テイラーとメイは怪獣に変身したぼうやに警戒心を抱くが、ヘイリーは彼の面倒を見続けると言い張る。不気味な女たちが現れ、ぼうやをさらおうとする。

大けがをしたぼうやを連れ、"怪獣ウィスパラー"の助けを求めて、ヘイリー、テイラー、メイの3人は怪獣の大群がいる谷にイェーガーで乗り込む。

怪獣のシスターズの領土に追い込まれたアトラス・デストロイヤーの中で、ヘイリーたち3人は、ぼうやをどうするかで言い争いになる。

アトラス・デストロイヤーに追いついたシェーンは、ヘイリーとテイラーにとって何よりも大切なものとイェーガーを交換する取引を持ちかける。

ヘイリーとテイラーの母親が大祭司に必死で抗うなか、一行は、ぼうやの心と体が永久に変わってしまう前に、彼を救い出す計画を立てる。

シスターズの魔の手に落ちてしまったぼうやは怪獣に変身し、アトラス・デストロイヤーを破壊しようと暴れ回る。そこに、意外な助けが現れる。

追っ手が迫るなか、安全なシドニー基地を目指し疾走するヘイリー、テイラー、メイ、ぼうやは、シスターズが召喚したカテゴリー6の怪獣に襲われる。