ちびうさは、一本の角と美しい翼を持つ白馬・ペガサスの夢を見た。そしてペガサスの呼びかける声に、ちびうさはなぜか心を揺さぶられた。その頃、数世紀ぶりに東京で皆既日食が観測された。うさぎたちセーラー戦士も、つかの間の平和の中で奇跡の天体ショーを満喫していた。しかし、それはやがて始まる戦いの予兆に過ぎなかった。東京が暗闇に閉ざされたその隙に、新たな敵デッドムーン・サーカスのテントが出現していたのだ。

新たな敵、デッドムーンは世界征服の野望のために、美しい夢の中に住むペガサスを探していた。アマゾン・トリオのタイガーズ・アイが狙う次のターゲットは、元基の恋人のレイカだった。レイカはこれまでの研究が認められて、ヨーロッパに行くことを勧められていた。しかし、行ってしまえば元基と10年以上離ればなれになるかもしれない。うさぎと美奈子は、2人のことを心配して元基に直接話を聞きにいった。

うさぎとちびうさが、育子ママの作ったレモンパイを巡って大ゲンカ。ちびうさに甘い育子ママに、うさぎは怒って家を飛び出してしまう。その頃、デッドムーンでは新たなターゲットを選んでいた。ホークス・アイが狙うのは、なんと育子ママだった。ホークス・アイに捕らえられて絶対絶命の育子ママ。うさぎとちびうさは変身してホークス・アイに立ち向かう。しかし、ホークス・アイにはセーラームーンの必殺技が効かなかった。

失敗続きのアマゾン・トリオは焦っていた。タイガーズ・アイは、なるを次のターゲットにした。しかし、なるはタイガーズ・アイには目もくれなかった。プライドを傷つけられたタイガーズ・アイは、ペガサスをおびき出すためになるを利用することにした。余命3ヶ月と偽って、なるに近づくタイガーズ・アイ。なるに迫る危機にセーラームーンが駆けつけた。そして、ちびうさの呼びかけにペガサスが現われて…。

衛の高校時代からの同級生、沙織と後輩の小林が衛のマンションを訪ねてきた。衛はうさぎを恋人だと紹介するが、人前でもちびうさとケンカする子供じみたうさぎの様子に、沙織たちは本気にしなかった。しかし、ちびうさは沙織の様子から、沙織が衛のことが好きなのではないかと疑う。もし、衛がうさぎと結ばれなかったら、自分の存在が消えてしまう。そんなちびうさの不安が的中した。沙織が衛をショッピングに誘い出したのだ。

アルテミスの元気がない。原因は、アルテミスが十番教会のシスターに見とれていたと、ルナに言われてしまったからだ。落ち込むアルテミスの前に、突然しゃべる子猫のダイアナが出現。ダイアナから「お父さま」と呼ばれたところをルナに見られてしまったアルテミスは、すっかりルナに嫌われてしまった。その頃、アマゾン・トリオは次なるターゲットを狙っていた。それはアルテミスが見とれていた十番教会のシスター・マリアだった。

ベストセラー小説『月夜の天馬』の作者はまことの親友、高瀬智子だった。昔、まことが勧めて出版社に投稿した小説が大ヒットしたのだ。うさぎたちは、智子のサインをもらうために智子の家に向かう。しかし、智子はスランプで小説が書けなくなっていた。好きだった先輩が、ほかの女の子とデートしているのを見て、すっかり自信をなくして、夢を見失ってしまったのだ。そんな智子のところに、タイガーズ・アイが現われた。

ペガサスの宿主を見つけることができず、デッドムーンは焦っていた。そこでタイガーズ・アイは、誰の影の中にも入ることのできるレムレスを使って、ペガサスを宿主から追い出して捕まえるという計画を立てる。そこでタイガーズ・アイが狙ったのは、ちびうさの学校の美術教師の森野だった。ちびうさは、タイガーズ・アイに襲われた森野先生を助けるためペガサスを呼ぶ。しかし、そのときペガサスの影にレムレスが進入した。

衛の部屋で勉強するうさぎたち。しかしダイアナがマンションの別の部屋で火事が起きたと勘違いしたことで、パニックを起こして衛の部屋が使用不能になってしまった。大学のレポートを仕上げなければならない衛は、レイの家に行くことになる。うさぎは、衛とレイが昔つき合っていたことを心配して、忍者の姿でレイの家に忍び込む。その頃、アマゾン・トリオが次のターゲットを選んでいた。それは、なんとレイだった。

ちびうさは、美しい妖精のイラストが描かれた本に夢中になって、ひとりの青年と正面衝突。その青年こそが、その本の作者の北方だった。その夜、ちびうさはペガサスから、本に描かれた花がペガサスの世界の植物に似ていると聞かされる。翌日、森に北方を訪ねたちびうさは、不思議な女の子と遊ぶ北方を目撃する。しかし、その少女と出会ってから、北方は人が違ったようになってしまった。その少女がフィッシュ・アイとも知らずに…。

亜美は、衛がキレイな女性と一緒にいるところを見かけて、浮気したと勘違い。しかし、その女性は小さな自動車修理工場のオーナーのなつみで、修理に出していた衛の自動車を届けにきただけだった。なつみの夢は、若くして亡くなった夫との想い出のクラシックカーを修理して走らせること。そんななつみの夢を叶えるため、亜美はなつみの工場で働きはじめる。しかし、そんななつみの夢をホークス・アイが狙っていた。

天下一刀流の秋山チハルは、鉄橋下の川原にテントを張り、日本一の剣士になるために修行を続けていた。もっと強くなりたいと思っているちびうさは、ミハルをうさぎの部屋に下宿させることにする。翌日、ミハルが川原でひとりの女性に打ちのめされていた。その女性はミハルの母、冬美だった。うさぎとちびうさは、冬美に文句を言うために秋山家へ向かう。その頃、ミハルのもとへタイガーズ・アイが現われ、勝負を挑んできた。

人気デザイナーの碓氷芳樹商店街にお店を開店することになった。しかし、碓氷はデザインのことで悩んでいた。新しいイメージを求めていた碓氷は、街で見かけたひとりの美少年に目を奪われた。美少年は碓氷の事務所でワガママ放題。長年、碓氷と一緒にやってきた助手やスタッフを追い出してしまう。そんなとき、碓氷は公園でうさぎと出会った。碓氷は、うさぎと話すうちに、忘れかけていた夢を思い出す。

うさぎは美奈子が見知らぬ美青年とデートしている現場を目撃した。しかし、美奈子がデートしているのは、その青年だけではなかった。どうやら美奈子は2人の青年にフタマタを掛けているらしい。ところが、美奈子に近づいている青年は、タイガーズ・アイとホークス・アイ。どちらが先にターゲットの美奈子をモノにするかを競い合っていたのだ。そんなことも知らず、浮かれた美奈子は、同じ時間にデートの約束をしてしまった。

大きな屋敷にひとりで住むマヤ子は、疑い深いことで有名なおばさん。雨に濡れているマヤ子を見て傘を差し出しただけの衛さえ、地上げ屋の仲間扱い。しかし、びしょ濡れのダイアナにはお風呂に入れてくれたり、美味しいポトフを出してくれた。しかも、ひとり暮らしなのに、なぜか食事の用意は2人分。ちびうさは、怪しいとにらんでダイアナとマヤ子の家に調査に向かう。すると、マヤ子の家の前にひとりの老紳士が立っていた。

ペガサスが十番街で暴れているというニュースが話題になっていた。うさぎたちは、じつはペガサスが敵の一味ではないかと疑う。ところが、そのペガサスはフィッシュアイがセーラー戦士をおびき出すためのワナだった。そんな頃、ちびうさは学校で女の子たちに人気の男子ロバートから告白されてしまった。ちびうさは、ロバートのことをペガサスに相談するが、ペガサスはなぜか気のない返事しかしない。

うさぎたちは、進悟を連れて夏の海辺に遊びにきていた。衛は大学の研究があるので、ボディーガード代わりにに連れてきていたのだ。うさぎにいいように使われて面白くない進悟だが、亜美だけは優しくしてくれるのが嬉しかった。亜美と進悟がボートに乗って遊んでいると、金髪の美青年が近づいてきた。その美青年こそ、タイガーズ・アイ。ターゲットの亜美を狙ってやってきたのだ。そして、亜美たちの乗ったボートを沈没させてしまった。

うさぎとちびうさはプリマドンナを夢見て、『ジゼル』公演が近い山岸バレエ団の団員募集に応募した。ところが、うさぎたちが練習に行くと、レイたちまで入団していた。うさぎたち初心者を熱心に指導する山岸だが、なぜかプリマの桐子には厳しい。そんな山岸にひとりの少女が近づいた。それは山岸の夢の鏡を狙うフィッシュ・アイ。フィッシュ・アイは、桐子の指導に悩む山岸を魅了して、まんまとプリマ役を奪ってしまった。

うさぎとちびうさは、おつかいの途中で浮世離れした不思議な雰囲気の女性に出会った。その日は十番街のお祭り。うさぎたちが浴衣を着て出かけると、玄関にその女性が待っていた。結局、うさぎたちはその女性と祭り見物をすることになってしまった。じつは、その女性はアメジスト王国のルビーナ王女で、自由を求めてホテルを逃げ出していたのだ。そんなルビーナをデッドムーンのホークス・アイが付け狙っていた。

衛の大学の学園祭に、うさぎたちは遊びに出かけた。その学園祭のダンスパーティが、数々の出会いを生み出したと聞き、うさぎたちもダンスを楽しんでいた。そこへタイガーズ・アイが現われて、まことにダンスを申し込む。一途なまことは、そうとは知らずにもう一度一緒にダンスして欲しいと申し込んでしまう。しかし、ターゲットでもないまことに興味がないタイガーズ・アイは、まことを残して会場から去ってしまった。

フィッシュ・アイが狙った次のターゲットは、衛だった。ところが、衛を一目見たフィッシュ・アイはすっかり衛に魅了されてしまった。うさぎにライバル宣言するフィッシュ・アイ。しかし、フィッシュ・アイは衛に拒絶され、夢を持っていない自分たちの存在に疑問を感じてしまう。そして、ジルコニアに呼び出されたアマゾン・トリオは、次に失敗したら二度と人間の姿には戻れなくなると脅されてしまった。

衛がペガサスの宿主ではなかったことで、フィッシュ・アイはすっかり落ち込んでいた。次の新月までにペガサスを見つけなければ、元の醜い姿に戻ってしまう。うさぎの家にやってきたフィッシュ・アイは、うさぎがセーラームーンだと気付き、ちびうさがペガサスと話しているところを見てしまった。しかし、ジルコニアはペガサスの宿主がうさぎだと勘違いし、ホークス・アイにうさぎを狙うよう指令を下してしまった。

デッドムーンサーカスがいよいよ開幕した。同じ頃、うさぎたちの前に、不思議な少女たちが現われた。その少女のひとりが、ちびうさのクラスメートの桃にデッドムーンサーカスのチケットをプレゼントしてくれた。桃は、ちびうさやうさぎたちを誘って、デッドムーンサーカスへ。うさぎたちは、楽しくて奇妙なサーカスを楽しむ。しかし、桃は空中ブランコを見ているうちに催眠術に掛かってしまい、テントから出て行ってしまった。

亜美はパソコン通信で聞いた美しい音楽に影響されて、そのメロディに合う詩を書いていた。その曲の作者はN・Tとイニシャルしかわからないが、亜美は強く心を動かされたという。ある日、ダイアナが同じメロディを奏でるピアノ奏者の西野利幸を見つけ出した。亜美は、西野に自分が作詞した詩を見てもらいたいと声を掛けて、うさぎたちと一緒に西野のピアノ教室へ行くことに。しかし、西野の夢の鏡を狙ってベスベスが現われた。

レイが雑誌の表紙を飾ったことで、火川神社はレイ目当ての参拝客が毎日押し寄せるようになった。そんなレイに憧れて、馬場ナナ子という少女が巫女になりたいとやってきた。ナナ子とレイの神秘の巫女姉妹になって、ますます繁盛する火川神社。しかし、ナナ子は夢を捨てて巫女になりたいのだというのだ。いろいろな夢を持っているレイは、そんなナナ子の本心に腹を立ててしまう。そこへ、ナナ子を狙ってベスベスが現われた。

うさぎとちびうさは、甘いモノが大好き。ご飯のあとでも寝るまでずっと、甘いデザートを食べまくり。しかし、歯磨きをきちんとしなかったので、すっかり虫歯になってしまった。結局、うさぎは、ちびうさと2人で歯医者に行くはめに。その頃、十番街では新しく出来た歯医者が大繁盛。そこはパラパラが美しい夢を探すために作った歯医者だった。そうとは知らないうさぎたちは、誘われるまま、その歯医者に入ってしまった。

桃たちが卒園した本城保育園でバザーが開かれることになった。うさぎたちも、保育園の園長の本城目当てにバザーに参加することに。しかし、本城を巡って、まことと美奈子が対立。家庭的なまことに負けまいと、美奈子もがんばろうとするが、すべて空回り。結局、まことの作ったぬいぐるみをメチャクチャにしてしまい、まことから絶交されてしまう。ところが、その本城を狙って、セレセレがバザーを大混乱に陥らせてしまった。

跳び箱が苦手なちびうさは、運動会が近づき気持ちが沈んでいた。衛やまことたちは、そんなちびうさのために跳び箱の練習をすることにした。ちびうさのクラスメートで、スポーツ万能の九助も、小さい頃のトラウマで跳び箱が苦手だった。九助は、みんなが帰ったあとの校庭でひとり跳び箱の特訓をするが、やはり跳べない。そんな九助の前にジュンジュンが現われて、跳び箱のコーチをしてやろうと持ちかけてきた。

うさぎとちびうさは、公園で似顔絵を描いている画家のカモイと出会った。カモイと仲良くなって、うさぎは似顔絵を描いてもらっていたが、お腹を空かせていたカモイが倒れてしまう。カモイは似顔絵を本人そっくりに描きすぎるために、客と言い合いになって商売にならないというのだ。しかし、お金より芸術家として名を残すことがカモイの夢だというのだ。そんなカモイの夢を狙って、セレセレが公園にやってきた。

いつか自分が作った飛行機で空を飛ぶことが、ちびうさの隣のクラスの広木の夢。広木の飛行機が飛ぶところを見たいというペガサスの入ったスタリオン・レーヴをバスケットに入れて、広木が飛行機を飛ばす空き地にやってきた。うさぎたちが見守る中、結局広木は失敗するが、九助の言葉でかたくなな広木の心が開いた。ちびうさは、そんな広木と九助の間をうらやましく思って、ついペガサスを問い詰めてしまった。

パラパラが公園に子供たちを集めて、まとめてゴールデンミラーを探していた。セーラームーンとセーラーちびムーンが現われてパラパラに挑む。しかし、パラパラの質問に答えてしまったせいで、ちびムーンが大人に、セーラームーンが子供になってしまった。そして、大人になったちびムーンは、ペガサスを呼び出せなくなってしまう。ところがその夜、ちびうさの夢の中にペガサスが現われ、ペガサスの世界の秘密を話しはじめた。

ペガサスの世界エリュシオンのことを知り、ペガサスと心を通わせ始めたちびうさは、夢の中でペガサスとのデートを楽しんでいた。うさぎは、最近のちびうさの様子が変だとレイたちに相談した。そして、ちびうさにボーイフレンドがいるという結論になり、うさぎたちはちびうさにそれとなく探りを入れる。しかし、そんなうさぎたちの大騒ぎに、ちびうさはウンザリしてしまう。その時、ちびうさの前にジュンジュンが現われた。

十番シビックホールで成人式が開催されることになった。美奈子は、みんなを成人式準備のボランティアに誘った。会場の設営をしていたうさぎたちは、そこで不思議な4人の少女たちと出会った。うさぎたちは、少女たちと協力して、見事に成人式会場を作り上げた。しかし、この少女たちは成人式の意味を知らない上に、大人になるのもイヤだという。少女たちは、なぜうさぎたちが大人になりたがっているのか知りたがるのだった。

ちびうさが小学校のマラソン大会で1着になった。うさぎたちはお祝いをするためにクラウンへ向かう。その時、不思議な蜘蛛の糸に触れた衛の身体に異変が起きた。ネヘレニアがペガサスを見つけるために蜘蛛の糸を放ち、暗闇を作り出そうとしていたのだ。やがて蜘蛛の巣に覆われて、十番街が闇に包まれてしまった。邪悪な気が町中を満たした。そして、その中心にはデッドムーンサーカスのテントがあった。

世界が闇に閉ざされ、ペガサスがついにうさぎたちにその正体を明かし、デッドムーンやエリュシオンのことを語りはじめた。そして、額のゴールデンクリスタルを解き放つことができなければ、世界は滅びるというのだ。一方、衛の身体はデッドムーンの闇に侵され苦しんでいた。地上が闇に覆われることが、衛の身体をも蝕んでいくのだ。その頃、十番街はデッドムーンサーカス団による不気味な大行進が行われていた。

ちびムーンからゴールデンミラーが出現。ちびうさはジルコニアに捕らえられてしまった。セーラー戦士たちは、ちびムーンを探してデッドムーンサーカスをさまよう。その頃、鏡の世界に取り込まれたちびムーンは、囚われのエリオスを見つける。その時、ちびムーンの前にネヘレニアが現われた。そして、ネヘレニアは太古のシルバーミレニアム王国と闇の王国、そしてエリオスとゴールデンクリスタルの伝説を語りはじめた。

永遠の新月が始まってしまった。ネヘレニアは、ちびムーンの命と引き替えにペガサスがエリオスの身体に戻ることを要求する。そして、ちびムーンとエリオスの絆の強さを見せつけられたネヘレニアは、無理矢理エリオスのゴールデンクリスタルを奪い取ってしまった。その頃、セーラームーンたちとジルコニアの最後の対決が始まった。追い詰められるジルコニア。しかしアマゾネス・カルテットからエナジーを吸い取り始めた。

ゴールデンクリスタルを手にしたネヘレニアは封印を破り、ついに現実世界に現われた。エリオスは消滅し、ちびムーンも呪いをかけられ永遠の眠りに付いてしまった。空からは無数のデッドムーンサーカスのテントが降り注ぎ、地上はまさに壊滅の時を迎えていた。ネヘレニアは、真の月の女王を名乗り、世界すべてを闇に包み人々を深い眠りに陥らせてしまった。そして、強大なネヘレニアの力の前にセーラー戦士も全滅の危機を迎える。

世界中の美しい夢を持つ人々の力を結集してゴールデンクリスタルは輝きを取り戻した。しかし、ネヘレニアは最後の力を振り絞り、ちびムーンを奪い去ってしまう。セーラームーンは、ひとりでネヘレニアを追う。しかしそこには、すっかり年老いてしまったネヘレニアの姿があった。そして、ふたたび闇の牢獄に囚われることを悟り、セーラームーンへの復讐のために、ちびムーンを天空高くから突き落としてしまった。