの２人に会う。２人は茶屋で大暴れした挙句、代官に捕らえられ処刑されようとしていた。フウは助けるかわりに、ある約束を２人にさせる。それは「ひまわりの匂いのする侍」を探しにフウと一緒に旅をするというものだった。

ムゲンに片腕を斬られた竜二郎は、復讐に燃え二人に刺客を送り込む。ジンには小物に見えて実は恐ろしく腕の立つ男を。ムゲンには鬼の形相をした怪力の大男を。フウは竜二郎にさらわれ、ムゲン・ジンはそれぞれ彼らと戦う事になる。

フウのあまりの口やかましさに嫌気がさしたムゲンとジンは、フウを置き去りにし別々に同じ宿場町にやって来る。そこの町を仕切っている二つの組、永富組、瓦組にムゲン・ジンがそれぞれ用心棒として雇われる事になった。一方、遅れて同じ町にフウもやって来る。

それぞれが違う立場で再会するムゲン・ジン・フウ。ジンを雇った組の息子、宗介の過ちにより、二つの組の抗争も激化しそれを収める為、丁半博打で勝負をつける事になる。だがそこに現れた壺振りはフウだった。

渡し舟の金が払えず立ち往生する三人。渡し賃を稼ぐ為、各自町に散っていく。フウは浮世絵師のナンパ男に誘われ浮世絵師のモデルになり、渡し賃稼ぎに精を出す。だがそのモデルの仕事は罠だった。

いよいよ舞台は大江戸だ。息巻く3人、江戸に来た。腹がへっては侍探せぬ。大食い大会出る事に。そこで知ったフウの食欲。そこで知り合う変な侍。全く知らない江戸の町。出てくる謎の虚無僧チーム。始まるキケンな江戸観光。

しぶりの飯にありつこうとしたムゲン達、だが一瞬の隙をつかれスリの新輔に大事な財布を掏られてしまう。町中駆けずり回り新輔を探すムゲン達。だが、ムゲン達以外にもヤクザの小五郎達が、印籠を取り返す為新輔を探していた。町中で出会う新輔・フウ・小五郎達、咄嗟に新輔はフウを人質に取り油問屋の中に逃げ込む。偶然そこに同心達も加わり大騒動になってしまう。フウ達の熱く長い一日が始まろうとしていた。

自称・将軍になる男、ばっちり髪型をリーゼントに決めた永光はなぜかメガネをかけた侍ばかり襲う。ある飯屋でフウ達三人に出会う永光。ピンときた永光は、早速フウをナンパ。無理矢理デートに連れ出されてしまう。そこで永光の口から驚くべき事を聞かされるフウ。永光はある男を探しているという、伝説的な剣豪「真理屋円四郎」を卑怯な手を使い殺したとされる男を。その男はメガネをかけた侍で名前を「ジン」というのだった。

ダフ屋からニセの手形を掴まされ箱根の関所で捕まってしまうムゲン達。このまま３人磔処刑か？と思われたところ、奉行の衣笠から、山を越えて罪人の首を届け日没までにこの関所に戻ってこられたら、命を助けてやると言われる。人質として残されるジンとフウ。首を持ち駆け出していくムゲン。だが、その場所まで行くには天狗が住むと言う魔の山を抜けなければならないのだった。

ある宿場町で侍ばかりを狙った辻斬り事件が頻繁に起こっていた。その事件の遺体には外傷は無く、体中から血を噴きだして死んでいた。たまたまその町の寺でアルバイトしていたフウ達は、事件の犯人を捕まえた者に賞金が出る事を聞き、アルバイトそっちのけで犯人探しを始める。

雨が止まず、町に立ち往生するフウ達。宿代を稼ぐ為、それぞれアルアルバイトをする事に。ムゲンは賭場の用心棒。フウは茶屋のホールスタッフ。ジンはうなぎ屋台の売り子に。うなぎに戸惑うジンに一人の女性が、さばき方を教えてくれる。名前を紫乃と言い、明日から遊郭で働くのだという。

久しぶりに宿に泊まる事になった３人。フウが風呂に入っている間にジン・ムゲンの二人は、フウが書き綴った日記を見つけ勝手に盗み見る。その日記には、男・食べ物・旅の事などが、赤裸々に書かれてあった。

山沿いの道を、迷いながらぶらぶら歩いていたムゲン達。ふいに、道が開け、ついに、海まで出てしまう。そこでムゲンは、昔の幼なじみの少女コザと偶然再会する。喜ぶコザに対し、ムゲンの表情は険しい。そこに現れる一人の男。それは昔のムゲンの仲間で、今は海賊のボスとなっていたムクロであった。

ムクロとの賭けに負け、御用船の金を奪う計画に加わるムゲン。フウやコザが心配する中、ついに計画が動き出し、嵐の海に船を漕ぎ出すムゲン。順調に計画は進行していく。だが、その計画と同時に別の計画が動き出している事は、唯１人以外、誰も知る由は無かった。

山深い森の中、追われている一人の男。追っているのは忍装束に身を包んだ、影の軍団。男、逃げながら胸元から袋を取り出し、近くの池目がけ力一杯ブン投げる、沈んでいく袋。次の日、その池で釣りをしているムゲン一行。そこでジンが一つの奇妙な袋を見つける。それは昨日男が、投げた袋だった。

ちょっとした口喧嘩によって、３人別々の道を行くことになったムゲン達。ふいにムゲン目掛けて矢が放たれる。「誰だ！」咄嗟に避け、矢を放った人物を追いかけるムゲン。そして同時時刻ジンは無住真剣道場からの刺客、雪丸を相手に戦っていた。激しく展開する刀と刀の攻防。その頃フウは足を滑らせ川に落ちていたがある男に助けられる。名前をオクルといい、弓矢の達人であった。

勘違いにより男達に襲われるムゲン。男達はオクルと言う名の男を探していた。北のある村を焼き滅ぼしたのだと言う。「あいつは俺が倒す。てめぇらは手をだすな！。」月光の夜、オクルが奏でる楽器の音色が山に響く。その音色に誘われるようにやってくるムゲン。刀を抜くムゲン、弓を引くオクル。満月の月の下、二人だけの闘いが始まろうとしていた。

ムゲンたちは広島に着いた。ジンは昔世話になった道場に行ったが道場主はすでに他界し道場は荒れ放題。双子の息子たちは町のチーマーになりお互い反目しあっているのだった。ジンは二人に跡取りを決めるための勝負を提案する。勝負は二人が得意とするタギング（落書き）。最も危険な所に描いた方が勝ちとなり、二人は広島城の天守閣を目指す。

一人、ムゲン・ジンの帰りを小屋で待つフウ。そこに駆け込んでくる女性、百合。キリスト教の信者で追われているという。百合を匿うフウだったが、追っ手に見つかり連れ去られてしまう。その頃、ムゲンとジンは街道でキリシタン狩りに遭遇。ムゲンがまた問題を起こしかけたその時、颯爽と馬で現れる一人の男。次々と手にした銃で役人たちを蹴散らしていく。「我が名はザビエル三世。あのフランシスコザビエルの孫デース！」

ある日、雨宿りで立ち寄った居酒屋で、盲目の女旅芸人沙羅と知り合いになるフウ達。意気投合した沙羅とフウ達は途中まで一緒に旅をする事に。久しぶりの美人に浮き立つムゲン、四人の旅は楽しく順調に進んでいく。が、四人の旅最後の夜、フウは沙羅から思いもよらない言葉を告げられ驚く。

村はずれの吊橋が落ちた。村人と共に現場に着いたムゲンとフウはそこで傷ついた沙羅を発見する。ジンも沙羅と一緒に落ちたのだが消息はわからないという。あたりを必死に探すムゲンとフウだがジンは見つからない。そんな夜、意識の戻った沙羅は川原にムゲンを呼び出す。沙羅はムゲンとジンの命を狙う公儀が送った刺客だったのだ。刀を交える二人。沙羅は恐ろしく強い。ムゲンの剣はすべて見切られている。ムゲン万事休す！そしてジンは生きているのか？

山道を歩いていたムゲン達三人。ふと木の根元を見ると、松茸のようなキノコが生えている。一目散に駆け寄り、夢中で食べるムゲンとジン。フウが二人をたしなめている最中急に地面が割れ、三人は大きな穴の中に転落してしまう。あたりを見渡す三人。そこは、巨大な発掘現場で、平家の子孫というシゲと名乗るリーダーが率いる無数の人々が、平家の埋蔵金を探し出そうと日夜穴を掘り続けている場所だった。

佐賀のとある村にたどり着いた３人は食い逃げで捕まってしまう。そこへ影丸という侍があらわれ、明日の野球の試合にでれば代金を払うと言い出す。実は黒船が村にやって来て開港を迫られ野球の試合で決着をつける事になったというのだ。話に乗った３人だが、野球が何かすら知らない。それどころかメンバーは影丸の他は老人や犬しかいない。はたして野球はベースボールに勝てるのか？！

ついに長崎にたどり着く３人。目的の生月島はもう目の前だ。ひまわりの匂いのする侍に会ってしまえばこの旅は終わってしまう。別れが辛くなったフウはムゲンとジンに買い物を頼み、その間に船に乗ってしまう。置手紙だけ残して。生月島に渡ったフウは島民にひまわり侍の事を尋ねるが皆怯えて逃げていくばかり。途方にくれるフウに３つの影が迫る。ムゲンの命を付け狙う元薩摩藩の凶悪３兄弟である。フウ危うし！そしてひまわりの侍は何処に？

フウはムゲンとジンを残し、ひとり生月島に渡った。だが、そこでムゲンにうらみをもつ、三兄弟の藤兵衛と馬之介に捕まってしまう。一方、ジンはムゲンを生月島に行かせるため、最強の刺客、刈屋景時を相手にひとり戦うことに。船に乗り、島に急ぐムゲン。だが、そこに三兄弟のひとりである伝鬼坊が現われて、彼に襲いかかってくるのだった。

フウを助けるために刀を捨て、馬之介に痛めつけられるムゲン。景時に太刀筋を読まれ、攻撃をかわされるジン。2人にとって、この旅最大の危機が訪れる。ムゲンとジンは、いかにしてこの危機を脱するのであろうか?そしてフウは旅の目的である「ヒマワリの侍」に出会うことができるのか?　旅の結末に訪れるムゲンとジンの勝負の決着は…？