ダークキングダムとの壮絶な死闘の後、セーラー戦士としての記憶を失ったうさぎたちセーラー戦士は、それぞれ普通の女の子としての生活を送っていた。ある夜、巨大な隕石が落下。落下現場へ行ったうさぎは、そこで亜美やまことと出会い、なぜか懐かしい気持ちになるのを不思議に思う。しかし、ルナとアルテミスは、いいようのない胸騒ぎに襲われる。その翌日、十番中学には不思議な雰囲気の漂う銀河兄妹が転校してきた…。

なるが、人気アイドル白鳥みかん主演ドラマのオーディションを受けることになった。なるに誘われてテレビ局へ行ったうさぎは、そこで亜美やレイたち、いまだに記憶を失ったままのセーラー戦士と再会する。しかし、オーディション資格のないうさぎだけは会場へ入れない。しかし、そのオーディションは、すでにエイルとアンが乗っ取っていた。亜美たちからエナジーを吸い取るカーディアン。その時、意を決したルナがみんなに語りかける！

まことの幼なじみ篠崎が、カーディアンに襲われて重傷を負ってしまった。自分のために犠牲になった篠崎のために輸血をするまこと。一方ルナは、最近出没する謎の敵について話し合うために、火川神社にセーラー戦士を集めていた。その頃、夏美は衛に一目惚れしてしまい、うさぎは銀河星十郎から告白されてしまう。突然の告白にドギマギするうさぎ。しかし、そのときカーディアンの出現場所を、レイの祈祷がつきとめた！

うさぎは十番町にオープンしたバーチャルリアリティ・シアターで衛、銀河兄妹とダブルデートをすることになった。しかし、そこにカーディアンが現われ、人々からエナジーを吸い取り始めてしまう。うさぎは変身して戦うが、ムーン・ティアラ・アクションが作動しない！　カーディアンに追い詰められるセーラームーン。そのとき“月影の騎士”が現われた！セーラームーンは、衛と月影の騎士が同時に存在することに混乱する。

うさぎたちは、桜田先生やなる、夏美と花見にでかけた。美味しいお弁当を食べて楽しいひとときを過ごすうさぎたち。しかし、そこへカーディアンが出現し、なるや桜田先生からエナジーを奪っていく。さらにレイや亜美たちもとらわれてしまった。セーラームーンはひとりで戦うが、やはりティアラは飛ばない。戦う武器のないセーラームーンは追い詰められカーディアンにつかまってしまう。すると、セーラームーンの変身までもが解けてしまった！

美奈子は、いじめられていた幼稚園児のミエを助けたことから友達になった。そしてセーラームーンが本当にいるということをを信じているミエのために、美奈子は幼稚園へ行き、ほかの園児たちにセーラームーンはいると力説する。そのころ、幼稚園バスを襲うカーディアンの出現が頻発していた。うさぎは幼稚園バスに乗り込むために、幼稚園の先生に変身。そして、うさぎが乗ったバスには、美奈子とミエも乗っていた。

エイルとアンが狙う次の標的は、新鮮な生命エネルギーに満ちた幼児だった。そして保育園がカーディアンに襲われ、たまたま事件現場にいあわせたうさぎと衛は、エナジーを奪われて入院中の母親に代わって赤ちゃんの面倒をみることになってしまう。はじめての子守りでやることなすこと失敗ばかりのうさぎだが、衛の部屋で、赤ちゃんの世話を楽しんでいた。しかしそのとき、別の保育園にもカーディアンが現われたと連絡が入った！

レイの通うT．A女学院の文化祭がはじまった。実行委員長でステージにも出演するレイは大忙し。そして文化祭の当日、うさぎたちも学園にやってきて、いろいろな出店を楽しんでいた。そして、いよいよ体育館でレイのステージがはじまった。自作の歌を歌い始めるレイ。しかし、そこへエイルとアンが送り出したカーディアンが出現。会場にいた人々からエナジーを奪い始め、レイもカーディアンにつかまってしまった！

セーラー戦士がピンチになると、どこからともなく現われる月影の騎士。亜美とまことは、その正体について考えを巡らせていた。まことは、その人間離れした身のこなしを目撃し、星十郞こそが月影の騎士だと思い接近する。だが、まことは星十郞に一目惚れして、猛烈アタックを開始してしまう。まことは手作りのお弁当を星十郞に渡し、自分の想いをぶつける。しかし、まこととデートをする星十郞のところにアンが現われた！

衛が十番ホールで演劇をすることになって、うさぎたちも手伝うことになった。うさぎの提案で演目は白雪姫に決定。しかし、衛の相手役になる白雪姫役を誰が演じるかで大騒ぎ。そんなとき、ひそかに白雪姫役を狙う夏美が、あみだくじで決めるべきだと提案。くじの結果で夏美が白雪姫に決まった。じつは夏美がくじに細工していたのだ、しかし、そのことを聞きつけたエイルはエナジーを集めるため、カーディアンを十番ホールに送り出してしまい…。

うさぎと夏美は、ただでさえ不機嫌な桜田先生の機嫌をそこねて、放課後居残り授業を受けるはめになった。しかし、そのころ桜田先生は恋人からのデートの誘いを受けてふたりのことを忘れて帰ってしまう。そうとは知らないうさぎと夏美は、衛をかけて問題の早解き勝負をすることに。そのころ、エイルが衛を襲うためにカーディアンを呼び出した。しかし、カーディアンはエイルの言うことを聞かずに勝手な行動を始めてしまうが…。

エイルとアンの魔界樹が枯れはじめてしまった。魔界樹が枯れれば、自分たちも死んでしまう。エイルとアンは、魔界樹の復活を試みるため、いちどにたくさんのエナジーを奪うためにカーディアンを呼び出した。そのころ、何日も学校を休んでいる銀河兄妹を心配して、うさぎと亜美、まことは兄妹の部屋へお見舞いに行った。本心から自分たちのことを心配してくれる、うさぎの優しさに触れて、エイルは心の中に流れる温かなものに戸惑う。

マンション全体を飲み込んでしまうほどに巨大化した魔界樹との戦いに苦戦するセーラー戦士たち。ようやく魔界樹にとらわれた、うさぎと衛のもとにたどり着いたものの、エイルとアンに撃退されてしまう。うさぎはエイルたちの前でセーラームーンに変身して、衛を魔界樹から守ろうとする。うさぎを攻撃することに躊躇するエイル。しかし、アンの容赦のない攻撃はセーラームーンと衛を襲う。その時、魔界樹がさらに暴走を始めてしまった！

かつての記憶を取り戻した衛とうさぎは、ふたりだけの甘いデートを楽しんでいた。そのとき突然、女の子が空から降ってきて銀水晶を渡せと、うさぎを脅してきた。しかもその女の子は、自分の名もうさぎだというのだ！うさぎは、銀水晶のことを知っていて、しかも自分と同じ名前を名乗るその女の子を警戒する。しかし、衛とのデートを終えて家へ帰ったうさぎを待っていたのは、親戚の子として月野家に居座っている、あの女の子の姿だった！

ちびうさが姿を消した。うさぎはジョギング中の衛とちびうさを探し、公園のブランコで発見する。その時、またも衛の脳裏をよぎる謎の光景。このちびうさと出会ってから、衛がときどき見るようになった不思議な光景は、うさぎの悲惨な運命を予見しているものだった。そこで衛は、うさぎから距離を取ることを決意する。衛は、本当の想いを押し殺して、うさぎに絶交を宣言する。しかし衛の本心を知らないうさぎは、大きなショックを受ける…。

うさぎたちは、ドイツへ留学する亜美のために歓送会を開くことにした。医者になるためにドイツへ留学するのが、亜美の夢だったのだ。しかしうさぎは、衛に続いて亜美までが自分から離れていってしまうことに心を痛めていた。そのころちびうさは、銀水晶を探すために亜美の部屋へ乗り込んでいった。そんなちびうさに、亜美は夢をかなえるためにドイツへ行きたいが、一方ではみんなと一緒にいたいという迷いを、ちびうさに打ち明ける。

雑誌にエッチなおじいちゃんがいると掲載されてしまったために、さっぱり女の子の参拝客が来なくなった火川神社。レイのおじいちゃんは、神主を引退して神社の中でエステクラブを始めてしまう。しかし、その場所こそがクリスタルポイントだった。ブラックムーンは、銀水晶を探すために、そこをダークパワーに差し替えてしまった。そうとは知らないおじいちゃんは、雄一郎を使って女の子をたくさん集めてしまっていた！

カミナリが嫌いなちびうさをおびき出すため、ブラックムーンは、十番街に雷雨を呼んだ。小学校でカミナリにおびえるちびうさは、がまんできずに学校を飛び出してしまう。その直後、うさぎがちびうさを迎えに小学校へ到着するが見つからない。うさぎは、途中で出会った衛とともにちびうさを探す。そのころ、ちびうさはひとりで銀水晶を探す孤独に耐えかねて、元の世界に戻ろうとして時空を操るブローチを作動させてしまう！

美奈子とまことが、どちらが過去の恋を引きずっているかで大げんかをはじめてしまった。うさぎは、なんとかふたりを仲直りさせようと、いろいろな恋のグッズがそろう“おまじないハウス”へ誘った。うさぎの狙いどおりに仲直りするふたり。そこへちびうさと衛がやってきた。しかし、そこはすでにブラックムーンのペッツが、ダークパワーに差し替えていたのだ。そして、ペッツとカラベラスは、うさぎたちを襲ってきた。

ちびうさの小学校で、父兄同伴のカレーパーティが開催されることになった。うさぎは、ちびうさのためにカレーパーティへ衛を誘い、亜美やまことにカレー作りを特訓してもらう。そのころダークパワーを増やすために、スーパーで怪しいブラックフルーツを売るベッツとカラベラスの姿があった。買い物客も商品も、徐々にダークパワーで汚染されていく。そこへカレーの材料を買うためにやってきたうさぎは、ルナとともに調査をはじめるが…。

レイがひとりで離れ小島に精神修養に行ってしまった。うさぎたちは、ひと夏のバカンスを過ごすために島へ押しかける。青い海で思いっきり楽しむうさぎたち。しかし、ちびうさとレイが、つまらないことでケンカを始めてしまった。ひとり海へ出て行ったちびうさは、溺れかけてしまうが一匹の首長竜の子どもに助けられた！サメに追われてちびうさと首長竜がたどり着いたのは、断崖に囲まれた大きな洞窟。だが島の火山が奇妙な震動を始めていた…。

オネショをしてうさぎに叱られたちびうさは、家を飛び出してしまった。悲しみにくれるちびうさは、大泣きして大量のエナジーを放出してしまう。このときを待っていたブラックムーンが出現。危ういところをルナに助けられ、工事現場に隠れた。うさぎは、ちびうさが“ルナPボール”を通じて話をする謎の人物との会話から、ちびうさが未来からやってきたことを知る！しかし、そこへコーアンが現われた。ついにセーラー戦士とあやかしの四姉妹が対決する！

衛は悪夢にうなされていた。衛は、その夢の中でうさぎと結ばれることで不幸が訪れると予言されていたのだ。一方、うさぎたちはブラックムーンの本拠地を探すことを話し合っていた。そこへ衛がバイクの後ろに少女を乗せてやってきた。衛に別の恋人がいると思い、うさぎ以上にショックを受けたちびうさは、家を飛び出しブラックムーンに見付かってしまう。助けにやってきたセーラームーンだが、ドロイドによって永遠の悪夢に取り付かれてしまった！

ワイズマンの予言でちびうさが火川神社に現われることを知ったルベウスは、コーアンを向かわせる。化粧品のセールスレディに変装したコーアンは、神社に遊びにやってきたちびうさを発見するが、雄一郎とセーラーマーズにジャマされてしまう。マーズとコーアンの戦いがはじまった！その戦いのなかで、雄一郎をかばいマーズは傷付いてしまう。しかし、ちびうさを取り逃がしてしまったコーアンは、ルベウスから最後の命令を受ける。

チェスタワーのオープニングセレモニーでワールドチェストーナメントが開催されることになった。そのチェスタワーをダークパワーに変えようとするベルチェと、セーラーマーキュリーが対決する。いったんは引き下がったベルチェだが、もはや失敗は許されないことを悟る。ベルチェはマーキュリーと再戦するため、チェストーナメントに参加。そしてトーナメント当日、亜美の試合を観戦するうさぎたちの中には、人間になったコーアンの姿が…。

すっかりうさぎたちと仲良くなったコーアンとベルチェは、幸せなひとときを過ごしていた。しかし、ルベウスは四姉妹の忠誠を疑い、残されたベッツとカラベラスにダークパワー増強装置を渡して最後のチャンスを与える。ベッツたちはコーアンとベルチェを誘拐し、セーラー戦士とちびうさをおびき出そうとする。変身して飛び出していくセーラームーンとセーラー戦士たち。しかし、変身するところをちびうさに見られてしまった！

失敗続きで進退きわまったルベウスは、みずからセーラー戦士抹殺のために行動を開始する。一方、ちびうさは、うさぎが部屋に置き忘れた銀水晶のブローチを見つけ、そのまま持ち去ってしまった。しかし、未来へ帰れなくて泣き出してしまったちびうさのもとに、ルベウスが現われる。そこへセーラー戦士がやってきて一度は難を逃れるが、セーラー戦士を信じられなくなっていたちびうさは、再びひとりで逃げ出してしまった！

セーラー戦士4人が、ルベウスのUFOに連れ去られてしまった。うさぎは仲間を取り戻すために、ひとりでルベウスのもとへ行く決意を固める。ちびうさも、そんなうさぎを追って家を飛び出してしまう。しかし、ふたりともルベウスのUFOに引き込まれてしまった！うさぎはルベウスと戦うが、必殺の“ムーンプリンセス・ハレーション”さえ効かない。しかも、UFOはいつの間にか地球を離れて、宇宙空間へと飛び出してしまっていた！

ちびうさは、熱と悪夢にうなされ「邪黒水晶」の名を口にして苦しんでいた。助けを求めるちびうさの声に反応して、ルナPボールを通してセーラープルートが現われた！プルートは、ちびうさを救って欲しいというのだ。うさぎたちは、ちびうさの心の中に入りちびうさを探す。しかし、そこで見つけたちびうさは、うさぎたちのことを知らないという。うさぎたちは変身して、ちびうさを守るために戦うが、敵に攻撃が効かず…。

30世紀のブラックムーンから、次なる司令官エスメロードが20世紀に向けて出発した。そのころ十番街で新規開店したケーキ屋では特別セールの食べ放題に女の子たちが群がっていた。ところがエスメロードは、そのケーキ屋の下にネガティブ・ポイントを見つけ、ダルク・ヘンジの最初のいけにえとしてしまう。その頃、ケーキ屋の店内ではうさぎが、ちびうさが衛を独占していることに嫉妬してケーキのやけ食いをしていた！

うさぎは、衛と恋人同士に戻れないことを悲しんでいた。その様子を見かねた亜美とまことは、うさぎを励ますために流行のプロミスリング専門店へ連れて行く。そこにはなると海野も来ていて、いっしょにプロミスリング作りを始めることになった。しかし、その店はすでにエスメロードに乗っ取られていたのだ。そしてその夜、プロミスリングを作りながら眠ってしまったうさぎは、衛と同じ未来を予言する不吉な夢を見てしまった。

クリスマスが近づいたころ、十番街を中心に特殊なインフルエンザが流行していた。セーラー戦士も美奈子以外は全員ダウンしてしまった。ひとりだけ元気いっぱいの美奈子は、はりきって仲間たちを看病してまわるがドジばかり。失敗続きの美奈子は、最後にうさぎの家へ向かう。ちびうさと一緒にうさぎの看病を始める美奈子のドジっぷりは、さらにエスカレート。しかし、じつはこのインフルエンザは、エスメロードの仕業だったのだ！

ルナにドジ呼ばわりされたアルテミスは、一発大手柄をたてるために行動を開始。アルテミスは偵察中、すて猫やのら犬を自動車に乗せて連れ去る男をあやしみ後をつけていく。しかし、その男が入ったのは捨てられた動物たちを引き取って育てている「動物大王国」だった。一方、ルナはアルテミスを連れ戻すために動物大王国へ向かう。だがその頃、動物大王国ではドロイドに操られた動物たちが人間を襲い始めた。アルテミスは、ひとりでドロイドに立ち向かうが…。

学年末試験で、また亜美は学年トップになった。しかし、なぜか亜美がカンニングしていたと悪口を言い始める者が…。しかも、海野までもが亜美を責めてきた。亜美の悪口を言っているのは、みな同じ英才塾に通っている生徒ばかり。亜美は英才塾を怪しみ、そこでドロイドに襲われてしまう！やがて他のセーラー戦士たちもやってくるが、ドロイドの幻覚術に掛かってしまった亜美は、マーズやジュピターたちが自分の悪口を言っている幻影に苦しめられる。

熱を出して小学校を休んでいたちびうさを、同級生のももがお見舞いに来てくれた。翌日、元気になったちびうさは学校へ行くが、そこでは生徒同士がケンカしていた。しかも、親友のももからも攻撃されてしまう。さらに先生や他の生徒からも攻撃され、荒れ果てた校内を逃げ回ることに。小学校はすでにダークパワーの拠点にされていたのだ。小学校に向かおうとしたうさぎたちだが、そこに美奈子から十番公園でも事件が起こったと通信が入った！

ちびうさは、セーラー戦士とともに未来へ行くことになった。しかし、セーラー戦士が負けるかもしれないと、ちびうさの心は揺れるが、衛に励まされ決意を固めた。そして、ついにちびうさは時空の扉を呼び出し、セーラープルートの力によって未来へ旅立った。時空の回廊を進むセーラー戦士、ちびうさとタキシード仮面。そのころ“プリンス・デマンド”は、ちびうさとセーラームーンを連れてくるようにエスメロードに命令を下していた…。

セーラームーンたちは、ついに未来都市クリスタル・トーキョーに着いた。そこで出会ったのは、タキシード仮面にそっくりな人物。そして、その声はうさぎと衛の夢の中で不吉な予言をした男、未来のキング・エンディミオンだった！キング・エンディミオンは未来の地球で何が起こったのか、ブラックムーンとは何者かを語りはじめた。そしてセーラームーンこそが、未来の“ネオ・クイーン・セレニティ”だと告げる！

プリンス・デマンドの魔手を逃れたセーラームーンとタキシード仮面は、仲間のもとに戻ってきた。そしてクリスタル・パレスで眠り続けるネオ・クイーン・セレニティとはじめて出会う。しかし、セーラームーンの銀水晶ではネオ・クイーン・セレニティを目覚めさせることができなかった。絶望したちびうさは、クリスタル・パレスから離れてしまったところをワイズマンに見つかってしまう。そしてワイズマンは、ちびうさの秘密を聞き出してしまった！

ワイズマンに捕らえられたちびうさは洗脳されてしまう。そして邪黒水晶のパワーを取り込み、暗黒の女王ブラックレディへと変貌し、デマンドとともに過去の地球へ向かった。その頃、セーラームーンはプルートから、ちびうさが過去の地球に戻ったという情報を得て過去に戻る。しかし、すでにブラックレディとデマンドは新たな暗黒ゲートを開きはじめた。そして、ついにブラックレディが、セーラームーンたちの前に立ちはだかる!!

東京の中心で邪黒水晶は、さらに巨大化していく。そのころブラックムーンでは、サフィールがワイズマンの陰謀を知ってしまう。ワイズマンはデマンドを利用して、ほんとうはデスファントムによる宇宙の支配を目論んでいたのだ。サフィールは、そのことをデマンドに知らせるために過去の地球へ向かう。しかし、ワイズマンの攻撃で傷付いたサフィールは力尽きてしまう。倒れたサフィールを助けたのは、あやかしの四姉妹の長女ベッツだった！

邪黒水晶の塔はさらに成長を続け、邪悪なエナジーを放っていた。セーラームーンとセーラー戦士はブラックレディになったちびうさを助けるために、力を合わせて邪黒水晶の塔に乗り込んでいった。塔の中で他のセーラー戦士から引き離されてしまったセーラームーンは、デマンドと再会する。そして、セーラームーンはサフィールがデマンドに伝えたかったことを訴える。しかし、そのときワイズマンが現われ、セーラームーンを狙って必殺の一撃を繰り出した！

邪黒水晶の塔が成長し、ついに暗黒ゲートが開こうとしていた。塔の上では、ブラックレディとセーラー戦士の戦いが始まった。ブラックレディの力に苦戦するセーラー戦士。さらにワイズマンは、新たに邪悪なエナジーをブラックレディに与えてしまう。しかし、セーラームーンは銀水晶の力でネオ・クイーン・セレニティとなって、ブラックレディに本当の記憶を甦らせようとする。だがワイズマンは、さらに強力なエナジーを放ってきた！

デス・ファントムとの壮絶な戦いに勝利し、ちびうさも未来の世界へ帰って行った。うさぎたちにも、つかの間の平和なときが訪れていた。しかし、すでに次の戦いが近づいていたのだ。うさぎたちのおしゃべりは、ダーク・キングダム、エイルとアン、そしてブラックムーンなど、これまでに戦ってきた敵との思い出、さらにはこれから戦うことになる敵や謎のセーラー戦士など、新シリーズ『美少女戦士セーラームーンS』にまで及ぶのだった…！