C.E.73。オーブ代表のカガリは、プラント最高評議会議長デュランダルとの極秘会談のため、アスランとアーモリーワンを訪れる。その時、突如謎のグループが新型MS「ガンダム」を強奪する。MSザクウォーリアに乗り込んだものの窮地に立たされたアスランを助けたのは、シンの搭乗するインパルスガンダムだった。

ガンダム強奪グループが属する特殊部隊の母艦ガーティ・ルーは、司令官ネオの指揮でザフト護衛艦隊を撃沈する。これに呼応するように強奪グループのスティング、アウル、ステラは撤退を始める。追いすがるインパルスとレイのザクファントム。この不測の事態に対し、新造艦ミネルバの艦長タリアは艦の発進を決意する。

発進したミネルバ内に収容されたアスランとカガリ。デュランダルは2人にミネルバ内を案内する。その想像以上の戦力に憤るカガリ。「我々は誓った筈だ!もう悲劇は繰り返さない、互いに手を取って歩む道を選ぶと!」その言葉に過剰に反応し、怒りをぶつけるシン。その時、ミネルバは再びガーティ・ルーを捕捉する。

ガーティ・ルーを追い、デブリ帯に突入したシン達。しかし、ミネルバとシン達はネオの策略に嵌って戦力を分断されてしまう。アスランの助言で何とかガーティ・ルーにダメージを与えたものの、余力のないミネルバは追撃を諦める。その頃別の宙域では、安定軌道にあったユニウスセブンが、地球に向けて降下し始めていた。

激闘を切り抜けたミネルバに、ユニウスセブン落下の急報が入る。事態を重く見て、イザークを隊長とした破砕部隊を急行させるプラント。しかし、イザーク隊がユニウスセブンの破壊作業を開始した時、謎のジンの一団が工作隊を急襲する。一方、地球ではジブリールを新盟主としたブルーコスモスが再び動き出そうとしていた。

アスランとイザークの活躍により、工作隊はユニウスセブン分割に成功する。だがそこにテロリストが攻撃を仕掛けた。彼等は戦争で家族を失い、パトリック・ザラの思想を拠としてきた者達だった。己と同じ境遇の人間に攻撃されたシンと、亡き父を肯定する人間に出会ったアスランは、衝撃と動揺の中大気圏に落下していく。

大気圏に突入しながらもユニウスセブンの破壊を続けるミネルバ。が、それでも地球は甚大な被害を受けてしまった。この事件を機に、ブルーコスモスの新盟主ロード・ジブリールは「ロゴス」の長老連を説得し、大西洋連邦への介入を画策する。一方、ミネルバはダメージの修理とカガリを送り届けるためにオーブへと向う。

修理と補給のため、モルゲンレーテのドックに入ったミネルバ。政務に復帰したカガリは、首脳陣から地球とプラントの現在の関係を知らされ、それに対するオーブの決断を迫られる。一方、アスランはキラと再会し、行くべき道を再び模索し始める。そして彼はカガリに約束の指輪を渡し、デュランダルの元へと向う。

地球連合は「ユニウスセブン落下事件」をザフトの仕業と決め付け、プラントを敵と見なす共同声明を発表。地球軍では、開戦へ向けて準備が進んでいた。デュランダルはあくまでも対話による解決を主張するが、国防委員会は目の前に迫った地球軍に対して軍を動かす。その頃、プラントへ着いたアスランは…。

地球軍による核攻撃を知らされ、騒然とするプラント市内では、ラクスとそっくりの少女ミーアが、ラクスを騙って演説を始めていた。デュランダルはラクスの偽者を用意したことをアスランに白状し、新型機・セイバーガンダムをアスランに預けたいと言い出す。思い悩むアスランを、ミーアは食事に誘うのだった。

プラントの最高評議会は地球軍への攻撃を決定。が、デュランダルはこの侵攻を「積極的自衛権の行使」と明言し、戦火が拡大しないよう配慮する。一方、オーブ議会では大西洋連邦との同盟締結が決定されていた。同盟締結を止められなかったことで落ち込むカガリに、ユウナは「僕が君を支える……夫として」と告げる。

地球軍の攻撃を受け、退路を断たれたミネルバ。シンはウインダムを次々と迎撃していくが、地球軍の新型MAザムザザーに追い詰められてしまう。絶体絶命のその時、シンのSEEDが弾けた。その頃、アスランはデュランダルから特殊部隊フェイスの徽章を与えられ、セイバーガンダムを駆って飛び立つのだった。

シンの活躍によってミネルバは絶体絶命の危機を脱した。一方、物思いに沈むカガリの前に現れたユウナは、彼女へ結婚を迫る。その夜、ラクス暗殺を企むコーディネイターの特殊部隊がキラの家を強襲した。ラクスたちと地下のシェルターに避難したキラは、封印されていたフリーダムガンダムに再び乗り込んで……。

キラたちのもとに、カガリの乳母マーナが訪ねてきた。渡されたカガリからの手紙には、オーブの代表としての責務を果たすため、ユウナとの結婚を決めたことが記されていた。アスランに返しておいて欲しいと渡されたカガリの指輪を見て、キラはある決意を固める。そして婚礼の日、結婚式場にフリーダムが現れて……。

カーペンタリアに停泊中のミネルバと合流したアスランは、カガリが結婚式の最中にさらわれた事件を聞かされる。そんな中、デュランダルからの新たな命令書とフェイスの徽章を手渡されたタリアは、複雑な表情を浮かべる。ミネルバの新たな任務とは、ジブラルタルでスエズ攻略戦を行っているザフト駐留軍への支援だった。

潜水艦デグチャレフと共にジブラルタルへ向かったミネルバ。しかしその時、ミネルバはネオたちに強襲される。突然現れたガイアガンダムを追うシンは、たどり着いた基地建設地で、民間人たちが強制労働させられる光景を見て逆上し、基地施設や戦闘車両を次々と破壊してしまう。アスランはそんなシンを怒鳴りつけるが……。

逃亡中のアークエンジェル。マリューらは情勢を掴み切れていない上にラクスの暗殺未遂やミーアの存在もあって、デュランダルに懐疑的だった。その頃ミネルバは、スエズ攻略の前線・マハムール基地に到着していた。ミネルバをこの難所に差し向けたデュランダルの思惑を感じながらも、タリアは作戦に全力を注ごうとする。

ミネルバはマハムール基地のラドル指令ら、現地のゲリラ・コニールの支援を得て、ガルナハンのローエングリンゲートの巨大な陽電子砲台を破壊する作戦を実行する。シンは、作戦の指揮を執るアスランから、作戦の要とも言える重要な役目を任される。アスランへの反抗心から、その仕事を引き受けたシンだったが…。

ガルナハン基地を陥落したミネルバは、黒海の沿岸都市・ディオキアのザフト基地へ到着する。そこで、大歓声の中でミーアがラクスを演じている姿を見たアスランは驚く。一方、デュランダルはシンたちパイロットを迎え、戦果を労う。会話が進む中、デュランダルは経済の観点から戦争を望む者がいることを語り始めて…。

シンがプラントへ渡るまでを描く。先の戦争が始まったのは彼が14歳の時だった。当時シンと家族はオーブに移住しており、穏やかな日常を過ごしていた。が、地球連合がオーブへの攻撃を開始し、シンは家族を失った。その後戦争は舞台を宇宙に移し、和平条約が結ばれた。シンはトダカの計らいでプラントへと移住して…。

デュランダルは、フェイスのハイネをミネルバへ配属し、ディオキアを発った。一方、休暇を与えられたミネルバのクルーたち。海に行ったシンは、海岸線を歩いていたところで崖から落ちた少女に気付く。慌てて海へ飛び込み、少女を助けたシンだが、それはステラだった。激しく怯えるステラに、シンは優しく語り掛けて…。

ステラから貰った貝殻を、マユの携帯電話とともに大切に扱うシン。険悪だったアスランとの関係も、気さくなハイネの影響で徐々に変化していた。その頃、大西洋連邦からの圧力に屈したオーブ議会は派兵を承認してしまい、軍をネオたちと合流させていた。敵の増援として現れたオーブ艦隊に、アスランは動揺する。

突如戦場へ現れたフリーダム。続けて出撃したストライクルージュにはカガリが乗っていた。彼女は自ら名乗りを挙げ、戦闘の即時停止をオーブ軍に命じる。アスランは、戦場を混乱させているキラを止めようと必死に呼び掛けるが、通信は繋がらない。一方、フリーダムの攻撃に逆上したガイアは、目前のグフに襲い掛かり…。

マルマラ海の港で修理・補給作業に入ったミネルバ。アスランはキラたちが戦場へ出てきた真意を直接問い質そうと決意する。アークエンジェルの手掛かりを掴もうと、とある町を訪れるアスラン。そこで彼は、アークエンジェルの元クルー・ミリアリアと偶然再会する。そんな二人の動向を、ルナマリアが密かに監視していた。

ラクスの暗殺未遂事件を知ったアスラン。それでもデュランダルを信じるアスランは、キラたちにオーブの戦争参入を止めさせるように言う。一方、シンの緊急連絡を受けたミネルバは、急遽調査中の施設に向かっていた。シンたちの調査により、その施設は地球連合軍が強化人間を極秘開発していたラボだったことが判明して…。

ガイアのパイロットだったステラを収容したミネルバ。シンは、彼女が地球連合軍の強化人間であることを知り、激しく動揺する。その頃、ステラを損失扱いするよう指示されたネオは、スティングとアウルからステラに関する記憶を抹消していた。また、ラクスはバルトフェルドと共にプラントに向かうことを決めて…。

アスランとキラたちの会談を監視していたルナマリアは、その調査データをタリアに提出するが、本物のラクスが何者かに命を狙われた件に関しては言い出せずにいた。一方ステラは、強化人間ゆえに通常の治療を施せないまま、徐々に弱り始める。そんな中、ネオはミネルバの追跡・破壊をジブリールに改めて厳命されて…。

ミネルバは、クレタ沖でオーブ・地球連合の同盟軍と再度交戦する。地理的に不利な状況に追い込まれるミネルバだが、アスランとシンはアビスとカオスに邪魔され、援護できない。そこに再び現れたフリーダムとアークエンジェルがミネルバの窮地を救うが、度重なるアークエンジェルの介入に怒ったシンは…。

シャトルを奪ったラクスは、小惑星に隠されていた戦艦・エターナルと合流した。デュランダルは彼女を偽者として捜査するよう指示すると、暗い執務室で自らの過去へと思いを馳せていた。人に定められた運命があるのだとしたら、足掻きながらも生きることに意味はあるのだろうか、と疑問を感じたデュランダルは…。

アークエンジェルに合流したアマギたち。オーブの理念のために戦いたいという彼らを、キラたちは暖かく迎える。一方、激戦を終えたミネルバは、ジブラルタルを目前にしながら、修理と補給のために足止めされていた。そんな中、シンは偶然、タリアと軍医が交わすステラの処遇についての会話を聞いてしまい…。

ステラを逃がすという軍規違反を犯したシンは、レイと共にミネルバの営倉に拘束された。その頃、ネオはミネルバ追撃の任を解かれ、新たな命令を受けてロシアへ向かった。ネオは、シンとの約束を守れないことを不甲斐なく思いながらも、回復したステラに巨大な可変モビルスーツ・デストロイガンダムを与えて…。

都市を次々と壊滅させながら、ベルリンへ侵攻を続けるデストロイ。その行く手を遮ろうとするフリーダムとアークエンジェルだが、圧倒的な戦力の差に太刀打ちできない。そこへミネルバが到着し、シンが猛然とデストロイへ斬り掛かる。しかし、そこに割って入ったネオは、デストロイに乗っているのがステラだと告げて…。

ステラとの約束を守れなかったことを悔やみ、号泣するシン。その眼には、暗く固い決意の色が宿っていた。後日、シンの部屋を訪ねたアスランは、フリーダムとの戦闘を想定したシミュレーション中のシンとレイを見てショックを受ける。その頃、アークエンジェルでは回収されたネオが意識を取り戻していて…。

世界に向けた演説放送で、プラント議会を完全に掌握したデュランダル。一方マリューたちは、母国を心配するカガリやキラの意見を採って、オーブへ向けてアークエンジェルを発進させる。そんな中、ミネルバにはアークエンジェルを討てという命令が出る。アスランは突然の命令に納得できず、タリアに不服を述べるが…。

フリーダムを撃墜して帰艦したシンを、ミネルバのクルーたちは絶賛する。だがアスランは、シンの放った言葉に逆上し、掴み合いとなってしまう。一方、デュランダルを支持する人々のゲリラ行為によって追い詰められたジブリールたちは、ヘブンズベースに逃げ延びていた。それを討つべく、ザフトはジブラルタルへ集結する。

デスティニーを与えられ喜ぶシンとは対照的に、アスランはデュランダルへ疑いの眼差しを向ける。そんな中、自分の身に危機が迫っていることをミーアから知らされたアスランは、基地からの逃亡を試みる。偶然居合わせたメイリンの機転のおかげでグフのハンガーへ辿りついたアスランだが、そこにレイが現れて…。

ジブラルタルを脱出したアスランがメイリンと行動を共にしていると知ったデュランダルは、機密保持のため、シンとレイへ撃墜許可を与える。一方、必死にシンを説得しようとするアスランだったが、その言葉はシンには届かず、撃墜されてしまう。アスランとメイリンの裏切りと死を知ったルナマリアは…。

心に深い傷を負ったルナマリアは、その怒りを戦いに転化すべくインパルスの調整に没頭する。アスランたちの件で負い目を感じ、ルナマリアと心を通わせるシン。その時突然、地球連合軍が戦闘を開始する。その頃、メイリンと共にアークエンジェルに助けられたアスランは、キラとの再会を果たしていた。

ザフトによって完全に制圧されたヘブンズゲート。デュランダルは、行方不明のジブリールの足取りを追うよう軍に命じる。一方、ラクスの指示を受けたダコスタは、かつて遺伝子研究所のあったコロニー・メンデルの中で一冊のノートを見つけ、ラクスのもとに持ち帰る。しかしそこをザフトに発見されてしまって…。

シンとレイはフェイスの徽章と勲章を授与された。次第にデュランダルの指し示す未来を盲信し始めるシン。そんな中、ジブリールがオーブのセイラン家へ身を寄せていたことが発覚。ザフトはジブリールを拘束するため武力によるオーブ制圧を開始する。オーブの危機を知ったカガリは、決死の覚悟で出撃しようとするが…。

オーブの危機に緊急発進するアークエンジェル。オノゴロ沖では、デスティニーを食い止めようとカガリたちが奮戦。シンの攻撃がカガリに迫ったその時、宇宙から帰還したキラのストライクフリーダムが間一髪でカガリを救う。一方、アスランはラクスが用意したインフィニットジャスティスを前に激しく葛藤していた。

デスティニーとレジェンドの連携に苦戦を強いられるキラ。そこへインフィニットジャスティスを駆るアスランが乱入し、シンの説得を始める。だがその時、ジブリールがオーブから月に逃げていき、ザフトとオーブ双方に実りのないまま戦いは終結する。その翌朝、正式にオーブ代表に復帰したカガリは演説を始めるが…。

全世界のメディアを通じ、デュランダルを支持しないと明言したラクス。対するミーアは、本物のラクスが出現したことに激しく動揺する。衝撃的な放送によってミネルバ内にも波紋が広がる中、艦隊司令部からの通達で、ミネルバは急遽月に向かうことになる。その頃、月ではジブリールが逆転の切り札を起動していた。

レクイエムの第一中継地点・フォーレに、決死の攻撃を仕掛けるザフト主力軍。レクイエム発射阻止、ジブリールの戦艦爆破など、シン、レイ、ルナマリアの働きによって、ついにロゴスは滅びる。その頃、正式にオーブ宇宙軍艦艇となったアークエンジェルは、宇宙へ向けて発進していた。真の平和を勝ち取るために……。

月の自由都市コペルニクスに買い出しに出たキラ、アスラン、ラクス、メイリンは、ミーアからのメッセージを受け取る。罠と知りつつ指定された場所に向かい、ミーアと会う一同。そこにラクス暗殺を目論む者たちが現れるが、全員がアスランたちに倒される。しかし、その場を去ろうとするラクスに再び銃口が向けられ……。

ミーアの持ち物の中から、日記のディスクを見つけたラクスたち。そこには、彼女が整形手術を受けてからの充実した日々が飾らない言葉で綴られていた。一方、デュランダルは「人類存亡を賭けた最後の防衛策」と銘打ちながら、ついにデスティニー・プランの導入を宣言。その言葉は、シンを困惑させる。

誰もが幸福に生きられる世界を作る「デスティニープラン」の実行を宣言したデュランダル。しかし、即座に拒否の姿勢を示したオーブとスカンジナビア王国を除いて、世界はその意外な提案に戸惑うばかり。一方、アークエンジェルの面々は、デュランダルの暴走を止めるべく、エターナルとの合流を開始する。

エターナルと合流したアークエンジェルは、レクイエムの一次中継コロニー・ステーションワン破壊のため出撃する。そんな中、戦場に駆けつけたミネルバは、長きに渡る因縁に決着を付けるべくアークエンジェルと激突。一方、キラとアスランはイザークとディアッカの助力を得て、ついにステーションワンの破壊に成功する。

メサイヤを攻撃し続けるアークエンジェルとエターナル。だが、このままではオーブが撃たれると考えたキラとラクスはその場を引き受け、アスランとアークエンジェルをレクイエムに急がせる。一方、デュランダルはレクイエム上空をネオジェネシスで味方ごと一掃し、間髪入れずレクイエムを起動させようとして…。

最終話を中心に全50話を再編集し、更に激動の最終話のアフターエピソードを新作追加。世界の最後の砦オーブを守るため、自らの身を省みずに戦うラクスに、イザークとディアッカはエターナルを守る行動に出た。一方、レイと邂逅したキラは、クルーゼと同じものであることを悟る。そして、アスランはシンを撃破して…。