三河争乱を経て出航した航空都市艦・武蔵は、英国をめざす航海の途上にあった。目的は、英国に武蔵への協力を取りつけること。しかし、後に控えているアルマダ海戦で英国と敵対することになる三征西班牙は、それを阻止するため武蔵を襲撃。陸上部や野球部員らによる波状攻撃、さらには聖譜顕装や重武神・道征白虎までも持ち出してくる三征西班牙に、武蔵は苦戦を強いられる。本多・正純が休戦を呼びかけるも攻撃の手は一向に緩まず、ついには副会長フアナが大罪武装「嫌気の怠惰」の超過駆動を発動させる。もはや打つ手なしかと思われたその時、現れたのは"リアル派"――！？

英国の「女王の盾符」に急襲された武蔵は、英国の周回軌道に入ることでこれを退けることに成功。しかし、続いて正体不明のステルス艦による砲撃を受け、やむなくホライゾンらを乗せた輸送艦を切り離すことに。輸送艦はなんとか英国第四階層の海岸部へと着陸するが、武蔵には英国からの着港許可が下りず、トーリとホライゾンは離れ離れになってしまう。英国により輸送艦との通神も遮断。そして、２週間の時が過ぎて……。

武蔵の外交艦がようやく英国の第四階層へと入り、離れ離れになっていた三年梅組の面々は久しぶりの再会を喜び合う。一方、点蔵は墓所のある丘で"傷有り"と再会。墓所の移設作業を手伝ううちに、ひょんなことから"傷有り"の素顔を見てしまい――。その頃、トーリや正純たちの元には、英国のベン・ジョンソン、チャールズ・ハワードらが訪れていた。颯爽と現れたと思いきや、いきなり土下座するハワード。彼の狙いは果たして――？

交渉の結果、双方の利益のために合同で学園祭を行うことで合意した武蔵と英国。その夜、両国の友好のために焼肉パーティーが開かれ、トーリとホライゾンはデートをして武蔵の今後を決めることに。一方、点蔵は喜美からの要望で作った温泉に不備がないかを調べるため、傷有りとともに入浴することになってしまう。彼女いない歴＝人生の点蔵の運命やいかに！？

シェイクスピアの劇場術式により、正純、ナイト、ナルゼ、ミトツダイラ、そしてウルキアガが結界に閉じ込められ、「女王の盾符」との相対戦がはじまった。英国の目的は、武蔵勢を倒すことによるトーリへの相対権限の獲得。さらに結界の外でも、二代や鈴＆アデーレらに英国からの刺客が迫る。結界により劇場空間から逃れた浅間と喜美は、全員のフォローに回ることを決意する。果たして戦いの行方は・・・？

梅組と「女王の盾符」による相対戦が続く中、点蔵は傷有りとともに倫敦塔へ。案内されたヘンリー八世の書斎には、神隠しの証である「二境紋」が残されていて――。一方、同人会場では、ネシンバラのもとにシェイクスピアが現れ、二人の過去の因縁が明らかになる。そして、トーリとホライゾンは倫敦市内の広場でデートをしながら、武蔵の今後の方針を定めようとしていた。

倫敦塔を出た点蔵の前に現れた傷有りは、エリザベスが変装した偽者だった。そこへ現れる本物の傷有り。エリザベスが呼んだ名から、その正体が"重双血塗れ"メアリであり、エリザベスとは双子の姉妹であることが判明する。とまどいつつも、見送るしかない点蔵。しかし、アデーレによってメアリの処刑の秘密が明らかに。そしてその夜、ついに武蔵と英国の教導院間会議が開催され、同盟の行方は正純に託された……！

武蔵と英国の教導院間会議に乱入してきた三征西班牙の立花・◆とベラスケス。両者の同盟に反対するベラスケスは、武蔵に疑問を投げかける。何故ホライゾンのときと同じように、英国と戦争をしてでもメアリを処刑から救おうとしないのか？　さらに、続けて現われたP.A.ODAの前田・利家も、武蔵への攻撃を命じるよう英国に迫る。――はたして、妖精女王・エリザベスはどのような判断を下すのか？

武蔵と英国の合同学園祭が終了し、時を同じくして三征西班牙からは超祝福艦隊が出港。今まさにアルマダ海戦の火蓋が切って落とされようとしていた。そんな中、メアリを救うべく倫敦塔に向かおうとする点蔵に、トーリはその理由を問う。「自分、LOVEしちゃったで御座るよ！」。点蔵のコクり宣言を受けてホライゾンが下した結論に従い、正純はエリザベスに武蔵の代表者たちによる相対戦を布告。時を同じくしてアルマダ海戦が始まった！

メアリ奪還のため、英国では相対戦が続いていた。ミトツダイラとウオルシンガム、正純とハットン、ネシンバラとシェイクスピア。それぞれが激しい戦いを繰り広げる中、アルマダ海戦の舞台はポートランド沖からカレー沖へと移行しようとしていた。三征西班牙の策略で自動人形の知覚系が使用不能になり、窮地に追い込まれた武蔵。そんな時、指揮官であるアデーレの「誰か助けてくださーい！」の声に応えたのは――！

ついに倫敦塔へとたどり着いた点蔵の前に、"傷有り"に変装したエリザベスが現れるが、点蔵はすぐにそれが偽物だと見破る。それを見たエリザベスは、メアリに処刑執行まで5分間の猶予を与えるが……。　一方、アルマダ海戦は、ピンチに追い込まれた武蔵が個別操艦という奇策で形勢逆転、三征西班牙の敗北宣言により終結しようとしていた。しかし、沈みゆく船と運命を共にしようとしたセグンドを、フアナが再び戦場へと引き戻す。再開されたアルマダ海戦の行方は――？

武蔵と三征西班牙による第二次アルマダ海戦は、一進一退の攻防が続いていた。武蔵各艦の甲板上で二代VS◆、ノリキVSバルデス兄妹、シロジロVS隆包、直政VS房栄の戦闘が繰り広げられる一方、終わりの見えない戦いに、極東兵は疲弊し始めていた。戦う意味を見失いかけた彼らだったが、トーリの言葉に奮起し、アデーレの号令とともに再び攻勢をかける。そして、戦闘が一つ、また一つと終結していき―― ※◆は門構えに言

激闘の末に二代が強敵である◆を討ち取り、さらに新しい"双嬢"を手に入れたナイト＆ナルゼが抜群のコンビネーションで機鳳を撃破！　いよいよ武蔵の勝利が目の前かと思われたその矢先、機鳳空母が爆発を起こし墜落し始める。このままでは敵艦を確保するという武蔵の勝利条件が成立せず、敗北を余儀なくされてしまう。圧倒的な不利に追い込まれてしまったこの状況をどう切り抜けるか？　決断を迫られる中、作戦の指揮を執るアデーレはある無謀な策を思いつく。果たして武蔵の運命は？　アルマダ海戦、ついに決着！！ ※◆は門構えに言